안녕하세요. 논문을 이제 막 시작하고 있습니다. 기초도 엄청 부족하지만... 두 군의 Telomere length차이가 유의미한지확인하는 실험인데 샘플맡길 회사 결과가 길이 3~4 kb, 3.5 입니다. 이런식으로 나오더라구요. 사실 단일값이 나오면 쉬운데 실험값은 오차가 생기기 마련이라 두군을 비교해서 통계자료를 얻으려면 결과값이 range로 나오면 비교가 곤란할거같습니다. 혹시 어떻게 처리하시는지..

안녕하세요 선배님들, 식품미생물학관련 실험실에서 석사과정을 지내고 있는 학생입니다. 제가 현재 phage DNA를 NCBI blastn를 돌려보고 있고 결과 중 query cover 결과에 대해 궁금한 점이 있어 질문을 남겨봅니다 제가 알기로는 query cover 혹은 coverage가 'query 중 결과와 align 된 query 길이의 비율'로 알고 있고 검색을 해봐도 저렇게 나왔습니다 만약 그렇다면  약 47Kbp짜리 query를 blastn을 돌려 결과의 query cover가 100%가 나오면 47Kbp가 모두 align되어야 맞는거 아닌가요? 그런데 query cover 100%/ percent identity 99%이상 나온 결과의  alignment 결과를 보니 37Kbp만 align되어 이상하다고 생각이 되어 질문을 남겨봅니다.ㅠ 감사합니다 선배님들  

NCIB_SNP 에서 변이타입 중 del 과 indel의 차이를 모르겠습니다.   CCR5-delta32의 염기서열을 찾는 과정에서  del을 체크하면 rs333이 안나오고, delins(insert+deletion의 합성어)을 체크하면 rs333이 검색됩니다. 제가 알기로 CCR5-delta32는 32bp만큼 결실된 것으로 del을 체크해도 검색이 되어야 하지 않나요..?  

NCBI에서 frequency로 나오는 아래 그림자료를 어떻게 해석할까요? 해당 염기만큼이 결실된 정도가 0.074라는 것 같은데, 전체 엑솜에서 0.074라는 것이고,  그아래부터, GnomAD, ExAC, PAGE_STUDY, KJPN, ALFA, GO-ESP 등등 에 대한 해석을 못하겠습니다ㅜㅜ   

mini prep 당시 protocol에 따라 진행하였습니다. Resuspension buffer를 넣고 lysis buffer를 넣어서 sticky해진 것을 확인하였습니다. 문제는 여기인데요. Neutralization buffer를 넣어 cloudy된 것을 확인 후 centrifuge 하고 상층액을 따려고 했는데 sticky 하였습니다. 그래서 centrifuge를 protocol보다 더 over해서 돌렸으나 여전히 sticky해서 상층액을 따려고 해도 pellet이 딸려옵니다. 혹시 buffer에 추가되어야 하는 것이 있거나 무엇이 잘못되었는지 설명해주실 분 계실까요?

미생물한도시험를 진행하였는데 슈도모나스 회수율이 부적합이 나왔습니다 다른것들에 비해 슈도모나스가 잘 안자라는 이유가 있을까요?? (실험은 약전 그대로 진행)

LC-MS/MS 의뢰하여 샘플의 단백질정보를 accession number 형식으로 받았습니다.  이 결과를 통해 DAVID분석이나 String분석을 하고 싶은데 accession number로는 분석이 안되더라고요. 이런식으로 계속 창이 떠서 Gene ID나 Gene symbol로 변환을 해야 분석이 가능하다는 것 같은데 아무리 인터넷을 찾아서 해봐도 변환이 안됩니다ㅜㅜ  taxonomy는 lactobacillus paracasei이고 accession number는 이런식으로 결과를 받았습니다 QUT00023.1 RYT00050.1 AZQ00181.1 ATH00032.1 혹시 어떻게 변환하는지 아시는 분은 알려주실 수 있으실까요? 부탁드립니다ㅜㅜ

안녕하세요 실험 후 p value를 계산하려고 합니다. 실험은 다음과 같이 진행되었습니다. 1) Control 그룹: A 균주를 아무 처리도 하지 않고 배양한 그룹 2) Treatment 그룹: A 균주를 특정 물질을 처리한 후 배양한 그룹   저는 같은 균주를 사용하여 특정 물질의 처리 전후를 비교하기 때문에 paired 방식으로 p value를 계산하는 것이 맞다고 생각했으나, 주변에서는 unpaired 방식으로 계산하는 것이 맞다고 하셨습니다. 기본적인 내용이지만, 인터넷을 찾아봐도 왜 unpaired로 계산해야하는지 잘 이해가 안되기에..여쭤보고자 합니다 ㅠㅠ   감사합니다.  

