DNeasy powersoil pro kit를 사용하여 soil DNA extraction을 진행하는데 일부 sample에서 dna가 아에 extraction이 되지 않습니다. 처음 뽑는 것이 아니라 여러번 100개 넘개 뽑아 봤어서 방법에도 문제가 없습니다. 물론 용액에도 문제가 없습니다. trobleshooting도 handbook에 있는건 다 해봤구요...   농도가 나노드랍으로 찍어보니 평균 1ng/ul가 나오더라구요 이정도는 여러개 뽑아서 농축할 수도 없는 농도라서 걱정이 큽니다...   조금 중요한 연구라서 착잡한 마음에 눈물도 납니다.. 혹시 의심되는 해결방안이 있을까 싶어서 문의드립니다. 아니면 혹시 pcr을 돌려서 ngs center에 전달해도 문제가 없을까요??

아직 초짜라 유전체 분리 실험에서 모르는점이 많은데 도움 주시면 정말 감사하겠습니다. 1. 유전체 분리 실험에서 DNA를 TE 버퍼에 보관하는 이유가 뭔가요 ??  안정적으로 보관할 수 있는건 아는데 그 정확한 이유가 궁금합니다. 또한 TE buffer 가 완충용액이 맞나요 ?    2. 분리된 DNA순도와 농도에 영향을 미치는 요인은 무엇인가요 ..?  이 실험에서 영향을 미치는 요인이 있을까요 ??     

혈액의 genomic DNA 추출 과정에서 protocol 중 0.1N NaOH를 첨가 후 3분간 65도에서 반응시키는 단계가 있는데   이때 0.1N NaOH의 역할이 뭔가요??   NaOH는 plasmis DNA 분리할 떄 dsDNA를 ssDNA로 분해시킨다고 알고 있는데.. Genomic DNA 추출시에도 사용하는건가요?   그리고 혈액에 NaOH를 넣고 잠시 반응시키면 검은색으로 변하는데 그 이유가 무엇인가요?  

안녕하세요 언제나 BRIC을 통해 많이 배우고 있는 대학원생입니다.   C.albicans gDNA를 Kit 를 통해 추출하려고 합니다.  그런데, protocol에서 Lyticase나 Zymolase가 Lysis를 위해 필요하다고 하는데 저희 실험실에는 없어서요ㅠㅠ 혹시 대체 할 수 있는게 있을까요?   논문을 찾다보니 Lysozyme에 다른 계면활성제(Tween20,Tween80,SDS..?)를 더 하면 효모의 세포벽을 파괴할수있다고 하는데 더 찾아봐도 논문이 비공개 되어있는 것들이 많아서 찾기 어려워서요 ㅠ 혹시 경험으로 어느 정도로 넣으면 되는지 아시는분 있으실까요? 꼭 답변 부탁드려요 감사합니다.  

안녕하세요. 생명공학과를 희망하는 고3입니다. column 방식을 공부하던 중 적은 수의 검체에 용이하다는 글을 봤습니다. 그러면 대용량 검체의 경우에는 어떤 원리, 방법을 통해 실험하나요? ( 내용이 다 영어여서 좀 어려웠는데  etbr-staining 과정으로 염색? chaotropic salt- 수소~ 억제.? bead방식- column같이 dna 분리 방법 중 하나 (영어로 구슬,,?) silica membrane- dna 분리시 사용되는 막 agarose gel- 전기영동 할때 판? 같은 크기 별로 구분가능한 거 정도로 이해했는데 정확하게 알수있는 강의나 자료 있을까요.. ㅜ)          

지금까지 LB에다가 seed를 진행했었어 궁금하여 질문드립니다 plate에서 뜬 colony를 picking해서 seed를 할때 plate가 YPD일수도 TB일수도 LB일수도 있는데 mini prep을 위해 seed할때 media가 꼭 LB여야 하는건가요?

animal cell에 transfection할 용도로 plasmid를 maxi-prep하려고 합니다. Q사의 kit를 사용해서 하는데요. 저희 실험실의 프로토콜은 plasmid가 들어있는 E.coli를 5ml LB broth에 8시간 키우고, 얘를 100ml LB broth에 모두 부어서 O/N으로 배양하여 prep을 진행합니다.   본론을 말씀드리면 E.coli stock을 바로 LB로 접종하여 maxi-prep을 하니까 수율이 너무 낮게 나옵니다... 이 문제는 CP cell에 TF하고 plate에 배양해서 colony를 따서 진행하면 해결되겠지만, 현재 제 경우에는 plasmid상의 이유로 plate에 배양이 어려워 바로 stock에서 seeding하는 방법밖에 없습니다 ㅠㅠ   그래서 한번에 E.coli를 최대한 많이 얻을 수 있는 방법을 찾고 있는데, 5ml LB에 seeding하여 배양하는 시간을 8시간에서 O/N로 늘린 뒤에 100ml LB로 배양하는 방법은 크게 도움이 안될까요? 다른 방법이 있으면 조언 좀 부탁드립니다.

mini prep이 내가 원하는 plasmid DNA를 얻기위해 하는걸로 plasmid를 불리기위해 진행하는걸로 아는데 cloning 진행한 균주가 plate에 colony가 떠서 pick해서 seed를 진행할려고 하는데요 cell harvest 후 colony pcr을 진행하기 위해 cell을 mini prep으로 진행하여 plasmid를 확보후 진행해야되는건지 그냥 cell harvest 후 진행하는건지 알수있을까요?

