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BioLab 장재봉 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-RNA > etc.
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
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Q. RNA 정량 순도
RNA를 Trizol로 추출하고 Tecan microplate reader로 정량했습니다. 순도가 1.8~1.9 사이로 괜찮게 나온 것도 있는데, 제일 낮은건 평균 값이 가장 낮은건 1.72까지 나온 것도 있습니다. 다음 실험으로 cDNA 합성하고 PCR진행할 예정인데 사용할 수 있을까요...?
회원작성글 Cuma  |  2021.10.14
Q. rna 전기영동
tissue와 cell에서 RNA를 추출해 rt pcr 후 전기영동내려보는 실험을 하고 있습니다.  매번 웨스턴만 해서 전기영동이 낯설어 여러 질문이 생기는데요 ㅠㅠ 마커를 걸때 100bp PCR Ranger DNA Marker와 iVDye 1Kb DNA Ladder 중 뭘 걸어야 하는지 모르겠어요 .. 그리고 RNA를 보는데 DNA marker을 걸어도 되는건가요? 사실 100bp PCR Ranger DNA Marker를 먼저 걸어보고 찍어봤는데 아무것도 안보여서 브릭에 글 올리는거에요.. 하하  전기영동 고수님들 ㅠㅠ 좀 가르쳐주세요 ㅠㅠ
회원작성글 시넌  |  2021.10.06
Q. 농도 계산
40ng/ul 농도의 sample이 500ul 있는데 여기서 20ng만 따고싶은데 어떻게 계산하나요?ㅠㅠ
회원작성글 시넌  |  2021.10.05
Q. siRNA sequencing screening system
siRNA sequencing 관련하여 질문을 올리게 되었습니다.   현재 siRNA sequencing을 찾아서 cancer liver cell(human)에 Transfection하는 실험을 하려고 하는데 찾아본 논문들이 대부분 mouse cell에 적용하여 실험을 한 논문들만 있는데 혹시 software나 자료중에 mouse에 적용되는 siRNA sequence를 human에 적용 할 수 있도록 해주는 프로그램이나 자료가 있을까요?
회원작성글 전기대학원생  |  2021.08.31
Q. cDNA 합성 시 qPCR 키트 사용해도 되나요?
CTAB으로 mRNA 추출한 후에 cDNA 합성할건데요 실험실에 qPCR 키트가 있는데 이걸로도 일반적인 cDNA합성이 가능한가요? 키트 찾아보면 qPCR용 키트와 단순 cDNA 합성 키트를 따로 판매하던데 특별한 이유가 있는지 모르겠어서요. 어차피 real-time도 mRNA에서 cDNA 합성하는 건 같은데 굳이 키트를 따로 파는 이유가 있을까요?
회원작성글 Perilla R.  |  2021.08.24
Q. RNA 펠럿을 만들어서 다른 곳으로 보내야 할 경우 문의 드립니다.
실험 초보에 물어볼 사람이 없어 브릭을 이용하고 있습니다. ㅠ_ㅜ   cDNA microarray 를 진행하기 위해 RNA 를 추출하거나 또는 RNA 펠럿을 전달을 해야 하는데요 .   RNA 추출이 어려운 경우 펠럿으로 보내라 하시는데    RNA 펠럿 상태로 보내기 위해서 아래와 같이 진행해도 되는지 문의 드립니다.    1) 디쉬를 DPBS 로 워싱 2) 트리졸 뿌린 후 클로로폼과 함께 센트리퓨즈 3) 상층액을 딴 후 isopropanol 과 함께 센트리퓨즈 4) 하단부 펠럿만 남기고 석션 5) 남은 펠럿을 트리졸(1ml)에 담아서 전달    펠럿을 트리졸에 담궈 줘도 되는건가요 ?  트리졸은 셀을 녹이는 거로 알고 있는데 제가 잘못 알고 있는 걸까요 ?    답변 부탁 드립니다. ㅠ       
회원작성글 바나나차차  |  2021.08.24
Q. 표준물질 copy 수 계산 (7.7 Log10 IU/ml) 첨부파일
안녕하세요   코로나 진단키트 성능 검사를 위해 표준물질을 받았는데요. 농도가 copy 수로 안나와있고 7.7 Log10 IU/ml로 표시가 되어있습니다. NIBSC에서 주문을 했는데, 이것을 copy 수 농도로 어떻게 변환하는지요?     구글에서 좀 찾아보니 변환 표가 있긴 하던데    https://i-base.info/log-value-conversion-table/   HIV에 대한 것이고, 이 표를 그대로 사용할 수 있을까요?   선배님들의 조언 부탁드립니다.    
