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BioLab 이은열 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > etc.
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. LNP Z-average(nm) 가 시간이 지나면서 감소할까요?
이틀전 mRNA를 LNP로 formulation해서 Z sizer로 파티클 크기를 측정했을때 120 nm 정도가 나왔습니다. 그런데 오늘 동일샘플을 다시 재보았는데 103 nm 정도로 약 20nm나 감소하였습니다. 이것이 어떤 원인인지 잘 모르겠습니다. 무슨 수치를 믿어야할까요? 만든 직후의 샘플과 만들고 4도씨에서 2일 store한 샘플의 차이가 무엇일까요? 버퍼, 온도 등 조건들은 동일하게 세팅하여 측정해서 그 원인은 아닐것으로 추정됩니다 ㅠ
회원작성글 깐깐징어  |  09.22
Q. siRNA in vivo delivery
안녕하세요 혹시 siRNA lipofectamine2000이나 3000으로 mouse에 delivery해보신분 있으신가요? intratracheal inhalation으로 전달하려고 하는데 시중에서 파는 invivofectamine 말고 lipofectamine으로도 가능한지 해서요. 어디선가 레퍼런스 본거 같은데 지금 찾으려니 도저히 못찾겠네요... 혹시 좋은 레퍼런스나 경험있으신분 있으신가요?  
회원작성글 ㄱㄴㄷ  |  09.22
Q. RT PCR primer product size
안녕하세요. RT PCR을 진행 중인데 product size를 알 수 있는 방법이 뭐가 있을까요?? sequence는 알고있는데 방법을 모르겠어요ㅠㅠ
회원작성글 avocado  |  09.13
Q. invitrogen] SYBR Gold 첨부파일
안녕하세요 오랜만에 젤을 내렸는데 SYBR Gold (Cat. S11494) 구매하고 처음 녹이고 실험했을때는 깨끗하게 잘나왔는데요 두번째 실험부터 먼지는 아니고 미세한 점이 생겨서 정량에 문제가 생겼습니다. 같은 실험결과를 보이시는 분들도 있고  현재 0.4um 필터해도 나오는걸로 봐서 염색약문제 인거 같습니다. 비슷한 결과 나오신분들 조언 구합니다.    
회원작성글 135nicb  |  09.05
Q. 전사체분석 유전자선발 관련 질문입니다 첨부파일
저는 DEG를 탐색하여 log2fold change를 통해 걸러내고, 그 후 여러과정을 통해 후보유전자를 걸러내고있습니다. 이제 거의 최종적으로 FPKM을 보고 발현값이 낮은 값을 걸러내려고 하는데, 사진과같이 W30~M100까지 6가지의 항목전체가의 FPKM이 10이하일 경우 제거를할려고 합니다. 그렇게되면 사진과 같이 주황색으로 표시한것이 남게되는데, 이렇게 발현값이 낮은것을 주관적으로 걸러도 되는건지가 의문이 들어서 질문남깁니다. 논문쓰기에는 이전 선발 기준에 비해 뭔가 unscientific한 느낌이 들어서요ㅠㅠㅠ   답변주시면 감사하겠습니다!!    
회원작성글 윤주쓰  |  09.02
Q. cell seeding 15시간후 starvation
RNA extracion을 하기위해 6well plate에 시딩을 하였습니다. 시간이 없어서 빨리빨리하려는 마음에 셀 수를 많이 시딩하였고 15시간만에 70~80% 차서 starvation을 하였습니다.  seeding후 24시간뒤에 starvation하는 것과 15시간뒤에 starvation하는 것에 차이가 있나요? 저희는 starvation은 12시간하고 treatment는 24시간합니다.
회원작성글 oneday  |  07.28
Q. Primer 농도계산 첨부파일
Primer foward 293ul를 넣으면100uM이 되는데 10p mol농도로 만들어 주려면 몇배를 희석해야하나요? 293ul넣은후 100uM이 되면 1000배희석후 100nM이되고 난 후 100배 희석후 10pM로 만들어 주어야하는건가요? 아님 제품이 25nmol에서 10pmol로 만들어주려면 ->25000/10해서 2500ul넣어주면 10pM이 되는건가요?
