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BioLab 박소정 교수
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 카테고리: 전체 > Cell Biology > Viability
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Q. MTT assay에서 IC50값 차이
안녕하세요. 셀 실험관련하여 궁금한점이 있어 질문드립니다. 저희는 실험실에서 보통 암세포주를 이용하여 MTT assay를 진행하고 프리즘을 이용해 IC50값을 구합니다. 제가 진행한 실험에서 A (free drug, 제형아님)와 B (약물이 포함된 제형)의 IC50값이 각각 2673 nM, 1544 nM이 나왔는데 값으로만 볼때는 1.7배 차이로 차이가 얼마 나지 않아 보였습니다. 그런데 통계분석을 돌려보니 유의미한 차이가 있다고 나왔습니다. (저는 당연히 유의미한 차이가 나타나지않겠지...라고 생각했습니다) 교수님께서는 cell 실험했을 때 IC50값이 10배정도 차이나는 거는 큰차이가 없는거다 그정도 차이는 괜찮다라고 하셨는데 통계분석해보니 차이가 있다고 나와서 어떻게 해석을 해야할지 의문입니다...   보통 셀실험진행하고 비교군 두개정도 IC50값 비교를 할때, 몇 배정도 차이가 나야 이정도는 진짜 차이가 나는거다 라고 판단할수있는건가요?? 열배정도 차이는 정말 별차이 없는건가요? 답변주시면 감사하겠습니다ㅠ
회원작성글 대학원의 노예ㅠ  |  12.05
Q. 동물세포주 보관온도에 대한 정보를 공유부탁드립니다.
동물세포주 보관시 LN2 탱크 Vapor 상태로 보관을 하게되는데요 LN2 탱크의 제조사도 -180ºC로 Vapor공간의 온도가 유지된다고 설명하고 관리되어오고 있는 기준도 -180ºC로 관리를 하고 있습니다. 세포주 용기 제조사에서는 오염이나 기타 문제로 인해 Cryogenic vial을  액체질내 내에 보관은 권장하지 않으며, 액체질소탱크 제조사 역시 액체질소내에 제품 보관하는 것을 권장하지 않습니다. 그렇다면 동물세포주 보관온도는 몇ºC에서 보관하는것이 좋은지, 그에 따른 근거 기준은 무엇인지 궁금합니다. 알고계신분이 계시다면 알려주세요. 많은도움이될것같습니다. 감사합니다.
회원작성글 ASJN  |  11.24
Q. amyloid beta oligomerization
안녕하세요 amyloid beta peptide (1-42) 을 가지고 cytotoxicity를 실험하는데 혹시 조언을 구할수있을가요 ㅠㅠ 일단 data sheet에 따르면 0.1M acetic acid에 녹인 후, PBS나 다른 buffer로 희석해서 사용하라고 되어있습니당 amyloid beta는 일단 oligomer한 structure로 만들어준 후,  cell에 treat해야 할거 같은데, acetic acid에 녹인 후에는 어떤 방법으로 oligomerization시켜야하는지 사용해보신 분 또는 비슷한 실험을 해보신 분 있따면 조언을 구하고 싶습니다 ㅠㅠㅠㅠ
회원작성글 Astroglia  |  11.15
Q. 세포에 dexamethasone 처리하려고 하는데 녹지 않아요ㅠㅠ
안녕하세요 c2c12 세포에 dexamethasone (sigma D1756G) 처리하려고 하는데 잘 녹지 않아 걱정입니다ㅠ 먼저 1M stock in DMSO, ETOH로 해서 잘 녹였습니다. 농도 희석은 PBS로 진행하였는데 이때 잘 녹지 않고 덩어리지면서 떠다니더라구요.. 저와 같은 실험을 하시거나 이런 경우에 어떻게 하셨는지 너무 궁금합니다ㅠㅠ알려주시면 정말 감사하겠습니다!