회원작성글 Proteinman  |  2021.08.23
Q. Single-cell analysis에서 quality control 체크를 할 때 왜 mitochondrial counts를 보나요?
안녕하세요, Single-cell 분석에 대해서 공부중인 비전공학생입니다. 제목에 적혀있듯이, single-cell analysis에서 quality check를 하는 방법중에 mitochondrial counts를 보는 방법이 있는데, 어떻게 미토콘드리아의 발현 정보로 cell의 quality를 알 수 있나요? 제가 읽은 부분은 cell이 죽으면 mitochondrial counts의 비율이 증가한다고 하는데 정말로 뭔가 over-expressed 돼서 비율이 증가하나요? 아니면 상대적으로 다른 요소들이 줄어서 비율이 증가하는 건가요? 읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 연어좋아  |  2021.07.31
Q. gram양성균 RAPD primer colony PCR 첨부파일
안녕하세요 균 동정을 위해 저수지 물을 MRS 배지에 키웠는데요, MRS배지에서 자란 균을 colony PCR하려고 합니다 MRS배지에는 lactobacillus인 그람 양성균이 자라는데 양성균을 바로 colony PCR해도 될까요? 그리고 PCR 조건은 제가 primer 1254를 사용할 것이기 때문에 primer1254를 사용한 다른 논문에서 참고하려고 하는데  그람 양성균 음성균 상관 없이 같은 조건으로 해도 되는지 궁금합니다. 벽을 깨고 해야할까요?  
회원작성글 울릉해양심층수  |  2021.07.22
Q. 조직에서 뽑은 RNA를 cDNA 만들시.
안녕하세요.  molecular를 이제 막 배우고 있는데 주변에 알려줄 사람이 없어서 일단 키워드 검색으로 여러번 찾아보았고 책도 살펴 보고 했는데 제가 정량한 값이 확신이 안 서서 맞는지 확인 하고 싶어 이렇게 글을 작성합니다. 현재 조직에서 RNA를 뽑아 논 상태입니다. RNA는 RNase-Free Water를 20㎕ 로 정량 후 측정은 nanodrop으로 하고 -80에 보관 중입니다. 이제 cDNA를 만들려고 하는데 제가 사용하려는 kit는 다윈바이오의 1st-strend cDNA Synthesis Kit입니다.  그런데 이 kit에 보면 500ng total RNA 를 이용한다고 합니다. 제가 nanodrop으로 측정한 값이.   name ng/µL A250/A280 A260/A230 total (㎕) 1 sample1 166.6 2.04 1.81 20 이렇게 나왔을 때 RNA 시료양을 측정하려고 하는데,  1. sample 1 - 500ug/166.6 = 3 ㎕       RNA Template 3㎕       Oligo 1㎕       dNTP Mix 1㎕       DEPC 8㎕  total = 13㎕ 를 만들 때 이렇게 만드는 것이 맞나요? 2. 또는 1ug을 사용 하려면  sample 1 - 1ug/0.1666 = 6㎕  으로 RNA Template 6㎕       Oligo 1㎕       dNTP Mix 1㎕       DEPC 5㎕  total = 13㎕ 를 만들 때 이렇게 만드는 것이 맞나요? 표준반응 조건 total RNA : 10ng ~ 5µg 이니 두 계산이 다 맞다면 두 계산식 조건 다 사용해도 무방한 것 같은데 맞게 계산 한 걸까요? 고수님들 ㅠ.ㅠ  맞나요? 
회원작성글 흐으으음  |  2021.07.13
Q. Origene 제품 transfection 질문드립니다.
안녕하세요, shRNA Transfection 실험을 하고 있는데 석사 1학기생입니다. 다름이 아니고 계산에 대해 질문드리려고 합니다. 앞의 과정으로는 agar에 transformation 후 lb broth에 접종해 DNA miniprep으로 DNA를 뽑아놓았습니다. Origene제품에서는 shRNA construct일때 1ug의 농도로 opti-MEM 250ul에 dilute해 사용하라고하는데 제가 뽑은 dna의 농도가 300ng/ul이라고 가정하게되면 계산식이 300ng : 1ul = 1ug : xul로 계산하여 xul를 구한후 opti-MEM배지는 xul를 뺀 나머지를 넣으면 되는건가요? 계산에 도움 부탁드립니다.
