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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. 고등학교 동아리활동발표 대회 나갈건데 주제 좋은지 평가 해주세요
휴대폰 및 필기구에 있는 (주변에서 흔히 볼 수 있는)균주를 배양하여 어떤 구균 혹은 바실러스인지 찾아보고 천연 항생물질로 세균 증식을 막을 수 있을지에 대한 실험인데 님들이 보기엔 어때요..? 참고로 고등학교 2학년입니다
회원작성글 seongyun_  |  2021.04.11
Q. Dna pellet 피펫팅 (기초 질문)
안녕하세요! Dna추출후 resuspend 부분에 궁금한 것이 있어 질문올립니다. Dna 펠렛이 보이고, tris-hcl에서 피펫으로 up and down 하다보니 펠렛이 팁 안으로 빨려들어갔습니다... 혹시 피펫팁에 펠렛이 빨려들어거나 닿여선 안되나요? Dna에 부숴진것일까 하여...질문드립니다..
회원작성글 석석석사  |  2021.04.10
Q. gel extraction kit 사용시 수율 문제
안녕하세요 이번에 PCR을 했을때 non-specific DNA가 생겨  target DNA가 위치한 gel을 잘라 extraction을 진행했습니다. 저희 실험실에 이전에 있었던, QIAGEN gel extraction kit를 사용했고 약 8000ng이 들어있는 sample을 전기영동하여 target DNA가 위치한 gel을 절단하여 실험을 진행했습니다. 실험프로토콜대로 진행하였고 최종적으로 나온 농도는 4.5ng/ul (total volume : 240ul)이며, 전기영동을 진행했을떄 DNA band가 보이지 않네요.. ㅠ 처음 실험하는 거라, 따로 어떤 노하우 없이 정석적으로 프로토콜대로 실험을 진행했구요... 문제적으로 걸리는건, 저 키트가 구매한지 꽤 되었다는것입니다 (3-4년 정도..) KIT를 확인해봤는데, 유효기간을 따로 명시하지 않아서 실험을 해본건데.. 혹시 너무 오래된 kit를 사용해서 수율이 낮은걸까요..?   고수님들 답변 부탁드립니다! ㅠ  
회원작성글 예티찡  |  2021.04.09
Q. viral DNA 추출이 안되고 있습니다.ㅜㅜ
vero cell에서 herpes simplex virus를 amplify해서 supernatant를 -80도씨에 보관해두었던걸 DNA를 추출하려고 합니다. 국산 kit를 사용하여 추출했을 때 nanodrop 상에서도 아예 측정이 되지 않아서 qiagen MinElute virus spin kit를 이용하여 새로 진행해 보았습니다. qiagen kit를 이용하여 추출하니 농도는 100ng/ul 정도로 측정이 되는데 260/280, 260/230 값이 3이 넘습니다. 그리고 1% agarose gel 에서는 band가 보이지 않구요... viral DNA는 뽑히지 않았는데 kit protocol상에서 사용하는 carrier RNA때문에 nanodrop에서 농도가 100ng/ul로 확인되는 걸까요..? 같은 virus stock으로 세포에 감염은 되는데 왜 DNA가 뽑히지 않는 걸까요? 어려움을 겪고 있습니다.ㅜㅜ 도와주세요  
회원작성글 석사올라프  |  2021.04.05
Q. midi prep DNA yield
안녕하세요 midi-prep 하면 DNA yield가 보통 어떻게 되나요..?
회원작성글 5pqrstyou0..  |  2021.04.01
Q. 제한효소 처리 후 DNA purification
안녕하세요.   pET29b(+) vector (약 5 kb)를 제한효소로 처리한 뒤,   PCR purification kit (바이오니아)를 이용하여 prep하였는데..   항상 농도(5~15 ng/uL) 및 순도가 너무 낮게 나오더라구요.   꼭 이 step에서 농도가 너무 낮아집니다.   약 1 ug의 vector를 Nde1, Xho1 double digenstion 시켰고   반응에는 문제 없음을 gel을 통해 확인했습니다.   단일 밴드고 크기는 약 5 kb라 바로 PCR purification kit를 이용해    clean up을 진행하였는데 매번 2-30% 수준까지 밖에 추출이 안됩니다. (적게는 10% 수준)   고온에서 정치한다든지, isopropanol을 배제한다든지,   DNA 양을 늘린다든지.. 이거저거 해봤는데.. 크게 변화가 없습니다.   Kit를 다른 것을 사용해야할까요? 아니면.. gel을 내려서 추출해야할까요.   고견을 여쭙니다. 감사합니다.  
회원작성글 arklion  |  2021.03.30
Q. mini-prep 후, 200bp 이하 부분의 band는 어떤 것을 의미하는지 궁금합니다.
  mini-prep 후, plasmid 확인을 위해 0.8% Agarose Gel에 내려본 결과 입니다. 위쪽에 plasmid는 확인되었고, 200bp 이하에도 band가 확인되어 이 band가 어떤 것을 의미하는지 궁금합니다. RNase 문제일까요?
