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BioLab 박소정 교수
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Q. 마우스 background를 PCR로 간단히 확인 가능한가요?
안녕하세요. 저희 연구실에서 C57BL6과 129라인을 키우고 있는데, 최근 실험결과들을 미루어 볼 때 마우스 라인이 오염되었을 가능성을 생각하고 있습니다. 그래서 마우스 background를 확인하는 방법들을 찾아보니 Jackson lab에서 SNP를 이용하여 확인해 주는 서비스를 제공해 주더라구요. 그런데, 다른 선배들 말을 들어보니 해당 마우스 backgound를 대표하는 PCR primer를 이용하여 PCR을 돌려보면 간단히 확인가능하다는 얘기를 들었습니다. 혹시 이와 관련하여 좀 더 자세히 아시는 분이 계실까요?? 저는 C57과 129 마우스 라인에 대해 PCR을 해보고 싶은데, 어떤 프라이머를 사용해야 하는지 잘 모르겠습니다 ㅜㅜ
회원작성글 대학원생인가노예인가  |  12.02
Q. CRISPR Cas9 RNA seq
CRISPR Cas9 을 해서 gene editing을 하였고 exon2번 바로앞의 intron에 point mutation을 일으켜서  splicing vasient를 기대하고  RNA seq 한 결과를 가지고 varient matching을 하였는데 하나도 splicing varient가 detec이 되지 않는다고 합니다. 그런데, RNA seq할 때 3' primer를 쓰면 PCR이 무너져서 그럴 수도 있는지 discussion을 부탁드립니다.    
회원작성글 새슬  |  12.02
Q. HCP ELISA assay
안녕하세요. HCP ELISA assay에 대하여 시험법 개선을 수행하고 있습니다. method를 전반적으로 수정하는 것이 아니라 sample 제조 방법에 대해서 minor하게 수정하려고 하고 있으며, 결과 값의 %CV를 이용해서 variation이 적은 방법을 선택하고자 합니다.   해당 실험을 duplicate로 3set 실험해서 결과값을 내려고 했는데요 보통 MQ에서 precision이나 repeatability를 고려하면 6set~9set 정도 실험을 해야하나 해서요..어느 것이 guideline에 좀 더 적합할까요? 그리고 이런 minor 변경에 대해서도 guideline에 따라서 변경을 해야하나요?
회원작성글 624039  |  12.02
Q. cell line 구매
안녕하세요. 석사 1학기 대학원생입니다. cell line 구매와 관련하여 도움을 받고자 글을 올리게 되었습니다. 이번에 C57BL/6 Mouse Bone Marrow Neutrophils (Catalog No. C57-6029F) 가 필요해서 구매를 하려고 코람 바이오텍에 문의 드렸더니 cell biologics 제품은 판매하지 않는다는 답변을 받았습니다.  그래서 다른 회사에 문의드리고 싶은데 코람 바이오텍과 같이 cell line 구매 대행업체에 대해서 알려주실 수 있으신지 여쭙고 싶습니다. 감사합니다.
회원작성글 나의라임오렌지나무  |  12.02
Q. cre/loxP 마우스 genotyping
adipose tissue specific cre 마우스와 loxp homo 마우스 mating 후 pup 자라서 발가락 잘라서 genotyping 하였는데 호모 loxp 일때, cre gene이 PCR 했을 때 나오지가 않습니다. 어떤게 문제인지 모르겠습니다..
회원작성글 별헤는밥  |  12.02
Q. overlap pcr
vector에서 50bp만 원하는 gene으로 바꾸기 위해서 pcr을 진행했는데 원하는 원래대로 라면 3kb의 band가 나와야되는데 pcr만 하면 700bp가 나와서 원하는부분에서 pcr이 된거같지 않아 overlapping pcr로 이어 붙여 만들려고 합니다. 제가 overlap은 처음이라 궁금한게 많아 질문드립니다. 1. 지금 제가 가지고 있는 vector가 circular인데 우선 이걸 linear로 자르고 시작해야되는건가요? 2. 제가 원하는기존에 있던 gene이 아닌 원하는 gene을 넣어주기 위한 pcr fragment, 기존에 잘라서 이어붙이는 fragment부분 해서 2개를 이어붙이는건지… 아니면 기존 circular를 2개의 fragment로 잘라서 총3개의 fragment를 이어붙이는건지 질문드려도 될까요?
회원작성글 얼마안남았다  |  12.02
Q. 진균 실험 관련 질문 있습니다.
안녕하세요. 진균을 배양하는데 궁금한게 생겨서 질문 남깁니다. 진균도 미생물처럼 Stab Culture을 사용해야 하나요? 혹 사용하면 특별히 좋은 점이 있는지 궁금합니다.