회원작성글 냠냠긋  |  2021.07.01
Q. RNA-seq 결과와 Real-time PCR 결과가 다릅니다. 첨부파일
Control과 처리군 각각 3개의 샘플을 RNA later에 넣은 후 RNA-seq 분석을 의뢰하였습니다.   RNA-seq 결과, q-value가 0.01 이하인 유전자 몇 개를 선정하여 Real-time PCR을 진행하였습니다.   RNA-seq을 했던 sample이 아닌 다시 Cell을 키워 얻은 RNA sample을 cDNA로 합성한 후 Real-time PCR을 진행하였는데, RNA-seq 결과과 유의하게 나오지 않았을 뿐만 아니라 오히려 반대되는 경향을 보였습니다.   고민하다가 분석업체에 사용한 Primer가 문제가 없는지와 RNA-seq 분석 때 사용한 RNA sample을 받아볼 수 없는지 추가의뢰를 부탁하였습니다.   2개의 유전자는 모두 같은 자리에 붙을 수 있다고 해서 제외하여 남은 유전자들을 가지고 다시 실험을 진행하였습니다.   RNA-seq sample도 받아 Real-time PCR을 다시 진행해보니, 한 개의 유전자 빼고는 모두 동일한 결과들이 나타났습니다. (물론, 두 sample간 발현량에 차이가 나타나긴 했습니다.)   그리고, 10배 더 약한 농도로도 Cell을 키워얻은 cDNA로도 Real-time PCR을 진행해보니, 이번에는 RNA-seq sample의 결과와 완전히 반대되는 결과가 나타났습니다. Real-time PCR 결과 up으로 나타났던 유전자들이 10배 약한 농도에서는 down이 되었고, Real-time PCR 결과 down으로 나타났던 유전자들은 10배 약한 농도에서는 up이 되었습니다.   아래처럼, 엑셀로 분석을 진행하였습니다.     MTT assay 때도 IC50이 되지 않는 농도라 걱정을 하긴 했었는데, 이렇게 반대되는 결과가, 또한 농도별로도 아예 서로 상이한 결과를 보이니 당황스럽습니다. (MTT assay 결과, 100μM의 농도에서 cell viability는 약 25% 감소, 10μM의 농도에서 cell viability는 약 15% 감소되었습니다.)   이런 경우, 데이터를 어떻게 분석해야 되는 걸까요?? 답변 부탁드립니다. 감사합니다.        
회원작성글 CLOVA  |  2021.06.16
Q. qRT-PCR row data가 줄어드는것이 이상해서 질문을 드립니다. 첨부파일
안녕하세요>? 제가 qrt-pcr은 처음해보는데 실험 결과를 보니발현 값이 control에 비해 샘플 처리한 결과가 낮게 나오는데 정상인걸까요 전 실험자 실험을 보니 control이발현값이 23 이나온다면 sample 처리한 결과가 27-30사이가 나옵니다. qrt-pcr  발현이 제대로 된게 맞을까요 
회원작성글 sh1227  |  2021.06.06
Q. qPCR multi peak 원인 궁금합니다! ㅠㅠ
안녕하세요 qPCR하는데 ccl5라는 유전자를 다른 3개의 sample에서 돌렸을 때 multi-peak이 떠서 PCR gel 전기영동으로 band를 확인했을 때 1 band가 나왔습니다. 그렇다면 primer 탓은 아닌 것같고 원인이 뭐가 있을까요? 그냥 primer를 새로 주문하면 될까요?  Tm값 60이고 annealing 온도 57였습니다...  
회원작성글 석사시작  |  2021.05.25
Q. miRNA를 이용한 gene delivery
miRNA를 gene delivery를 위한 vector 처럼 쓸 수 있을까요? 감사합니다.
회원작성글 새슬  |  2021.05.18
Q. GAPDH Ct값 맞춰야할까요?
안녕하세요! 실험을 하던 중 궁금한 것이 생겨 질문 올립니다. 제가 해야할 실험이 cell 1은 농도를 고정하고, cell 2는 농도별로 dilution한 후에 두 cell을 섞어 cell 2의 검출한계를 보는 것입니다. 우선 저는 RNeasy mini kit를 이용해 RNA를 뽑아 cDNA를 합성했습니다. GAPDH로 Ct값을 확인했는데 Ct값이 다 다르게 나오더라구요.. 이런 실험이라면, GAPDH의 Ct값이 다 다르더라도 (많게는 3~4정도 차이가 나도) Ct값을 맞추지 않고 실험을 하는게 맞을까요? 맞추지 않고 하는게 맞는 것 같아서 실험을 했는데, GAPDH가 너무 들쑥날쑥이라.. 맞는가 싶어서요.. 아니면 어느정도 맞추고나서 실험을 해야 할까요? 맞추고 실험을 하니 1/100 희석 한 샘플보다 1/10000 희석한 샘플이 detect가 더 많이 되네요 ㅠㅠ 장비 데모중인데다가 샘플 양이 너무 적어서 딱 한번만 실험을 할 수 있는 상황이라 여쭤봅니다 ㅠㅠ 감사합니다!
회원작성글 ㄱㄴ  |  2021.05.15
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