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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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Q. CE(capillary electrophoresis)는 시약이랑 기기 회사가 달라도 호환되나요?
CE(capillary electrophoresis)는 시약이랑 기기 회사가 달라도 호환되나요? 예를 들어 A사 sequencing 시약으로 준비하고 B사 CE 기기를 써도 dye 같은 게 호환이 되나요? 프로토콜 보면 자사 제품을 사용했다는 가정 하에 메뉴얼을 적었다고 해서 자사 dye만 호환되는지 여쭤보고 싶습니다.
회원작성글 땜빵  |  11.15
Q. mtDNA whole genome 을 overlapping 시퀀싱 할때 product size질문
안녕하세요 mtNDA whole genome을 읽으려고 primer를 제작중에 있는데요,, overlapping 해서 50-150bp 가량 겹치게 만들 예정입니다. 다른 overlapping pcr 질문에는 1차 2차 3차 로 진행하는 방법이 있던데  저는 그냥 1차로 해서 바로 짧은 서열로 읽으려고 계획중에 있습니다    primer를 짜면서 궁금한게 두가지가 있어서 글 작성 해봅니다,. 1. primer의 3'부분 3개에만 변이가 없고 5'부분쪽에는 한두개 변이가 있어도 primer가 잘 작동하는지?  추가로 ccc나 ggg 이런 서열도 안된다고 하는데 이것도 조심해야하는건지..? 2. 지금 돌려야 하는 샘플 수가 많아서 product size를  최대한 길게 하고 primer 쌍을 줄이고 싶은데 다른 질문들에서 보니까 한 프라이머쌍으로 1~3kb까지도 오버랩핑 으로 충분히 읽는다고 본게 있는데 선임꼐서는 800~1kb만 해도 훌륭한거라고 하셔서 ㅠ 그래도 이왕이면 시간을 좀 줄이고자 1kb에서 1.5kb를 product size로 해도 서열을 다 읽을 수 있겠는지,,? 혹시나 실패하면 2-3주의 시간이 손실되기 떄문에,, 확실하게 읽을 수 있는 product size내에서 최대한의 길이를 한번에 얻고자,, 자문 구합니다  답변 해주시면 감사하겠습니다  
회원작성글 무웅먕  |  11.06
Q. DNA sequencing 업체 추천 문의
M사에서 DNA 시퀀싱을 계속 했었는데, 계속 잘못된 결과가 나와 물어보니 1000bp 까지 보장을 한다는 답변을 들었습니다. 그래서 1000bp 이상도 시퀀싱을 할 수 있는 업체가 있을까해서 이렇게 물어봅니다.
회원작성글 도솔이89  |  11.05
Q. sequencing이 잘 되지 않는 이유를 알고 싶습니다.
안녕하세요, 현재 석사진행중인 학생입니다..   현재 target gene의 primer를 design하여 PCR후 전기영동한 결과 원하는 size의 target band가 one band로 확인되었습니다.   기타 dimer나 밴드끌림현상도 없었고, purification, Big-dye PCR, sequencing까지 진행했는데, 중간부분부터 mixed한 양상이 보이더라구요.   같은 sample을 농도만 바꿔 여러번 진행했는데, mixed한 결과를 보이는 well에서는 Forward, Reverse 모두 보이고, 또 깔끔하게 보이는 샘플은 Forward, Reverse 모두 깔끔한 결과로 나왔습니다.   염기서열도 원하는 gene으로 확인 되었구요..   sample이 문제라면 전부 동일한 양상으로 mixed한 결과가, 또 primer의 문제라면 한방향에서는 잘 나와야 하지 않나 싶어서 여쭈어봅니다.   고견 부탁드립니다..
회원작성글 jleep  |  10.17
Q. plasmid DNA, gDNA sequencing
가끔 어떨때는 cloning한 colony를 mini prep 후 sequencing을 보낼때가 있고, gDNA를 sequencing을 보낼때가 있던데 이 둘의 차이를 알수있을까요?
회원작성글 학헉학도생  |  10.12
Q. 돌연변이 유도 실험관련 조언 부탁드립니다
Zebrafish( Danio rerio)에 있어서 돌연변이 유도 화학물질이라고 생각되는 물질 "X"를 zebrafish에 처리해서 돌연변이를 유도시킬 계획입니다. 실험계획을 짜고있는데 돌연변이 실험 관련해서 조언을 구할 수 있는 곳이 없어 부득이하게 BRIC 고수분들께 질문올립니다.   실험계획 1. gDNA extraction by finclip (물질 "X" 처리 전) =a   2. 물질 "X" 처리, (Control group은 미처리)   3. gDNA extraction by finclip (물질 "X" 처리 후) =b   4. a, b + 선별된 target gene 1,2,3,4,5 primer + SYBR Green mix  realtimePCR->melting curve 확인   5. a, b 에서 같은 target gene의 melting curve가 달라졌다면 돌연변이 유도가 일어났다고 판단 (Control group이 달라졌을 경우 troubleshooting 후 재실험)   과정중에 어떤 부분이 미흡한지 지적 부탁드립니다. 추가적으로 더 나은 실험법이 있다면 공유부탁드립니다!
