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 카테고리: 전체 > Bioinformatics
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Q. 유전자를 찾을 수 있는 방법이 있을까요?
실험을 이제 배우고 있습니다.  온도별로 유전자가 발현된 정도를 비교해보는 과정으로 연습을 하려고 하는데, 교수님께서 특정 strain을 온도별로 키웠을 때 발현되는 유전자들을 sequencing해둔 데이터들이 있을거라고 한 번 찾아보라고 하셨습니다... NCBI에서 찾아보았지만 온도별로 정리된 것은 없는데 혹시 어떻게 찾는지 방법을 여쭤봐도 괜찮을까요?
회원작성글 제이ㅇ  |  02.07
Q. bioinformatics antismash 결과 관련 질문드립니다. 첨부파일
사진의 결과를 보면 100% 부터 25%까지 similarity가 다른 것을 알 수 있는데, 이 전부가 나온다는 결과인건지, 아니면 없는 것도 있는건지, 어떤 방식으로 구분하는건지 궁금합니다.
회원작성글 가별  |  02.06
Q. Trinity 패키지에 있는 DESeq과 R로 직접 돌리는 DESeq이 차이가 있을까요?
전에는 reference genome이 없어서 트리니티로 어셈블리하고 나서 deseq 돌려서 아래 코맨드처럼 트리니티를 이용해서 deseq2을 돌렸습니다. /trinityrnaseq-v2.13.2/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl --matrix Trinity.isoform.counts.matrix --samples_file sample.txt --method DESeq2 --output DESeq2_trans   이번에는 참조 유전체가 있어서 HISAT2-HTSeq-DESeq2 순서로 돌리려고하는데 보통 DESeq2를 R울 이용해서 코드를 돌리더라구요 위에 코맨드를 이용하면 훨씬 편한데 R로 하니까 코드도 길어져서 첫번째 코맨드를 사용하고 싶은데 두 코맨드를 사용했을때 차이가 많이 발생할까요?
회원작성글 오오오오복  |  02.02
Q. TSA 2X배지
실험 진행을 하려고 하는 도중 TSA 2X 배지를 이용하라는 게 있더라고요.. TSA 0.8%, TSA 1.5% 제조법은 나와있는데 TSA 2X 배지는 아무것도 써있는 게 없어서 질문남깁니다 1. TSA 0.8%, 1.5% 제조에 쓰이는 Tryptic Soy Agar 와는 다른 성분으로 만드는 건가요? 2. 만약 같은 성분으로 만드는 거라면 100ml 기준으로 얼마나 베합해야 하나요? 급하게 물어봅니다 정말 급해요
회원작성글 yskpara  |  01.30
Q. rna-seq 분석 HISAT2 에러
안녕하세요, 마우스 샘플 1개 테스트를 위해 HISAT2 돌리다가 문제가 생겼습니다. 노트북(Intel(R) Core(TM) i5-10210U CPU @ 1.60GHz   2.11 GHz, 16RAM)에서 버추얼박스를 설치해 우분투에서 돌렸습니다. 아래는 제가 입력한 명령어입니다. hisat2 -p 4 --rna-strandness RF -x ./2.Input/GRCm39 -1 ./2.Input/LA50-3-CO_1_paired.fastq -2 ./2.Input/LA50-3-CO_2_paired.fastq 2> ./3.Output/LA50-3-CO_log| samtools view -@ 8 -Sbo ./3.Output/LA50-3-CO.bam 실행 1~2초후, 끝나는 느낌이고 실행로그를 살펴보면 아래와 같이 적혀있습니다. Warning: the current version of HISAT2 (2.2.1) is older than   the version (2.127.0) used to build the index. Users are strongly recommended to update HISAT2 to the latest version. Out of memory allocating plen[] in Ebwt::read() at gfm.h:6069 Error: Encountered exception: 'std::bad_alloc' Command: /home/shkim/apps/hisat2-2.2.1/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 4 --rna-strandness RF -x ./2.Input/GRCm39 --read-lengths 101,97,99,98,95,93,92,90,96,94,81,91,89,88,84,83,79,75,87,82,78,76,72,70 -1 ./2.Input/LA50-3-CO_1_paired.fastq -2 ./2.Input/LA50-3-CO_2_paired.fastq (ERR): hisat2-align exited with value 1 메모리 부족문제라고 하는데, 정말 메모리 문제가 맞는지 궁금합니다. 아니면, 버추얼박스에서 돌렸기 때문인지요? 질문을 정리해보겠습니다. 1. 가상머신을 사용했기 때문인가요? 아니면, 가상머신 사용 여부와 관계없이 메모리 부족 문제인가요? 2. 메모리 부족 문제라 가정하고, 새 PC를 구입해야 한다면 어느 정도 사양이면 될까요?(완제품 우선 추천 부탁드립니다. 업체로부터 트리밍 되지 않은 raw data fastq파일을 제공받아, 분석을 시작해보려 합니다)   시간 할애해주셔서 감사합니다.
