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BioLab 신동혁 교수
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Q. SDS-PAGE 조건
1. BSA와 트롬빈을 SDS-PAGE로 내릴건데, 각각 buffer를 뭐를 사용해야하는지 알 수 있을까요? 2. 각 sample을 BCA assay를 이용해서 단백질 함량을 구한 후 단백질 양이 50ug이 되도록 로딩해야할까요? 3. gel %는 10-14%면 적당할까요? 4. 둘이 한 gel에서 내리려면 유의할 사항이 있을까요? 5. 참고가 될 만한 논문이 있다면 첨부해주시면 큰 도움이 됩니다.
회원작성글 korealab  |  11.15
Q. hplc 소프트웨어 질문 드립니다 첨부파일
제가 프로그램을 잘못 건든건지 최근에 뽑은 결과서에 amount 값은 없고 width 와 area 값만 있는데 amount(ng/ul) 설정 하려면 어떻게 해야 되나요ㅜㅜ?
회원작성글 사수없는초보  |  11.15
Q. Western blot 밴드 정량 및 계산
안녕하세요. Western blot 실험결과 정리 중 궁금한것이 있어 질문드립니다.   Western blot 후 단백질 발현양을 계산 할 때, ImageJ 를 사용하여 밴드 intensity를 측정하고, 이를 β-actin intensity로 보정하여 상대적인 발현양으로 정리하였습니다. 특정 단백질의 발현양을 계산하는 것은 크게 문제가 없었는데, 단백질 A와 B의 비율계산을 할 때 혼란이 와서 질문 남깁니다.   한번의 loading에서 단백질A, B, β-actin을 확인하면 A와 B의 band intensity는 같은 값의 β-actin intensity로 normalization 될 것이고, 결국에 A와 B의 비율로 계산을 하면 보정값이 상쇄(?) 되는 것이니 β-actin normalization 값이 무의미하다고 봐도 될까요? (이게 맞다면 β-actin의 경우 각 그룹별로 동일한 양으로 loading 되었음을 band 이미지로 보여주기만 하고, 정량값 계산에는 사용되지 않는다고 보면 될까요?) 아니면 A와 B의 ratio를 β-actin intensity로 보정을 하는것이 맞는지.. 그것도 아니라면 A와 B를 따로 loading 하여 각각의 loading control (β-actin) 값을 가지고 계산하는 것이 맞을지..   연구원님들께서는 어떻게 결과 정리를 하시는지 조언 부탁드리고자 합니다!
회원작성글 글씨야  |  11.15
Q. 클로로필 필터지 무게
 안녕하세요. 질문이 있어서 글을 남깁니다.   다름이 아니라 식물플랑크톤의 거대분자조성 실험 중 일부 샘플의 필터지를 half로 잘라 무게를 측정하여 둘로 나누게 되었습니다. 그런데 이런 경우 필터지의 무게가 정확히 반이 아닌 0.004-0.01 정도의 오차가 발생할 수 있나요? 전체 필터지의 무게보다 반으로 나눈 필터지의 두 무게를 더한 값이 더 가볍게 측정되었습니다.   혹시 샘플을 재냉동후 해동하여 시간의 차이를 두고 무게를 측정했을 경우 값의 오차가 생길 수도 있는것인가요?
회원작성글 말랑복숭아  |  11.14
Q. v/v 퍼센트 계산
배지 1L에 99.8% methanol을 1% 넣어야하는데,   어떻게 계산해야하나요,,? 그냥 1L에 1% 10ml 넣으면 되나요?
회원작성글 서먼지  |  11.14
Q. 젖산균의 분리배양
김칫국을 이용해서 젖산균의 분리배양 실험을 했는데 MRS 배지에 10의 1승부터 10의 3승까지 도말평판법, 주입평판법 두 가지 방법으로 진행하였고 67시간 정도 배양 후 확인했습니다. 1승부터 3승까지 모든 배지가 곰팡이 처럼 보이는 것만 징그럽게 배양되었는데 잘못된걸까요? 곰팡이가 배양된걸까요? 효모도 배양될 수 있나요?