회원작성글 IGF  |  09.30
Q. 미지 미생물 동정 (dna sequencing 의뢰)에 앞서..
미지의 미생물을 채취하여 배양한 뒤 시퀀싱을 의뢰해서 동정하는 실험을 진행하고 싶습니다. 의뢰하려는 기업은 cosmogentech을 생각하고 있습니다.   제가 미생물을 채취한 뒤 순수분리 해서 의뢰를 드리면 시퀀스 분석을 해주시는 건가요? 분석을 맡기기에 앞서 제가 실험실에서 해야 하는 작업이 어떤 것들이 있는지 궁금합니다. PCR을 진행해야 하나요? 비용은 어느정도 되는지 궁금합니다. 감사합니다 ㅠㅠ
회원작성글 신민성의용암수  |  09.28
Q. NGS targeted sequence분석을 하는 기업이 있을까요?
DNA target sequence를 진행하고 싶은데 해당분석을 의뢰할 곳이 마땅치 않아 혹시 NGS sequence를 의뢰할 수 있는 곳이 있을까요?? 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 조재일  |  09.24
Q. sequencing 잘못된 이유 알고싶습니다 첨부파일
방선균 pcr 후 밴드까지 확인했는데 sequencing 결과가 이렇습니다ㅠㅠ 샘플에 두 종 이상의 colony가 섞여있어 그런걸까요??
회원작성글 새보  |  09.21
Q. 16S rRNA가 선형으로 존재할 경우/다수 존재할 경우
sequencing 이 잘 되지 않는 이유가 무엇일까요?
회원작성글 새보  |  09.21
Q. Oligomer sequence 길이
안녕하세요 실험 새내기 입니다. 서치를 해보다가 잘 모르겠어서 여기에 도움을 요청드립니다. Oligomer 를 Probe, Primer 와 함께 제작해서 Probe test 를 해보려고 하는데요.  Probe 이나 Primer 는 제작하는 조건, 기준 다 나와있는데 Oligomer 는 그런 기준이 안나와 있어서요.. Mutation 이 포함된 Oligomer 를 제작할때 길이를 얼만큼 하나요..? 해당 변이 앞 뒤로 얼만큼 끊으면 되는건가요?? 혹시 고려해야하는 조건들도 있을까요?  도움주시면 감사하겠습니다 ㅠㅠ..
회원작성글 초초초초초보  |  08.30
Q. Sequence 짜는 방법
안녕하세요 plasma를 업체에 분석을 맡겨서 나온 mutation들 중 하나의mutation에 detect 할 수 있는 primer 와 probe 을 제작해서 ddPCR을 하고자 합니다. 제가 대학원 입학 예정인 새내기고 DNA관련해서 처음 해봐서 지식도 없고 찾아봐도 더 혼란스러워 져서 결국 여쭤보게 되었습니다... 해당 mutation의 sequence 를 알아야 제작할 수 있을 것 같아서요. 업체에서 준 mutation 정보 genotype : C/CA ref:C observed allele:CA gene:TP53 Location: TP53:exonic:NM_000546.5 amino acid change: p.Q331fs exon:9 transcript:NM_000546.5 coding: c.992_993insT dbSNP:rs11575996 1. 저는 TP53 gene 에 992번에서 993번 사이 코드에 T가 추가되서 ref는 C 인데 CA로 된 변이가 발견된거라고 이해했는데 맞을까요? 2. NCBI 에 들어가서 TP53 gene 의 sequence 를 찾았고 9번 exon 서열까지 찾았는데요. 그 서열들 중에서 해당 변이가 일어난 부분이 어딘지 모르겠어요 3. coding: c.992_993insT인데 TP53의 exon9 의 CDS range 가 7,673,535-7,673,608 입니다.. 이 c.992_993 부분이 어디인지, CDS range 랑 다른거겠죠,,? 4. NCBI TP53 FASTA를 보면, 왼쪽에 숫자들이 밑으로 나열되있고 1, 101,201... 이렇게 계속 나열되있고 오른쪽으로 catg이런식으로 염기들이 나열되어 있습니다. c.992_993 이 부분을 혹시 이 왼쪽에 숫자들을 보고 찾으면 되는걸까요? 5. sequece를 어디부분부터 어디까지 짜야하는지, 길이를 몇 bp까지 짜야하는지 기준이 있는지 알려주실 수 있을까요..? 너무 어렵습니다..ㅠㅠ 도와주시면 감사하겠습니다..
