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BioLab 이은열 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Sequencing
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Q. NGS targeted sequence분석을 하는 기업이 있을까요?
DNA target sequence를 진행하고 싶은데 해당분석을 의뢰할 곳이 마땅치 않아 혹시 NGS sequence를 의뢰할 수 있는 곳이 있을까요?? 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 조재일  |  09.24
Q. sequencing 잘못된 이유 알고싶습니다 첨부파일
방선균 pcr 후 밴드까지 확인했는데 sequencing 결과가 이렇습니다ㅠㅠ 샘플에 두 종 이상의 colony가 섞여있어 그런걸까요??
회원작성글 새보  |  09.21
Q. 16S rRNA가 선형으로 존재할 경우/다수 존재할 경우
sequencing 이 잘 되지 않는 이유가 무엇일까요?
회원작성글 새보  |  09.21
Q. Oligomer sequence 길이
안녕하세요 실험 새내기 입니다. 서치를 해보다가 잘 모르겠어서 여기에 도움을 요청드립니다. Oligomer 를 Probe, Primer 와 함께 제작해서 Probe test 를 해보려고 하는데요.  Probe 이나 Primer 는 제작하는 조건, 기준 다 나와있는데 Oligomer 는 그런 기준이 안나와 있어서요.. Mutation 이 포함된 Oligomer 를 제작할때 길이를 얼만큼 하나요..? 해당 변이 앞 뒤로 얼만큼 끊으면 되는건가요?? 혹시 고려해야하는 조건들도 있을까요?  도움주시면 감사하겠습니다 ㅠㅠ..
회원작성글 초초초초초보  |  08.30
Q. Sequence 짜는 방법
안녕하세요 plasma를 업체에 분석을 맡겨서 나온 mutation들 중 하나의mutation에 detect 할 수 있는 primer 와 probe 을 제작해서 ddPCR을 하고자 합니다. 제가 대학원 입학 예정인 새내기고 DNA관련해서 처음 해봐서 지식도 없고 찾아봐도 더 혼란스러워 져서 결국 여쭤보게 되었습니다... 해당 mutation의 sequence 를 알아야 제작할 수 있을 것 같아서요. 업체에서 준 mutation 정보 genotype : C/CA ref:C observed allele:CA gene:TP53 Location: TP53:exonic:NM_000546.5 amino acid change: p.Q331fs exon:9 transcript:NM_000546.5 coding: c.992_993insT dbSNP:rs11575996 1. 저는 TP53 gene 에 992번에서 993번 사이 코드에 T가 추가되서 ref는 C 인데 CA로 된 변이가 발견된거라고 이해했는데 맞을까요? 2. NCBI 에 들어가서 TP53 gene 의 sequence 를 찾았고 9번 exon 서열까지 찾았는데요. 그 서열들 중에서 해당 변이가 일어난 부분이 어딘지 모르겠어요 3. coding: c.992_993insT인데 TP53의 exon9 의 CDS range 가 7,673,535-7,673,608 입니다.. 이 c.992_993 부분이 어디인지, CDS range 랑 다른거겠죠,,? 4. NCBI TP53 FASTA를 보면, 왼쪽에 숫자들이 밑으로 나열되있고 1, 101,201... 이렇게 계속 나열되있고 오른쪽으로 catg이런식으로 염기들이 나열되어 있습니다. c.992_993 이 부분을 혹시 이 왼쪽에 숫자들을 보고 찾으면 되는걸까요? 5. sequece를 어디부분부터 어디까지 짜야하는지, 길이를 몇 bp까지 짜야하는지 기준이 있는지 알려주실 수 있을까요..? 너무 어렵습니다..ㅠㅠ 도와주시면 감사하겠습니다..
