저는 iPSC을 이용하여 특정 lineage로 분화시키는 연구를 하고있고 그에 대한 검증으로 각 분화 날짜에 따라 나와야하는 유전자들을 PCR을 통해 보고 있습니다. 따라서 사용하는 sample들은 iPSC(day 0), day 30, day 60으로 이루어져있는데 문제는 iPSC pluripotency marker가 아닌 분화 마커의 증폭이 iPSC에서 이루어 진다는 겁니다. 이론대로라면 분화가 이루어지지 않은 day 0의 iPSC를 사용한 qPCR에서는 GAPDH가 아닌 분화마커의 경우 증폭이 이루어지지 않아서 Ct값이나 melting curve의 피크가 보이지 않아야 하는것이 아닌지요 아니면 아무리 분화 마커라해도 PCR을 통해 40 cycle을 증폭시키면 티끌이라도 잡혀서 발현되는것 처럼 보이는 건가요?? 이럴경우 데이터 해석을 어떻게 해야하는지 조언도 부탁드립니다. 임의로 iPSC에서의 분화 마커의 Ct를 0으로 조절할수도 없는데...ㅜㅜ

Bionurmerics 사용하고 계신 분 계실까요..? bioinformatic 공부중이라 genome sequencing data 이용하여 프로그램 돌려보고 싶어서 견적 받아봤는데 지금은 서비스가 중단되었다고 하더라구요. Bionumerics 같은 프로그램 있으면 추천해주시면 감사하겠습니다ㅠㅠㅠㅠㅠㅠ

Ngs를 주문하고 샘플을 보냈는데, 결과 받기까지 5-7주 걸린다고 들었습니다. Qc가 되면 업체에서 연락을 주나요? 업체는 바이오니아에서 주문했습니다.

E. coli에서 Trizol을 이용해서 RNA를 뽑았습니다. purity나 concentration은 잘 나와서, DNA 내리는 조건으로 loading 시켜보았습니다. 젤은 TAE buffer에 1% agarose로 만들어서 100V 30분 내려서 확인했고요. 16S, 23S band가 보이면서도 250bp에서 밴드가 너무 진한거 아닌가 싶습니다. 인터넷에서 RNA gel 사진 보아도 이정도로 진하지는 않더라구요. 혹시 RNA가 degradation되어서 이렇게 진한걸까요?

raw cell을 이용하여 NO 함량 측정을 진행하려고 합니다. 각 실험실마다 사용하는 well이 다르지만 final concentration은 같을까요? 그렇다면 LPS와 샘플의 volume을 1:1로 넣고 배양시켜 상등액 100ul를 취하고 측정하게되는 걸까요?? 실험실 프로토콜에도 그렇고 여러 논문을 읽어봐도 LPS와 샘플의 볼륨을 얼마나 넣는지 나오지 않아 질문드립니다. ㅠㅠ

안녕하세요 human gingival fibroblasts에서 MMP활성을 보려고 gelatin zymography를 진행중입니다. MMP를 보기 위해서 conditioned medium을 acetone precipitaion하여 샘플을 준비하고 있는데요. acetone precipitaion해서 모은 pellet이 D.W에는 잘 녹지 않더라구요.. 그래서 최대한 녹인 후 샘플 상등액만 loading 하고 있습니다. 문제는 이렇게 loading한 후 결과를 확인하면 MMP활성은 나타나는데 western blot처럼 b-actin이나 a-tubulin같이 같은 양의 단백질이 잘 loading 되었는지 확인할 방법이 없는 것입니다. (최대한 같은 양의 medium으로 sampling 했지만 pellet이 생기기 때문에 같은 양의 protein이 sampling 됐는지 확신할 수 없음..) gelatin zymography를 수행할 때 이를 확인할 수 있는 방법이 있을까요? 혹은 acetone precipitaion으로 모인 pellet을 완전히 녹일 수 있는 방법이 있을까요?

랫드실험 참여할수있는 교육기관이 있을까요?!?

