제 mouse tail dna 추출protocol에 문제가 있는지 봐주세요 ㅠㅠ isopropanol 침전후 pellet이 보여야 sup을 따던지 하는데 pellet도 안보이고 dna 농도 재보면 너무 낮습니다. -> pcr돌리고 밴드 확인해봐도 dna농도가 너무 낮아서인지 밴드가 아예 안뜨더라구요 (이전에 다른분이 뽑은 sample 같이 걸어보면 거기선 밴드가 또 나옵니다) 일단 digestion buffer를 만들어서 tail들어있는 ep tube에 500ul+proteinaseK넣구요, oven에서 overnight하면 꼬리가 다 분해되어서 털만 남아있습니다. -> 다음에 NaCL 조금 넣어준후 세게 vortexing 해주고, => cfg후 털이 딸려오지 않게 sup만 따줍니다. 이후 iropropanol을 넣어준후 inverting -> 4도씨에서 centri를 합니다. -> 이 때 pellet이 눈에 보이지 않아서 문제입니다.. 도와주세요 ㅠ.ㅠ 혹시 NaCl 넣어주고 vortexing을 해주는 과정에서 문제가 있는건가요? NaCl이 DNA 안정화에 역할을 하니까 조금 더 많이 넣어주어야 하는건지 그리고 vortexing과정이 잘 못된건지..? buffer문제는 아닌거 같은게 다음날 보면 꼬리는 잘 녹아있습니다. ㅠㅠ

PCR 후 DNA 산물과 6x loading dye, DNA staining dye 섞어서 loading할 때 소량만 넣어도 agarose gel(staining 시약 안넣음)에서 잘 보이는 시약을 사용했었는데 DNA staining dye가 어떤 제품인지 못찾아서요 검색해봤는데 다들 6x dye만 팔더라고요....   혹시 아는분 계실까요?

안녕하세요 현재 실험 중 마우스에서 DNA를 추출해야 하는 과정이 있는데 bioneer에서 tail dna extraction kit, stool dna extraction kit를 이용하고 있습니다. 그런데 두 키트를 비교해 보니  키트에서 다른 것은 lysis buffer와 binding buffer인데   1. 혹시 이 둘을 혼용해서 이용해도 괜찮은지, (예를 들면 분변 dna를 추출 시 tail dna 추출용 lysis buffer를 이용해도 괜찮은지) 2. 혼용해서는 안 된다면 그 이유가 무엇인지 알고 싶습니다.   대학원 입학한 지 얼마 되지 않아서 질문하는 요령이나 정보를 찾는 요령이 부족합니다. 친절하게 도와주시면 감사하겠습니다. 따끔한 조언도 감사합니다.

Mouse tail에서 genomic dna를 추출하려고 합니다. EDTA, nuclei lysis solution, proteinase K를 넣고 heatblock에 overnight시켰는데 꼬리가 안 녹네요ㅜㅜ 거의 안 녹았다고 봐야해요..ㅠㅠ 이유를 아시는 분 계실까요? 감사합니다!

Midi prep하는데 finalizer라는걸 사용하더라고요 먼저 elution해서 얻은 용액에 Isoprophanol을 넣어서 dna 침전시켜주고 두꺼운 시린지+Finalizer 에 넣어서-> 흘러내려가게 해주고 Finalizer에 또 EtoH 2ml정도 넣어주고 말려줘요. 그리고 finalizer를 ep tube로 옮겨서 얇은 시린지+Finalizer에 nuclease free water를 몇ml정도 넣어서 압력을 가해주면 밑에 내려온 용액을 얻어내는 실험인데요. Finalizer에 dna들이 걸려있는건 알겠는데, nuclease free water는 그냥 물 아닌가요? 걔네 넣어준다고 걸려있는애들이 ep tube로 내려갈 수 있나요?    기초적 질문해서 죄송합니다 ㅜ

