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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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Q. 시퀀싱에서 점돌연변이가...
시퀀싱보낸 plasmid서열에서 점돌연변를 발견했는데 CGG가 AGG로 바꼈습니다. 워블법칙덕분에 아미노산이 둘다 아르기닌으로 번역되는 걸로 확인해 운이 좋았지만, 이 plasmid안의 insert DNA는 codon optimization을 진행했던거라서 번역과정에서 영향이 있지는 않을까 걱정되는데..... 그냥 써도 되나요?
회원작성글 대학원생(진)  |  01.27
Q. NCBI에서 reference file 생성하기 첨부파일
NCBI를 이용하여 reference file을 생성하고 싶습니다. 해당 그림처럼 원하는 gene의 "intron & exon부위가 모두" cover 되도록 만드는 방법이 있을까요??
회원작성글 계란2  |  01.27
Q. sequencing 질문드립니다
ligation 후 마크로젠에 sequencing 을 맡겨 확인해 볼려고 하는데요. confirm pcr을 돌려 그 부분을 맡겨서 확인하는 거다 라는 것과 그냥 prep후 맡겨서 확인하는거다 라고 각각 선배들께서 알려주셨는데 차이가 있을까요?
회원작성글 분자생물학도  |  01.24
Q. Database에서 미생물의 whole genome sequence를 얻는 방법에 관해 질문이 있습니다.
안녕하세요, 이번에 Streptomyces의 한 strain (Streptomyces tendae DSM 40101)을 이용해 실험을 하려고합니다. 여기에 whole genome sequncing data가 필요해서 찾아보니 등재되어 있는 sequencing data는 여러개의 contigs로 이루어져 있네요. Seq. accession number 1932.11의 level은 wgs라고 되어있는데 fasta data를 받아서 열어보면 139개의 contigs로 이루어져있습니다. 이런 경우 whole genome sequence를 구할 수 있는 방법이 없을까요?? 여러분의 도움이 필요합니다 감사합니다.
회원작성글 BEpsh  |  01.19
Q. 시퀀싱 다들 어디에 맡기시나요
pcr product를 백터에 ligation했고 확실히 확인하기 위해 시퀀싱을 하려고합니다.   다들 어느회사에 시퀀싱을 맡기시나요?
회원작성글 대학원생(진)  |  01.19
Q. 동물 배설물에서 dna 분석을 통한 종 동정.. (메타바코딩, edna, dna 클로닝)
안녕하세요 전 생태전공 석사과정이고 동물의 배설물에서 나온 식물 종을 동정하며 어려움을 겪던 중 메타바코딩, edna, dna 클로닝 같은 방법들을 알게 되었습니다. 배설물이나 위내용물, 바닷물 한컵을 통째로 분석해서 거기있는 종을 다 알 수 있더라구요.   한 줄기 빛이 보이는 것 같아서 공부해보면서 위 방법들에도 많은 제약이 있다는걸 알게되었습니다. 크게 보면 데이터베이스의 부족, 마커선택, 프라이머의 제작이 큰 걸림돌인 것으로 이해했고 제 나름대로 해결책을 제시해봤는데 제가 잘 이해한건지, 비전공자인 제가 현실적으로 실현 가능한건지 궁금합니다.(실험기기나 분석비용은 지원이 가능합니다.)   1. 데이터베이스 : 제가 연구하는 동물은 초식동물이며, 식생조사를 통해 배설물에서 나올만한 먹이식물들의 계절별 출현종리스트(데이터베이스)를 만들어둔 상태입니다.   2.  마커선택 : 이 부분이 정말 어려운 것 같아요. 종간변이가 크면서, 종내변이는 작고 게놈상에서 동일 위치에 존재하는 마커가 이상적이라고 하는데 출현종 40종의 염기서열을 프로그램 돌려서 그런 마커를 찾을 수 있을까요? 안된다면 일반적으로 많이 쓰는 rbcL을 쓰면 어떨까 싶습니다.   3. 프라이머 제작 : 위에 출현한 종 40종을 강(class)수준으로 분류하면 유니버셜프라이머를 만드는건 어려울까요? 강은 8개정도 나올 것 같습니다.    어떤 조언과 충고, 질책 모두 감사히 받아들이겠습니다. 많이 가르쳐주세요.