회원작성글 공서  |  2021.03.26
Q. DNA extraction 시약실수...
dna extraction 하면서 첫 스텝에서 실수로 lysisbuffer가 아닌 binding buffer를 넣어버렸습니다.. ㅜㅜ 정신을 어디다 빼 두고 다니는지 알아챈 즉시 버퍼 제거하고 lysisbuffer로 다시 넣고 enhancer까지 넣었는데 아니나 다를까 원래는 시약이 투명했었는데 뿌옇게 변하고 응집반응이 일어났더군요,, 일단 진행중이기는 한데 지금 샘플이없어서 실험을 다시 들어갈수가 없습니다 ㅜㅜㅜ 뒷 스텝에 ice정치시키고 원심분리 해서 불순물 펠렛으로 만드는 스텝이 있어서 일단 계속 해 보고 있긴한데 ㅜㅜㅜ 어떡하죠 망한거겠죠,,,
회원작성글 허브맛쿠키  |  2021.03.26
Q. 종자 전기영동 첨부파일
안녕하세요! ctab으로 종자에서 핵산 추출을 진행하던 석사생입니다. 일전에 이곳에 질문을 올려 전기영동을 진행해야 한다는 피드백을 받았습니다. 전기영동 결과 다음과 같은 결과가 나타났습니다. 별표는 사이즈마커, 1번 2번은 종자이며 3번은 잎, 4번은 negative control입니다. dna가 뽑힌 것으로 판단해도 괜찮을까요?
회원작성글 석석석사  |  2021.03.26
Q. phenol 없이 핵산추출 첨부파일
'핵산추출' 프로토콜에서 궁금한 것이 있어 질문 드립니다. 식물의 핵산 추출 프로토콜에서 간혹 phenol을 사용하지않고, Chloroform:Isoamyl Alcohol 정도만 사용하는 논문,프로토콜등이 있습니다. 특히, 여기서 Rnase A 처리만 하여 DNA를 분리한다고 설명돼있는데, 이는 단백질을 제거하지 않은 것일까요?
회원작성글 석석석사  |  2021.03.26
Q. DNA 침전 시 덩어리 첨부파일
안녕하세요...! CTAB METHOD로 종자 핵산 추출중인 석사생입니다,, 마지막 피펫팅 단계에서 DNA 추출물이 너무 끈적하고 거품이 많아, 침전단계에 3M sodium acetate를 추가하였습니다. 상층액, isopropanol, 3M sodium acetate를 섞고 -20도에서 20분 나둔 다음, 13krpm 10분 원심분리해보니 하얀덩어리들이 침전되었습니다.. 이후 70% ETOH로 washing하여 건조한 뒤, tris-hcl에서 피펫팅하여 덩어리를 풀려하였으나 풀리지않았습니다. 지우개처럼 잘 녹지도 않았습니다. 단백질 덩어리일까요? -20도에서 좀 더 오랜시간 놔뒀어야했을까요..?  
회원작성글 석석석사  |  2021.03.22
Q. plasmid prep 관련 질문입니다
96 plate로 plasmid prep 하는 실험 하고 있습니다   protocol 상에는 1ml에 키워서 실험을 하라고 되어있는데 plasmid yield를 높이고 싶어서 1400ul정도에서 키웠습니다.  Cell 양은 1ml일떄보다 육안으로 보아도 많아서 prep 을 기존  protocol 대로 진행해보았는데 오히려 농도가 떨어지는 현상? 이 보였습니다. 그래서 시약양들을 기존에비해 1.3배 정도 증가시켜보았는데  일부는 증가, 일부는 감소 랜덤하게 나타나더라구요.   어떻게 하면 개선시킬수있을까요?   답변주시면감사하겠습니다!!
회원작성글 귤형은오렌지  |  2021.03.21
Q. binding column
DNA mini prep kit binding column을 Elution할때 binding column으로 대체가능할까요? elution kit에 buffer들은 남았는데 column이 지금 없어서요..ㅠㅠ
회원작성글 뚜야  |  2021.03.20
Q. CE-SDS IgG 확인에서 불순물을 IgG 단편으로 정의하는 이유가 궁금합니다.
안녕하세요 선배님들 CE-SDS IgG Impurity 관련하여 궁금한 점이 있습니다. 정상적인 IgG의 불순물이 LC, HL, HH, 2H1L이 되는지 궁금합니다.. 그리고 Impurity 시험에 2-Mercaptoehtanol과 Iodoacetamide가 들어간다면 이 이유가 뭔지도 궁금합니다.