전기영동 실험에서 gel의 농도를 맞출 때 TAE buffer가 아닌 증류수로 맞추면 결과를 보기 어렵나요?

DNA 전기영동하고 있습니다. Red safe사용하고 있고요, 기계도 최신버전으로 구매한지 얼마 되지 않았습니다. 3번을 해봤는데 아래같이 계속 위에 부분만 밝게 나오고, 막상 DNA부분은 너무 어둡게 detection되네요.. 도움 부탁드리겠습니다!

안녕하세요   Cell에서 Cytosolic 미토콘드리아 DNA를 분리하려고 한 논문의 버퍼조성을보고 있습니다..   논문 내용은 그대로 적어드리면 Buffer A (100 mM Tris.HCL, pH 8.5, 5 mM EDTA, pH 8.0, 0.2% SDS, 200 mM NaCl, 100 ug/mL proteinase K)   Buffer B (150 mM NaCl, 50 mM Hepes (pH 7.4), and 25 ug/mL digitonin)   이렇게 되어있고 저는 이 두개버퍼를 만들어야 합니다   그런데 제가 이해하기로는 최종 버퍼의 조성이 저러저러하다라고 보고 최종 볼륨에서 저 농도에 맞게 만들면 되겠구나 생각했는데요  pH가 여러개네요... 제가 가진 Tris, EDTA, Hepes는 모두 가루시약입니다.. 가루시약제품 자체의 pH를 말하는것인가요..?

Temperature sensitive mutant에 대해서 방법 하나를 봤는데요  이게 제가 제대로 이해한것이 맞는지 확인부탁드립니다 ㅜㅜ 우선 ts mutation되어있는 어떤 유전자를 넣고 그 세포를 permissive temperature에서 키우면 control과 같이 자라지만  non-permissive temperature 예를 들어 39'c에서 키우면 죽어 있는 부분을 확인해서 그 cell들을 따와서 사용하는건가요...?    

안녕하세요. 대학교 학부 실험생입니다. 다름이 아니라 최근에 전기영동 실험을 하는데 Hind3와 Nde1으로 cut하는 결과값이 계속 잘 안나와서 스트레스를 받아서 질문글을 남깁니다. 사용하는 백터는 Pet23b 이며   insert가 다른 플라스미드 3가지(앞에3개), 뒤에는 하나가 안나왔지만 Hind3와 Nde1으로 double cut한 plasmid 3가지 입니다. 여기서 뭔가 이상하게 나와   Plasmid , Hind3처리, Nde1처리, Hind3+Nde1 처리한 순입니다. 해당사진으로 Nde1이 이상해 cut이 안나는거 같아 Nde1으로 농도만 다르게 한체 실험한 결과  Plasmid, Nde1(1), Nde1(1.5), Nde1(2) 순의 결과가 나왔습니다.()<-괄호 안 숫자는 제한효소 양입니다. Nde1의 띠가 자꾸 이상하게 나오는데 band가 2곳에서 생기는게 아닌거보면 잘리는거같기도하고 의문점이 너무 강하게 듭니다. 질문 1. Hind3가 잘못된게아닌 Nde1이 안잘린게 맞는건가요?? 아니면 둘다 cut되었는데 다른곳에서 잘못되어 결과가 이상하게 나온건가요?? 1-1. Nde1이 컷이 안되었다면 어째서 band가 한곳에서만 나오는건가요?? 2. Nde1과 Hind3를 처리할때 D버퍼에서 활성도차이가 Nde1(75~100), Hind3(10~50)이라 차라리 single cut을 두번하는게 나을까요?? 2-1. Single cut을 두번한다면 에탄올침전법을 이용하여 분리하면 된다는데 해당방법에 대한 설명을 조금더 해주실 수 있을까요? 혼자 연습해보니  유실이 너무 많이되는거 같습니다. 제 지식이 너무좁아 부끄럽지만 질문 글 읽어주셔서 감사합니다.

mini prep 하려고 plate에 spreading 해놓은걸 깜빡해서 4도씨 냉장고에서 4일 정도가 지나버렸는데 이걸로 prep을 해도 괜찮은걸까요?

DNA 또는 RNA lysis 실험을 할 때 실험대에 호일을 깔고 실험을 하는데요.   전임자 선배님한테 물어봤는데 본인 전임자가 그냥 호일 깔라고 해서 깔았다고 말하더라고요.   저는 이유를 알고 싶어서 찾아봤는데 "얼려진 혈액 샘플에서 높은 질의 DNA 또는 RNA를 얻으려면 알루미늄 블록에서 녹이는 방법이 좋다."라는 문장이 있더라고요 (출처 https://www.nature.com/articles/s41598-021-96567-2)   진짜로 저 이유 때문인가요?   그런데 저는 얼린 샘플을 알루미늄 블록에서 녹이는 것이 아니라 진짜 실험대 위에 호일을 깔고 호일 깔려진 실험대 위에서 vial rack 놓고 kit 용매들 놓고 실험하거든요. 이렇게 보면 알루미늄 호일은 샘플 녹이는 용도가 아닌 단지 깔끔하게(?)하기 위해서 쓰는 용도처럼 보이는데...뭔가 특별한 이유가 있을까 싶어서 질문합니다.