회원작성글 sh1227  |  07.19
Q. 식물 바이러스 검정 첨부파일
식물 잎에서 rna추출후 바이러스 혼합 믹스프라이머로 pcr후 전기영동을 하였습니다 전기영동결과 밴드가 너무 끌리고 시료 로딩홀에서도 마커가 같이 나오고 있습니다 6번째 시료의 경우는 추출 자체가 안된것 같기도 하고요. 이분야 전공자가 아니다보니 원인이 너무 다양해서 어느 부분부터 손을 대야할지 좀 막막하네요
회원작성글 삼령이요  |  07.15
Q. 코로나 pcr검사기를 이용한 실험
안녕하세요, 고등학생입니다 학교에서 남은 pcr검사기를 이용해서 어떤 실험을 할수있을지 간단한 조언이나 의견이라도 알려주실수 있을까요?  
회원작성글 ㄷㅅㄱ  |  06.22
Q. RACE 도와주세요 ㅜㅜ
dsRNA를 denaturation 시키고 Roche kit로 5', 3' RACE를 진행하고 있습니다. 5'쪽은 여러번 sequencing 보내서 컨펌한 상황이고 3'에는 끝쪽에 18bp 정도 A로만 이루어진 구간이 있는데 그래서 그런지 sequencing을 보내면 몇개가 없거나 몇개가 많거나 아니면 저 부분에 프라이머가 달라붙어서 끝까지 증폭이 안 되고 있습니다. 이런 경우 어떻게 하면 성공시킬 수 있을까요,,, 거의 반년도 넘게 끙끙거리고 있네요ㅜㅜ 도와주세요 ㅜㅜ  
회원작성글 하핫호홋  |  06.18
Q. ChIP assay 관련 질문드립니다.
ChIP assay를 처음 해 보는 학생입니다. ChIP assay에서 Primer를 제작할 수 있는 웹사이트가 있는지 궁금합니다. 그리고 Primer를 짜고 ChIP assay를 진행한 논문들을 보면 전사인자가 결합한 위치와 Primer에 따른 Product를 나타내는 것을 볼 수 있는데, Product size는 Primer 제작할 때, 확인이 가능하지만 전사인자가 결합하는 부위는 어떻게 알 수 있나요?   Primer는 그냥 Blast search해서 찾은것으로 전사인자 Pull-down 시킨 후, 여러 Primer 돌려본 뒤, 밴드가 나온 부분으로 특정하여 전사인자 부분을 임의로 설정을 하나요?   전사인자가 결합하는 DNA 상의 위치를 알 수 있는 방법을 알려주시면 감사드리겠습니다.    
회원작성글 귀먹은부엉새  |  06.17
Q. ncbi에서 blastx를 돌려서 primer를 짜려고 하는데요 ,, 첨부파일
크기는 500bp정도로 생각하고 있고 후에 실험은 gene cloning, in situ등의 실험을 진행하려고 합니다. 사진과 같이 domain이 여러개면 하나의 도메인만 선정하며 primer를 짜는 것이 좋은 건가요, 아니면 domain을 최대한 많이 포함시켜서 500bp정도를 맞추는 것이 좋은가요?? 어떤 방법이 좋은지 이유도 같이 설명해주시면 감사하겠습니다 ㅠ 며칠째 고민이에요,,
회원작성글 먀쮸  |  05.26
Q. knockdown vector의 ftz intron 기능 문의
안녕하세요. 초파리 모델을 이용해 RNAi knockdown하기 위해 vector를 살펴보는 중인데요. knockdown vector들에 공통적으로 ftz intron이 포함되어 있고, silencing을 더 잘 되도록 하기 위해 포함시켰다고 하는데, 왜 ftz intron이 그런 기능을 하나요? 여러 논문을 찾아봤는데 splicing과 관련된듯 싶은데,,    정확히 이해가 되지 않습니다 ㅠㅠ
회원작성글 bioer  |  05.20
Q. RAW264.7 cell RT-PCR
RAW264.7 cell을 6-well plate에 well당 1*10^6개를 seeding 후 LPS 100ng/ml로 24hr 자극해 TNF-a, IL-6 발현량을 보려고합니다.  RT-PCR을 하라고 하셨는데 복학하고 이번이 첫 실험이라 프로토콜을 잘 모릅니다.. 혼자 논문이랑 책을 찾아봤는데 모델링은 어떻게 해야할지도 감이 안 잡혀서 답답하시겠지만 혹시 참고할만한 논문이나 프로토콜좀 자세히 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 파이펫도둑  |  05.16
