안녕하세요? Purification 과정 중 사용하는 BST solution 관련 질문이 있어서 글을 올리게 되었습니다. BIONEER에서 PCR/GEL purification kit나 Mini-prep kit 같은 키트들에 보면 BST solution이 추가된것 같은데 이게 무슨 역할인지 궁금합니다. MSDS보면 EtOH랑 NaOH가 포함되어있고, sample을 column에 transfer하기 전에 미리 BST solution을 column에 뿌리고 센트리한 다음에 sample을 transfer합니다.  Mini-prep의 경우 Lysis buffer에 NaOH가 들어있어서 이것과 비슷한 역할 인가 했으나 Mini-prep말고 다른 여러가지 column을 사용하는 실험에는 다 BST solution 관련 언급이 되어 있어서 역할을 잘 모르겠습니다.. 알려주시면 감사하겠습니다!

DNeasy powersoil pro kit를 사용하여 soil DNA extraction을 진행하는데 일부 sample에서 dna가 아에 extraction이 되지 않습니다. 처음 뽑는 것이 아니라 여러번 100개 넘개 뽑아 봤어서 방법에도 문제가 없습니다. 물론 용액에도 문제가 없습니다. trobleshooting도 handbook에 있는건 다 해봤구요...   농도가 나노드랍으로 찍어보니 평균 1ng/ul가 나오더라구요 이정도는 여러개 뽑아서 농축할 수도 없는 농도라서 걱정이 큽니다...   조금 중요한 연구라서 착잡한 마음에 눈물도 납니다.. 혹시 의심되는 해결방안이 있을까 싶어서 문의드립니다. 아니면 혹시 pcr을 돌려서 ngs center에 전달해도 문제가 없을까요??

아직 초짜라 유전체 분리 실험에서 모르는점이 많은데 도움 주시면 정말 감사하겠습니다. 1. 유전체 분리 실험에서 DNA를 TE 버퍼에 보관하는 이유가 뭔가요 ??  안정적으로 보관할 수 있는건 아는데 그 정확한 이유가 궁금합니다. 또한 TE buffer 가 완충용액이 맞나요 ?    2. 분리된 DNA순도와 농도에 영향을 미치는 요인은 무엇인가요 ..?  이 실험에서 영향을 미치는 요인이 있을까요 ??     

혈액의 genomic DNA 추출 과정에서 protocol 중 0.1N NaOH를 첨가 후 3분간 65도에서 반응시키는 단계가 있는데   이때 0.1N NaOH의 역할이 뭔가요??   NaOH는 plasmis DNA 분리할 떄 dsDNA를 ssDNA로 분해시킨다고 알고 있는데.. Genomic DNA 추출시에도 사용하는건가요?   그리고 혈액에 NaOH를 넣고 잠시 반응시키면 검은색으로 변하는데 그 이유가 무엇인가요?  

안녕하세요 언제나 BRIC을 통해 많이 배우고 있는 대학원생입니다.   C.albicans gDNA를 Kit 를 통해 추출하려고 합니다.  그런데, protocol에서 Lyticase나 Zymolase가 Lysis를 위해 필요하다고 하는데 저희 실험실에는 없어서요ㅠㅠ 혹시 대체 할 수 있는게 있을까요?   논문을 찾다보니 Lysozyme에 다른 계면활성제(Tween20,Tween80,SDS..?)를 더 하면 효모의 세포벽을 파괴할수있다고 하는데 더 찾아봐도 논문이 비공개 되어있는 것들이 많아서 찾기 어려워서요 ㅠ 혹시 경험으로 어느 정도로 넣으면 되는지 아시는분 있으실까요? 꼭 답변 부탁드려요 감사합니다.  

안녕하세요. 생명공학과를 희망하는 고3입니다. column 방식을 공부하던 중 적은 수의 검체에 용이하다는 글을 봤습니다. 그러면 대용량 검체의 경우에는 어떤 원리, 방법을 통해 실험하나요? ( 내용이 다 영어여서 좀 어려웠는데  etbr-staining 과정으로 염색? chaotropic salt- 수소~ 억제.? bead방식- column같이 dna 분리 방법 중 하나 (영어로 구슬,,?) silica membrane- dna 분리시 사용되는 막 agarose gel- 전기영동 할때 판? 같은 크기 별로 구분가능한 거 정도로 이해했는데 정확하게 알수있는 강의나 자료 있을까요.. ㅜ)          

지금까지 LB에다가 seed를 진행했었어 궁금하여 질문드립니다 plate에서 뜬 colony를 picking해서 seed를 할때 plate가 YPD일수도 TB일수도 LB일수도 있는데 mini prep을 위해 seed할때 media가 꼭 LB여야 하는건가요?

animal cell에 transfection할 용도로 plasmid를 maxi-prep하려고 합니다. Q사의 kit를 사용해서 하는데요. 저희 실험실의 프로토콜은 plasmid가 들어있는 E.coli를 5ml LB broth에 8시간 키우고, 얘를 100ml LB broth에 모두 부어서 O/N으로 배양하여 prep을 진행합니다.   본론을 말씀드리면 E.coli stock을 바로 LB로 접종하여 maxi-prep을 하니까 수율이 너무 낮게 나옵니다... 이 문제는 CP cell에 TF하고 plate에 배양해서 colony를 따서 진행하면 해결되겠지만, 현재 제 경우에는 plasmid상의 이유로 plate에 배양이 어려워 바로 stock에서 seeding하는 방법밖에 없습니다 ㅠㅠ   그래서 한번에 E.coli를 최대한 많이 얻을 수 있는 방법을 찾고 있는데, 5ml LB에 seeding하여 배양하는 시간을 8시간에서 O/N로 늘린 뒤에 100ml LB로 배양하는 방법은 크게 도움이 안될까요? 다른 방법이 있으면 조언 좀 부탁드립니다.

mini prep이 내가 원하는 plasmid DNA를 얻기위해 하는걸로 plasmid를 불리기위해 진행하는걸로 아는데 cloning 진행한 균주가 plate에 colony가 떠서 pick해서 seed를 진행할려고 하는데요 cell harvest 후 colony pcr을 진행하기 위해 cell을 mini prep으로 진행하여 plasmid를 확보후 진행해야되는건지 그냥 cell harvest 후 진행하는건지 알수있을까요?

