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BioLab 이은열 교수
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 카테고리: 전체 > Cell Biology > etc.
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. lipid peroxidation assay kit 관련 질문입니다.
abbexa사의 lipid peroxidation(MDA) assay kit을 구매했고 이걸 이용해서 lipid peroxidation를 측정하려고 합니다. Collect the cells into a centrifuge tube, and briefly centrifuge to precipitate the cells. Discard the supernatant and add 1 ml of Assay Buffer for every 5,000,000 cells. Sonicate at 20% power in 3 second bursts with a 10 second rest interval, for 30 bursts in total. Centrifuge at 8000 × g at 4°C for 10 minutes. Transfer the supernatant to a new tube, keep on ice and analyze immediately. 위의 sample 준비 과정에서 5x10^6를 1ml assay buffer를 넣으라고 하는데 cell seeding > 시약처리 > cell counting 해서 5x10^6 cell 만큼의 cell을 tube에 넣고 centrifuge하고나서 여기에 assay buffer를 1ml 넣으면 되는건가요? 제가 이해한게 맞는지 확인부탁드립니다.
회원작성글 SLYSH  |  09.23
Q. Cell homogenate의 glycerol assay kit를 cell media에 써 보신 분 있을까요?
안녕하세요 3T3-L1 분화 실험 중인 대학원생입니다....  다름이 아니라, 지금까지는 분화 끝내고 oil red o로 분화 정도를 확인하였었는데 이번에는 cell media의 glycerol을 측정하여 비교하려 합니다.  추천받은 키트의 프로토콜을 확인하니 cell homogenate를 이용하는 게 실려있던데, cell media도 같은 방식으로 실험해도 괜찮을까요? 괜찮다면, serum free 배지 같은 걸 48시간 정도 처리하면 glycerol이 충분히 나올까요..?   감사합니다.
회원작성글 버티기  |  09.22
Q. signaling pathway figure는 어떻게 해석해야 하나요?
예를 들어 설명드리자면 signaling pathway를 나타낸 그림에서 "A → B ⊣ C 라고 표시되어 있고, A는 B를 활성화시키고, B는 C를 억제한다." 라고 설명되어 있을 때, A protein의 phospho form이 B를 활성화 시키는 것인지, dephospho form이 B를 활성화 시키는 것인지, 활성화된 B protein이 C protein의 기능을 억제하는 것인지, 정확히 무엇을 억제하는 건지 등의 세부 정보는 어떻게 알 수가 있을까요?  이런 정보들이 기술되어 있는 자료도 있지만, 그냥 단순히 활성화한다고만 기술된 자료들도 많아서 많이 헷갈리는 상황입니다 ㅠㅠ   참고로 저는 autophagy signaling pathway와 PI3K/AKT/mTOR pathway에 대해서 찾아보는 중입니다! 조언 주시면 감사하겠습니다 ㅠㅠ
회원작성글 가우미  |  09.19
Q. 세포 에너지학 전공서
세포 에너지학을 상대적으로 자세하게 다루는 분자생물학, 또는 세포 생물학 전공서를 알 수 있을까요? 목차만 비교해서는 다룬다는 사실만 알 수 있지 그것을 얼마나 심도 있게 다루는지 알기 어려워 질문 남깁니다.
회원작성글 sa06003666  |  09.18
Q. Cobalt Protoporphyrin IX Chloride 녹이는 방법이 궁금합니다
sigma에서 구매한 Cobalt Protoporphyrin IX Chloride 를 cell에 처리하려고 하는데 pyridine:H2O (1:1) 로 녹이라고 되어있습니다. 655.03 g/몰 이고 100mg을 10mM로 녹일때 계산하니 15.26ml 정도에 녹여야하는데 pyridine 7.63ml, H2O 7.63ml 을 넣고 녹이면 되는게 맞나요?