Q. cDNA 합성 후 qPCR을 돌렸는데 문제가 있는걸까요? 조언좀 부탁드립니다.
안녕하세요. 저는 cDNA합성후에 qPCR을 돌려서 유전자 발현 차이를 확인하는 실험을 하고 있습니다. 이번에 qPCR을 돌린후 Ct값을 보고 궁금한게 있어서 질문하게 됐습니다. 일단 저는 동물의 근육조직에서 RNA를 추출하고 cDNA를 합성했습니다. 그후에 qPCR을 돌렸는데요, 보통 qPCR을 할때 하나의 샘플(한개 튜브) 에서 triplet으로 qPCR을 돌려서 오차값을 확인하면서 실험을 했었습니다. 그런데 이번에는 그렇게 하지 않고 처음에 조직을 떼어낼때 같은조직을 세번 떼어 낸 후에 농도를 맞춰서 cDNA를 합성하고 qPCR을 진행했습니다. 저는 모든 샘플의 농도를 일정하게 맞춰서 cDNA를 합성했고, cDNA합성 후에 또 농도를 일정하게 맞춰서 qPCR을 진행했는데, 그러면 같은 조직 3개에서 housekeeping gene의 Ct값이 이론적으로 유사하게 나와야하는게 맞는건지요? 예를들어 쥐의 근육조직-1, 근육조직-2, 근육조직-3(다 같은조직) 에서 housekeeping gene의 Ct값이 각각 22, 26, 21 이런식으로 나왔다면 cDNA합성과정중에 문제가 있었을 가능성이 있나요?
회원작성글 놀고싶다  |  05.10
Q. RNA 수율 계산...
안녕하세요 ..  너무 간단한 문제라서 답변을.. 많이 못 받을 것 같지만  도저히 방법을 모르겠어서 작성했습니다.. 식물에서 miRNA를 extraction하여 nanodrop으로 miRNA의 농도를 확인했습니다. 이후 관련 실험에서 사용하였는데, 교수님께서 miRNA의 회수율을 계산해보면 좋을 것 같다고 하셨어요.... 어떤,,걸 기준으로 계산을 해야하나요?,, 어떤 걸 100으로 생각하고 miRNA의 농도를 나눠 회수율을 계산해야할지 전혀 모르겠습니다.. miRNA을 추출한 식물의 무게에서 나눠야하는건지,, 그냥 100으로 봤을 때 나온 농도를 나눠 수율 계산을 해야하는건지..  다른 분들께 정말 별거아닌 문제라서 황당하실 수 있을 것같지만.. 혼내셔도 당연히 달게 받겠습니다.. 제발 방법 알려주시면 감사하겠습니다ㅠㅠ..  부탁드립니다.. 여러 고수님들.. 
회원작성글 셀님들  |  05.08
Q. In vitro transcription
키트로 RNA합성할 때 버퍼, 엔자임믹스, ATP, GTP, UTP, CTP 중에 하나라도 안들어가도 합성이 되나요?
회원작성글 쿵쿵이쓰  |  05.06
Q. 전기영동 해석 도와주세요..
1번 2번 3번 4번 이 어떤 dna혹은 rna인지 찾아야하는데 접근법부터 막막합니다..size로 유추하는 거라고 생각해서 1번은 GDNA라고 생각하고 234번이 rna인거같긴한데 구글링을 통해 사이즈 측정으로 2번은 16s rRNA이고 4번은 tRNA혹은 5Srna라고 유추했는데 혹시 접근법 자체가 틀린건지 여쭤보고싶습니다 ㅜ
회원작성글 이이이이이  |  05.03
Q. cDNA 후 PCR 첨부파일
cDNA 후 PCR하여 전기영동 하였는데 밴드가 이렇게 나옵니다.  PCR이 제대로 안된 걸까요...?  
회원작성글 감자역병  |  05.03
Q. In vitro transcription
할때 -20도에 보관됐던 material들을 꺼내서 쓰잖아요. 근데 효소같은것들은 글리세롤 넣어서 액체 상태인데 dtt나 transcription buffer, rNTPs, DEPC같은 경우는 얼음상태더라고요. 얘네들 다 바로 볼텍싱해서 녹여서 쓰나요? 얼음상태면 파이펫팅할때 정확한양이 안들어올거 같아서요!
회원작성글 머시플  |  04.28
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