회원작성글 ㅣ아ㅏ  |  11.14
Q. 시그마사의 안티바디를 사서 사용해 보신분들,, 도움 좀 얻고자합니다!
우선 제 웨스턴 프로토콜은 다음과 같습니다. 로딩  step1. 50v 400mA, 70min Step2. 100v 400mA 120min 트렌스퍼 버퍼 조성 dw700, 메탄올100, 1x버퍼 200 멤브레인 NC 스티로폼에 아이스 가득 넣고, 아이스 팩 넣음 80v 400mA 120min 수행 폰슈로 단백질 확인 후 워시 10min*3 블락킹 skim milk 5% 실온 두시간 1AB  스킴밀크 5% 1:1000  4C 쉐이킹하며 O/N 16시간 워시 10min*3 2AB 실온 1:4000 1시간   워시 10min*3 디텍팅 ----------------- 이번에 시그마사의 제품을 처음 구입해서 웨스턴을 수행했더니 단백질이 다 달라붙어서 디텍이 안되고 시커멓게만 뜹니다,,   문제는 배송 올때 데이터 시트 조차 같이 동봉되어있지 않아,, 홈페이지에서 찾았는데 그마저도 자세하지 않네요,,   제가 알고 있는 프로토콜과 다른건지 웨스턴을 했더니 전혀 반응이 없어요. 데이터 시트 첨부합니다. 분명 반응 종에 마우스와 인간 이라고 되어있고, 제 실험은 마우스 입니다,,    데이터 시트엔 이렇게 나와있어요.  Western Blotting Analysis: Representative lot data. Human lung tissue lysate was probed with Cat. No. AB3420-I, Anti-Surfactant Protein A (0.5 µg/mL).  Proteins were visualized using a Donkey Anti-Rabbit IgG secondary antibody conjugated to HRP and a chemiluminescence detection system. Arrow indicates Surfactant Protein A (~35 kDa) Western Blotting Analysis: 0.5 µg/mL of this antibody detected Surfactant Protein A in 10 µg of human lung tissue lysate. 웨스턴 블로팅 분석: 0.5µg/mL의 이 항체는 10µg의 인간 폐 조직 용해물에서 계면활성제 단백질 A를 검출했습니다.   라그렇다면 스킴밀크 혹은 BSA 1ml당 0.5ug의 안티바디를 첨가해야한다는걸까요,, 10ml의 안티바디를 만든다면 5ug가 들어가야한다는 말이 맞는지요?
회원작성글 진vv  |  11.14
Q. Cell counting에 대해 질문드립니다 (왕초보)
Cell counting에 대해 여쭤보려고 하는데요. (이전과정 생략) cell pellet을 배지 1 ml로 풀어주었거든요. Trypan blue 20 ul + cell 현탁액 20 ul을 섞어주었고요 (Total 40 ul) Hematocytometer에 20 ul을 분주하여 4 칸을 counting 하였습니다. 4칸에서 counting한 세포의 수가 216개 였고요. 세포수/칸수 x trypan blue 희석배수 2 x 10^4 cell/ml로 계산하면 216/4 x 2 x 10^4 = 108 x 10^4 이잖아요? 1 ml에 있는 현탁액 cell이 108 x 10^6개 인데 저는 cell seeding을  0.9 x 10^6으로 해주고 싶어서요... 새 dish에 배지 10 ml을 넣고 거기에 counting 한 cell을 0.9 x 10^6 만큼 넣고 키우고 싶은데 어떻게 해야하는지 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 medi92  |  11.14
Q. TOUCH DNA관련 질문드립니다.
학부시절부터 자주 도움을 받았던 곳이라 글을 남기게 되었습니다. 현재는 수사관련 일을하는데, 범죄자들이 잠시 만진 물체나 신체 등에서 cell을 채취하는 업무를 하다보니 워낙 소량이고 미검출 되는 사건이 많아 개선하고 싶은 생각을 자주합니다. 현장자체가도 굉장히 지저분할때가 많고, 채취하는 cell의 양도 소량이라 dna 검출이 잘되지 않는 경우가 많은데.. 혹시 오염물질들을 세척해내면서 cell의 purity를 높힐 수 있는 방법이 있을까요? Cell 을 깨지 않는 선에서 요청드립니다. 감사합니다.
