[DEBUG-WINDOW 처리영역 보기]
즐겨찾기  |  뉴스레터  |  오늘의 정보 회원가입   로그인
BRIC홈 실험
국립암센터
배너광고안내
이전
다음
스폰서배너광고 안내  배너1 배너2 배너3 배너4
BioLab 이은열 교수
전체보기 안전점검 LABox
 카테고리: 전체 > Bioinformatics
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
Omics Chemical biology Bioinformatics Laboratory Equipments
Buffer/Reagent Bioethics Etc.
카테고리 전체보기펼치기
질문/투표/프로토콜 등록
Q. Miseq 타겟 프라이머 조건
Miseq 으로 해양환경시료의 Metagenome 을 분석하고자 합니다. 18S V3-V4 region 을 타겟으로 하며 Miseq분석회사에 custom primer 진행으로 타겟 시퀀스 프라이머 합성까지 맡길 예정인데   "해당 primer로 라이브러리를 제작하게 될 경우 제공해주셔야 할 정보는 Primer 서열, Target size(bp), PCR 조건(annealing 온도, pcr 사이클 수 등) 입니다." 라고 분석회사에서 요청한 것에 대해 질문이 있습니다.   18S V3-V4 region의 universal primer 서열과 그에 따른 타겟 사이즈는 알겠습니다만, ** 이때 PCR 조건은 무엇을 의미하나요?   타겟 시퀀스에 대한 프라이머에 대한 PCR 조건을 알더라도, 결국 library 제작 시에는 (overhang sequence + 타겟 프라이머) 조합으로 1차 PCR, 2차로 index PCR이 진행될텐데, 그렇다면 overhang sequence 까지 더해진 타겟 프라이머의 Annealing 온도는 달라지는 것 아닌가요?
회원작성글 사과농약  |  09.26
Q. Mega X 를 활용한 계통수 그리기 outgroup 설정방법을 모르겠습니다... 도와주세요ㅠ_ㅠ
 안녕하세요, Mega X를 사용해서 계통수를 그리고자 하고 있습니다. outgroup을 설정해서 다른 clade 에서 삐져나온 sample을 in group으로 묶어서 표현하고 싶은데요...   제가 outgroup을 설정하는 법을 모르겠습니다... youtube나 이런 것들에서 좀 찾아봤는데 못찾겠더라구요.. 혹시 설정하는 방법을 아시는 분 계시다면 알려주시면 감사하겠습니다...   읽어주셔서 감사합니다. 늘 좋은하루 되세요 
회원작성글 Anchovy  |  09.23
Q. two-way anova관련 R에서 p-value가 의미하는 바
독립변수 A 화학modification의 위치 독립변수 B 약품의 농도 일 때 two-way anova를 R에서 aov(y~A*B, data=) 로 돌렸는데요             Df Sum Sq Mean Sq F value   Pr(>F)     A            1  14877   14877 178.177 4.34e-10 *** B            3  13821    4607  55.176 1.17e-08 *** A:B          3   2474     825   9.878 0.000632 *** Residuals   16   1336      83   이러한 결과값이 나왔습니다. 확인하고자하는게 화학modification에 의해 유의미하게 다르다 라는 것을 확인하고 싶은데요 그 때는 A의 Pr(>F) 만 확인하면 되나요?  A:B는 무엇을 의미하는지 모르겠습니다.
회원작성글 Julius_jin  |  09.22
Q. CLSM 형광 파장대
Excitation 484 nm, Emission 501 nm Excitaion 549 nm, Emission 565 nm  CLSM에사 다음과 같은 형광 파장대를 보려면  Dye를 각각 뭐로 설정해 놓고 보는게 좋을까요??
회원작성글 안뇽,  |  09.22
Q. 리그닌 추출법
고등학생이 학교 실험실에서 리그닌을 추출해서 확인할 실험 방법이 있을까요?있다면 자세히 알려주세요ㅠㅠㅠ가수분해,열분해를 이용하는 방법은 실험기구가 제한적인 환경이라 어려워서 약물분해를 이용한 실험방법이면 좋을 것 같습니다
회원작성글 환경화학에너지  |  09.18
Q. 생명정보학 계통수 작성에서 베이즈 추론
생명정보학 공부 중, 계통수 작성에서 Bayesian inference method를 공부하고 있었는데요, Bayesian iference method에서 MH알고리즘을 사용한다는데, 이 알고리즘에 대하여 잘 설명된 자료가 많지 않더라구요, 이해하기 쉽게 작성된 논문이나, 글같은것들이 있나요? Bayesian inference metho에 대하여 설명해주실수 있으면 설명해주시면 더욱 감사하겠습니다.