회원작성글 SLYSH  |  09.17
Q. positive staining
석사 1학기차 초보입니다... 논문을 읽고 있는데 figure에 이런 그래프가 나왔습니다... positive stain은 어떤 의미를 나타내는 건가요..?ㅜㅜ
회원작성글 yettoly  |  09.16
Q. 구강상피세포 그람염색 질문합니다!!
고등학생입니다. 구강미생물에 대한 탐구 실험을 하려 하는데 입안에 면봉으로 문질러 구강상피세포를 떼어낸 후, 그람염색 실험을 하면 그람양성균과 음성균을 현미경으로 확인할 수 있는건가요? 많은 그람염색 실험에선 그람양성균과 그람음성균을 분리해서 배양한 다음 실험하던데, 현실적으로 균 배양은 힘들것 같아서 단순 구강상피세포로도 그람염색 균 관찰이 가능한지 궁금합니다 정리하자면 1. 면봉으로 떼어낸 구강상피세포로 그람염색 실험해서 현미경으로 그람양성균 음성균 관찰이 가능한지 2. 꼭 배양이 필요하다면, 별다른 장비 없이 구강 세균 배양하는 법 전문적 지식이 없는건 맞지만,,,자세하구 친절하게 설명해주시면 넘 감사할것같아요ㅠㅠㅠ
회원작성글 leeseo  |  09.15
Q. 환경조건 변화에 따른 미생물 성장
교내에서 탁도 변화에 따른 미생물 생장 곡선을 그리는 세부주제로 실험을 진행 중에 있습니다. 카올리나이트를 사용하여 탁도 변화를 주려고 하는데 ss값을 5,10,15,20을 정확히 맞추어 실험을 진행하려 하는데 1L의 영양배지에 카올리나이트를 각각 5mg, 10mg, 15mg, 20mg을 넣어서 수질공정시험법에 따라 부유물질 실험을 진행하였는데 값이 정확하게 5,10,15,20이 측정되지도 않고 점점 값이 증가되야하는데 증가하지도 않습니다. 어떤것에 문제가 있을까요?   실험 목적은 환경조건변화에 따른 미생물의 성장 변화를 파악하기 위함입니다. 미생물은 일반적으로 잘 알려진 마이크로시스티스, 아나베나, 오실라토리아를 사용할 예정이며, 처음 분취전 영양배지(bg-11)에 카올리 나이트를 첨가하여 0,10,15,20 mg/L의 ss농도 상태에서 어떤것이 성장이 잘 되는지 어떤것이 더딘지를 파악하기 위한 실험입니다. 또 부유물이 침전이 될것 같아서 매일 교반을 같이 진행하고자하는데 이는 미생물이 성장하는데 다른 영향을 줄지 의문입니다. 예를 들어 교반시 발생하는 열이라던지, 마그네틱바에 조류가 끼인다던지등의 의문이 생겨 다른 연구자분들의 의견이 궁금합니다.    일전에 한번 올렸던건데 다시 재업하여 죄송합니다.
회원작성글 01+084+15  |  09.08
Q. Microsystis toc 측정문의
안녕하십니까 현재 대학교 실험실에서 미생물 관련 과제를 진행중인 대학생입니다. 다름이 아니라 미생물 배양중에 TOC도 함께 측정중인데 TOC 값이 증가하기는 커녕 오히려 감소중이어서 원인이 궁금하여 다른 연구자분들께서는 어떻게 생각하시는지 궁금하여 질문 올립니다, 현재 배양중인 미생물은 microsystis, anaebaena, oscillatoria 총 3종이며 microsystis를 제외한 주 미생물의 toc값은 증가중인데 유독 microsystis만 TOC 값이 감소합니다. 배양설정은 기본적으로 많이 사용중인 bg-11, 온도며 광도 등의 설정조건은 다른 논문들과 유사하게 진행중이며 cell counting시 또렷하진 않지만 일반적으로 알려진 미생물 성장곡선과 유사하게 성장하며 색 또한 초록빛을 띄워 배양상 문제는 없는것 같은데 toc기기또한 다른 물질들은 정상적인 값이 나와 미생물 전처리과정에서 문제가 있지 않을까 싶습니다. 현재 저희는 aom을 추출하여 TOC를 측정중에 있는데 추출방법은 다음과 같습니다.  - 10ml 분취, 원심분리기 5000rpm 10분, 이후 여과 이세가지 순으로 진행중인데 20일까지 증가하던 TOC가 20일 이후 반으로 감소되며 13~15ppm 정도로 측정되고 있습니다.   다른 연구자분들이 이와같은 상황에 대하여 어떤 생각이신지 궁금하여 질문 올려봅니다 ㅠㅠ
회원작성글 01+084+15  |  09.08
Q. Western blot에서 protein sample 농도