회원작성글 like데미안  |  11.14
Q. cell differentiation media
osteogenic cell 분화 하려고 하는데, 선배가 stock을 working농도 ( 10mM beta- glycophosphate)로 희석하신걸 주시고는 분화 media 50ml 만들어서 쓰라고 하는데 대체 희석한걸 얼마나 넣어야 하는 걸까요?
회원작성글 바이오학과  |  11.14
Q. qPCR시 amplication plot 한번 봐주세요~
multiplex로 qPCR 진행했는데 연두색은 cy5-bhq2 / 빨간색은 fam-bhq1로 진행했습니다. 근데 연두색은 곡선이 매끄러운 반면, 빨간색은 곡선이 매끄럽지 않은데 왜 그런지 알고 싶습니다..ㅜㅜ 해결방안도요..! probe, primer 때문인가 싶어서 새로 희석해서 qPCR 진행하여도 빨간색은 계속 저렇게 곡선이 매끄럽지 않게 나옵니다,.,
회원작성글 soor  |  11.14
Q. Cell proliferation 실험에 대해서 질문있습니다 (왕초보)
세포 실험을 진행하려고 하는데요... 어떤 특정 물질을 처리하여 proliferation의 효과를 보려고하는데요. 개념이 없어서 proliferation이 말 그대로 증식이잖아요?. 그럼, 특정 물질을 처리 하였을때 cell이 증식이 증가 할지, 감소 할지에 대해 effect가 나올건데, 먼저 cell proliferation 실험에는 어떤 종류가 있는지에 대해 여쭤보고 싶습니다... cell migration 실험에서도 wound healing assay 말고 다른 실험도 있는지 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 medi92  |  11.14
Q. plate 곰팡이가 피었을때
plate에 도말하였는데 colony와 같이 곰팡이가 피었습니다.   곰팡이가 핀것은 처음이라... 도말할때 오염이 되서 발생한것일까요?   곰팡이가 핀 plate에 생성된 colony를 사용해도 되는걸까요?
회원작성글 학헉학도생  |  11.14
Q. 청국장균 배양에서 streaking한 선이 잘 안보이고 콜로니 크기가 제각각인데 다른균이 들어와서 오염이 된걸까요? 첨부파일
nb배지에 두번 실험했는데 두번 다 비슷하게 나왔습니다.. 1.1번에 콜로니 선이 안보이고 너무 빽빽한데 제가 streaking을 너무 촘촘하게 한걸까요? 콜로니 크기도 너무 제각각이라 다른 균이 들어온걸까요? 2. 2번 콜로니는 single colony가 너무 큰데 왜이렇게 큰 걸까요..?
회원작성글 dusel  |  11.14
Q. 고위험 병원체 fixation후 bl2 연구 가능할까요?
저희 연구실이 Bl3가 아니어서 고위험 병원체 감염 조직을 PFA로 고정해서 bl2연구시설에서 연구 가능 할까요?