회원작성글 Goodnighth..  |  01.16
Q. sanger sequencing 결과 해석/ 도움을 청합니다!!
제가 한 sanger 실험에서 결과가 다음과 같이 나와서 환자의 아빠가 친부가 아닐수도 있다고 생각했는데,, 교수님께서는 친부가 아니거나 mosaicism 때문이라고 하셨거든요.. 근데 mosaicism 때문에 저런 결과가 나올수 있다는게 이해가 안되어서 누가 어떻게 mosaicism 이면 저렇게 아빠에게 없는 T가 나올수 있는거죠? 차마 여쭤볼수 있는 분이 없어서 여쭙습니다 ㅠㅠ 환자나 엄마가 mosaicism 이라는 걸까요?   
회원작성글 jasmin06  |  01.16
Q. Flag tag gene 확인하는 법 알려주시면 감사하겠습니다!
안녕하세요 이번에 Flag tagging된 protein을 연구하고 있는데 실험실 내에 이미 만들어진 Flag X(protein) vector가 있더라구요 근데 Transfection 시 Flag도 안뜨고 Protein도 차이가 없어서 Vector에 문제가 있는지 sequencing을 하고 싶은데 (물론 Transfection의 문제가 있을 수 있음) Vector transformation 후 miniprep하여 protein에 관해서 sequencing을 요청했을 때, 맞는 결과를 얻었는데, 혹시 Flag를 sequencing 요청할 수 있나요?? 그렇다면 primer를 어떻게 짜야 할까요??
회원작성글 수끼리  |  01.12
Q. snapgene에서 squencing한 insert 합치는 방법
pGEM -T Easy vector에 insert 넣어서 cloning해서 sp6, T7으로 squencing했습니다.   그래서 파일을 받았는데 snapgene에서 vector랑 insert 부분을 연결해서 하나의 파일로 만드는 방법을 모르겠습니다.     squencing파일이랑 원본이랑 alignment해서 확인은 했는데 합치는 방법을 모르겠습니다. 혹시 어떻게 하는지 아시는분 계실까요??
회원작성글 근당근당  |  01.04
Q. biallelic mutation sequence 확인 방법
CRISPR-Cas9 을 통해 frame shift knockout 후 selection 과정을 거쳐 knockout single cell line 을 획득했는데요, 이 cell 의 genomic DNA 를 sanger sequencing 할 경우 Cas9 target site 에서 서로 다른 두 signal 이 중첩되어 나타납니다. 저는 해당 sequencing 결과를 보고 homologous chromosomes 에서 Cas9 에 의해 서로 다른 indel mutation, 그러니까 bialleleic mutation 이 나타난 것이라 추측했습니다.  이 경우 각 allele 의 sequence 를 각각 따로 확인하는 방법이 있을까요?
회원작성글 움가  |  2022.12.19
Q. NCBI에서 Primer를 처음 디자인해보는데 너무 막히고 있습니다. 도와주세요 첨부파일
    NCBI에서 Primer 디자인을 처음 도전해보는 초보 대학생입니다.  처음해보는 작업인지라 진도를 나갈때마다 바로바로 다음 단계에서 막혀버리고 마네요.   궁금한 거 질문드리겠습니다.   질문1)    Variant 1과, Variant 2 서열을 넣고 Blast 버튼을 눌렀더니 스샷처럼 두 부분으로 나뉘어 나옵니다. 왜 59 to 384랑 1 to 63으로 나누어져 나오는 것인가요? 이것이 의미하는 바가 뭔가요? 정말 너무 궁금합니다.   질문2)   스샷의 위쪽 부분을 보면 Query는 309로 시작을 하는데 Sbjct는 59로 시작을 합니다.  왜 각각 시작하는 번호가 다른건가요? 그리고 이것이 59 to 384와 관련이 있는건가요?   질문3)  Score 595 bits(322)는 뭐라고 해석을 해야할까요? Score와 Bits가 각각 무엇을 의미하는지 알아듣기 쉽게 설명해주셨으면 합니다.   질문4)  Variant 1, Variant 2, Variant3 이 3개의 공통부분서열을 찾아내는 이유가 뭘까요?          
회원작성글 ellagabalu..  |  2022.12.16
Q. PCR primer 짜려고 하는데 고수분들 도와주세요!
안녕하세요. PCR primer를 짜려고 하는데 방법을 잘 모르겠습니다. 많은 고수분들께서 계시다고 생각하고 primer짜는 방법을 여쭤보려고 합니다.  저는 primer3로 이미 어떤걸로 짤지는 선택해 놓은 상황인데 기초가 많이 부족하다보니 어떻게 해야할 지 정말 막막한 상황입니다. 잘 알고 계신 선배님들의 답변 기다리도록 하겠습니다.
