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BioLab 박소정 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA
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Q. 10X TBE Buffer 침전물
10X TBE Buffer(DNA agarose gel run용) 가루가 많이 침전되어 있어요. 녹일 수 있는 방법이있나요? 녹여 사용해도 될까요?
회원작성글 BBlue  |  12.06
Q. EZ-Pure™ Plasmid Prep Kit. Ver. 2, EZ-Pure™ Gel Extraction Kit. Ver. 2 실험 질문
제가 실험 수업에서 아가로스 겔 전기영동 하고 EZ-Pure™ Plasmid Prep Kit. Ver. 2,  EZ-Pure™ Gel Extraction Kit. Ver. 2 가지고 실험 했는데 교수님이 그냥 다짜고쩌 실험 보여주고 다른 학생들에게 가려서 실험 과정은 보지도 못하고 생각없이 받아적기만 하고 실험했더니 결과도 잘 안나와서 근본적인 실험 목적과 제대로 실험 했을 때의 결과를 모르겠네요... 도와주시면 감사하겠습니다. 
회원작성글 gerjoi  |  12.06
Q. FAM probe 형광 발현 문제,,,,
안녕하세요, 제가 하다하다 안돼서 이곳에 글을 남깁니다. 제가 얼마전부터 NTC 샘플에서 계속 형광이 증가가 되는 문제가 발생하고 있는데요, 처음에는 오염인줄 알고 시약도 다 새로 주문을 해서 실험을 계속 하고 있는데 여전히!!! NTC 샘플에서 형광이 선형적 증가을 하고 있습니다. 혹시나 해서 gel도 내려봤는데 당연히!!!! amplicon은 보이지 않고요,,,, Probe에 손상이 갔나해서 새로 주문을 하고 별짓을 다해도 계속 이런 문제가 발생하네요,,,, 사용하고 있는 Probe는 FAM-TAMRA 입니다,,,, 도대체 왜 그런지 작은 힌트라도 좋으니,,,PCR 고수님들 tip좀 주세요~~~~  
회원작성글 할까말까해  |  12.05
Q. 혈장 농축 방법 문의
안녕하세요. 혈장 내 존재하는 ctDNA를 이용하여 진단을 하려고 합니다. 전혈을 이용하여 혈장을 분리하는데, ctDNA 추출 제품에서 혈장을 사용할 수 있는양이 6cc로 한계가 있습니다. 전혈에서 혈장을 농축할 수 있는 방법이 있나요? (10cc 이상의 혈장을 농축하여 ctDNA를 추출하고자 합니다.)   좋은 방법이 있으시면, 답변 부탁 드리겠습니다. 감사합니다.
회원작성글 TSReQM  |  12.05
Q. mtDNA 추출
안녕하세요.  cell에서 mtDNA를 추출해 qPCR을 하려고 합니다. 사용 kit 는 DNeasy blood & tissue (qiagen) 사용 예정입니다. 제가 궁금한 것은 미토콘드리아 DNA 추출 키트를 사용하지 않더라도 추출이 가능할지가 궁금합니다. 혹시 사용해보신분들 계신지 여쭤보고 싶습니다.
회원작성글 똑똑해지자  |  12.05
Q. cloning 질문
밑에분 질문에 저 또한 궁금한점이 생겨 질문드립니다.   insert DNA를 얻기 위해 PCR을 진행하는데 PCR 진행시 Primer에 Restriction enzyme site를 붙여 진행한다고 알고있습니다. 준비한 insert와 vector는 Restriction enzyme 가 동일해야되는걸로 알고있는데요 insert DNA에 vector에 cloning할 곳의 제한효소가 없다면, 그냥 insert DNA 에 제한효소 site를 넣은 primer로 PCR을 진행하여 insert를 얻으면 되는건가요?    
회원작성글 분자생물학도  |  12.05
Q. cloning 질문드립니다.
안녕하세요 이번에 cloning을 처음하게 되는 학부생입니다. insert DNA, vector를 얻어야되는것부터 시작하게 되었는데요 insert를 pcr을 통해서 얻은 다음 vector와 제한효소 처리 후 ligase를 통해 합쳐진다는 원리는 알겠습니다. 우선 insert를 얻기 위해 insert가 들어있는 vecotr에서 제한효소로 cut한 다음 PCR을 통해 얻은 다음 cloning하고 싶은 vector에 insert를 넣을때 같은 제한효소를 이용하여 cut한 다음 ligase로 연결 이라고 이해하고 있는데, 그럼 insert를 얻을때와 insert 와 vector 같은 제한효소가 없을때는 어떻게 해야될까요? 또한 유전자를 2개 이어 붙여서 cloning 할때, 그냥 둘 유전자를 이어붙은 primer를 design해주면 되는건지, 각각을 같은 제한효소로 cut한 다음 이어붙여야 하는건지 머릿속이 정리가 안되서 질문드립니다.
회원작성글 얼마안남았다  |  12.05
Q. cloning 관련 질문드립니다.
안녕하세요.  관련 분야 대학생입니다. 논문을 읽다 이해가 잘 가지 않는 부분이 생겨 질문 드립니다. 아직 전공에 대한 이해 지식이 낮아 엄청 기초적인 질문이지만 부탁드려요ㅠㅠ insert  gene은  Sal I - gene - Xho I으로 되어 있는데 vetor의 Xho I site 에 cloning이 가능한가요?? 2개의 enzyme site 가 아닌 한곳에 cloning 이 어떻게 가능한지 궁금합니다ㅜㅜ!
회원작성글 Rhk  |  12.04
Q. PCR 초보 질문입니다ㅠㅠ
PCR을 돌리고 나서 전기영동하고 나면 300bp 또는 500bp에 밴드가 나옵니다 근데 여기서 long pcr밴드를 확인하고자 할때 pcr reaction mix의 람다dna양을 늘리는건가요? 아니면 primer를 더 긴 길이로 바꿔줘야하는건가요?