회원작성글 ㄹㄹ  |  11.15
Q. ELISA reader 기 파장좀 질문드려요
assay 키트 설명서에서 파장 450-500nm, reference 파장은 650nm 로 측정한다고 되어있습니다.. 리더기에는 reference 파장을 세팅하는게 없는거 같습니다만...그냥 파장범위로만 놓고 측정하여도 될까요?~  
회원작성글 pretty  |  11.08
Q. 0.2% DMSO 농도에 약물 녹이기
0.2% DMSO 만드는 법과 여기에 약물(powder) 녹이는 방법 알려주세요.
회원작성글 SoliDeo  |  11.07
Q. 항염활성에서 Positive control 질문입니다.
  식물 추출물로 항염활성 레시피대로 처음 실험을 하였는데 궁금한 점이 생겨서 글을 올렸습니다. LPS로 염증 유도하여 NO생성 함량 측정하면서 Positive control로 Quercetin 25uM로 사용하였는데 여기서 농도 설정의 기준이 무엇인지 궁금해졌습니다.. 퀘르세틴이 플라보노이드 화합물 중 하나로 염증 반응에서 중요한 역할을 하는 효소와 유사한 작용을 함으로써 항염활성이 있다 학술지에서 확인했습니다. 근데 농도는 왜 25uM으로 보통 사용되는지 궁금합니다.. 학술 검색해서 잘 안나오네요..ㅠㅠ 잘아시는 분들 답변 부탁드립니다..
회원작성글 Roming  |  11.03
Q. cck-8 assay 질문 있습니다.
hacat cell에 물질을 쳐서 독성평가를 할 예정인데 궁금한점이 있습니다.. 맨 처음에 96well에 DMEM+FBS 배지의 세포를 깔고 24hr 뒤 물질을 칠 예정인데, 보통 약물을 칠 때 다른 성장인자의 효능을 배제하기 위해 FBS없이 free medium상태에서 보지 않습니까 그렇다면 약물을 치기 전에 wash를 3번 정도 해서 FBS성분을 없앤 뒤 free media+약물 의 배지로 교체를 해줘야 하나요? 이 과정 동안 세포에 데미지가 가거나 loss가 생길 것 같아 질문드립니다. 아니면, 처음부터 세포를 seeding할 때에 FBS가 없는 배지 상태로 깔아야 하나요.. 최대한 suction 과정은 피하고 싶어서 질문드립니다. 다르게 생각하면, 약물의 독성평가이니 FBS유무는 실험적으로 무시해도 될 만한지 혼란스럽네요 조언 부탁드립니다 감사합니다 ^^
회원작성글 12312  |  10.24
Q. 약물이나 물질 powder 녹일 때
안녕하세요. 천연물이나 독성 유발을 일으키는 물질 powder로 와서 어떤 용매에 녹여서 사용을 해야 합니다.   그런데 교수님께서 독성을 유발하는 물질 powder를 계산한 몰 농도에 맞춘 볼륨에 DMSO 독성이 없게끔 조금씩 넣어보면서 powder가 다 녹으면 다머지 볼륨은 D.W로 채워서 녹이라고 하셔서 그렇게 진행 후 실험을 진행하였습니다.   그런데 독성을 유발하여 세포가 control군에 비해 죽거나 문제가 있음을 확인해야 하는데 농도를 높여서 세포에 처리해도 cell이 control군에 비해 문제가 크게 있진 않습니다,,   농도를 훨씬 더 높여서 실험을 하기에는 물질의 가격이 좀 비싸서 이를 어떻게 해야 할 지 모르겠습니다...   부디 알고 계신 해답이 있으시면 답변 부탁 바랍니다...
