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Q. |
당류 분석 중 시료뭉침현상 |
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당류 분석시 현재 녹말종류를 하고 있는데 증류수와 녹말이 73도씨에서 실험한 뒤 식히고 원심분리기에 돌리면 그대로 떡져서 상층액을 추출하기 어렵습니다. 이런 떡짐현상을 어떻게 해야할까요?:
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실험잼미니 | 02.08 |
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Q. |
wgs browser 사용 |
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de novo whole genome sequencing을 진행하여 FASTA file과 annotation 등 결과 파일을 가지고 있습니다.
이를 genome browser 같은 program으로 한번에 볼 수 있도록 하고 싶은데 사용가능한 프로그램이 어떤 것이 있을까요 ,,,?
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크니 | 01.05 |
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Q. |
여러 카피의 plasmid에서 발현된 transcription level을 각각 측정하는 방법이 있을까요? |
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Lentivirus나 plasmid 여러 카피를 genome에 integration 한 후에 각 카피에서 발현되는 transcription level을 따로 측정할 방법이 있을까요? 예를 들어서 plasmid 하나는 euchromatin에 integration 되어 있고, 다른 카피는 heterochromatin에 integration되어 있을 때 euchromatin에 integration되어 있는 plasmid에서 expression이 상대적으로 높을거라고 예상할 수 있는데 RNA-seq 등으로 이걸 측정할 수 있는 방법이 있을지 궁금합니다. 대략적으로 생각해보면 5UTR 이나 3UTR에 barcode를 달아서 plasmid libary를 transfection하면 될 것 같은데 자세한 method나 관련된 논문을 아시는 분이 계시면 알려주시면 감사하겠습니다.
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emilo | 2022.11.23 |
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Q. |
젖산균의 분리배양 |
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김칫국을 이용해서 젖산균의 분리배양 실험을 했는데
MRS 배지에 10의 1승부터 10의 3승까지 도말평판법, 주입평판법 두 가지 방법으로 진행하였고 67시간 정도 배양 후 확인했습니다.
1승부터 3승까지 모든 배지가 곰팡이 처럼 보이는 것만 징그럽게 배양되었는데 잘못된걸까요? 곰팡이가 배양된걸까요? 효모도 배양될 수 있나요?
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ㅣ아ㅏ | 2022.11.14 |
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Q. |
다들 실험하실 때나 샘플 정리할 때 맨손으로 하시나요? |
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연구실험 했던 랩에서는 항상 니트릴 장갑끼고 시료 정리하고, pcr 기계나 centrifuge, vortex 같은 기기 만질 때도 맨손으로 못하게 했어서 의문이 들어 여쭈어 봅니다. 다른 랩도 다 이러는진 모르겠는데
저희 랩에서는 겔 내릴 때도 맨손으로 하고, 시료 정리나 ep-tube 열어볼 때도 마스크 안끼고 말하고 맨손으로 만지고, 그러다가 손가락이 실수로 tube 속으로 들어가기도 하고 그러는 것 같은데 이게 정상인가요? 선배한테 이건 좀 아니지 않냐고 했더니 오히려 제가 결벽증인 것처럼 몰아가는데 무슨 개인과제나 최적화 하는 것도 아니고 타교랑 연계하는 과제거나 기업체랑 엮여있는데 참 갑갑하네요.. |
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초보인턴 | 2022.11.03 |
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Q. |
Seq이 비용이 너무 비싸잖아요. |
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그냥 마냥 기본적인 질문인데요. 그러면 그냥 내가 예상하는 병명에 대해서 target을 정해놓고 qPCR을 해서 알아보는 방법은 어떤가요?
굳이 NGS를 해서 전체 데이터를 확인하고 실험을 진행하는게 맞는건가요?
비용이 넘 비싸서 저렴하게 할 수 있는 방법이 없는지 궁금해요.
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hihithere | 2022.10.29 |
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Q. |
Single Cell RNA-Seq의 validation 질문 |
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Bulk RNA-seq의 경우, DEG 분석후 candidate gene에 대해서
Real-time PCR로 validation을 하는 것으로 알고 있습니다.
그러면,
Single Cell RNA-Seq의 경우에도, validation 이 필수 적인가요?
답변 부탁합니다.
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궁궁궁굼 | 2022.10.25 |
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Q. |
tagging protein 추천 받고 싶습니다 |
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안녕하세요 선배님들
석박 3년차 중인 애기 석박입니다.
CRISPR-Cas9을 이용해서 특정 protein 서열에 tagging한 ESC를 제작하고자 하고 있습니다.
주로 HA나 FLAG을 사용하겠지만 두 tag 모두 organoid나 mouse에서 non-specific binding이 나타났다는 말이 있어서 더 좋은 tag을 구하고 있습니다.