회원작성글 choii  |  09.16
Q. Dds 약물방출 확인하려고 합니다..
Polymer를 이용하여 약물을 담지하고 약물방출 패턴을 보려고 그러는데 질문이 있습니다. 1. 시험관(conical tube)에서 drug release를 보는데 싱크조건에 맞는 범위의 계멸활성제를 이용해야 되나요? 2. 약물방출 패턴을 확인하면 무엇을 알기 위해서 실험을 하나요? 7.4 pbs이랑 tween80을 이용하는데 생리학적 ph에서의 약물 방출을 보기 위함인가요?
회원작성글 열심히는하고싶은  |  09.10
Q. ncbi blast 첨부파일
  ncbi blast로 ctg 반복서열이 있는 생물종을 찾으려고 하는데 이런식으로 설정하는 것이 맞나요??
회원작성글 sy6601  |  09.09
Q. 효모 실험
효모 발효 실험을 하려고 하는데요 건조 효모보다 과립활성효모를 사용하면 결과가 더 빨리 나오나요?
회원작성글 허브민트  |  09.07
Q. 내열성균 0인데 일반세균 동정하니 Bacillus 계열인 경우
일반세균과 내열성균을 분석할 때, 내열성균은 0인데 일반세균 동정해보니 내열성균일 경우가 있는데요 아직 포자를 형성하기 전 Bacillus라서 그런건가요? ps. 내열성 가열 기준은 80도 10분입니다 내열성균의 검출력을 높이려면 어떤 방법이 있을까요?
회원작성글 라프라스  |  08.30
Q. cytoscape (cytohubba) 질문이요 첨부파일
cytohubba 사용하는데 shared name이 자꾸 이상하게(9606. 어쩌고) 떠서 top10 genes 찾는데 node 이름이 자꾸 이상하게 바뀌어요ㅠㅠ 사진에 나와있는 display name으로 떠야 하는데요,, 뭐가 문제일까요?
회원작성글 히류  |  08.29
Q. 안녕하세요, 우성과 열성 관련하여 질문드립니다.
안녕하세요. 생물 관련 관심이 있는 연구원입니다. 궁금한 것이 있어서 여쭈려고 왔습니다. 특정 표현형(눈, 머리...)와 관련된 유전자는 최초로 어떻게 발견되었을까요?(complex causal이 아닌 유전자 하나만 해당 표현형에 관련되어 있을 경우) 검색을 해봐도 정리된 것들만 있어서, 어떤 방법을 통해서 발견하게 되었는지 궁금합니다. 1. 어떤 방법을 통해 해당 유전자가 해당 표현형과 관련이 되는지 알 수 있는 건지 2. 특정 군집의 가계도 검사로 해당 표현형을 대강 안 상태에서, WGS 같은 방법을 통해 유전자를 찾는 건지.. 3. 다른 글들에서 우성과 열성은 특정 알파벳의 대소문자로만 구분이 되는데, 편의상 그렇게 구분을 한 거고 실제 WGS와 같은 방법으로 보았을 때는 다르게 나오는지..?   너무 개념이 없어서 질문을 명확하게 했는지 잘 모르겠습니다. 가르침 감사합니다.  
회원작성글 리리오페  |  08.29
Q. NCBI 에서 염기서열 데이터 다운 받는 법 첨부파일
안녕하세요  NCBI에서 필라델피아 염색체의 BCR-ABL 유전 정보(염기 서열) 데이터를 다운 받고 싶은데, 제가 이쪽 분야는 처음이라서 잘 몰라서요... 어떤 컴퓨터 프로그램 앱(찾아보니깐 JSON, FASTA 등등 여러개가 있던데 뭐가 뭔지 모르겠어요) 을 다운 받아야 하고 NCBI에서 어떻게 데이터를 받는지 알려주시면 정말 감사하겠습니다.  
회원작성글 고닥생  |  08.22
Q. 대장균 배양할 때 배양액 희석해야 하나요?
디스크 확산법을 이용해서 천연항생물질 향균효과를 확인해보는 실험을 하는데 생물나라에서 대장균 배양액을 샀는데 이 배양액을 또 희석해서 배지에 발라야 하나요? 원래는 그냥 바르려고 했는데 다른 사람이 질문하는 것을 보니까 증류수랑 희석해서 하는 사람이 많더라고요.. 희석을 굳이 해야 하나요?