회원작성글 tntn  |  10.19
Q. 96 well에 cell seeding 방법
일단 cell counting 후, cell의 숫자는 400개가 나오고 희석 용량은 5 ml 라고 가정하고 96 well plate 중 약 80 well 정도에 5 X 10^3 cell/well 씩 100 ul를 넣고자 합니다.    계산 : 1) 400/4 X 5 ml (트립판 블루는 사용안함) = 500 X 10^4 cells/ml 즉 5 X 10^6 cells/ml 2) 1 X 10^6 cells/ ml 을 만들기 위해 스핀 다운 후 media 5 ml을 넣은 뒤  5 X 10^3 X 100 well (필요한 well의 갯수는 80개 인데 많이 넉넉잡아 100으로 계산하겠습니다) = 500 X 10^3 = 5 X 10^5 cells이 필요하므로  cell이 들어가 있는 media에서 0.5 ml을 넣고 새 media 9.5 ml을 넣고 잘 피펫팅 한뒤 100 ul를 넣었습니다.      이렇게 계산식을 세워서 실험 하는게 맞나요?     
회원작성글 카스테랑  |  10.19
Q. 6-OHDA cell treat할 때 DMSO의 toxicity에 대해 궁금합니다.
6-OHDA를 DMSO에 dissolve하여 cell에 treat하려 합니다. MTT를 진행하기 위해 96well plate에 cell을 seeding하여 treat하는데 6-OHDA 100mM stock으로 최종 concentration이 0, 10, 25, 50, 100, 150, 200uM 되게 well 마다 treat하려 합니다.  well 당 DMSO의 %가 0.1%를 넘지 않게 하려는데, 96well plate에 100ul media에서 0.1%넘지 않게 하려면 volume을 어떻게 treat해야 할까요... 다른 논문에서는 DMSO에 녹인 6-OHDA 30mM stock으로 0, 30, 60, 100, 200uM이 되게 하여 DMSO가 well 당 0.1%가 넘지 않게 treat하였다고 하는데 얼마의 volume을 treat해야 0.1%가 넘지 않을 수 있는지 모르겠습니다...  
회원작성글 석사석사  |  10.06
Q. neuron 세포실험, H2O2 와 식물 추출물 희석 관련 질문
  식물에서 주정으로 추출하여 건조한 시료를 가지고 뉴런 세포사멸에 미치는 영향에 대해서 실험을 하고자 합니다.   1. 뉴런 세포는 DMEM media로 키우고 있는데,  여기서 건조한 시료를 농도별로 treatment 할 때, 어떤 용매에 녹여서 treatment 해줘야 하나요? 향후 in vivo, human study도 할 예정이라 일관되게 3차 증류수에 희석해서 treatment를 해야 하나요??   2. 위와 마찬가지로 H2O2 (Sigma-Aldrich에서 구매 예정) 또한 위와 같이 농도별 treatment 하고자 하는데, H2O2를 희석하는 용매 또한 어떠한 것을 선택해줘야 하나요?   답변해주시면 정말 감사하겠습니다!
회원작성글 neruonal  |  10.05
Q. 약물 병용 처리 중 calcusyn 사용 및 combination index 계산에 대해 질문 드립니다.
  현재 두 항암제의 병용 효과를 알기 위해 논문을 찾다가, calcusyn이라는 프로그램으로 약물 간의 시너지 효과를 확인하는 내용을 읽었습니다. 관련 자료를 여럿 읽어보았지만 국내 정보가 많지 않고, 이해가 잘 안 되는 점이 있어 질문을 드립니다. 1. Combination index 계산 시 약물의 농도와 effect 값(fa)이 필요한데, fa 값을 구하는 방법은 실험자마다 다른 건지 궁금합니다. 특정 농도의 약물을 암세포에 처리하고 viability를 확인했을 경우, viability가 억제된 정도를 1 미만의 상대적인 숫자로(viability = 30% 라면 fa = 0.7 등) 나타내기만 하면 될까요? 2. 혹시 Calcusyn을 사용하지 않고 다른 방법으로 약물 병용 효과를 구할 수 있는지 궁금합니다. Compusyn이나 Calcusyn을 실제로 사용해 보신 분, 또는 이론을 알고 계시는 분이라면 답변을 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 실수쟁이  |  10.04