회원작성글 초초초초초보  |  08.29
Q. NCBI 시퀀스 library 5P, 3P 관련 문의
안녕하세요. 대학원에서 barcoding에 대해 공부하고 있는 대학원생입니다. 현재 어떤 종에 대한 sequence를 모두 내려받아 제 데이터와 비교하는 작업을 하고 있는데요... 관련 학부 전공자가 아니라 이것저것 공부하고는 있지만 많이 부족한 상태입니다. 다음은 NCBI 데이터 예시입니다. 1. ABCDEF1234-22|Genus species|COI-5P|XX123456 ACTCTTTA~ 2. GHIJKLM5678-23|Genus species|COI-3P|XX123457 TTAAAAGA~ 2번 시퀀스의 경우는 reverse를 하여 1번과 alignment를 해 보는게 맞을지요? MEGA에서 자동 alignment를 돌리니 너무 다르게 나오더군요. 혹 석학분들께서 공부한 키워드나 서적 또는 사이트를 추천해 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 공공고공  |  08.25
Q. 만성 골수성 백혈병 관련 질문입니다!
바보같은 질문 일 수 있는데, 전좌되는 부분이 염기서열이 있는 부분인가요? 제가 하고 싶은 건 알고리즘을 이용해서 정상 22번 bcr 유전자, 정상 9번 abl 유전자, 그리고 전좌가 일어난 필라델피아 염색체의 유전자(만성 골수성 백혈병을 일으키는) 이렇게 3개의 염기서열을 비교한 후 염기 서열이 달라진 부분을 찾아내고 싶은데, 혹시 가능한 실험일까요? NCBI에서 관련 정보를 찾던 중 아래와 같은 정보를 발견해서 헷갈립니다.. "필라델피아의 bcr(중단점 클러스터 영역) 유전자에 대한 인간 mRNA 염색체" 라는 제목인 글인데, " bcr은 9:22 염색체의 중단점 클러스터 영역입니다. 만성과 관련된 전좌(필라델피아 염색체)골수성 백혈병. 재배열되지 않은 염색체 영역은 최소 13개의 엑손이 존재하는 약 45kb. 모든 중단점 지금까지 연구된 것은 인트론 서열 내에서 발생합니다." 라고 써있어서요. 물론 제가 하고자 하는 실험은 DNA 염기서열이긴 한데, mRNA에서 인트론 서열 내에서 발생한다는 말이 걸려서 질문드립니다. 만약 전좌가 일어난 부위가 염기서열이 없는 그냥 염색체의 일부분이라면 위 실험이 불가능해 져서요...잘 아시는분 답변 부탁드립니다!
회원작성글 고닥생  |  08.22
Q. 특정 관심 유전자에서 보고된 SNP를 검색할 수 있는 database
안녕하세요 초짜 대학원생입니다... 환자의 혈액샘플을 가지고 특정 유전자 (관심 유전자가 세 개 있습니다)에 대한 SNP를 확인해보려고 합니다.  그래서 이 유전자들에서 보고된 질병 연관 SNP list를 쭉 확보하려고 하는데, 사전 논문 서치보다 더 효과적인 방법이 있을까요? dbSNP (NIH)를 이용할 수 있다고 하는데, gene 하나만 검색해도 수천개가 떠서, 너무 드물지 않고 (MAF) benign하지 않은 것들을 추리고 싶습니다.  고수님들 조언 부탁드려요!  
