학부연구생으로 들어온지 얼마안되어서 최근 dna extraction 실험을 하고나서 프로토콜을 정리하는 중에 binding buffer의 역할이 'Dna를 binding하여 잘 붙게 한다.' 라고 되어있었는데 이게 DNA를 spin column의 필터에 binding할 수 있게 도와주는것이 맞나요? spin column은 정전기를 이용해서 필터역할을 수행한다고 알고 있는데요   이온의 세기를(?) 잘붙도록 조절해주는 성분이 들어있는건가요 ?

안녕하세요? CTAB METHOD로 식물 종자 DNA(종피가 매우 딱딱한 종자입니다.)를 추출 중인 석사생입니다. 스펙트로메타를 통해 측정한 결과. 농도는 11.69ul/ml로 괜찮았으나, 순도가 1.357정도로 매우 낮게 측정되었습니다. 검색해보니, 이 경우엔 protein오염? 또는 저장한 시약(tris-HCL PH8.0)의 PH가 잘못된 경우 일어날 수 있다는 것을 확인하였습니다. 시약의 PH는 현재 다시 측정하려 합니다. 그러나 protein오염의 경우, 일어날 수 있는 상황들을 생각해보니 문제가 될만한 것이 있어 질문드립니다. ->> 피펫팁 오염으로 인해 일어날 수 있을까요??<<- 저희 연구실은 신생랩이라 연구비가 넉넉하지 않아, 오래전 있었던 연구실의 팁들을 사용하고 있습습니다. 모든 팁들은 오토클레이브 후 사용하였으나, 실험 후 피펫팁 몇몇에서 육안으로 확인 가능할 정도로 먼지가 검게 묻어있던 것을 발견하였습니다. 먼지가 dna추출에 있어 큰 영향을 미치는 지 궁금합니다.. 구글로 열심히 검색해봐도 결과가 나오지 않아 질문드립니다. 먼지가 없는 오래된 팁으로 다시 진행해 볼까합니다만,  밀봉된 팩을 물에 담궈보니 밀봉팩안으로 물이들어가는 것을 보아 완전한 밀봉은 아닌 거 같습니다.. 팁가격은 얼마하지않아 사비로 구매하려 합니다만, 궁금하여 질문드립니다. 읽어주셔서 감사합니다. 시간 괜찮으시다면 답변 부탁드립니다!  

고등학교 2학년인데 플라스미드 추출 실험을 하려고 해요. 주변의 물건과 장소에 있는 세균들에서 특정 세균만 배양하고 플라스미드를 추출하는게 목적이에요. 그런데 구글링해보면 형질전환된 세균의 플라스미드 추출하는 실험밖에 나오지 않더군요... 1. 우리 주변에 있는 세균들은 대부분 플라스미드를 가지고 있나요? 2. 같은 종의 세균은 같은 종류의 플라스미드를 가지고 있나요? 3. 된다면 제한효소도 사용해서 전기영동하고 싶은데 고등학교에서 제한효소를 사용할 수 있을까요?(비용 문제 관련)

안녕하세요, 열공하고 있는 학부연구생입니다.   대부분 DNA를 보관하는 방법에는 크게 세 가지로, 1. EtOH precipitation 후 airdry해 pellet 형태로 deep freezer에 보관 2. prep 후 TE buffer에 녹여 deep freezer에 보관 3. D.W로 녹여 deep freezer에 보관 이렇게 알고 있습니다. 3번의 경우는 컨탐의 위험이 있다고 알고 있구요. 그 중 2번의 경우 Tris의 buffer 기능과 EDTA의 chelator 기능으로 pH에 의한 변성과 enzyme에 의한 분해로부터 DNA를 보호한다고 알고 있습니다. 그렇다면 TAE buffer 또한 Tris, EDTA가 들어갔으므로 DNA 냉동보관에 사용할 수 있나요?  (사실, TAE buffer에 DNA를 보관한다는 말을 거의 찾아볼 수 없는 데에는 그럴 만한 TAE buffer의 결격사유가 있기 때문이라 미리 짐작합니다.) TE buffer를 만들기 위해 Tris를 HCl로 적정한 것 처럼, TAE buffer 또한 AA로 적정했으므로 기능 면에서는 크게 다를 것 없다고 생각이 됩니다. Gel electrophoresis에 TAE buffer를 사용하는 이유 또한 DNA를 안정하게 해주는 기능을 하기 때문이기도 하구요.   어설픈 공부로 구멍이 많습니다... 선배님들의 친절한 설명 부탁드립니다!  

gDNA를 추출했는데 밑에 나오는 밴드들은 DNA가 degradation된것인지 RNA인지 모르겠습니다. RNase A처리시 제거가 된다면 RNA라고 생각하면 되는걸까요?