회원작성글 허브민트  |  08.22
Q. 실험 후 처리 방법
Day1. 마늘 가루, 생강 가루, 계피 가루 10g씩 에탄올 100ml와 함께 비커에 넣고 섞는다. (추출액을 만들기 위해서) 파라필름으로 비커를 밀봉한 후 냉장고에 하루 동안 보관한다. Day2. (1) 비커에 상층 부분을 스포이드로 거름종이로 한번 거른다. (2) 디스크를 패트릭 접시에 옮기기 전 핀셋을 화염 멸균한다. (계속) 그리고 디스크를 옮긴다. 각 패트릭 접시에 (3) 마늘 추출액을 스포이드로 디스크에 30ul 씩 떨어뜨린다. 3개의 디스크 중 하나에 항생제 30ul을 더 추가한다. 생강 추출액, 계피 추출액도 이와 같이 실행한다. (4) 항생제(페니실린)을 30ul씩 3개의 디스크에 떨어뜨린다. 에탄올도 3개의 디스크에 30ul씩 떨어뜨린다.(대조군 역할) (5) 디스크가 마르는 동안 생물 나라에서 구매한 LB Agar Plate를 하나는 4개의 구역 또 다른 하나는 5개의 구역으로 나눈다. (6) 생물 나라에서 산 대장균 배양액을 피펫으로 (안되면 일회용 스포이드로) 100ul(0.1ml) 를 배지에 접종한다. 접종한 후 스프레더를 화염멸균하고 대장균을 잘 펴 바른다. (7) 나머지 배지도 위와 같이 실행한 후 배지를 말린다. (8) 핀셋을 화염 멸균한 후 추출물, 항생제, 에탄올을 적신 디스크를 배지 위 각 구역에 옮긴다. 옮길 때 디스크가 떨어지지 않도록 핀셋으로 살짝 눌러준다. (할 때마다 핀셋 화염멸균) (9) 배지를 담고 있는 접시를 파라필름으로 밀봉한다. 배양 준비를 끝마친 배지는 뒤집어 놓는다. (10) 배지를 배양기 속에 넣고 37도로 하루 동안 배양한다. Day3. 대장균 생장 억제 정도를 비교하고 자로 재서 정확한 수치를 비교한다. 이렇게 실험 한 후에 용액? 이나 배지 같은 건 어떻게 처리해야 하나요? 학교에서 실험합니다! 그리고 배지 배양할 때 뒤집어서 배양기에 넣어야 하나요?
회원작성글 허브민트  |  08.21
Q. 디스크 확산법 1
디스크 확산법을 이용해서 항생제와 천연항생물질(생강 계피 마늘) 간의 시너지 효과를 비교해 보려고 하는데요. 세균 억제 정도를 자로 측정해서요 . 제가 생각한 버전이 두 개가 있는데 둘 중에 뭐가 맞는지 잘 모르겠어요. Ver1은 총 3개의 디스크를 준비하고 디스크 한 개 마다 천연항생물질 한방울 항생제 한방울을 떨어뜨려 각각 생강+항생제 , 계피+ 항생제 , 마늘 +항생제 한 디스크를 배지에 일정한 거리로 떨어뜨려 놓고 측정하는 거 구요 Ver2는 4개의 디스크를 준비해서 각각 생강만 떨어뜨린 디스크 계피만 떨어뜨린 디스크 마늘만 떨어뜨린 디스크 항생제만 떨어뜨린 디스크를 만들고 배지에 일정한 거리로 떨어뜨려 놓고 배양하여 측정하는 것입니다. - 천연항생물질 종류에 따라 항생제와 함께 사용했을 때 세균의 생장 억제 정도를 비교하고 싶은 것인데 어떤 버전이 맞을까요. - 그리고 만약 ver 1로 한다면 디스크에 떨어뜨릴 때 만약 항생제를 먼저 떨어뜨렸다면 그 디스크를 말리고 또 추출물을 떨어뜨리는 식으로 해야 하나요?
회원작성글 허브민트  |  08.21
Q. 디스크 확산법
디스크 확산법을 이용해서 항생제와 천연항생물질(생강 계피 마늘) 간의 시너지 효과를 비교해 보려고 하는데요. 세균 억제 정도를 자로 측정해서요 . 제가 생각한 버전이 두 개가 있는데 둘 중에 뭐가 맞는지 잘 모르겠어요. Ver1은 디스크에 항생제를 떨어뜨린 것을 lb agar plate 가운데 놓고 그 주변에 천연항생물질 추출물을 떨어뜨린 디스크를 넣는 거구요. Ver2는 하나의 디스크에 천연항생물질 추출물과 항생제를 떨어뜨리고 각각 떨어뜨려서 놓는거에요. - 천연항생물질 종류에 따라 항생제와 함께 사용했을 때 세균의 생장 억제 정도를 비교하고 싶은 것인데 어떤 버전이 맞을까요. - 그리고 만약 ver 2로 한다면 디스크에 떨어뜨릴 때 만약 항생제를 먼저 떨어뜨렸다면 그 디스크를 말리고 또 추출물을 떨어뜨리는 식으로 해야 하나요? 사진이 안 올려지네요ㅜㅜ 죄송합니다 글 보고 한번 피드백 주세요.