회원작성글 뉴로민  |  08.19
Q. 시퀀싱 주문 실수
석사 한학기차 신입 대학원생입니다. 시퀀싱을 보내는데 Pcr product와 프라이머를 동봉하여 보냈습니다 Basic seq이었고 샘플 농도와 프라이머 또한 넉넉하게 보냈습니다 그런데 결과를 확인 했는데 평소 보던 결과와 달라 확인해 보니... 샘플 종류를 pcr product 가 아닌 plasmid로 선택 하여 주문을 했더군요.. 이럴 경우 시퀀싱을 다시 보내야 하는 거겠죠.. 처음엔 샘플 농도가 너무 낮아서 그런거라는 생각이 들었는데 다시 확인해보니 아니더군요.. Pcr product의 경우 결과 확인할때 snap gene 에서 보면 forward, reverse 시작점이 정해져 있는데 그게 아닌 결과가 나와서... Plasmid seq은 보내 본적도 없어서 어떻게 봐야 할지 모르겠습니다.. 혹시 이 경우 law 데이터에서 시작점 설정을 다시 하면 데이터를 볼수 있을까요.. 혹시 이런 경험이 있으신 분이 있는지..ㅠㅠ 다시 시퀀싱을 보내는 방법 밖에 없는지 어떻게 해야 하는지 모르겠습니다..ㅠㅠ
회원작성글 Ehqtf  |  08.13
Q. 시퀀싱 일치도 및 논문에 넣을 때 질문
세균 감염 시료 2개를 타켓 primer를 이용하여 PCR하였는데, 1개시료는 정상위치에 나왔고, 다른 시료는 정상위치에서 2개로 나뉘어진 밴드가 나왔습니다.  PCR이 제대로 된 것인지, 타켓세균인지 확인하고자 시퀀싱을 맡겨서 blast로 확인해 보니 일치도가 둘다 98%, 97% 이렇게 나오네요.  1. 일치도 97, 98%면 동일 세균이라 볼 수 있을까요?  2. blast 로 시퀀싱 확인할때, forward primer 결과와 reward primer 결과를 각각 따로 확인하는 방법 밖에 없나요? 이를 논문에 넣을 때는 둘 중 한 가지 결과만 넣으면 되는 것인지 궁금합니다.    시퀀싱 data를 처음 핸들링 하다보니 모르는 게 많습니다. 고수님들 가르쳐 주십시오.
회원작성글 스칼렛  |  08.02
Q. NGS sequencing 에서 read 수
선배님들 제가 sequencing을 맡겼는데요.   해당 업체에서 read가 3백만개라니 5백만개라니 1천만개라니 이런 이야기가 나오는데, 충분히 신뢰성있는 data를 얻기 위해서는 몇 개의 read수가 필요할까요?   저의 sequence의 길이는 약 100bp이며, 다양한 sequence들이 섞여있습니다.
회원작성글 와우내  |  07.25
Q. 코로나 스파이크 단백질 염기서열
코로나 바이러스(표준형)의 스파이크 단백질의 염기서열에 대해 알고싶은데 어디에서 구할 수 있나요? 아무리 찾아도 안 나와서요
회원작성글 시원한쥬스  |  07.22
Q. Human genome sequencing 관련 질문합니다.
시퀀싱에 대해 관심을 가지고 공부를 해보던 중 궁금한 점이 있어 질문을 드립니다. Whole Genome Sequencing으로 약 3 Gb에 달하는 인간의 유전자도 분석해주고 있다고 알고 있습니다. 이 때 생식세포가 아닌 체세포에서는 염색체가 diploid로 존재하며 총 6 Gb의 genome이 있고, 한 유전자에 대해 쌍으로 대립유전자가 존재할텐데, sequencing 결과는 어떻게 3 Gb의 haploid 형태(?)로 나오는 것일까요? 지식이 부족하여 검색해도 잘 찾지 못하겠습니다. 고견 부탁드립니다. 감사합니다.
회원작성글 deepce  |  07.13
Q. MEGA11 분석 범주
안녕하세요 몇 가지 샘플에서 WES(whole exome seq.)을 하여 비교 분석한 뒤 한 가지 샘플에만 있는 exon 을 찾고자 하는데 MEGA11으로도 가능한 분석인가요??
회원작성글 별헤는밥  |  07.06
Q. specific exon analyze
몇 가지 샘플에서 exon을 시퀀싱해서 한 가지 샘플에서만 존재하는 exon을 찾고자하는데 시퀀싱 이후 어떤 비교 분석 또는 프로그램을 해야할까요? 처음 접하는 분야라서 아는 것이 많이 없습니다ㅠㅠ 말씀하시기 편하신대로 설명주시면 관련 내용 따로 공부하면서라고 이해하도록 하겠습니다.ㅠㅠ
회원작성글 별헤는밥  |  07.05
Q. NGS 비교분석(WES) 고수님들 도와주세요ㅠ
Whole exome seq.을 하여 샘플 간의 서로 다른 exon이 있는지 비교분석하려 합니다. 마크로젠에 문의해보니 기본 분석으로 snp, indel에 대한 정보를 받을 수 있고 부가세를 더 내서 목적에 맞게 비교분석이 가능하다는데 혹시 기본분석으로 파일을 받고 프로그램으로 비교 분석이 가능한가요? 혹시 기본분석된 파일이 아닌 Raw data(PASTA Q파일)을 받아서 해야하나요? NGS에 대해 아는것이 너무 없고 처음 다뤄보는 작업이라 도움이 필요합니다ㅠㅠ 감사합니다.