Q. 통계처리관련 문의드려봅니다.
실험은 MTT Assay고 나오는 OD값을 컨트롤에 대해 100분위로 하여 결과를 내고 있습니다.    통계처리는 보통 샘플군이 여러개라 One way anova를 사용중인데 이부분에 구성원들 끼리 의견충돌이 좀 생겨 여쭈어 봅니다   3반복 실험시 각 반복의 평균과 STDEV가 나오게 되는데요. 이걸 각 배치별 STDEV를 무시한채 평균만 가지고 통계를 돌리는게 맞는지요?    단순 OD값을 가지고 계산한다면 애초에 3반복실험을 모으면 안되는거 같고 100분위로 바꿔서 모은다고 하면 각 반복실험의 평균이 아니라 총 3반복 전체 data의 평균으로 하여 (물론 평균값은 이러나 저러나 같겠지만) STDEV를 내는게 맞는게 아닌가 생각이 들어서요.  표본의 양 차이도 많이 나서 통계방향에 따라 데이터 해석이 달라져 의견이 좀 충돌중에 있습니다  보통 어떤 방식으로 하는게 맞는지요? 
회원작성글 Sibio  |  10.04
Q. 한국세포주은행 SH-SY5Y cell MTT assay 첨부파일
안녕하세요. 한국세포주은행에서 SH-SY5Y 세포를 분양받아 MTT assay를 해보신 선생님들이 계실까요? 한국세포주은행에서 분양받은 SH-SY5Y 세포만 MTT 시약만 처리하면 포마즌 형성하다가 죽어버립니다. MTT assay protocol의 문제인가 싶어서 다른 neuronal 세포에 했을때 문제가 없었고, 혹시나 싶어 판매되고있는 MTT assay kit를 사용해봤을때도 마찬가지로 시약만 넣으면 포마즌 형성하다가 모양이 사라지고 떠버립니다. ATCC는 해당 reference들이 존재하는데 한국세포주은행은 없어서 문의해놓은 상태입니다. 초반에 기존 사용하던 sh-sy5y 세포가 문제가 있나 싶어서 새롭게 한국세포주은행에 분양받았고 실험을 진행하였을 때, 똑같이 MTT 시약만 처리하면 포마즌을 형성하다가 죽어 모양이 동글해지고 포마즌이 떠버립니다. 세포상태는 사진을 찍어 한국세포주은행에 문의하였고 세포는 건강하게 잘 자랍니다. 다른 neuronal cell은 mtt가 되는데 SH-SY5Y 세포만 문제가 생겨서 두달동안 반복 실험만 하고 있습니다. ㅠㅠ 한국세포주은행에서 sh-sy5y 분양받아 mtt assay를 해보셨다면 도움 부탁드립니다.ㅠㅠ  
회원작성글 힝아  |  10.03
Q. MTT cell viability 실험
안녕하세요. 이번에 MTT로 세포 독성을 유발하지 않는 것을 보여주기 위해 cell viability 실험을 진행하는 중입니다. 여러 번 반복실험하는 시간을 줄이기 위해 제가 사용하는 약물과 동일한 약물, 동일 cell, 동일한 회사의 제품을 사용한 다른 논문들을 많이 찾아봤는데요. 예를 들어 다른 논문에서는 약물 농도를 0, 1, 5, 10, 25, 50uM 정도로 treat 했을 때는 control 그룹과 약물 농도 별 차이가 크게 보이지 않아 세포 독성을 유발하지 않음을 알 수 있는데, 제가 실험을 진행했을 때에는 위의 예시 농도들에 비해 한참 저농도에서 실험을 해야 세포 독성이 유발되지 않고, 다른 논문에서 사용한 농도들에 대해 실험을 진행했을 때에는 cell이 많이 죽어있었습니다.. MTT를 많이 진행한 다른 분들과 디스커션을 많이 진행했을 때에도 뭐가 문제인지 이해가 되지 않고, 같은 농도로 반복실험 했을 때, 거의 같은 경향성을 보여 실험 스킬에는 큰 차이가 없어 보였습니다,,  이럴 때에는 어떻게 진행해야 하는지 고수님들 알고 계시다면 조언 부탁 드립니다..
회원작성글 tntn  |  09.29
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