안녕하세요! 이상한 plasmid로 인해 실험에 차질이 생겨 조언을 얻고자 질문 올립니다.  plasmid prep 후에 nano drop으로 측정한 농도가 일반적인 sample의 1/10 이상 낮게 나왔습니다. (일반적으로 적어도 100ng/ul 이상은 나오는데 10ng/ul대입니다) 그래서 1% agarose gel에 plasmid를 걸어보니 supercoil form과 linear form으로 추측되는 band, 이 2개 band가 거의 비슷한 진하기로 나오더라구요. 제한효소 처리하였을 때는 깔끔하게 잘 잘리구요! 제한효소 처리해서 괜찮으면 어떤 form이든 plasmid를 사용하는 데 있어서 문제가 되진 않는다는 의견을 봤는데요, 제 경우에는 plasmid 농도가 너무 낮게 나와서 실험에 이용하기가 힘듭니다ㅠㅠ  다른 sample과 함께 prep을 진행하였는데 항상 이 sample 하나만 이러한 결과가 나오는 걸로 봐서는 prep 과정의 문제는 아닌 것 같습니다. 그리고 이 sample도 수율이 높았던 적이 있었는데 그 때의 plasmid를 gel에 걸어보니 지금 수율이 낮게 나오는 것과 전혀 band 패턴이 다르더라구요. supercoil form이 가장 많은 일반적인 plasmid band 패턴이었습니다! 수율이 낮은 것과 plasmid band 패턴이 이상한 것이 관련이 있을까요? 아무리 서치해봐도 속시원한 답이 나오지 않네요,, 혹시 이런 경우가 있었던 분이 계시다면 조언 부탁드립니다..!

안녕하세요 저는 초파리를 모델동물로 연구하고 있는 대학원생입니다. single fly pcr을 하려고 하는데, OR로 gDNA를 뽑으면 농도가 대략 1000ng/ul 정도 나오는데요, 실제로 실험에 사용할 233 {nos-cas9-mSA, Pax-GFP} attp40 초파리 라인을 한마리씩 뽑으면 농도가 200ng으로 나와요.  인젝션 보내고 제가 찾는 라인 screening 할때 한 마리씩 single fly pcr하려고 하는데, 농도가 낮으니까 pcr도 잘 밴드가 안 뜹니다. 원래 single fly pcr방법으로 gDNA 뽑을 때 초파리 라인 마다 농도가 다른가요?? 제가 사용하는 방법은 1X SB buffer를 30ul넣고 호모게나이저로 약 2분간 갈고 37도에서 30분간 incubation 시키고 95도에서 5분간 둔 후에 최고 스피드로 원심분리하고 바로 얼음에 꽂아서 농도 측정 후 pcr하는 것으로 하고 있습니다.   혹시 single fly pcr할 때 gDNA 뽑는 다른 방법이나 제 방법에서 고칠 점이 있을까요?

dna 추출 버퍼를 만들고 있습니다. 참고하는 논문에서 100ml 버퍼를 만들때 PVP-40 1%를 만들기 위해서 pvp-40 1g을 넣었습니다. 랩실에서 가지고 있는건 PVP와 PVP-10입니다,   분자량이 PVP=360,000 PVP10=10,000 PVP40=40,000인걸 알고 있는데   어떻게 계산해서 PVP10을 넣어야 할지 잘 모르겠습니다   도와주세요ㅠㅠ

실험 설계 과정에서 질문드립니다. 제가 RNA extraction, cDNA synthesis, qPCR을 같은 날에 모두 진행하려고 하는데요. 저는 -20도씨 보관 중이던 cDNA로 PCR해본 적 밖에 없어서.. cDNA 합성 후 바로 qPCR을 진행해도 되나요? cDNA 합성 직후는 cDNA의 온도가 어느 정도 올라가있는 상태일텐데 이때 냉동보관 중이던 primer를 바로 첨가해줘도 되나요?

칫솔과 구강상피세포에서 각각 DNA를 추출하려 합니다. 숟가락으로 구강상피를 긁어서 침을 뱉은 것과, 치약 없이 양치한 칫솔을 NaCl 0.4g, 세제(계면활성제) 1.4g, 증류수 30ml 혼합한 용액에 넣고 50도, 10분간 방치해두었습니다. 그 후, 차가운 에탄올 4ml를 천천히 분주하여 떠오르는 DNA를 확인하는 실험을 진행했습니다. 구강상피세포에서는 DNA 추출량이 많았으나, 칫솔에서는 DNA가 거의 추출되지 않았습니다. 그 이유가 무엇인지 여쭤보고 싶습니다.