목표로 하는 protein은 ICC, IP, WB 용도로 사용할 예정이라 적절한 Tag을 추천 받고 싶습니다.
V5, MBP, GST, HALO 등 다양한 내용들이 있었지만 어느게 제가 사용하고자 하는 application에 적절할지와 우수할지 궁금합니다.
되도록이면 CRISPR-Cas9 HDR로 넣을 예정이라 짧은 seq이면 좋을 거 같습니다.
감사합니다
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도비가공짜 | 2022.06.24 |
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Q. |
분해효소 없이 단백질이 분해될까요? |
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안녕하세요. 예시를 들어 단백질 관련 질문드립니다.
단백질은 아미노산이 50개 이상일 때, 단백질이라고 하죠
어떤 방법으로 아미노산 1,000 개를 이어붙이고, 순수한 상태로 보관했을 때
이 단백질은 자연적으로 분해가 될까요? cleaved 현상이라던지...
구조는 논외로 하겠습니다. 순수히 1차 구조(아미노산 서열)로만 의견 부탁드립니다.
4도에서 보관할 때와 37도(과하게 50도까지)에서 보관할 때, 37도에서 분해될수도 있나요? 분해효소가 없다는 가정하에?
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모자 | 2022.05.26 |
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Q. |
BioCyc (MetaCyc) 구독 고민중입니다. |
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E.coli가 아닌 다른 세균의 expression을 보려고 하는데, 구독 비용이 부담스러워서 고민중입니다.
1. BioCyc 대신 KEGG 를 사용하는 건 어떻게 생각하시나요?
2. A라는 pathway에 대한 정보를 알고자 할 때, 논문검색을 통해 찿는 것과 BioCyc에서 찾은 후 출처로 사용한 논문을 읽는 것 중 어떤 것이 더 효율적인가요?
3. 업데이트는 잘 되는 편인가요?
4. 구독 비용이 좀 되어서.. 저 또는 저희 실험실에서 구매하긴 좀 부담스러운데, EcoCyc 을 사용하는 다른 lab이랑 Metabolomics 연구하는 lab이 있어서... 그 방 사람들에게 영업하고, 제가 다니는 대학 도서관에서 부담하는 방식으로 해 보려 하는데 괜찮을까요..?
5. BioCyc보다 저렴한 대체제가 있을까요..? 일단 KEGG 생각해보고 있는데 인터페이스가 초보자에게 친절하진 않은거같아서..
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창의적인사람 | 2022.04.13 |
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Q. |
Metaboanalyst 프로그램 사용에 따른 관련 질문 |
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안녕하세요.
현 졸업논문을 작성하고 있는 석사 과정중에 있는 대학원생입니다.
다양한 실험 결과를 해석함에 있어서 metaboanalyst라는 프로그램을 접하여 결과를 내고 result를 작성하고 있는 와중에 벽에 부딪혔습니다.. 주변에 도움을 받을 수 있는 곳이 마땅치 않아서 고민하다가 이곳에 Q/A 올립니다 ㅠㅠ
이러한 R2X, R2Y, Q2값을 작성하는 부분인데요. 저는 지금 PCA, PLS-DA 통계 결과에 대해서작성을 하고 있습니다.
구글에 서치해도 그 어디에도 구하는 방법이 안나오고 어떤 외국인 분도 어떻게 구해야하냐라는 질문에 R프로그밍을 돌리면 된다고하는데 저는 R프로그래밍을 할 줄 몰라서 혹시 metaboanalyst에서도 결과돌리면 바로 찾을 수 있는 것인지, 아니면 다른 계산법이 있는 것인지
제가 다른분한테 듣기로는 그 metabo사이트 안에서 결과ㅡㄹ 돌리면 얻을 수 있는 값이라는데 아무리 찾아도 안보여서요..
급하게 회원가입하고 질문 남깁니다.
혹여나 아시는 분 계신다면 도움을 요청드립니다 ㅜㅜㅜㅜㅜ
답변 주신다면 정말 정말 감사하겠습니다.
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cobyhey | 2022.03.10 |
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Q. |
LC-MS 관련 internal standard method 질문드립니다. |
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안녕하세요. lc-ms 를 통한 metabolite 분석 중 내부표준법에 대해 질문드립니다. 분석 대상은 2가지이고 A,B라고 칭하겠습니다.
혈장 내 대사체 분석이므로 공혈청을 사용하여 analyte standard A, B를 serial dilution 하였고, ISTD (isotope label 된 internal standard) A,B 는 모든 샘플에 동일한 양를 넣어 Calibration curve 를 작성 후 analyte A/internal standard (ISTD) A에 대한 calibration curve 과 analyte B/internal standard (ISTD) B를 작성 후 정량 비교를 할 예정이었으나..
