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BioLab 이은열 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > mRNA Analysis
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Q. RNA추출 후 전기영동 밴드 첨부파일
안녕하세요. 발효식품(세균, 진균 모두 존재) 에서 RNA를 Trizol을 이용해 추출하였습니다. 전기영동(0.7% agarose, 135V, 20V)한 결과 밴드가 엄청 많이 나왔는데요,,, 첫번째 100bp ladder, 마지막이 1kb ladder이며 중간에 5개가 시료입니다. 밴드가 왜 이렇게 많으며, 각각 어떤 것인지 알 수 있을까요??
회원작성글 룰루야  |  09.20
Q. polysome profiling에서 x축이 궁금합니다.
안녕하세요, 논문을 보던 중 질문이 있어 글을 올리게 되었습니다. rna 번역에 대한 polysome profiling관련 아래와 같은 그래프를 보게 되었습니다. 제가 그동안 보았던 그래프들은 모두 x축이 sucrose gradient였고, 이는 원심분리와 관련된 것이라고 알고 있는데요.. 아래와 같이 fraction number라고 적힌 부분은 어떤 의미인가요? 너무 기초적인 질문이지만 답변해주시면 감사하겠습니다.  
회원작성글 lkdjf  |  09.17
Q. rna seq중 트리밍한 데이터를 ncbi에 올려도될까요?
저널에 투고중에 ncbi에 어세션 넘버를 넣으라고 해서 제 로우 데이터를 확인했더니 한샘플이 포워드 시퀀스 데이터가 없더라구요 ㅜㅜㅜ 트리밍한 데이터는 다있는데 이럴경우 트리밍한 데이터로 SRA에 등록해도 될까요...?
회원작성글 오오오오복  |  08.29
Q. qPCR결과와 RNA in situ 결과가 달라요..
안녕하세요. 저는 석사 과정 1학기 차 학생입니다. 저는 qPCR과 RNA in situ를 통해 mRNA level을 확인 중인데요, 둘의 결과가 다르게 나와 혼돈스러운 상태입니다. qPCR을 하기 위해 RNA extration 과정에서 실수가 있나 싶어 2번이나 새로 뽑아보고, primer도 sequence를 달리하여 여러 primer을 사용해보았는데도 RNA in situ 와 결과가 다릅니다 ㅠ  in situ probe의 양도 희석을 다양하게 하여 진행해보았지만 여전히 둘의 경향이 너무 달라 혼란스럽습니다.. 이러한 경험을 하신 분이 계실까요? 계시다면 조언 부탁드립니다!!ㅠㅠ 감사합니다~
회원작성글 도오비  |  07.26
Q. cDNA 합성과정에서 RNA 농도비에 대한 질문입니다!
cDNA 합성 과정에서 RNA 순도 측정시  260 nm/280 nm ratio는 1.8~2.0, 260 nm/230 nm ratio는 2.0~2.2이 적당한것으로 알고있는데 저는 RNA 순도 측정시 두 비율 다 2.0~2.3 정도의 값이 나옵니다. 260/230 ratio는 적당한것 같은데 260/280 ratio는 2.0을 넘어도 괜찮은 값일까요?  비율이 낮으면 오염인것으로 알고있는데 더 높아져도 오염일까요??
회원작성글 jineee  |  07.19
Q. cDNA로 pcr진행하기전에 왜-70℃로 boliling해주나요?
안녕하세요 선배님들 cDNA합성이 제목과같이 왜저렇게 보일링해주는이유가궁금합니다 ㅠㅠㅠㅠ 
회원작성글 choheec  |  07.18
Q. RT-PCR) 특정 primer에서만 smearing 현상
안녕하세요! RT-PCR 진행중에 있습니다. RNA 순도 2.0으로 잘 뽑았구요 housekeeping gene도 one-band 확인했습니다. 다른 프라이머에 대한 밴드도 예쁘게 잘 뜨고 있는데 유독 하나의 프라이머에서만 끌림 현상이 보이고 있습니다. D.W 갈고 새로 만들어서 써보고도 있는데 완전히 잡히지 않습니다. template 문제이거나 PCR 시약 문제라 생각하기에도 다른 프라이머에서 잘 나오고 있고, 다른 실험자한테는 깔끔하게 나오고 있습니다. 결국 제 손의 문제인가 싶다가도 그 프라이머만 유독 그러니 혼란스럽네요... 혹시 제가 놓친 무언가가 있을까요? 주의점이라던지..부탁드리겠습니다! 감사합니다.  