회원작성글 호로롱슝  |  12.03
Q. pcr 밴드보는법?
3번염색체에 위치한 STR마커인 D3S1358 marker를 이용해서 구강상피세포로 PCR진행했는데요.. 결과가 이렇게 나왔는데 1.이때 PCR product의 크기는 약125bp, 130bp, 약170bp, 180bp 이렇게 총 4개 나온거 맞나요?? 대립유전자는 2개라서 2개만 나와야하는거 아닌지,,왜 4개가 나왔는지 아무리 생각해도 모르겠습니다ㅠㅠ   2. 여기서 각 allele의 빈도를 알고싶은데 이때 각 allele라는게 1번에서는 125,127/ 170,180 이렇게 4가지 밴드를 각 allele라고 보는게 맞을까요?(이게맞다면 allele가 4개가 있는건가요>) 아니면 125,127 이거가 한 유전자의 allele이고 170,180이게 또 한유전자의 다른 allele라고 보는게 맞는건가요?
회원작성글 갈색솜뭉치  |  12.02
Q. Real time PCR 기초 질문 입니다.
안녕하세요. Real time PCR을 막 배우게 된 초보 연구원입니다. 다름이 아니라 housekeeping gene은 모든 세포에서 일정하게 발현되는 유전자로 알고 있는데요. 제가 실험에 사용한 gene이 actin-B이거든요. 근데 Ct 값이 28 부근에서 떠서요. 원래는 어느 Ct 값에서 뜨는게 정상인지에 대해 여쭤보고 싶습니다.
회원작성글 medi92  |  12.02
Q. Fungi cloning...
안녕하세요   현재 fungi cloning을 진행하려고 하는 대학원생입니다..   혹시 fungi cloning protocol있으신 분 있을까요..?   제발 공유 부탁드립니다..ㅠㅠ
회원작성글 으리으링  |  12.02
Q. overlap pcr
vector에서 50bp만 원하는 gene으로 바꾸기 위해서 pcr을 진행했는데 원하는 원래대로 라면 3kb의 band가 나와야되는데 pcr만 하면 700bp가 나와서 원하는부분에서 pcr이 된거같지 않아 overlapping pcr로 이어 붙여 만들려고 합니다. 제가 overlap은 처음이라 궁금한게 많아 질문드립니다. 1. 지금 제가 가지고 있는 vector가 circular인데 우선 이걸 linear로 자르고 시작해야되는건가요? 2. 제가 원하는기존에 있던 gene이 아닌 원하는 gene을 넣어주기 위한 pcr fragment, 기존에 잘라서 이어붙이는 fragment부분 해서 2개를 이어붙이는건지… 아니면 기존 circular를 2개의 fragment로 잘라서 총3개의 fragment를 이어붙이는건지 질문드려도 될까요?
회원작성글 얼마안남았다  |  12.02
Q. antibiotics gene genome inserted 균주와 plasmid harboring 균주의 분리
안녕하세요 E. coli LB sub-culture 에 대해서 질문이 있습니다 두가지 균주가 혼합된 스톡을 분리하려고 합니다 1. 항생제 저항성 유전자(cmR)가 plasmid (정확히 phage origin)로 존재하는 균주  2. 항생제저항성 유전자가 genome 상에 integration 되어 있고 2번의 plasmid 가 같이 존재하는 균주  이때 각각 LB와 LCm(LB+chloramphenicol) liquid 배지에서 여러번 dilution 해서 키워봤으나 항생제 저항성유전자가 integration 된 균주는 growth가 느리기 때문에  LB dilution 시 1번의 균주에서 plasmid 가 빠진 wild type 균주가 분리되고 LCm dilution 시 1번균주가 분리되는 현상이 일어납니다 또한, phage origin 이기 때문에 single colony 가 단일 genotype 이라고 단정지을 수 없는 문제가 있습니다   LB 와 LCm 을 번갈아 가면서 키우면 효과가 있을가요? 아니면 다른 효과적인 방법이 있다면 알려주시면 감사하겠습니다  
회원작성글 애오애오애애오  |  12.01
Q. blunt end ligation
blunt end ligation하다가 잘 안되는 부분이 있어 질문 올립니다. Vector는 2.7kb, 6kb로 Sma1 처리를 하여 blunt end, Insert는 1.2kb (Pfu polymerase, PCR product)로 둘다 blunt end 입니다. 농도랑 순도 모두 100ng/ul 이상, 2.0 (260/280)이며 ligation 시 10:1 (Insert/Vector), 4℃, O/N로 진행하고 있습니다. 근데 계속 Vector selt ligation만 나와 고민 중입니다. (제한효소, Insert primer로 확인) 저가 생각한 대안은 아래와 같습니다. 1) Insert/Vector 비율 늘리기 2) ligation 시 Sma1 소량 넣어 진행 (buffer, Sma1 volume 등 정확한 protocol은 모름) 혹 이것 외에 더 효율적인 방법이나 놓친 부분이 있을까요?    
회원작성글 구릅  |  12.01
Q. PCR시 100bp이하의 band 검출 관련입니다.
PCR을 했는데 원래 detect 되어야하는 size에서는 band가 안나오고 2번째 line과 같이 100bp 이하에서 band가 나왔습니다... 다른 유전자가 검출된 건가 싶어 Gel extraction, TA-cloning후 prep 해서 sequencing을 보냈는데 결과에서 다른 유전자가 아닌 T-vector로 나옵니다. 이유 알고계신 분 있으시면 꼭 답변 부탁드립니다 ㅠㅠ 감사합니다.  
회원작성글 Cheddar  |  11.30
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