회원작성글 shh_0510  |  01.26
Q. universal primers를 사용한 PCR 결과, relative abundance 해석에 대해 질문드립니다. (copy gene관련)
안녕하세요, 선배님 혹은 선생님. 고민을 하고 검색을 해봐도 시원한 답변을 찾을 수 없어 여쭙니다. 아직 초보라 부족한 부분이 많습니다.   16s, 18s를 universal primers로 증폭하였습니다. QIIME2 pipeline으로 각각에 해당하는 relative abundance를 얻었습니다. 여쭙고 싶은 부분은 이 relative abundance의 해석에 관한 것입니다.   gene copy를 고려하여 16s의 경우를 예를 들어 다음과 같이 가정했을 때, A species: 4개 16s gene copy를 가짐/ 실제 샘플 내 20마리 존재 B species: 1개 16s gene copy를 가짐/ 실제 샘플 내 20마리 존재   결과적으로 A와 B는 relative abundance에서 "실제 같은 20마리가 존재함에도" gene copy의 차이에 의해 A가 B에 비해 4배 더 높게 나오게 되는것으로 이해하고 있습니다. Relative abundance Bar-plot은 그럼 A 80%, B 20% 의 수치가 나올텐데, 이것은 실제 존재하는 종의 수 (즉, 각각 20마리)를 반영하지 못하지 않나요? 즉 각각의 species가 가진 gene copy가 다른데, relative abundance의 이 부분을 어떻게 이해해야 하는지 조금 혼란스럽습니다.   선생님들께 간절히 도움 요청드립니다. 감사합니다.
회원작성글 Sct_LEE  |  01.26
Q. gene locus에서 염색체 번호 0번..?
안녕하세요. 대학원에서 식물을 공부하고 있는 학생입니다. BRIC에 처음으로 글을 남기네요 잘 부탁드립니다. 이번에 RNA-seq 데이터로 분석을 해야할 일이 있어서 데이터를 보게 되었습니다.  제가 교수님께 받은 파일은 엑셀로 된 파일이고.. gene locus는 다 지정(?)된 상태의 RNA-seq데이터 인데요, 예를 들어 토마토유전자 Solyc00g0050000 부터 Solyc12g100360 까지 있습니다. 제가 아는 한, 맨 처음 두 자리 숫자는 염색체 번호인데, Solyc00g0050000는 염색체가 0번이라는 뜻일까요? 이게 무엇을 의미하는지 도저히 모르겠어서 질문 남깁니다.. 우선 토마토 데이터베이스인 Sol genomics network에는 정보가 나오는데 Plaza에는 아예  검색도 안됩니다.. 무슨 뜻인지 알려주실 분 계신다면 정말 감사하겠습니다 ㅠㅠ    
회원작성글 늬야옹  |  01.21
Q. Ag/AgCl 기준전극 만들떄 그 위에 PVB/Nacl 코팅에 관해 질문드리고 싶습니다
 Ag/Agcl 기준 전극 위에 전극 보호층으로 PVB/Nacl 코팅을 하려고 하고 있습니다. 근데 제 경우 문제는 pvb/nacl 코팅 후 저항을 측정해보면 저항이 M옴 으로 저항이 높은데 원래 Ag/Agcl/pvb+Nacl  기준 전극은 저항이 이렇게 높게 뜨는게 맞는지 여쭙고 싶습니다. 전극의 저항이 수옴 정도로 나와야 할 것 같다고 생각이 들어서요.  그리고 제 경우 pvb+nacl+ methanol 용액을 만들면 Nacl이 녹지 않아 상층액만 떠서 사용하고 있습니다. 그리고 논문에 보면 소량 추출하여 Nacl+PVB 필름을 얇게 코팅 한다고 나와있는데 제 경우는 소량 추출이 어려워서 다량의 용액을 코팅 하고 있습니다....  이렇게 해도 되는 것인지 실험 방법에 관해 조언해주실 수 있는 분이 계실까요??          