회원작성글 별헤는밥  |  07.04
Q. sequencing 결과해석 관련
  Sanger sequencing 결과고 geneious 사용중입니다.   파란색 바탕이 quality입니다.   1306bp 쪽을 보면 quality는 낮음에도 불구하고 Peak는 잘 나온것을 볼 수 있는데,   왜 이런 결과가 나온것인지 궁금하고 저대로 서열정보를 써도 될까요..
회원작성글 wwwqqww  |  06.25
Q. DNA barcode 실험을 하는데 BLAST search 과정에서 궁금하게 있습니다. 고수님들 알려주세요ㅠㅠ 첨부파일
현재 곤충을 가지고 DNA barcode 실험을 통해 종을 동정하고 있는데, 그 과정에서 NCBI와 BOLD systems를 가지고 BLAST search를 진행하는데 궁금한게 많습니다. 1. NCBI에서 BLAST search를 진행했을 때 맨 위 항목이 제일 유사하게 나온 결과라고 배웠는데 그렇게 보는게 맞나요? 아니면 여러 값(Max score, Total score, Query coverage, E value, Max ident) 중에 어떤 값을 우선으로 두고 결과를 봐야하나요? (처음엔 Max score가 높은순으로 나옴) 2. NCBI BLAST에서 per.ident가 해당 서열과의 유사도고 이게 높을수록 유사한 종이라고 판단했었는데, BLAST 시 per.ident가 높은게 낮게 배치됩니다. 이럴 경우 뭐가 더 유사한 종이라고 판별해야하나요? (사진 첨부)  3. BOLD에서는 원래 생각했던 종과 100% 또는 거의 100% 일치율로 제일 위에 나오는데 NCBI에서는 나오지 않는 이유는 무엇인가요? 4. 3번의 경우처럼 서로 결과가 다른 경우 뭘 우선으로 봐야하고, 한쪽에 100%가 나왔으면 그 종으로 판단해도 괜찮을까요?
회원작성글 KJS1  |  06.22
Q. sequencing depth (coverge)를 알수 있는 방법이 ngs 밖에 없나요?
안녕하세요. 바이러스 배양액에서 특정 위치의 염기 빈도를 확인해야 하는데요 .. NGS시에 sequencing depth를 확인해야 되나 싶지만.. 현재 ngs까지 할 수 있는 상황은 아닙니다..  일반적으로 NGS외에 특정 염기의 빈도를 확인할 수 있는 다른 방법이 있나요? 단순하게 클로닝 후에 콜로니 여러개를 따서 각각 시퀀싱 해볼까도 생각했지만; 통계적으로 유의미한 숫자를 얻기에는 너무 비효율적인 것 같구요.. 고견 부탁드립니다.  
회원작성글 멜롯  |  06.22
Q. 시퀀싱 결과 해석을 어떻게 해야 하나요? 첨부파일
학교에서 연구를 수행하고 있는 학생입니다. 맥문동이라는 식물을 사용하는데 맥문동이 다양한 종류가 있다고 해서 정확히 어떤 것인지 알기 위해 DNA를 뽑았고, 나노드롭도 해보고 PCR까지 해서 시퀀싱을 보냈습니다. 결과가 왔는데 이 결과지를 가지고 어떻게 해석해야 하는지, 어떻게 해야 이 식물이 어떤 종인지를 알 수 있는지를 아예 모르겠습니다.. 인터넷에 찾아보고 해도 잘 모르겠어서 질문 드립니다.  첨부파일로 받은 결과지 첨부합니다. 친절한 설명 해주시면 정말 감사히 받겠습니다..
회원작성글 8179707  |  06.12
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