  AWS 이용해서 qiime2  커뮤니티AMI 로 설치 하려고 하는ㄷㅔ..  EC2 Instance Connect is unable to connect to your instance. Ensure your instance network settings are configured correctly for EC2 Instance Connect. For more information, see Set up EC2 Instance Connect at https://docs.aws.amazon.com/AWSEC2/latest/UserGuide/ec2-instance-connect-set-up.html.   다음과 같은 메세지가 뜨면서 커넥션에 계속 문제가 생기네요..ㅠㅠ   왜이런 문제가 생기는 걸까요 ㅠㅠㅠ qiime 문서에서는 간단하게만 나와있던데 ㅠㅠ   혹시 해보신 분 계실까요.. ㅠㅠ ???      

Bioedit 프로그램을 이용해서 미지의 sequence 2개와 original sequence를 비교하려고 하는데요. 아래에 dot이 생기도록 됐던 거 같은데 방법을 잊어 질문드립니다. 그리고 sequence를 3개씩 떼서 읽을 수 있는 방법도 같이 질문드립니다. Mutation이 있을 거 같은데 아미노산을 확인해봐야 해서요. 감사합니다..

안녕하세요, 혈구 분석기 데이터를 가지고 통계를 돌리려고 하는데  몇가지 질문이 있어서 올립니다. 1) Con그룹과 1번, 2번 그룹 사이의 유의성을 알고 싶습니다. One-way ANOVA로 통계를 돌리려고 하는데 맞을까요? 2) 일부에서 Con로 2개의 그룹을 나누라고 하는데 이 개념이 이해가 안됩니다,, 3) 위의 데이터를 다음과 같이 돌리면,  이런 결과가 나오는데,  어떤 그룹과 어떤 그룹이 유의미한지.. 구하는 방법을 알고 싶습니다ㅠㅠ 사전사후 방법을 쓰라는 말을 들었는데.. 그렇게 하면 될까요? 도와주세요...

SecretomeP install 후 preinstallation 항목 중 PSROT2가 configure되지 않았다고 발생하는데 개별적으로 실행시켰을 때는 제대로 작동을 합니다. SecretomeP file에 PATH도 제대로 입력하였다고 생각이 되는데 configure 상에서 자꾸 **표시로 configure되지 않았다고 출력되는지 모르겠습니다. 혹시 아시는 분 계시면 조언주시면 정말 감사할 것 같습니다!

Multilinear regression 법으로는 유의한 차이가 없었지만,  각각의 독립변수를 simple linear regression법으로 분석한 결과 통계적 유의성이 있습니다. 결론을 어떻게 내면 좋을까요?  

안녕하세요 신종 미생물 공부하고 있는 학부생입니다 16s 서열 blast하는거에 질문이 있는데요.. 제 균주의 16s rRNA sequence를 Ezbiocloud에 넣고 blast해서 나온 결과로 similarity 고려해서 type strains들 골라서 tree를 그리려고하는데  아는 분이 신종 논문 균주들은 database에 반영이 아직 안된 경우도 있다고 pubmed에서 해당 속 nov. 논문 찾아서 MEGA에 찾은 균주들 16s 서열을 복붙해주고 있습니다.    1. outgroup에 넣을 균주는 어떻게 선정하나요?   2. 아직 반영안된 nov. 균주들을 논문에서 찾아서 mega에 넣을떄 그 논문에서 사용된 outgroup을 매번 넣어줘야하나요? 그러면 굉장히 많은 outgroup이 tree에 그려지게 될텐데 bootstrap 값이 가장 낮은 놈을 outgroup으로 사용하면 될까요?    3. 아직 반영안된 nov. 균주들을 논문에서 찾아서 추가해주는게 정말 필수적인 작업인가요? 그렇다면 보통 연구자들은 근 몇년도 논문까지 확인하시나요?   4. NCBI Blast도 해봐야할까요? Ezbiocloud의 blast결과와 다를수도 있다는 소리를 들어서요. 그렇다면 하나하나 두 사이트 blast결과를 비교해가면서 ezbio blast결과에는 안나온균주 넣어줘야겠죠??   5. Eztaxon이라는 것을 들었는데 type-strain만 표시해준다더군요.. Ezbiocloud랑 ncbi blast는 t-strain이 아닌것도 나오고 하는데 NCBI blast와 Ezbiocloud에서 blast를 생략하고 Eztaxon의 blast결과만 가지고 tree를 그려도 무방할까요?   질문이 많아서 죄송합니다.. 독학하고있는데 질문할곳이너무없어서요 ㅜㅜ... 혹시 답변해주신다면 정말정말 감사드리겠습니다!!

실험을 이제 배우고 있습니다.  온도별로 유전자가 발현된 정도를 비교해보는 과정으로 연습을 하려고 하는데, 교수님께서 특정 strain을 온도별로 키웠을 때 발현되는 유전자들을 sequencing해둔 데이터들이 있을거라고 한 번 찾아보라고 하셨습니다... NCBI에서 찾아보았지만 온도별로 정리된 것은 없는데 혹시 어떻게 찾는지 방법을 여쭤봐도 괜찮을까요?

사진의 결과를 보면 100% 부터 25%까지 similarity가 다른 것을 알 수 있는데, 이 전부가 나온다는 결과인건지, 아니면 없는 것도 있는건지, 어떤 방식으로 구분하는건지 궁금합니다.