혈액에서 DNA 추출하는 실험을 했는데 실패 이유를 모르겠습니다 column 튜브로 옮기고 원심분리기에 돌렸는데 혈액이 응고되어서 필터에 걸러지지 않고 그대로 고여있더라구요 그 이후로 혹시나 싶어 wash 과정을 여러 번 거쳤는데도 혈액이 떡진 채로 있어서 결국 실험결과에서 투명한 DNA 하층액을 얻은 것이 아니라 노란색으로 오염된 액을 얻었습니다.. 도대체 혈액이 응고된 원인이 뭔가요? 이유가 조금이라도 가늠되신다면 답변 해주시면 감사하겠습니다..ㅠㅠ 

안녕하세요! 새로운 실험실에서 DNA 추출을 위한 실험실 세팅중인데 본인은 키트를 이용한 실험밖에 해보지를 못하였습니다. 처음으로 PCI (Phenol-Chloroform-Isoamyl alcohol)를 이용한 실험을 수행하여야 하는데, 문제는 실험 진행에 있어 추출물을 PCI와 반응하고 남은 잔여물들이 소량이지만 모아서 버릴 때 어떻게 해야하나.. 싶어서요 ㅠㅠ  아무래도 페놀과 클로로롬이 함유된 물질이니.. 폐액처리를 해야하나 싶은데 어떻게 해야하나 고민에 놓여 질문을 드리게 되었습니다. MSDS 상에는 국가별로 차이가 있습니다..라고만 기입되어 있네요..ㅠㅠ 부디 아시는 분 답변 부탁드리겠습니다..

사람의 구강상피세포가 묻혀져 있는 면봉을 이용해서 gDNA extraction 하는 방법을 알고 싶습니다. lysis buffer에 면봉을 넣고 오버나잇 시키고 평소 하던데로 column 사용해서 extraction 하고 있는데도 dna가 추출되지 않습니다ㅜ 이럴때는 어떻게 전처리를 하고 추출해야 할지 조언부탁드립니다ㅜㅜ

안녕하세요 이제 막 실험실에서 공부하고 있는 학부생입니다 클로닝에 사용할 플라스미드 DNA를 prep 후 젤에 걸어 확인해보았는데요 밴드가 3개 이상 관찰될 수 있나요?? 밴드가 2개일 때 더 빨리 내려온 아래쪽 밴드가 supercoiled form이고 위쪽이 opencircular form인 것은 이해했는데 3개 이상 관찰된 경우는 처음봐서 질문드립니다 실험실 선배도 이유를 모른다고하고 브릭에 검색해봤을 때도 저와 같은 양상은 보이지 않는 것 같아서 부득이하게 이곳에 질문하게 되었습니다 사진 첨부하겠습니다 도움 주시면 감사하겠습니다

안녕하세요, CTAB Method 기반으로 DNA 추출 중인 석사생입니다. DNA 추출이 끝난 후, RNase A를 넣고 37도에서 한시간 두는 단계에서 실수를 하여 질문드립니다... protocol에 10ul(10mg/ml)를 첨가하라 명시돼 있는데 실수로 20ul를 첨가하였습니다..RNase A의 양이 DNA에 많은 영향을 줄까요..? 읽어주셔서 감사합니다. 좋은 하루 보내세요..!  

안녕하세요! Miniprep kit를 이용해서 E.coli (anti-Amicillin)의 플라스미드 DNA를 추출하는 실험을 진행하려고 합니다. 현재 E.coli가 일반 고체 배지 (PCA plate)에 배양되어 있는데, miniprep 실험을 하기 전 이 콜로니를 액체 배지로 옮겨 주어야 하나요? 옮기는 방법 + 옮기고 나서 몇 도에서 얼마나 배양해야 하는지도 궁금합니다. 또, E.coli 10ml를 1주 전(배송 기간까지 합하면 약 8~9일)에 외부에서 구입했는데, 구입한 그 용액 자체를 이용해서 miniprep을 진행해도 되는지 궁금합니다. 요약하자면 1) Miniprep을 할 떄 고체 배지에 생긴 E.coli colony를 바로 떼어서 실험하는 방법이 있나요? 2) 만약 colony를 따로 떼어서 액체 배지에 배양해야만 miniprep을 진행할 수 있다면, 몇 도에서 얼마나 배양해야 하는지 + 어떻게 colony를 액체 배지에 넣어야 하는지 알고 싶습니다 3) E.coli 10ml가 배송된 그 상태로 바로 miniprep을 진행해도 괜찮나요?