회원작성글 초초초초초보  |  08.29
Q. NCBI 시퀀스 library 5P, 3P 관련 문의
안녕하세요. 대학원에서 barcoding에 대해 공부하고 있는 대학원생입니다. 현재 어떤 종에 대한 sequence를 모두 내려받아 제 데이터와 비교하는 작업을 하고 있는데요... 관련 학부 전공자가 아니라 이것저것 공부하고는 있지만 많이 부족한 상태입니다. 다음은 NCBI 데이터 예시입니다. 1. ABCDEF1234-22|Genus species|COI-5P|XX123456 ACTCTTTA~ 2. GHIJKLM5678-23|Genus species|COI-3P|XX123457 TTAAAAGA~ 2번 시퀀스의 경우는 reverse를 하여 1번과 alignment를 해 보는게 맞을지요? MEGA에서 자동 alignment를 돌리니 너무 다르게 나오더군요. 혹 석학분들께서 공부한 키워드나 서적 또는 사이트를 추천해 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 공공고공  |  08.25
Q. 만성 골수성 백혈병 관련 질문입니다!
바보같은 질문 일 수 있는데, 전좌되는 부분이 염기서열이 있는 부분인가요? 제가 하고 싶은 건 알고리즘을 이용해서 정상 22번 bcr 유전자, 정상 9번 abl 유전자, 그리고 전좌가 일어난 필라델피아 염색체의 유전자(만성 골수성 백혈병을 일으키는) 이렇게 3개의 염기서열을 비교한 후 염기 서열이 달라진 부분을 찾아내고 싶은데, 혹시 가능한 실험일까요? NCBI에서 관련 정보를 찾던 중 아래와 같은 정보를 발견해서 헷갈립니다.. "필라델피아의 bcr(중단점 클러스터 영역) 유전자에 대한 인간 mRNA 염색체" 라는 제목인 글인데, " bcr은 9:22 염색체의 중단점 클러스터 영역입니다. 만성과 관련된 전좌(필라델피아 염색체)골수성 백혈병. 재배열되지 않은 염색체 영역은 최소 13개의 엑손이 존재하는 약 45kb. 모든 중단점 지금까지 연구된 것은 인트론 서열 내에서 발생합니다." 라고 써있어서요. 물론 제가 하고자 하는 실험은 DNA 염기서열이긴 한데, mRNA에서 인트론 서열 내에서 발생한다는 말이 걸려서 질문드립니다. 만약 전좌가 일어난 부위가 염기서열이 없는 그냥 염색체의 일부분이라면 위 실험이 불가능해 져서요...잘 아시는분 답변 부탁드립니다!
회원작성글 고닥생  |  08.22
Q. 특정 관심 유전자에서 보고된 SNP를 검색할 수 있는 database
안녕하세요 초짜 대학원생입니다... 환자의 혈액샘플을 가지고 특정 유전자 (관심 유전자가 세 개 있습니다)에 대한 SNP를 확인해보려고 합니다.  그래서 이 유전자들에서 보고된 질병 연관 SNP list를 쭉 확보하려고 하는데, 사전 논문 서치보다 더 효과적인 방법이 있을까요? dbSNP (NIH)를 이용할 수 있다고 하는데, gene 하나만 검색해도 수천개가 떠서, 너무 드물지 않고 (MAF) benign하지 않은 것들을 추리고 싶습니다.  고수님들 조언 부탁드려요!  
회원작성글 뉴로민  |  08.19
Q. 시퀀싱 주문 실수
석사 한학기차 신입 대학원생입니다. 시퀀싱을 보내는데 Pcr product와 프라이머를 동봉하여 보냈습니다 Basic seq이었고 샘플 농도와 프라이머 또한 넉넉하게 보냈습니다 그런데 결과를 확인 했는데 평소 보던 결과와 달라 확인해 보니... 샘플 종류를 pcr product 가 아닌 plasmid로 선택 하여 주문을 했더군요.. 이럴 경우 시퀀싱을 다시 보내야 하는 거겠죠.. 처음엔 샘플 농도가 너무 낮아서 그런거라는 생각이 들었는데 다시 확인해보니 아니더군요.. Pcr product의 경우 결과 확인할때 snap gene 에서 보면 forward, reverse 시작점이 정해져 있는데 그게 아닌 결과가 나와서... Plasmid seq은 보내 본적도 없어서 어떻게 봐야 할지 모르겠습니다.. 혹시 이 경우 law 데이터에서 시작점 설정을 다시 하면 데이터를 볼수 있을까요.. 혹시 이런 경험이 있으신 분이 있는지..ㅠㅠ 다시 시퀀싱을 보내는 방법 밖에 없는지 어떻게 해야 하는지 모르겠습니다..ㅠㅠ
회원작성글 Ehqtf  |  08.13
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