회원작성글 판돌판돌  |  11.14
Q. 한천배지를 제작하였는데 요즘 갑자기 배지 내부에 colony가 오염되어 자랍니다.ㅠ 첨부파일
대학원에서 해양미생물분류학을 전공하고 있습니다. MA 배지, ZB 배지 최소 1주일에 3-4회 제작하는데 최근 1주일동안 만들던 고체배지들에서 컨텀이 나고 있습니다. 곰팡이 컨텀이라면 가끔 본 적이 있는 일이기에 그러려니 하고 넘어가고 있는데 낙하균으로 인한 배지 표면에 생기는 colony 컨텀이 아니라 배지 내부에 콜로니가 자라는 문제가 있습니다. 배지 제작 후 멸균을 돌리기 전까지 생긴 오염일 확률은 적다고 생각하여 멸균된 배지를 붓는 과정에서 최대한 조심히 하고 있습니다.   한번 배지를 만들면 6L씩 만들곤 하는데 몇몇 배지가 아니라 저런 컨텀이 발생하면 거의 절반의 배지에 컨텀이 생기곤 합니다. 여러가지 문제점을 유추해보고 있는데 조건이 달라지지 않았더라도 컨텀이 났다가 안났다가 합니다. 첨부한 사진을 보면 흰색 콜로니가 보이실텐데 흰색에 가까운 pale-yellow pigment의 콜로니들이 배지 내부에서 자라고 있습니다. 무슨 문제일까요?   멸균은 121도에 15분 돌리고 있습니다.
회원작성글 mysonta  |  11.14
Q. 약물 화학반응속도 관련 주제 추천
안녕하세요. 화학 관련 탐구를 진행 중인 학생입니다. 화학반응속도론에 관심이 생겨 이를 바탕으로 실험을 진행하려고 합니다. 그러나 약학과 관련된 탐구를 원하기에 약물과 관련하여 화학반응속도에 대해 탐구하려고 하는데 무엇을 하는 것이 좋을까요? 실험도 진행하여야하는데 무엇을 해야할지 모르겠어요ㅠㅠ
회원작성글 hs2005  |  11.14
Q. transfection관한 질문입니다!
HEK-293T cell line에 midiprep한 plasmid DNA를 transfection하고 luc은 luminometer로 확인하고 eGFP는 형광현미경으로 확인하는데요 luc은 발현이 잘 되는데 eGFP는 형광현미경으로 거의 안 보여서 eGFP도 lysis하고 형광파장에서 찍어봤는데 발현양이 luc에 절반도 안되더라고요 똑같은 조건에서 transfection했는데 이런 경험 있으신 분들 조언주시면 감사하겠습니다 주변에 물어볼 사람도 없어서 올려봅니다ㅜㅠ
회원작성글 Luminous  |  11.14
Q. 동물 실험 조직내에 어떤 물질을 처리 하였을때 검출 할 수 있는 방법
안녕하세요. 동물실험을 계획 하는 중에 궁금한게 있어서 여쭤봅니다. 살아있는 동물에 어떠한 물질을 넣었을때 동물 내 물질을 검출 할 수 있는 방법을 알고 싶어서요... 예를 들어 형광 물질을 살아 있는 동물에 넣었을때 살아 있는 채로 동물 조직내에서 물질을 검출 할 수 있는 방법이 어떤게 있는지요? 추가적으로 Matrigel plug assay를 진행하였을때 Matrigel이랑 특정 검출 하려는 물질을 섞어서 살아 있는 마우스에 투여했을때 살아 있는 마우스 내에서 특정 물질을 검출 할 수 있는 방법을 여쭤봅니다.
회원작성글 medi92  |  11.14
Q. Cell culture, Cell Freezing (Stock) 방법
안녕하세요. 세포실험을 이제 막 들어가는 학생입니다. 제가 프로토콜을 정리 하고 싶어서 그런데요... 선배님들의 세포 배양 방법이랑 DMSO를 이용하여 세포 Freezing 하는 방법, 마지막으로 배지 제조 방법을 좀 알고 싶어서 글을 올리게 되었습니다. 1. 세포 배양, 계대배양 2. 세포 Freezing 3. 배지 제조 (DMEM, FBS, Antibiotics) 정보 공유해주시면 참고하여 열심히 공부 하겠습니다. 감사합니다.
회원작성글 medi92  |  11.14
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