안녕하세요, 이전에 진행했던 western blot protocol을 정리 중인데 전기영동 전, protein 농도에 따른 protein sample 제조하는 방식에서 모르는 것이 있어 질문드립니다.   : 정량된 50 μL WCL(Whole cell lysis)(extraction에서 추출한 상층액. Protein) 기준 + 10 μL 5X SDSB + 4 μL 1M DTT 남은 양은 buffer로 채운다. : 해당 실험에서는 protein의 농도가 3000 μg/μL이고, sample 200 μL 당 protein은 250 μg이 필요하기 때문에 Protein을 12배로 희석해야한다. : 따라서 16.7 μL protein + 40 μL SDSB + 16 μL DTT + 127.3 μL m-Per buffer = 200 μL   다음과 같이 정리를 했었는데, 빨간 글씨로 표시한 것처럼 protein의 농도가 왜 16.7이 되는 것인지 이해가 가지 않아 질문드립니다.   정리를 할 때에는 3000(protein의 농도) ÷ 250(원하는 protein 농도) = 12 -> 12배 희석 50(기준이 되는 WCL) ÷ 12(희석) ?? × 4(만들어야 하는 양만큼 4배) = 16.7 이와 같은 식으로 정리를 하였는데, 이렇게 계산되는 이유, 특히 밑줄 친 부분을 알고 싶습니다.
회원작성글 민군밤  |  09.07
Q. 항산화능평가 세포실험에서 표준물질 실험군의 의미(?)
안녕하세요, 제가 지금 어떤 샘플의 항산화능을 평가하기 위해 세포실험을 진행하고 있는데 실험군과 관련해서 궁금한점이 있습니다. 보통 세포실험할 때 아무것도 처리하지 않은 negative control군(음성대조군)을 두고, 다양한 농도별로 샘플처리하는 positive control군(양성대조군)을 두는데요. 이 샘플의 항산화능을 판단하기 위해 대표적인 항산화제인 vitamin C를 실험군에 포함해서 대략적으로 비교하는 경우도 있잖아요? Q1. 이 때, vitamin C 는 양성대조군, 음성대조군 등과 같이 명명을 어떻게 하면 될까요? Q2. 또,  vitamin C과 같은 표준물질은 uM농도로 처리한 논문이 많은데, 샘플은 ug/mL로 처리해서 샘플과 표준물질간에 그 효능을 비교하기에 어렵더라구요.  그래서 표준물질의 분자량을 이용해서 uM -> ug/ml이렇게 환산해서 비교를 했습니다. 그랬더니 제가 본 논문에선 샘플 농도는 25, 50, 100 ug/ml인데 vitC는 17 mg/mL를 처리한 셈이더라구요.  (핵심질문) 그럼 샘플의 효능을 표준물질이랑 비교할 때 표준물질의 농도가 꼭 샘플 농도들과 꼭 동일하지 않아도 괜찮은건가요?(비교가 가능한건가요?) -> 표준물질은 단순히 특정 지표가 되는 값으로 보고 내 샘플은 이쯤의 농도에서 vitamin C를 이만큼 처리했을 때보다 비슷할거다, 높을거다, 낮을거다 등으로 판단하는데 쓰는걸까요?  
회원작성글 experiment  |  09.06
Q. PBMC FACS Lymphocytes gating 질문드립니다.
PBMC를 이용하여 FACS 분석을 하였는데 다음 그림과 같이 나와서요.. 혹시 이 그림에서 Lymphocyte 가 어디인지 알 수 있을까요??
회원작성글 j1009  |  08.30
Q. prism graphpad ANOVA 관련
prism으로 ANOVA 분석을 하려는데, 'Compare the mean ~ of every other column'과 'Compare the mean ~ of a control column'이 무슨차이가 있는건지 아시는 분 계신가요?? 저는 전자는 모든 그룹간의 비교 (예, A-B, A-C, B-C) 후자는 선택한 column과만 비교(예, A-B, A-C)라고 생각해는데 p-vlaue값이 다르더라구요.. 제가 통계쪽 공부가 부족해서ㅜㅜ 아시는 분 있으시다면 도움 부탁드려요
회원작성글 cryyoe  |  08.27
Q. TEER 기계 빌릴 곳이 있을까요?
안녕하세요..! caco2 로 tight junction protein 확인 차 TEER 값 측정을 하고 싶은데 저의 랩에는 기계가 없어서요..ㅠㅠ   염치 불고하고 TEER 기계를 빌릴 수 있을까 하는데 혹여 가능한 곳이 있을까요? 부탁드립니다.  