회원작성글 뽀작  |  07.15
Q. CRISPR Cas9 haplotype cDNA PCR
human APC유전자를 CRISPR Cas9을 하여  haplotype의 gene editing clone을 얻었습니다. 이렇게 했을 때, exon2가 skipping 될 것이라는 예측을 기반으로 RNA에서 cDNA를 만들어 target seq PCR하여 sanger를 돌렸는데 control과 차이가 나지 않습니다. skipping이 안된 것일까요? 아니면 haplo로 되어서 minor peak이 묻힌걸까요? 이런 경우 어떤식으로 splicing varient를 확인할 수 있을까요?
회원작성글 새슬  |  07.14
Q. shRNA
shRNA cloning 된 것을 주문해서 받아서 cell에 Transfection을 하였어요. qPCR을 돌려서 control하고 비교했을 때에, 발현이 줄지 않고 약간 과발현 된 듯이 나와서요.  PCR하는 primer를 새로 짜야하나 확인하면서, shRNA 서열 위치를 확인했어요.   coding sequence (CDS) 뒷부분에 shRNA 서열이 짜여져 있더라구요. 나름 TATA box를 포함하는데, 앞 부분이 조절하는 부분으로 배웠던 것 같아서;; 뒷 부분에 서열로 인식해서 조절하는지 궁금해요.     
회원작성글 clickclick  |  07.14
Q. cDNA 합성과정에서 RNA 농도에 대한 질문입니다!
안녕하세요! 현재 대학원생 입니다 cell trizol처리 후 cDNA 합성 과정에서 RNA 농도 측정결과 seeding에서 문제가 없었다면 모든 군에서 비슷한 정도의 농도가 측정되어야한다고 생각했는데 이번 RNA 농도 측정 결과 한 sample 군에서만 다른 군들보다 평균 100정도 낮은 농도로 측정되었습니다. 다른 군들은 3-400정도로 농도가 측정되었고 한 sample군만 200대에서 농도가 측정되었는데 이 경우 세포 독성으로 인해 세포가 죽어서 그런것일까요..? 한 군당 n수 4로 진행하였는데 4개 모두 200대에서 측정되어서 RNA 추출 과정에서 실수가 있다기보단 세포에서 문제가 있을것같다고 생각되는데 맞는지 궁금해서 질문합니다 세포 trizol 처리 전 눈으로 세포 관찰 시 세포 뜬 정도가 다 비슷했고 부착된 세포들의 상태가 괜찮아서 뒷단계로 실험 진행했습니다!
회원작성글 jineee  |  07.14
Q. (qPCR) RNA를 cDNA로 합성시에 정량계산 질문드립니다
안녕하세요 ..! 이번에 처음 RT-PCR을 하게되어서 나노드롭을 찍었는데 RNA 측정값이 247.2ng/ul이 나왔습니다.  cDNA는 1ug, total volume은 14ul로 만들기 위해 D.W와 RNA 계산을 ( 1000/247.2 )-14 로 세웠는데, 2ul기준으로 만들었으니(?) 1000/(247.2*5)을 한다음에 14를 빼주는게 맞아서 최종적으로 RNA 8.09ul+ D.W 5.9ul 이라 하더라고요. 근데 아무리 생각해도 2ul 기준이라는게 뭔소리인지, 왜 5를 곱해줘야되는지를 모르겠어서 질문을 하게되었습니다 ㅜㅜ 제가 놓치고 있는 부분이 무엇인가요...? ㅜㅜ 
회원작성글 공공펄  |  07.13
Q. 탈모관련 실험 문의드립니다. (Human dermal papillar cell, minoxidil 처리)
안녕하세요. 탈모관련 실험에 관하여 문의드립니다. human dermal papilla cell에 minoxidil을 10, 20 uM로 48시간 처리하여 growth factor들을 확인하였는데, reference와 달리 전혀 발현이 증가하지 않고 있습니다. 세포도 바꾸어보고, minoxidil 외에도 다른 positive control들을 농도별로 처리 하였는데, 해답을 구할 수 없어 문의드립니다.    
회원작성글 클린벤치  |  07.04
Q. RT qPCR 결과 분석
프로메가 SARS-CoV-2 Variant Panel- 8 Target 키트 프로토콜인데요 제가 처음 실험하는 초짜라 잘 몰라서요 ㅠㅠ HEX칸 또는 FAM칸 안에 있는 숫자들은 Ct를 의미하는 건가요? 숫자가 작을수록 사이클이 적게 돈거니까 농도가 높은거죠? No Ct는 샘플에서 해당 variant가 발견되지 않았다는 의미인거죠?  