회원작성글 제약청년  |  2021.03.16
Q. Plasmid isolation 후 plasmid dna 전기영동 시 문제점( 홈에 샘플이 안들어가요) 첨부파일
(원래 연구분야와 전혀 관련이 없는 부분이어서 깊이 있는 지식이 부족합니다 ㅠㅠ)   1. Genen All 사 kit를 이용하여 Plasmid DNA 분리를 하였습니다. 2. 다른 실험실에서 사용중인 method를 통해 아가로스겔을 만들었습니다.    ( Agarose 1.6 g /250ml + 10X TAE buffer 8ml/250ml + 3차증류수 72       ml/250ml + EtBr 5ul ) * 실험 시 정신이 없어 10X TAE buffer 8ml/250ml 를 첨가하지 않았습니다. 3. method에서는 TE buffer 20ul를 넣어줘야했지만 키트를 통해 분리한 양이  많아 키트안에 포함되어있는 것으로 생각하고 넣어주지 않았습니다. 4. 아가로스 겔 홈에 샘플을 분주할 때 샘플이 홈 안으로 가라앉지 않고 밖으로 나오는 것을 확인하였습니다. 5. 초기에 전압 꽂는 것이 제대로 안꽂혀있어서 로딩 시간이 길어졌습니다. (20분정도 지나고 제대로 꽂았습니다.) 6. 마커도 제대로 안내려오고 샘플도 제대로 내려오지 않았습니다. *사진에서 제일 오른쪽 세개가 순서대로 마커, 샘플1, 샘플2 입니다* *4번에서 겔홈안에 샘플이 가라앉지 않는 이유가 무엇인지 궁금합니다.  다른 시약을 안넣어서 그런것인지 분리가 잘되지 않은것인지 모르겠습니다  * TAE 버퍼와 TE 버퍼의 역할은 무엇인지 알고싶습니다 . 원인이 무엇일까요 ㅠㅠㅠ? 도움 부탁드립니다...    
회원작성글 zhs1101  |  2021.03.08
Q. 포르말린 고정 샘플에서 DNA 추출 가능한가요?
포르말린 고정된 샘플이 있습니다. 이 샘플로 DNA 추출이 가능한가요? 만약 가능하다면 어떤 방법을 사용하면 되는지요?
회원작성글 salmonella  |  2021.03.08
Q. gDNA prep 질문입니다,
Genomic DNA prep을 하려고 cell dish에 lysis buffer를 1ml 분주하고   scraper로 긁어주고 e-tube에 옮긴 뒤, 55도 heat block에서 30분  반응 시켰습니다. 그러고 난 다음 4도에서 centrifuge 돌렸는데 pellet은 생기지도 않고 용액이 투명하고 묽은 젤리? 콧물처럼 되어있어서 pipett으로 딸수가 없었습니다. 어떤 부분에서 잘 못된 것일까요
회원작성글 GOHARD  |  2021.03.05
Q. DNA전기영동 문의드립니다
아래 사진에서 2~5,10번은 DNA원료를 NaCl에 용해하고, 6~9,11은 PBS에 용해해서 전기영동한 결과입니다. PBS에 용해한 시료의 문제가 있는데   1. well에 걸려 내려오지 못하는 것 2. 겔아래까지 파선으로 쭉 내려와있는 것.. DNA조각이라고 할 순 없을거같은데 왜 이런 현상이 나타나는지 모르겟습니다... 전기영동조건은 0.5% agarose gel, 50V, 120min, DNA 1㎍ 입니다..  
회원작성글 피자빵  |  2021.03.04
Q. CTAB buffer의 PH
안녕하세요? CTAB METHOD를 따라 종자 DNA를 추출중인 석사생입니다. 일전에 시행한 DNA추출에서 DNA순도가 너무 낮아, 찬찬히 다시 추출하였습니다. 그러나 또다시 1.3정도의 순도가 나와 다시 buffer를 제조하고 있습니다. protocol에서 EDTA,Tris 모두 ph 8.0으로 하여야한다고 명시돼 있으나, 어느정도 오차는 괜찮겠지하는 마음에 8.11, 8.02로 제조하여 ctab buffer에 첨가하였습니다... buffer에 들어가는 시약?들은 증류수(멸균안됨)를 이용하여 EDTA (ph8.11), Tris-HCl(ph 8.02)를 만든 후, 모두 고압멸균하였습니다. 해당 과정이 괜찮아 보이시나요? 이렇게 만든 이 buffer들로 dna추출을 실행해도 괜찮을까요..? 멸균후에 ph가 달라진다는점, 초반에 완벽하게 ph를 맞추지않았다는 점이 걸려 이렇게 질문드립니다... 시간 괜찮으시다면 답변 부탁드립니다. 읽어주셔서 감사합니다. 즐거운 일요일 밤 보내세요!  
회원작성글 석석석사  |  2021.02.28
Q. dna extraction 후 260/230 과 260/280 의 의미가 뭘까요?
takara kit로 blood에서 dna 추출하고있는데 추출 후 nano drop으로 dna양 찍을 때 260/230과 260/280 값이 중요하다고 배웠는데요. 260/230은 1.5~3 사이 260/280은 1.5~2 사이 맞나요?   저 비율이 뜻하는 의미가 뭔지도 같이 알려주시면 감사하겠습니다..
회원작성글 마리포사  |  2021.02.27
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