회원작성글 bio1296  |  2022.12.11
Q. gDNA extraction Nano drop 및 전기영동
안녕하세요! 이번에 처음으로 gDNA extraction을 하게 되서 질문 드립니다ㅠ gDNA extraction을 CTAB으로 뽑아서 전기영동 및 나노드랍을 해보는데,   -CTAB 시 샘플 식물 잎 / RNase A / PCI / CI / 70% EtOH 사용   -전기영동 시 TAE buffer 50ml, 0.5g 아가로즈 젤 사용, 나노드랍에서 그래프는 아래 그림처럼 정상?으로 나왔는데 nucleic acid: 60, 80, 150 260/280:  거의 다 1.99 260/230:  2.59 2.45 대로 나왔습니다. 그리고 전기영동에서 밴드는 끌려서 내려오고 밑에 발광하는 물질이 있습니다. (사진 첨부 못하는 점 양해 부탁드립니다!) Q. NANO DROP 그래프는 정상인데 DNA 값이 작은 건 DNA 양이 원래 작은   건가요??(CTAB 프로토콜로 하면 원래 DNA 값이 많이 나와서 이게 맞는지    요.....) Q.전기영동에서는 깔끔한 밴드가 나와야 하는데 계속 밑에 발광하는 물질이 같이 나옵니다. 다른 분에게 물어보니 발광 물질이 RNA 같다고 하시는데... 실험 과정이 문제인지, 대체 어디서 잘못 되었는지 조언 부탁드립니다. 실험 완전 생초보라서 결과값이 이상할 때마다 힘드네요,,,,
회원작성글 4족보행  |  2022.12.07
Q. CE(capillary electrophoresis)는 시약이랑 기기 회사가 달라도 호환되나요?
CE(capillary electrophoresis)는 시약이랑 기기 회사가 달라도 호환되나요? 예를 들어 A사 sequencing 시약으로 준비하고 B사 CE 기기를 써도 dye 같은 게 호환이 되나요? 프로토콜 보면 자사 제품을 사용했다는 가정 하에 메뉴얼을 적었다고 해서 자사 dye만 호환되는지 여쭤보고 싶습니다.
회원작성글 땜빵  |  2022.11.15
Q. mtDNA whole genome 을 overlapping 시퀀싱 할때 product size질문
안녕하세요 mtNDA whole genome을 읽으려고 primer를 제작중에 있는데요,, overlapping 해서 50-150bp 가량 겹치게 만들 예정입니다. 다른 overlapping pcr 질문에는 1차 2차 3차 로 진행하는 방법이 있던데  저는 그냥 1차로 해서 바로 짧은 서열로 읽으려고 계획중에 있습니다    primer를 짜면서 궁금한게 두가지가 있어서 글 작성 해봅니다,. 1. primer의 3'부분 3개에만 변이가 없고 5'부분쪽에는 한두개 변이가 있어도 primer가 잘 작동하는지?  추가로 ccc나 ggg 이런 서열도 안된다고 하는데 이것도 조심해야하는건지..? 2. 지금 돌려야 하는 샘플 수가 많아서 product size를  최대한 길게 하고 primer 쌍을 줄이고 싶은데 다른 질문들에서 보니까 한 프라이머쌍으로 1~3kb까지도 오버랩핑 으로 충분히 읽는다고 본게 있는데 선임꼐서는 800~1kb만 해도 훌륭한거라고 하셔서 ㅠ 그래도 이왕이면 시간을 좀 줄이고자 1kb에서 1.5kb를 product size로 해도 서열을 다 읽을 수 있겠는지,,? 혹시나 실패하면 2-3주의 시간이 손실되기 떄문에,, 확실하게 읽을 수 있는 product size내에서 최대한의 길이를 한번에 얻고자,, 자문 구합니다  답변 해주시면 감사하겠습니다  
회원작성글 무웅먕  |  2022.11.06
Q. DNA sequencing 업체 추천 문의
M사에서 DNA 시퀀싱을 계속 했었는데, 계속 잘못된 결과가 나와 물어보니 1000bp 까지 보장을 한다는 답변을 들었습니다. 그래서 1000bp 이상도 시퀀싱을 할 수 있는 업체가 있을까해서 이렇게 물어봅니다.
회원작성글 도솔이89  |  2022.11.05
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중고등학생의 과학실험주제나 방법 및 숙제에 대한 질문 자제 요청
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세오 연재중실전 실험 프로토콜 101
세오 (필명) (Cincinnati Children’s Hospital Medical Center)
곽민준 연재중랩노트
곽민준 (POSTECH 생명과학과)
신코 연재중분석장비 이야기
분석장비 탐험가 (필명) ((주)신코)
박은총 연재마감후배에게 주고 싶은 면역학 노트
박은총(Duke University)
Mr.S 연재마감의학계의 Spectaculum: 임상시험
Mr. S (필명) (연세대학교)
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