회원작성글 ejfromny  |  06.29
Q. Pribnow box(프리브노 상자, 프리브노우 박스) 질문 드립니다..
안녕하세요, 전공책 두 권으로 공부하다가 헷갈려서 질문 드립니다.. 한 책에서는 프리브노 박스가 (TATAAAT)로 나오고 다른 책에서는 (TATAATG)로 나오는데 인터넷 사전에는 두 번째 염기서열로 표기되어 있습니다만.. 어떤 게 정확한 건지 헷갈려서 질문 올려 봅니다. 혹시 아시는 분 계실까요?
회원작성글 실험노예  |  06.12
Q. RT-PCR primer
RT-PCR용 primer를 짜고 있습니다 ㅠㅠ primer express 프로그램을 이용해서 하고 있는데 아무리 해도 dimer, hairpin 구조가 다합쳐서 최소 4개나 나옵니다.. 어떻게 골라야할까요 도와주세요 ㅠㅠㅠㅠㅠ
회원작성글 ziw  |  06.09
Q. Ribo-probe
RNA ribo-probe를 제작하려고 하는데, 권장 사이즈가 있을까요?
회원작성글 kubby  |  06.02
Q. qRT-PCR시 PCR 진행후에 total rna를 추출하여 분석하나요?
논문을 보고 있는데 관련 분야가 아니라 그런지 이해가 잘 되지 않아 ㅜㅜ 질문 남깁니다ㅠㅠ qRT-PCR 진행후에 총 rna를 추출하여 분석하나요? 아니면 총 rna를 먼저 추출하여 qRT-PCR을 진행하는건가요? 또한 anti-sene가 qRT-PCR에서 어떤 역할을 하는지까지 혹시 여쭤봐도 될까요 ㅠㅠ
회원작성글 궁그매요  |  05.20
Q. RNA 순도와 qPCR 실험의 관련성
  안녕하세요 선배님들, 저는 조직에서 RNA를 추출하여 qPCR을 진행하는 실험을 진행하고 있습니다. 그리고 qPCR을 하며 궁금증이 있어 이렇게 글을 적게 되었습니다. RNA의 순도는 A260/A280가 약 1.8~2.0 일때 최적이며 RNA 양이 충분하다는 가정하에 이 범위에 포함되지 않더라도 사용해도 된다고 알고 있습니다. 예전에 qPCR을 연습할 때 A260/A280가 2.4인 RNA로 실험을 진행한 적이 있었는데 이때 control로 사용한 GAPDH와 target gene들의 Ct 값은 duplicate 했을 때 오차가 거의 없이 잘 나오는 것을 확인하였었습니다. 이 부분에서 질문을 드리고 싶습니다. 데이터가 무리없이 뽑힌다고 하더라도 RNA 순도가 낮다면 이 데이터는 신뢰하기 어려운 데이터일지 그리고 RNA 순도가 최적 범위를 벗어나는 ex) 2.4, 1.2의 경우 이를 cDNA로 합성하여 qPCR을 진행하면 어떻게 되는지 궁금합니다. 선배님들의 많은 조언 기다리겠습니다. 항상 감사합니다.
회원작성글 지얀  |  05.02
Q. RNA전사에서 환경조건
RNA전사가 일어날 때 환경조건을 달리하면 전사 방법이 달라질수있을까요? 예로 조건을 어떻게 달리할때 어떤식으로 변화될지 궁금합니다.
회원작성글 장추벌레  |  04.17
Q. Renilla Luc. 발현 후 유의미한 RLU 차이는 어느정도일까요?
안녕하세요. Renilla luc. mRNA를 이용해서 발현 증진 실험 수행중인 대학원생입니다. RLU를 BCA 결과로 보정한 RLU/mg protein 값을 통해 발현량의 차이를 확인합니다. 결과값들이 워낙 크다보니, Log 값으로 데이터를 사용합니다. 다들 아시다시피, 세포나 마우스로 실험하다보니, 동일한 조건으로 실험해도 어느정도 수치의 차이는 발생하더군요. 보통 RLU 값이 어느정도 이상 차이가 나야 유의미하다고 보시나요? 통계처리에서 좀 애를 먹고 있어서요.. 실험군간의 RLU 차이가 통계적으로는 유의미하다고 나오지만, 반복실험을 했을 때는 동일한 시료끼리의 RLU에서도 그 이상의 차이가 나오고 있는 상황이라서요. (같은 세포주에서 동일 조성의 시료로 반복실험했을 때 최대 10배의 편차가 있었습니다..) 그러다보니 통계처리 과정이 좀 힘드네요^^;  비슷한 경험이 있으신 분들 조언 부탁드립니다.
회원작성글 chachaaa  |  04.11
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