안녕하세요.  MN kit에서 DNA Midiprep kit 질문있습니다. RES buffer 넣고 LYS buffer까지 잘 넣은 후에  하얀색 필터를 EQU buffer에 반응시키게 되는데요. 그 후에 NEU buffer까지 넣고 하얗게 덩어리가 진 것을 확인 후 하얀색 필터에 용액을 붓게 되면 통과되어 나오는 용액이 투명한 용액이 아닌 뿌옇게 되어 결국에는 아래에 있는 컬럼을 막아버리게 되더라구요. 그래서 워싱이나 일루션 할때 시간이 딜레이되고 최종 농도도 매우 낮게 나오는 현상이 간헐적으로 발생이 됩니다. Ecoli 스탁을 다시 만들고 진행해도 똑같은 현상이 반복되는데 어떠한 문제가 있으면 이런 현상이 발생되는 것인가요. NEU buffer넣을 때도 덩어리가 깨지지 않게끔 살살흔들면서 반응시킵니다.  

DNA 실험 중입니다. gel 사진을 보고 다음 단계를 할 때 gel extraction을 해야하는지 purification으로 해야하는지 정하는 기준이 있을까요??

DNA 실험 중 gel extraction을 할 때 사용할 column 수를 어떻게 계산해야 하나요?

안녕하세요. 제가 cloning 하기 위해 insert할 DNA를 plasmid prep된 상태에서 PCR을 이용해 다시 순수한 target 유전자만 얻어낼려고 하고 있습니다.  PCR을 돌린 product를 PCR 정제나 Gel 정제를 해서 다시 DNA를 분리하려고 하는데요.  저는 PCR정제를 해서 전기영동으로 밴드 확인 후, 원하는 size가 나온 band를 Gel 정제를 해서 분리해 내는 줄 알았는데... 저희 박사님께서 그렇게 하면 loss율이 높아서 하면 안된다고 둘의 차이점에 대해서 알아오라고 하시는데... 저는 DNA size에 따라서 80bp~10kb까지는 Gel 정제를 하고 100bp~10kb까지는 PCR 정제로 분리해낸다고 알고 있었는데... 둘의 DNA size도 얼마 차이도 안나고.... loss율은 찾아봐도 잘 나오지 않네요ㅠㅠ loss율은 정제 제품을 개발하는 회사마다 다른건지 일반적인 loss율이 얼만큼 차이나는지 둘의 차이점에 대해 자세한 설명이 필요합니다ㅠㅠ  부탁드립니다!ㅠㅠ 

Sepharose 2B가 Sepharose 2B CL로 대체 되었는데 cross-linked가 되지 않은 agarose gel이 필요한 상황입니다. 찾아보니 agarose 2%이고 에탄올 20%에 pre-swollen된 상태입니다. 바로 대체해서 사용할 수 있는 제품이 있을까요? 직접 제조하는 것도 고려해보았는데 gel chromatograhy는 처음이라 대체품을 이용하는 것이 빠를 것이란 생각이 들었습니다. 혹시 직접 2% agrose in 20% ethanol을 제조하는 것이 크게 어렵지 않다면 직접 제조하는 것에 대한 정보를 좀 얻을 수 있을까요? 감사합니다!

안녕하세요. 선배님들...! 생명과학과 학부생입니다. 다름이 아니라 제가 개인 project 실험을 하고 있는데, 지금 전체적인 틀이 잡히지 않습니다...   1. mini-prep  2. Cloning 방식.. cDNA를 만들고, cDNA에서 원하는 것을~ 3. Drosophilia Ovary 해부, cDNA를 만들고 VASA pET21a 4. Protein Purification 까지 끝내기   p.s. +Gibson assembly 를 사용해서 VASA 유전자를 pET21a vector 에 복제한다. Cloning 에 사용할 pET21a 에서 sequence 정보를 찾을 수 있다. 기본 전략은 T7 tag와 His tag 사이의 이 vector 에 VASA-항원 sequence 를 넣는 것이다. 성공하면 T7-VASA-His 융합 단백질을 유도할 수 있으며, his-tag 정제 키트로 정제할 것이다. ------------------   여기까지인데 지금 자연스럽게 연결(?) 틀이 안잡혀서 이해가 안됩니다.   그리고 주문해서 현재 가지고 있는 것은  Primer 로써, Oligo 합성 25, Oligo 합성 50 그리고 ExiProgen™His-tagged Protein Purification Kit (16reactions), IPTG (5g) 을 주문해서 받았습니다.     창피하지만, 제가 무엇을 정확하게 해야할지 흐름이나 맥락조차 지금 이해가 잘 되고 있지 않아서 자연스럽게 이해를 하고 싶습니다.   상세하게 설명해주시면 정말 큰 도움 될 것 같습니다.... 감사합니다. (_ _)

대장균이나 효모는 추출 방법을 알고 있는데 NGS등으로 사람의 유전병을 진단할 때 어떤 시료를 사용해서 어떤 방식으로 DNA를 추출하는지 궁금합니다.  자주 사용되는 키트나 관련 자료가 있으면 혹시 알려주실 수 있을까요?