2가지 isotope labelled standard 중 하나가 원인을 모르겠지만, 색이 변색이 되었습니다. 얼었을땐 노란색, 해동 후 검정색으로요....(이유가 뭔지 모르겠네요..)
품질에 문제가 있을 것 같아서 2가지 중 멀쩡한 ISTD A하나만을 사용하여 analyte A / ISTD A에 대한 calibration curve를 만들고 analyte B / ISTD A에 대한 Calibration curve 를 만들어서 정량분석을 진행하려고하는데...
제 생각에는 이론상 문제가 없을꺼같은데..혹시 괜찮을까요???
어떤 논문에서는 하나의 ISTD 를 사용하여 두가지 대사체의 양을 확인하더라구요...
답변부탁드립니다..
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질문한 | 2022.02.10 |
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Q. |
lysis buffer에 푼 샘플 보관 |
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protein assay 중 lysis buffer에 샘플을 풀어두었는데
실험을 바로 진행할 수 없게 되어서 보관해두었다가 1~2일 뒤에 BCA와 이후
실험을 진행하려는데 이전에 lysis buffer에 푼 샘플을
얼음에 두었다가 응어리가 생겼던 경험이 있어서
실온 (18도)에 보관할지 냉장고(4도)에 보관할지 고민입니다ㅠㅠ
조언 부탁드립니다!
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도르프 | 2022.01.14 |
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Q. |
WGS sequencing 질문 |
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안녕하세요
저희가 WGS로 sequencing을 진행하는데요
궁금한 것이 있어 여쭤봅니다.
같은 sample인데 생산날짜가 다른 Library로 sequencing을 진행 했을때,
sequencing후의 데이터 분석시 문제점이나 차이점 등을 알고 싶습니다.
답변해주시면 많은 도움이 될 것 같습니다 :)
감사합니다.
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dlkdakl;d | 2022.01.13 |
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Q. |
SIMCA 사용 중 UV, Par 를 설정하는 기준이 뭔가요? |
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SIMCA 사용하면서 UV로 하라 Par로 하라 사람마다 다른 것 같은데
통계나 SIMCA 같은 교육을 따로 안 받고 사용하다 보니
의미하는 바를 잘 모르겠습니다.
UV나 Par를 설정하는 차이가 뭔가요??
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질문입니다 | 2022.01.05 |
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Q. |
다사 염색체 실험 과정중 질문입니다. |
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다사 염색체는 보통 분리되지 않아 다른 일반 세포보다 큽니다. 다사염색체 의 일반적인 예시가 초파리 침샘 염색체인데
중간에 과정에서 침샘염색체를 고정할때 아세트산 용액을 사용하는데 왜 에탄올이 아니라 아세트산을 사용하는지 궁금합니다. (1)
또 염색할때 아세트 올세인 용액을 쓰는데 염색체에서 진하게 염색된 띠와 그렇지 않은 띠는 유전자 발현 양상이 어떻게 달라지나요? (2)
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Hoodi | 2021.11.26 |
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Q. |
항응고 처리된 혈액 사용법 |
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혈액 응고와 관련된 실험을 진행하는데 혈액빼고 다 구했는데 혈액이 말썽입니다.
헤파린같은 약물로 항응고 처리된 혈액은 구할 수 있을 것 같은데 이를 원상태로 실험에 이용할 방법이 있을까요?
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카리나는신이에요 | 2021.08.27 |
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Q. |
혈액 실험 |
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혈액 응고 실험하는데 동물혈액(피브린 없는거) 사서 피브린 직접 넣으면 똑같이 쓸 수 있너요?
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카리나는신이에요 | 2021.08.25 |
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Q. |
거대염색체와 유충의 영양 상관관계 |
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초파리 침샘 염색체 관찰 실험을 할 때 유충의 영양상태에 따라 영양상태가 좋은 유충이 아닌 유충보다 관찰이 용이하다는 점 까지는 이해하겠으나, 영양상태에 따라 구조가 변하거나 하는 지에 대해 의문이 생겨 이렇게 질문 드립니다.
예를 들어 초파리 침샘 염색체 관찰 실험을 할 때 영양이 풍부한 배지에 기른 유충과 유충이 살아가기 위해 필요한 최소한의 영양만을 가진 배지에 기른 유충에서 침샘 염색체의 구조의 차이가 있나요? ㅜㅠㅠㅠ
아직은... 생물분야 지식이 부족해서... 이렇게라도 알아서 동아리원들을 따라가야겠다는 마음으로 글 올려봅니다. 혹시 아신다면 간단하게라도 좋으니.. 답변 해주시면 감사하겠습니다. |
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서깅 | 2021.08.17 |
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