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BioLab 박소정 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. DNeasy Plant Mini kit 관련
안녕하십니까. 신참 대학원생입니다. 능숙하지 않다보니 실수가 많은것 같습니다. 때문에 간혹 DNA 농도가 낮거나 ratio가 엉망징창인 경우가 있어 Nano Drop 측량이 항상 무섭습니다... 우선 세가지 궁금한점이 있어요. - 점액질이 많아 lysis버퍼를 넣고 샘플이 뭉치는 경우에 어떻게 해야 할까요? 잘 풀리게 voltexing, tapping을 해도 될까요? 그 후에 RNase를 넣어도 될까요? - 프로토콜에는 없지만 마지막 단계에서 AE buffer를 넣기 전에 한번 건조하는 시간이 필요하지 않을까요? - 프로토콜 상에는 AE buffer 를 100ml 첨가하라고 되어있는데 50ml를 첨가해도 문제가 없을까요? 읽어 주셔서 감사합니다.
회원작성글 잘뽑고싶어요  |  12.06
Q. EZ-Pure™ Plasmid Prep Kit. Ver. 2, EZ-Pure™ Gel Extraction Kit. Ver. 2 실험 질문
제가 실험 수업에서 아가로스 겔 전기영동 하고 EZ-Pure™ Plasmid Prep Kit. Ver. 2,  EZ-Pure™ Gel Extraction Kit. Ver. 2 가지고 실험 했는데 교수님이 그냥 다짜고쩌 실험 보여주고 다른 학생들에게 가려서 실험 과정은 보지도 못하고 생각없이 받아적기만 하고 실험했더니 결과도 잘 안나와서 근본적인 실험 목적과 제대로 실험 했을 때의 결과를 모르겠네요... 도와주시면 감사하겠습니다. 
회원작성글 gerjoi  |  12.06
Q. Real time PCR 기초 질문 입니다.
안녕하세요. Real time PCR을 막 배우게 된 초보 연구원입니다. 다름이 아니라 housekeeping gene은 모든 세포에서 일정하게 발현되는 유전자로 알고 있는데요. 제가 실험에 사용한 gene이 actin-B이거든요. 근데 Ct 값이 28 부근에서 떠서요. 원래는 어느 Ct 값에서 뜨는게 정상인지에 대해 여쭤보고 싶습니다.
회원작성글 medi92  |  12.02
Q. 전기영동 gDNA
구강상피세포를 kit로 추출해 1.2% agarose gel에 135v 20분 Dna농도를 뒤로 갈수록 많아지도록 내렸습니다. 로딩샘플을 만들면서도 확인하고 겔에 넣기 전에도 다시 확인하면서 로딩했는데 3번이나 결과가 이상합니다. Ratio 값이 1.9인 것과 1.8인 차이에 의해서 일어날 수 있는 일인가요? 5번째보다 6번째 well에 더 많은 양의 gDNA를 넣었는데 왜 5번째가 더 밝게 보일까요…
회원작성글 631  |  11.21
Q. TE buffer / elution buffer 차이
TE buffer가 salt가 더 낮으면서 EDTA가 들어가는걸로 알고 있는데 둘의 큰 차이가 어떤건지 알수있을까요? protocol에서 elution 또는 1xTE 보퍼를 넣으라고 하셔서요
회원작성글 학헉학도생  |  11.10
Q. 마크로젠에서 사용하는 purification kit 이름을 알 수 있을까요?
gel purification과 일반 purification에 사용하는 kit 정보요.
회원작성글 wwwqqww  |  11.02
Q. 토양샘플에서 total DNA 추출
토양샘플(흙)에서 total  DNA(bacteria, fungi) 추출 kit가 있을까요?
회원작성글 대박리이장  |  10.27
Q. RNaseA
DNA prep 중입니다. Plasmid prep kit 구매시 S1 버퍼에 RNaseA 가 따로 오면 모두 S1에 넣고 사용하는데요. 어떤 시약업체는 출고때 RNaseA를 S1버퍼에 넣어 보내오던데요. RNase를 실험할때마다 100ug/ml 로 필요한 양만큼만 S1 버퍼에넣어서 쓰는게 옳은건지, 버퍼에 모두 넣는게 맞는지요?
회원작성글 BBlue  |  10.19
Q. Gel extraction 수율 문제
안녕하세요   cloning을 진행중인 학생입니다.   제한효소 처리를 통해서 자르면 아래 처럼 선명하게 잘리고 양도 굉장히 많은데, gel extraction만 하면 수율이 굉장히 낮아집니다. 제가 사용하는 gel extraction kit 방법은 GM buffer를 넣고 50도에서 10분간 녹여준 다음 column에 넣고 13000rpm 1분 centri 이후 wash buffer 넣고 13000rpm 1분 centri 후 빈 column 한 번 더 13000rpm 1분 centri 하여 완전히 말려주기 빈 column에 elution buffer를 넣고 조금 기다렸다가 13000rpm 1분 centri 하는 것 입니다.   프로토콜 상에는 문제가 없는 것 같은데 혹 짐작 가는 원인이 있으신지 여쭙고 싶습니다.