Tris의 pH가 11정도이기때문에 acetate를 넣어준다고 나와있는데 위키피디아에서 찾아본 Tris의 pH는  8.07 (conjugated acid)  라고 나오네요..? 다른 실험에서도 pH를 맞춰주기 위해 Tris만을 넣은 경우를 봤는데 Tris의 pH는 어떤게 맞는건가요...?

EB buffer 안에 녹아있는 GFP plasmid를 센트리 돌려서 침전시킬 수 있나요? 목적은 침전시킨 후 EB buffer를 덜어내서 GFP plasmid 농도를 더 올리고자 하는데, 가능하다면 RCF(g)과 시간은 얼마로 돌려줘야 하나요? 

20ml로 cell을 키우고 다운시켜서 3가지버퍼를 차례로 넣고 돌렸는데 다운된 셀이 젤리처럼 되었습니다. 왜 그런걸까요?ㅠㅠ

구강상피세포 dna추출 과정입니다. 구강 상피 조직 세포 수거 과정 ① 면봉으로 뺨 안쪽을 누르듯이 긁어 구강 상피 조직 세포를 수거한다. ② 공기 중에서 약 2분간 말린 후, 머리 부분만 가위로 잘라1.5mL-튜브에 넣는다. 2) 용해 과정 ① T1 200μL를 솜이 잠기도록 넣고 단백질분해효소K 20μL를 넣은 후, 교반기로 약 5초간 잘 섞어준다. *T1= pre lysis완충용액 ② ①을 원심분리기로 가라앉힌 후, 56℃ 항온수조에 10분간 둔다. ③ 면봉을 제외한 용액을 1.5mL-튜브로 최대한 옮긴 후, B3 200μL를 넣고 교반기로 약 5초간 잘 섞는다. *B3 =lysis완충용액 ④ 원심분리기로 가라앉힌 후 70℃ 항온수조에 약 5분간 둔다. ⑤ 상온에서 약 5분간 식히거나 얼음에서 식힌다. 3) DNA 침전 및 추출 과정(부착 → 세척 → 건조 → 추출) ① 무수에탄올 200μL을 넣고 교반기로 혼합한 후, 수 초간 원심분리하여 튜브의 뚜껑에 묻은 것까지 모은다. ② 부착: 1.5mL-튜브 안의 용액을 콜륨 튜브로 옮긴 후, 원심분리기로 가라앉히면 콜륨 튜브 내의 막에 DNA 등이 부착된다. ③ 세척: B5 200μL을 넣은 후, 약 1분간 원심분리한다(2회 반복). *B5= washing 완충용액 ④ 건조: 1분간 원심분리하여 DNA를 완전히 말린다. ⑤ 콜륨 튜브 아래의 원통형 튜브는 버리고 1.5mL-튜브를 끼운다. ⑥ 추출: BE 20μL을 콜륨 내의 막을 향해 넣고 1분간 세워둔 후, 2분 동안 원심분리기로 가라앉히면 DNA가 추출된다.   이 과정에서 질문이 Q1.  용해 과정에서 56℃, 70℃의 항온 수조에 담근이유를 저는 56℃는 단백질 활성온도, 70℃는 핵산분해효소 변성시켜 불활성화하기위한 온도라고 생각했는데 맞는걸까요? 또한  Q2. DNA 침전과정에서 B5 완충 용액은 염을 제거하기 위한 과정일까요 단백질을 제거하기 위한 과정일까요?? 전반적인 과정이 단백질분해효소K를 처리는 하지만 페놀클로로포름 추출법같이 단백질분해효소K같은 처리한 단백질을 제거하는 과정이 없어서 혼란스러워요

gDNA를 추출하여 0.8% agarose gel 전기영동을 진행하였는데 band가 삐뚤게 나오고 밑에 나온 밴드는 무엇을 의미할까요?ㅜㅜ 불순물이 존재하는 것인가요? 0.8% agarose gel (1X TAE이용) / 100V / 1h  

sfi1이 뭔가요 ?? 제한효소 할 때 , sfi1처리 후 PCR purification 했다는데  저게 무슨 말 인가요 

어류 정소에서 DNA를 추출하는데  protamine 함께 나옵니다. Protamine을 분리해 내는 방법 좀 알려주시면 감사하겠습니다.

안녕하세요. 혹시 예쁜꼬마선충으로 실험 진행하시는 분 계신가요? 전 대학원생 진학 준비중인 학생인데, 예쁜꼬마선충으로 실험을 진행하고 있습니다. 저와 같은 입장이신 분과 소통하고 싶어서 글 올립니다.