제가 250ml의 1M의 A라는 용액을 만들기 위해서는 250ml의 증류수에 A양이 0.093g 들어가면 1M이 된다는 것을 계산하여서 구했습니다. 그럼 2M의 용액을 만들려면 같은 250ml의 부피에 A의 양이 0.093*2g만큼만 들어가면되는건가요?

bradford 실험 결과 추출물의 단백질 양이 0.015ug/ul이 들어있다면 얘를 sds page할 때 총 볼륨을 20ul로 잡고 추출물을 10ul 로딩한다면 0.15ug을 로딩하게 되는데 양이 너무 적으면 밴드가 안보일까요? 추출물의 ug/ul의 단백질양을 알았을 때 제조할 샘플에 넣어야 될 단백질양과 총볼륨을 정하는 기준을 모르겠어요

흙 채집해서 미생물 배양하는 실험을 하는데 이때 흙이랑 0.85% NaCl 수용액을 섞더라구요. 미생물이 잘 나올 수 있도록 섞어주는 거라고만 알고 있는데 그 원리가 어떻게 되나요?  

안녕하세요 박테리아로 실험을 해본적이 없어서 궁금하게 생겨서 질문 드립니다. 참고하려는 논문에서는 박테리아를 LB에 오버나잇 해서 키우고, (일반적인 신체 조직유래 세포 배양할 때 쓰는) 세포 배양액 (논문에서는 interaction media; IM라고 부름)에 1:100으로 희석 후 OD600이 0.2-0.4가 될때 까지 키우고 세포당 박테리아 수 (multiplicity of infection; MOI)를 계산해 세포에 처리 합니다. 1. E.coli의 경우 보통 OD 0.1에 2 x 10^8개가 들어있다고 하는데 만약 OD 0.2 까지 (4 x 10^8) 키우고 1 x 10^4 개의 세포에 MOI 100만큼 (박테리아 수 1 x 10^6개) 감염시키려고 하면 어떻게 해야하나요? 그냥 시약 농도 희석하는 거랑 똑같이 OD 0.2를 400배 희석해서 세포에 처리 하면 될까요? 예를들어 OD 0.2 100 ml가 있고 총 24 ml이 필요하다면 60 ul (OD 0.2) : 23,940 ul (IM) = 24,000 ul = 24 ml이렇게 희석하면 될까요? 2. IM에 박테리아 배양시 phenol red가 들어있는데 박테리아 흡광도에는 큰 영향이 없을까요?

하나의 고추 샘플에 두 개의 바이러스가 있는데 그 중 하나의 바이러스만을 얻어서 식물에 접종하고 병징을 보고싶은데 방법을 잘 모르겠습니다.ㅠㅠ

Melan-A cell을 사용해서 실험중인 학부생입니다 지금 cell실험 관련해서 배운지 이제 막 3개월째 되어가는 햇병아리인데요 2월까지 잘 자라던 세포가 갑자기 3월7일쯤부터 같은 날짜의 동결바이알을 새로 풀었더니 계속 모양이 다르게 자랍니다 1x trypsin을 사용해서 떼어내고 RPMI배지에 10%FBS, 1%P/S 처리하여 배지조성해서 사용하는데요 트립신과 배지 둘다 새로 제조하여 사용하였을때도 셀모양이 이상합니다 인큐베이터 문제라기에는 같은 인큐베이터의 다른 Cell을 사용하는 친구는 잘 자랍니다 대체 뭐가문제일까요ㅠㅠ 사진이 모양이 변한상태입니다..ㅠ

HPLC 분석을 진행하던 도중 peak가 정상적으로 검출되지 않아서, 중간에 실험을 중단하고 column 세척을 위해 ACN:H2O = 20:80 비율로 90분간 진행했는데 baseline이 안정화가 되지 않아, 이에 대해 해결책을 얻기 위해 질문 드립니다. baseline 안정화 할 수 있는 방법이 없으면 column 교체가 답일까요

CGXII minimal media 조성에 대해 알고싶은데 정보를 구할 수가 없습니다. 해당 배지를 어디서 구할 수 있는지도 추가로 알 고 싶습니다!  

안녕하세요 진단분야를 공부하는 대학원생입니다. real time-PCR 실험 진행 후 결과를 확인할때 RFU 값을 확인하는데요, Cycle 마다 상대적 형광 강도를 측정하는 것으로 알고 있습니다. 첫 Cycle 시 Control 조건에서는 형광이 발현되지 않아서 지속적으로 0에서 증가나 감소하는 변화폭이 나타나지 않는데, 다른 조건(형광 발현이 되는 조건)에서는 음수부터 쭉 올라가는 현상이 나타납니다. 상대적 형광을 측정하는 것이라면, 음수가 아닌 0 부터 쭉 올라가야하는게 아닌지에 대하여 궁금해서 질문드립니다.   감사합니다. :)