회원작성글 수박고구마  |  10.18
Q. low copy plasmid prep
아래 질문을 하고 low copy일 수도 있다고 했는데,  Plasmid를 midi prep (preparation)을 하게 되면 일반 vector의 경우 400-600 ug/mL 농도가 나와서  Cell Transfection 할 때에 잘 사용하고 있어요.  그런데 사이즈가 큰 lentiviral vector (0.8~12kb)가 들어간 E.coli에서 plasmid를 prep 할 때에,  Elution 용액을 70도로 데워서 elution을 해도 30~100 ug/mL 농도가 나와요. 가~~~~끔 농도가 높게 나오기도 하는데, 이게 case by case 같이 유독 그 vector가 농도가 들쭉날쭉해서,  혹시 lentiviral vector plasmid prep 할 떄에 주의사항이나, 방법적으로 알고 있어야 하는 것이 있는지 궁금합니다.  판매사에서는 high copy라고 하지만, 해당 브랜드에서 구매한 것이  대다수 뽑힐 때에 문제가 있는 것으로 보아,  copy수가 높지 않다고 가정하고,  혹시 plasmid가 low copy일 때는 plasmid prep 과정에서  high copy보다 키우는 양을 대략 몇 배 준비해야 할까요?   보통 midi prep 에서는 전날 50 mL media 에 seed culture 해서  37 도에서 over night으로 키웠어요. 양을 4~5배 늘리면 될까요?   
회원작성글 clickclick  |  10.11
Q. 같은 길이의 DNA인데 전기영동된 거리가 다른 이유는 뭘까요? 첨부파일
모두 DNA길이 자체는 같은데 세번째 레인만 전기영동된 거리가 다르게 나왔어요 시료의 재료별 농도가 다르긴 했으나 DNA는 길이가 같았는데 왜 이렇게 길이가 다른 것처럼 나왔을까요?
회원작성글 별이총총  |  10.06
Q. g DNA의 rna 오염 확인 방법
초보 대학원생입니다. whole genome sequencing을 하려고 식물로부터 dna를 추출하였습니다. 업체에 qc를 맡겼는데, rna 오염되었다는 보고서를 받았습니다. 전기영동 결과로 rna 오염을 확인할수 있나요? 어떻게 rna 오염을 확인하나요? rnase a 처리를 했는데 rna가 오염되었다고 해서 원인을 분석하고 있습니다ㅠㅠ  
회원작성글 오르골  |  10.04
Q. lentiviral vector plasmid prep 할 때 주의할 점 문의
Plasmid를 midi prep (preparation)을 하게 되면 일반 vector의 경우 400-600 ug/mL 농도가 나와서  Cell Transfection 할 때에 잘 사용하고 있어요.    그런데 사이즈가 큰 lentiviral vector (0.8~12kb)가 들어간 E.coli에서 plasmid를 prep 할 때에,  Elution 용액을 70도로 데워서 elution을 해도 30~100 ug/mL 농도가 나와요. 가~~~~끔 농도가 높게 나오기도 하는데, 이게 case by case 같이 유독  그 vector가 농도가 들쭉날쭉해서,    혹시 lentiviral vector plasmid prep 할 떄에 주의사항이나,  방법적으로 알고 있어야 하는 것이 있는지 궁금합니다.   
회원작성글 clickclick  |  10.04
Q. 추출한 dna의 rna 오염 문제(다당류가 많은 식물 샘플)
초보 대학원생입니다.   식물로부터 ctab방법으로 dna를 추출하였고, 전기영동 결과 dna가 깨졌습니다. 그리고 qc 결과 rna 오염이 있었습니다.   제 궁금증은 아래와 같습니다. 1.냉장 보관된 rnase a를 사용하기전에 반드시 vortexing을 해야 하나요? 저는 하지 않았습니다. 모든 시약은 사용 전에 vortexing을 해야하나요? 가라앉은게 안보이면 시약의 농도가 균일한걸로 알고있었는데, 제가 잘못 알고 있는걸까요?   2.10mg/ml rnase a를 제조하였습니다. 시그마에서 rnase a 가루를 구매하여, 가루를 물에 녹였고, rnase를 제거하기 위해 고온에 끓이기도 했습니다. 그런데  rnase나 dnase가 오염되게 rnase a를 만들었던것일까요???   3.rna의 존재가 dna를 깨지게 하는데 영향을 미칠수도 있는건가요??   4.제가 사용하는 식물 샘플이 다당류가 많은편이여서, dna 추출시 끈적거리고, 마지막에 elution시 물을 넣으면 젤리를 형성합니다. 이런경우 rnase a 가 영향을 못끼치는 부분이 있어서 rna 오염 될수도 잇을까요?     실험 결과가 노력한만큼 투자한만큼 나오지 않아서 너무 힘듭니다.
회원작성글 오르골  |  10.03
Q. 식물 dna 분해되는 이유 첨부파일
초보 대학원생입니다. 실험이 참 어려워서 조언을 구합니다!!   ctab으로 식물 dna를 추출하였는데 전기영동 결과 사진처럼 dna가 degradation 되었습니다.   1. dna가 degradation 되는 원인에는 무엇이 있나요? dna 추출 과정중에 dna분해 효소에 오염이 된걸까요?   2. 25, 26, 28, 29번은 rna 오염되었다는데 전기영동 결과를 어떻게 해석해야 알수있는건가요? 
회원작성글 오르골  |  10.03
Q. BIONEER BST solution 역할관련 질문드립니다.
안녕하세요? Purification 과정 중 사용하는 BST solution 관련 질문이 있어서 글을 올리게 되었습니다. BIONEER에서 PCR/GEL purification kit나 Mini-prep kit 같은 키트들에 보면 BST solution이 추가된것 같은데 이게 무슨 역할인지 궁금합니다. MSDS보면 EtOH랑 NaOH가 포함되어있고, sample을 column에 transfer하기 전에 미리 BST solution을 column에 뿌리고 센트리한 다음에 sample을 transfer합니다.  Mini-prep의 경우 Lysis buffer에 NaOH가 들어있어서 이것과 비슷한 역할 인가 했으나 Mini-prep말고 다른 여러가지 column을 사용하는 실험에는 다 BST solution 관련 언급이 되어 있어서 역할을 잘 모르겠습니다.. 알려주시면 감사하겠습니다!
회원작성글 Hms  |  09.28
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