회원작성글 jelly123  |  01.14
Q. C9orf72 혹은 FMR1 의 repeat seq을 분석 해주는 회사가 있을까요?
안녕하세요 선배님들   ALS의 유전형으로 알려진 C9orf72 유전자 내 GGGGCC repeat seq과 FXS의 유전형으로 알려진 FMR1 유전자 내 CGG repeat seq을 확인하고자 합니다.   일반적인 PCR방법으로는 detection이 불가하여 회사측을 통하여 정확한 repeat이 얼마나 되는지를 확인하고자 하는데 이를 분석해주는 회사가 있을까요?   답변 감사합니다 :)
회원작성글 도비가공짜  |  01.12
Q. 정량분석 할 때 평균 +/- 표준편차 표기 시
안녕하세요. 후배가 특정 물질이 biomarker 후보 군이라는 가정하에 체성분 중 여러 개를 정제해서 정량 분석을 진행 중인데요. 실험은 다른 개체의 동일 집단 군 샘플을 n반복해서 실시하구요. 저희 연구실에서는 어떤 물질의 양을 표기할 때 동일 집단인 경우, 3.xx+/-0.02 이런 식으로 표기를 합니다. 그런데 후배가 동일집단의 평균을 우선 구하고 뒤에 나오는 +- 편차치를 구하는데 n번 반복하여 나온 표준편차를 구하여 제곱하여 제곱근을 씌워서 구하고 있길래 그거는 측정오차지 샘플간의 오차가 아니라고, n번 반복한 값들의 평균의 표준 편차를 구해줘야 한다고 조언해줬는데, 혹시 관점에 따라 5반복의 표준편차를 제곱해서 구해줘도 되는건가요? 통계학 고수님들의 답변 기다립니다. 감사합니다.
회원작성글 초보인턴  |  01.03
Q. RNA-seq 보낼 샘플 Replicates 관련 질문입니다.
안녕하세요,   분석수행 관련해서 궁금한 점이 있어서 질문드립니다. 만약 제가 n=4 로 group 2개를 RNA-seq을 보냈다고 했을 때, PCA analysis 를 진행했을 때, n=4 중에서 하나정도가 outlier처럼 매우 멀리 떨어져있다고 가정하면, 해당 샘플을 제거하고 n=3으로 비교해야하나요? 아니면 이렇게 진행하면 통계적 조작이고, PCA상에서 얼마나 벗어나던, 모두 포함해서 통계치를 내야하나요?   이 부분이 매우 헷갈려서 지금 통계분석이 잘 안되네요.. 도움 부탁드리겠습니다.
회원작성글 신입입니다  |  2022.12.20
Q. PLINK 2.0
안녕하세요.  PLINK 2.0 을 사용하여 한국인 individual 약 50-60 명 (patient 및 control 포함)의 약 10개 정도의 SNP marker 의 haplotype 을 분석하고자 합니다.  궁금한 것은, ped 파일 input 시에  allele1(ALT), allele2(REF) 가 있는데,  allele1 = alternative allele = minor allele  allele 2= reference allele = major allele  인 것으로 알고 있습니다.  1. 이때, 'reference allele' 가 'population reference' 를 의미 (gnomAD 나 dbSNP 에 나오는) 하는 것인지요  2. 아니면 해당 individual 의 해당 SNP 에서 나오는 가장 빈도가 높은 nucleotide 를 의미하는 것인지요.  (즉, IGV 에서 볼 때, 만약 A:20%, C:70% 였다면,  C가 reference allele 이고, A 가 alternative allele 인가요) 1번과 2번 중 어느 것이 맞는지요.  감사합니다.         
회원작성글 happysol  |  2022.12.17
Q. 페니실린 저해제
페니실린은 비가역적 저해제이자 경쟁적 저해제인 건가요...?? 경쟁적 저해제가 가역적 저해제 중에서 3가지로 또 나뉘어서 구분되는 걸로 알고 있었는데 조사해보니 페니실린이 비가역적 저해제이고 경쟁적 저해제라고 조사되어서요 ㅠ
회원작성글 mintsilver  |  2022.12.14
Q. 젖은 항생제 감수성 디스크를 자연증발
천연항생물질(마늘가루든지 계피가루든지)를 에탄올에 섞고 비커를 밀봉한 뒤에 하루정도 기다리고 층이 생기면 그 위에 상층부분을 추출물로 쓰고 있거든요. 그 추출물에 항생제 감수성디스크를 담구고 꺼내어서 건조하면 에탄올로 추출물을 만든 것이 실험 결과에 영향을 주는 것을 막을 수 있을까요? 천연항생물질 간에 항생효과 비교하는 실험이에요. 