안녕하세요. 석사과정의 학생입니다. vector을 enzyme cut 후 전기영동을 내리는데 문제점이 몇가지 있어 질문드립니다. 1. 이론적으로는 7032bp와 1700bp에 존재해야 하지만 둘 다 그보다 크게 측정이 되는 것 같습니다.  2. 시작시 500ng의 DNA를 loading하였는데 loading 된 양이 상당히 적은 것으로 보입니다.   실험과정에서 어떤 문제가 있을 때 이러한 문제가 발생할 수 있을까요?  답변 주시면 감사하겠습니다.   1차실험 2차실험(vector cut부터 다시 진행하였음)  

안녕하세요, DNA purity 측정 중 궁금증이 생겨 질문 드립니다. 1. DNA extraction 후 Nano drop형 spectrophotometer을 사용하여 순도를 측정할 때, Nano drop형 spectrophotometer에 Blank(?)를 먼저 측정하는 이유가 무엇인지 궁금합니다.  2. PCR을 위한 DNA는 50ng/ul로 정량되어야 한다는데 302.185ng/ul이 나왔어요. 괜찮은 건가요?

어제 mini prep 관련 질문에 답변해주셔서 감사드립니다 강시님.    15 ml LB(w Amp)에 E.coli를 접종하고 mini prep을 진행할 경우   Sol2와 Sol3의 양을 증가시키라고 말씀해주셨는데    그것과 관련해서 질문이 있어서 글을 쓰게 되었습니다.    mini prep kit는 qiagen kit를 사용하고 있습니다.    kit protocol에서는 P1 buffer 250ul, P2 buffer 250ul, N3 buffer 350ul인데   15ml LB에 접종한 cell을 mini prep 할 때는    P2 buffer를 500ul를 넣고 N3 buffer를 700ul 정도 넣어볼까요?  (아마 다 넣으면 e-tube에 가득차거나 조금 넘칠 수도 있을 것 같습니다.     아니면 P1, P2는 그대로 하고 N3만 700ul 넣어볼까요?    감사합니다 강시님 

안녕하세요.    어제에 이어서 오늘 mini prep을 한번 더 해봤는데    농도가 잘 나온 것은 1000ng/ul가 나왔고 잘 안나온 건 160ng/ul 정도가   나왔습니다.    그런데 260/280을 봤을 때 대부분 1.92 정도 나왔는데 이정도면    transfection용으로 사용해도 괜찮을까요?    보통 1.8에 가까우면 purity가 좋은 것으로 알고 있습니다.    그리고 mini prep할 때 Sol3를 넣은 후에 vortexing을 해도 괜찮을까요?    감사합니다. 

안녕하세요.    plasmid mini prep 관련해서 여쭤볼 것이 있어서   글을 쓰게 되었습니다.    한달 전에 mini prep을 했을 때는 수율이 300ng/ul는 넘게 나왔었는데   지금 다시해보니 잘 나온 건 260ng/ul 정도고 제일 낮은 건 70ng/ul 밖에   안나왔습니다.    50ml conical tube에 10ml LB broth(w AMP)를 넣고 E.coli stock을   inoculation한 뒤에 overnight culture를 하고 다음 날에 mini prep을 진행   하였는데 수율이 낮더라고요. (한달 전에는 그래도 300ng/ul 정도 나왔었습니다.)   stock에 문제가 생긴 것일까요?    그리고 sol 3를 넣고 centrifuge 후에 pellet을 확인하면 밑에 있는 사진처럼 확인이 되는데, 상층액을 파이펫으로 딸 수가 없더라고요. 저런 경우에는 어떻게 해야하는지 여쭙고 싶습니다.  mini prep은 그냥 kit대로 진행하는데 왜 수율이 이렇게 차이가 나는지 모르겠네요...    감사합니다.