전기영동 실험에서 gel의 농도를 맞출 때 TAE buffer가 아닌 증류수로 맞추면 결과를 보기 어렵나요?

DNA 전기영동하고 있습니다. Red safe사용하고 있고요, 기계도 최신버전으로 구매한지 얼마 되지 않았습니다. 3번을 해봤는데 아래같이 계속 위에 부분만 밝게 나오고, 막상 DNA부분은 너무 어둡게 detection되네요.. 도움 부탁드리겠습니다!

안녕하세요   Cell에서 Cytosolic 미토콘드리아 DNA를 분리하려고 한 논문의 버퍼조성을보고 있습니다..   논문 내용은 그대로 적어드리면 Buffer A (100 mM Tris.HCL, pH 8.5, 5 mM EDTA, pH 8.0, 0.2% SDS, 200 mM NaCl, 100 ug/mL proteinase K)   Buffer B (150 mM NaCl, 50 mM Hepes (pH 7.4), and 25 ug/mL digitonin)   이렇게 되어있고 저는 이 두개버퍼를 만들어야 합니다   그런데 제가 이해하기로는 최종 버퍼의 조성이 저러저러하다라고 보고 최종 볼륨에서 저 농도에 맞게 만들면 되겠구나 생각했는데요  pH가 여러개네요... 제가 가진 Tris, EDTA, Hepes는 모두 가루시약입니다.. 가루시약제품 자체의 pH를 말하는것인가요..?

Temperature sensitive mutant에 대해서 방법 하나를 봤는데요  이게 제가 제대로 이해한것이 맞는지 확인부탁드립니다 ㅜㅜ 우선 ts mutation되어있는 어떤 유전자를 넣고 그 세포를 permissive temperature에서 키우면 control과 같이 자라지만  non-permissive temperature 예를 들어 39'c에서 키우면 죽어 있는 부분을 확인해서 그 cell들을 따와서 사용하는건가요...?    

안녕하세요. 대학교 학부 실험생입니다. 다름이 아니라 최근에 전기영동 실험을 하는데 Hind3와 Nde1으로 cut하는 결과값이 계속 잘 안나와서 스트레스를 받아서 질문글을 남깁니다. 사용하는 백터는 Pet23b 이며   insert가 다른 플라스미드 3가지(앞에3개), 뒤에는 하나가 안나왔지만 Hind3와 Nde1으로 double cut한 plasmid 3가지 입니다. 여기서 뭔가 이상하게 나와   Plasmid , Hind3처리, Nde1처리, Hind3+Nde1 처리한 순입니다. 해당사진으로 Nde1이 이상해 cut이 안나는거 같아 Nde1으로 농도만 다르게 한체 실험한 결과  Plasmid, Nde1(1), Nde1(1.5), Nde1(2) 순의 결과가 나왔습니다.()<-괄호 안 숫자는 제한효소 양입니다. Nde1의 띠가 자꾸 이상하게 나오는데 band가 2곳에서 생기는게 아닌거보면 잘리는거같기도하고 의문점이 너무 강하게 듭니다. 질문 1. Hind3가 잘못된게아닌 Nde1이 안잘린게 맞는건가요?? 아니면 둘다 cut되었는데 다른곳에서 잘못되어 결과가 이상하게 나온건가요?? 1-1. Nde1이 컷이 안되었다면 어째서 band가 한곳에서만 나오는건가요?? 2. Nde1과 Hind3를 처리할때 D버퍼에서 활성도차이가 Nde1(75~100), Hind3(10~50)이라 차라리 single cut을 두번하는게 나을까요?? 2-1. Single cut을 두번한다면 에탄올침전법을 이용하여 분리하면 된다는데 해당방법에 대한 설명을 조금더 해주실 수 있을까요? 혼자 연습해보니  유실이 너무 많이되는거 같습니다. 제 지식이 너무좁아 부끄럽지만 질문 글 읽어주셔서 감사합니다.

mini prep 하려고 plate에 spreading 해놓은걸 깜빡해서 4도씨 냉장고에서 4일 정도가 지나버렸는데 이걸로 prep을 해도 괜찮은걸까요?

DNA 또는 RNA lysis 실험을 할 때 실험대에 호일을 깔고 실험을 하는데요.   전임자 선배님한테 물어봤는데 본인 전임자가 그냥 호일 깔라고 해서 깔았다고 말하더라고요.   저는 이유를 알고 싶어서 찾아봤는데 "얼려진 혈액 샘플에서 높은 질의 DNA 또는 RNA를 얻으려면 알루미늄 블록에서 녹이는 방법이 좋다."라는 문장이 있더라고요 (출처 https://www.nature.com/articles/s41598-021-96567-2)   진짜로 저 이유 때문인가요?   그런데 저는 얼린 샘플을 알루미늄 블록에서 녹이는 것이 아니라 진짜 실험대 위에 호일을 깔고 호일 깔려진 실험대 위에서 vial rack 놓고 kit 용매들 놓고 실험하거든요. 이렇게 보면 알루미늄 호일은 샘플 녹이는 용도가 아닌 단지 깔끔하게(?)하기 위해서 쓰는 용도처럼 보이는데...뭔가 특별한 이유가 있을까 싶어서 질문합니다.