회원작성글 허브민트  |  2022.12.07
Q. C-ter 최말단 Arginine(아르기닌)은 Trypsin으로 안 잘리지 않나요? 첨부파일
  트립신은 Arg 의 뒤쪽, 즉 carboxyl 기를 자릅니다. 따라서 y1. 즉 C-terminal의 최말단이 Arg가 있는 peptide라면 트립신이 자를 수 없을겁니다. Arg는 parent peptide와 앞쪽, 즉 amide 기 쪽으로 연결되어 있으니까요. 그런데 왜 LC MS 예제들은 다 C-terminal 최말단의 Arg가 트립신에 의하여 잘려나가는 것으로 되어 있을까요? [2,3] (예: "첫 번째로 parent peptide에서 잘려나간(최말단의) amino acid가 다른 아미노산이라면 C-terminal 최말단에서 떨어져나간것인지 N-terminal 최말단에서 떨어져나간 것인지 알 수 없습니다. 그러나 이 경우 Arg가 잘려나갔기 때문에 C-terminal 최말단에서 잘려나간 것임을 알 수 있습니다...") 어려운 문제는 아닌 것 같은데 도저히 알지를 못하겠습니다...   [1] Mol Cell Proteomics . 2004. Trypsin cleaves exclusively C-terminal to arginine and lysine residues [2] De novo peptide sequencing from mass spectrometry data https://www.youtube.com/watch?v=zZsI8GM45gc&ab_channel=MatthewPadula [3] Interpreting tandem mass spectra of peptides (Proteomics) https://what-when-how.com/proteomics/interpreting-tandem-mass-spectra-of-peptides-proteomics/
회원작성글 rlatl77791..  |  2022.12.06
Q. 천연항생물질(가루) 에탄올 추출
생강 가루나 계피 가루 같은 천연항생물질을 에탄올에 넣고 섞어서 추출물을 만드려고 하는데요 (나중에 층이 나누어짐) 에탄올에 추출되는 원리가 무엇인가요? 그리고 물로 추출물을 만드는 것과 에탄올로 만드는 것은 어떤 차이가 있나요?
회원작성글 허브민트  |  2022.12.06
Q. Kaplan meier 분석에서 두 그룹간 비교하여 그래프 그릴 때 정의역 문제
안녕하세요 선배님들, 제가 gene A의 발현량을 기준으로 gene A가 낮을 때, gene B의 high, low group의 survival을 비교하려 합니다.  RNA seq data를 전처리하여 kaplen meier를 그리려 하는데, gene A를 기준으로 나눈 gene B high 그룹과 gene B low 그룹의 정의역(overall survival(months))가 서로 달라 한 그래프에 나타낼 수 없는 어려움을 겪고 있습니다. 이러한 문제를 겪거나 해결하신 선생님들의 도움을 얻고자 이렇게 질문드립니다. 사용하고 있는 툴은 matplotlib입니다. 감사합니다. 좋은 하루 되세요 
회원작성글 mulgrew  |  2022.12.06
Q. galaxy platform 의 단점이 무엇인가요?
안녕하세요. 생물정보학을 독학으로 공부하다보니 궁금증이 생겨 선배님들께 여쭙게 되었습니다. RNA seq raw data를 다루는 과정 중에 galaxy 라는 웹툴을 알게되었습니다. 사용하는 면에 있어서 간편하고 좋기는 하지만, 분명 단점이 있을 것이라 생각됩니다. 그러나 아직까지 부족함이 많다보니 이에 대한 통찰이 쉽지가 않습니다. galaxy 사용에 대해 비판하는 자료들을 찾아보면 대부분 과거(1년 이상 지난) 자료입니다. 웹툴의 특성상 꾸준한 업데이트를 통해 이러한 단점들이 보완될 수 있다고 생각합니다. (R studio처럼) 현재 존재하는 galaxy의 문제점이나(개선 가능성은 있으나 아직까지 해결되지 않은) 그 한계에 대해 말씀 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 dbdbip  |  2022.12.05
Q. Fgenesh, geneid, genescan
안녕하세요 생물정보학을 이제 막 배우기 시작한 정말 초보입니다. 같은 뉴클레오타이드 서열로 3가지 사이트를 이용해 분석을 했는데 결과가 어느정도 다를 수는 있다고 알고 있거든요... 근데 geneid, genescan은 결과값이 비슷한데 Fgenesh에서 도출한 값은 혼자 따로 놀더라고요... 이렇게까지 다를 수 있나요? 뭔가 잘못한건가요??
회원작성글 비나리  |  2022.12.04
Q. 마우스 복강주사 질문있습니다.
마우스 ip injection하면 1시간 내에 뇌에 영향을 줄 수 있나요..?   복강주사가 흡수력이 빠르다고 들었는데 1시간내에도 뇌까지 영향을 줄 수 있을지 잘 모르겠어서요ㅠㅠ
회원작성글 ㅇㄴㅇㄴㅇㄴ  |  2022.12.04
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