회원작성글 허브민트  |  08.12
Q. 세균 성장 정도 측정 방법
Day1. 마늘 가루, 생강 가루, 계피 가루 10g씩 에탄올 100ml와 함께 비커에 넣고 섞는다. (추출액을 만들기 위해서) 파라필름으로 비커를 밀봉한 후 냉장고에 하루 동안 보관한다. Day2. (1) 비커에 상층 부분을 스포이드로 거름종이로 한번 거른다. (2) 디스크를 패트릭 접시에 옮기기 전 핀셋을 화염 멸균한다. (계속) 그리고 디스크를 옮긴다. 각 패트릭 접시에 (3) 마늘 추출액을 스포이드로 디스크에 30ul 씩 떨어뜨린다. 3개의 디스크 중 하나에 항생제 30ul을 더 추가한다. 생강 추출액, 계피 추출액도 이와 같이 실행한다. (4) 항생제(페니실린)을 30ul씩 3개의 디스크에 떨어뜨린다. 에탄올도 3개의 디스크에 30ul씩 떨어뜨린다.(대조군 역할) (5) 디스크가 마르는 동안 생물 나라에서 구매한 LB Agar Plate를 하나는 4개의 구역 또 다른 하나는 5개의 구역으로 나눈다. (6) 생물 나라에서 산 대장균 배양액을 피펫으로 (안되면 일회용 스포이드로) 100ul(0.1ml) 를 배지에 접종한다. 접종한 후 스프레더를 화염멸균하고 대장균을 잘 펴 바른다. (7) 나머지 배지도 위와 같이 실행한 후 배지를 말린다. (8) 핀셋을 화염 멸균한 후 추출물, 항생제, 에탄올을 적신 디스크를 배지 위 각 구역에 옮긴다. 옮길 때 디스크가 떨어지지 않도록 핀셋으로 살짝 눌러준다. (할 때마다 핀셋 화염멸균) (9) 배지를 담고 있는 접시를 파라필름으로 밀봉한다. 배양 준비를 끝마친 배지는 뒤집어 놓는다. (10) 배지를 배양기 속에 넣고 37도로 하루 동안 배양한다. Day3. 대장균 생장 억제 정도를 비교하고 자로 재서 정확한 수치를 비교한다. 계획이 이건데 세균 성장 정도와 억제 정도를 어떻게 구분하나요? 색이 있는 건가요? 그리고 자로 어떤 식으로 측정해야 할까요
회원작성글 허브민트  |  08.11
Q. Lb agar plate에서 대장균의 자란 구간 측정 방법
디스크 확산법을 이용해서 천연 항생물질의 항생효과 정도를 비교해 보려고 하는데요. 대장균을 lb agar plate에 배양하고 볼건데. 세균이 자란 구간과 억제된 구간을 어떻게 알 수 있나요? 색깔이 다른 가요? 그리고 자로 어떤 식으로 구간을 재야하는지 좀 알려주세요.. 그림 그려주시면 이해가 더 잘될 듯 해요
회원작성글 허브민트  |  08.11
Q. Bioinformatics
안녕하세요, 고수님들 질문이 있습니다. 제가 CCLE data base에서 protein expression을 보고자 합니다. 그런데 발현들이 cell line별로 나와있는데, 궁금한 것은 이 protein expression은 어떤 기준으로 발현을 표현한 것인지 궁금합니다. 예를 들어 우리가 WB을 하면 actin과 비교하여 발현을 나타내고 그를 토대로 다른 cell line과 비교하여 발현을 나타내는데 이 data base는 어떤 기준인지 궁금합니다. 아시는 분 계신가요,,?
회원작성글 나다니95  |  08.10
이전  1 02 03 04 05 06 07 08 09 10  다음
실험 회원 등급이란?
실험Q&A 회원등급안내
위로가기
실험 홈  |  실험FAQ
 |  BRIC소개  |  이용안내  |  이용약관  |  개인정보처리방침  |  이메일무단수집거부
Copyright © BRIC. All rights reserved.  |  문의
트위터 트위터    페이스북 페이스북   유튜브 유튜브    RSS서비스 RSS
써모피셔사이언티픽 광고