회원작성글 mingudam  |  08.23
Q. Luteolin uM 계산
luteolin을 셀실험에 사용하고 싶어 uM로 계산하려고 합니다. 1,5,10 uM 농도로 만들어 적용하고 싶은데 계산법을 알려주실 수 있으신가요?
회원작성글 머드라  |  08.23
Q. 약물농도와 관련하여 문의드립니다.
안녕하세요. 현재 약물간의 combination을 통해 최적의 조합을 찾는 실험을 하고 있습니다. combination을 하기 전 각 약물이 in vivo에서 사용되는 용량을 찾고자 하는데 약물 성적서에서는 관련 정보를 찾을 수 없어 문의드립니다. FDA나 특정 사이트에 관련 정보가 있는지 아니면 논문을 통해 자료를 모아야 하는건지 알려주시면 감사하겠습니다. 감사합니다.
회원작성글 cswone2  |  08.16
Q. Exoquick TC 사용시 질문
Exoquick TC 이용해서 세포 배지에서 엑소좀 추출을 하였는데, 배지에 바로 ExoquickTC를 넣었습니다. 근데 프로토콜을 보니 세포외 파편 같은 것을 제거하기위해 0.22um filter나 원심분리를 한 뒤 처리하라는 스텝을 보았습니다. 실험 목적은 엑소좀에서 RNA를 뽑으려고 합니다 이런 스텝을 안하게되면 결과에 큰 문제가 생길까요..?
회원작성글 별헤는밥  |  08.12
Q. migration할때 FBS 첨가하나요?
migration을 하고 있는데 실험실에 protocol이 없어서 논문만 엄청 찾아보았는데 FBS를 첨가한다는 말은 전혀 없더라구요. 그래서 그대로 했는데 세포가 이동을 안했습니다. 다른 실험실 지인 FBS를 첨가해야 이동을 한다고 하여서 10%fbs를 트리트먼트하고 30분뒤에 첨가하니 정말 이동을 하더라고요. 근데 원래 migration에 fbs 첨가하는게 맞나요?  저희는 처음부터 셀 시딩을 많이 하여서 3~4시간이면 처리한 cell들은 가운데로 다 붙습니다.  논문에 안써있어서 FBS를 첨가하는게 맞는건지 10%를 넣는것이 맞는건지 궁금합니다. 도와주세요!!!
회원작성글 oneday  |  08.11
Q. buffer의 역할
엽록체 분리 실험에서 grinding buffer가 사용이 됩니다. 그 성분에는 sorbitol, sodium pyrophosphate, mgcl2 ascorbic acid 가 있는데 이 성분이 어떻게 엽록체 파쇄에 도움을 주는지 모르겠습니다.    그리고 buffer라는 건 ph를 일정하게 유지시켜주는 건데 grinding buffer은 이러한 ph 유지 역할이랑은 관련이 없어 보이는데 왜 buffer라고 하는 건가요 관련 자료라도 올려주시면 감사하겠습니다. ㅜㅜ
회원작성글 곧3  |  08.10
Q. ImageJ로 형광 정량하는 법이요 ㅠㅠ
imageJ로 세포 형광 정량하려고 하는데, 저같은 경우는 colocalization을 한거라, 같은 위치에서의 두 형광 시그널을 받아 비율을 보려고 하는데, (red대비 blue의 형광을 보려고합니다) Split channels->Threshold 설정-> Analyze particles를 사용하면 red와 blue의 point가 다릅니다.  저 위의 사진은 20x에서 찍은 셀을 제가 직접 누끼(?)딴건데 교수님께서는 정량하려면 최소 150 cell 직접 따거나 10x 5장으로 정량하라고 하십니다.   혹시 같은 위치에서 2가지 채널의 시그널을 정량할 수 있는 방법이 있을까요? 제가 일일히 따야하는걸까요? 도와주세요..
회원작성글 컬쳐룸도비  |  08.10
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