회원작성글 0689  |  12.01
Q. antibiotics gene genome inserted 균주와 plasmid harboring 균주의 분리
안녕하세요 E. coli LB sub-culture 에 대해서 질문이 있습니다 두가지 균주가 혼합된 스톡을 분리하려고 합니다 1. 항생제 저항성 유전자(cmR)가 plasmid (정확히 phage origin)로 존재하는 균주  2. 항생제저항성 유전자가 genome 상에 integration 되어 있고 2번의 plasmid 가 같이 존재하는 균주  이때 각각 LB와 LCm(LB+chloramphenicol) liquid 배지에서 여러번 dilution 해서 키워봤으나 항생제 저항성유전자가 integration 된 균주는 growth가 느리기 때문에  LB dilution 시 1번의 균주에서 plasmid 가 빠진 wild type 균주가 분리되고 LCm dilution 시 1번균주가 분리되는 현상이 일어납니다 또한, phage origin 이기 때문에 single colony 가 단일 genotype 이라고 단정지을 수 없는 문제가 있습니다   LB 와 LCm 을 번갈아 가면서 키우면 효과가 있을가요? 아니면 다른 효과적인 방법이 있다면 알려주시면 감사하겠습니다  
회원작성글 애오애오애애오  |  12.01
Q. 버퍼 기능을 알고싶습니다
안녕하세요, 학부생입니다 처음으로 Geneall Exgene Plant SV mini  dna추출과 pcr실험을 했는데 버퍼들의 기능이 궁금한데 구글링을 해도 안나와서 여쭤봅니다 ㅠ.. 실험에서 사용한 버퍼는 1.PL 버퍼 2.PD버퍼 3.BD버퍼 4.CW버퍼 5.AE버퍼 이렇게 다섯가지 입니다, 이 버퍼들이 혹시 어떤 역할을 하는지 알 수 있을까요 부탁드립니다
회원작성글 충북대전쵸비  |  12.01
Q. western blot 실허 관련 질문 있습니다 !
학부생인데 1차항체 2차항체 붙이는 과정이 잘 이해가 안가서 질문 드립니다 ㅠㅠ    1차항체를 처리- washing - 2차항체 처리 하는 과정에서 중간 washing 과정 관련해 의문이 들었는데요. 2차항체가 1차항체를 확인하기 위해 붙이는 것으로 알고있는데 washing 과정을 거치게되면 1차항체가 제거될텐데 왜 washing을 하는건가요??
회원작성글 대하권진학예정  |  12.01
Q. Column chromatography 질문합니다
인터넷을 참고하여 실험을 진행하다가 제가 궁금한 것에 대한 답을 찾을 수 없어 이곳저곳 찾아보다가 BRIC을 알게 돼서 질문하게 됐습니다. 유튜브도 찾고 외국 커뮤니티 블로그 등 많이 찾아봤는데 Column chromatography에 loading 방법이 두 가지인 것으로 알고 있습니다. Wet loading과 Dry loading, 시료를 전개 용매에 녹여서 packing한 silica gel 위에 살포시 loading해주는 것과, 시료를 silica gel에 입힌 후 powder 형태로 만들어 loading 해주는 것이라고 이해하고 있습니다. 제가 궁금한 것은 Dry loaing인데 Crude의 일정량의 ethyl acetate에 녹인 후 silica gel을 넣고 rotary evaporator에서 감압을 진행하면 pure한 silica gel 처럼 고운 powder 형태가 되는 걸로 알고 있는데 제 product는 고운 powder 형태가 되질 않습니다.. 오늘 실험을 어떻게 진행했냐면 1. crude에 일정량의 ethyl acetate와 silica를 녹여 rotary evaporator로 증발을 시키면 아주 끈적해보이는 oil 형태가 됐습니다. 2. 그래서 silica gel이 부족한 듯하여 oil 형태의 crude를 다시 ethyl acetate에 녹이고 silica gel을 더 첨가하여 rotary evaportor로 증발시켰습니다. 그랬더니 고운 powder 형태가 되지 않고 덩어리가 됐습니다. 3. 2번에서 얻은 덩어리에 ethyl acetate로 다시 녹인 후, crude를 조금 더 첨가하였더니 oil 형태가 되었고, 다시 위 과정을 반복하여 silica를 소량 첨가하였더니 덩어리 형태가 되었습니다. 제가 알아본 바로는 덩어리가 지면 crude(시료)가 부족한거고, oil 형태면 silica gel이 부족한거라고 알고 있는데 제가 양 조절을 실패한 걸까요  아니면 무엇이 잘못된 것일까요?   이 실험 외에 column chromatography에 대해 궁금한 점이 몇 가지 있는데 1. dry loading 시 시료를 silica에 입힐 때 전개 용매 외에 다른 용매로 녹여도 되는지? 2. 덩어리가 지더라도 column chromatography로 product를 분리하는데 문제가 없는지? 답답한 마음에 궁금한 것들을 두서없이 적어놔서 죄송합니다. 
회원작성글 밍핑  |  12.01
Q. MA/ZB 배지 제작 중 배지 내부 콜로니 컨텀 재문의 드립니다.
전에 배지 내부에서 콜로니 컨텀이 난다고 올렸던 사람인데요..   말씀하신대로 LB를 넣어서 같이 돌려보고 배양했는데 LB배지는 오염되지 않았습니다.   나중에 추가로 답변해주신거 봤는데 콜로니는 확실하구요 처음에는 작았다가 점점 커지고 콜로니는 확실합니다.   오염이 안된거면 들어가는 성분에 문제가 있을수도 있다고 하셨는데 그렇다면 저 배지에 먼저첨가한 뒤 멸균하고 바로 붓는데 멸균이 제대로 안된다는 의미이신건가요?   제가 생각하기에는 LB 배지에 컨텀이 안났다는 것은 멸균기에는 문제가 없다는 것이고 그렇다면 배지에 첨가되는 파우더나 각종 미량원소들은 오염이 되었던 안되었던 결국에는 멸균이 정상적으로 된다는것인데   그렇다면 클린벤치문제인걸까요?   클린벤치도 한번 전부 청소하고 배지 붓기전에 배지병과 플레이트를 항상 10분이상 uv로 멸균하고 붓고있습니다.   진짜 뭐가 문제인지 도무지 감이 안잡혀 정말 답답합니다...   도와주세요 ㅠ
회원작성글 mysonta  |  12.01
Q. plaque assay 질문
안녕하세요. virus plaque assay를 진행했는데, 위의 사진(좌: 대조군, 우:실험군, 같은 희석 배율)처럼 나왔어요. 실험 잘 된건가요? 정확한 plaque 모양이 아닌거 같아서요. 0.3% agar로 overlay해서, 3일 후에 fixation 하고, 0.5% crystal violet으로 염색했거든요. 처음 실험이여서 이론으로만 공부를 했어요. 많은 조언 부탁드려요.    
회원작성글 girlrich3  |  12.01
Q. 여기에서 α의 뜻이 뭘까요
여기에서도 그렇고 가끔 molecule 앞에 α를 붙인걸 봤는데 이게 Anti- 라는뜻이 맞을까요? 여기논문에서는 C1498 cell을 isotype control과 PD-1 antibody로 staining했다고 되어있어서 Antibody가 맞을거같긴한데 왜 α라는 형태로 표기하는걸까요... 구글에 서치해도 잘 안나오네요ㅠㅠ    
회원작성글 개똥이야  |  12.01
Q. 모발건강, 탈모실험 관련하여 문의드립니다.
안녕하세요. 탈모관련 실험을 셋팅중입니다. 국내에서 human dermal papilla cell을 2번 구매하였습니다. female과 male 40 years old로 구매를 하였는데, 두 세포모두 minoxidil 10uM을 처리하였을 때, 세포성장인자 (KGF, VEGF 등) 에서 발현이 나타나지 않습니다. primary세포에 minoxidil을 처리하였을 때, 왜 반응이 일어나지 않는지 궁금합니다.   조금이라도 아시는 분들은 답변 달아주세요 ㅜㅜ <trouble shooting 조건> (1) 세포 재 구매 (2) DPC 전용배지로 배양중 (3) minoxidil, finasteride등 positive control 농도별 테스트 진행함    - 발현 변화 없음. (4) primer 변경 등  
회원작성글 클린벤치  |  12.01
Q. 유기산 HPLC 검출 문제
안녕하세요. 해양생물을 공부하고 있는 대학원생입니다.    이번에 바지락를 스트레스 상황에 노출시키고 대조군과 비교하는 실험을 하면서, 대사 물질을 분석하는 방법을 시도해보았습니다.    대상 물질은 Lactic, maltic, fumaric, succinic acid로, 실험실 내에서: 실험 종류 후 급속냉동->  동결건조 -> 파우더 처리 -> 분석원 의뢰를 거쳐 분석을 하였습니다. 그런데 결과서를 받아보니 오직 fumaric만이 검출되고 나머지는 검출되지 않았습니다. 타 논문을 바탕으로 HPLC에서도 나머지 물질들이 충분히 검출 가능한 것(즉, 검출이 가능하며 바지락 내에 모두 충분히 존재함)으로 나타났는데, 현재 해당 문제가 2번째 발생하였고, 분석원 측에서도 원인을 알 수 없다 하여 전처리 상에 문제가 있는 것인지 의심되는 상황입니다.    1. 위의 전처리 과정에서 fumaric acid 외 다른 물질이 손실될 만한 원인이 되는 상황이 혹시 있을까요?  2. 혹시 전처리 상의 문제가 없다면 HPLC보다 더 정밀한 수준의 분석법이 있을까요? (GC-MS를 사용하는 논문도 많이 있긴합니다)    질문 내용이 모호한데 답변주시면 큰 도움이 될 것 같습니다.    읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 수비니즘  |  12.01
Q. cell subculture 방식에 대한 질문
안녕하세요  새내기 대학원생입니다.   cell subculture시 trypsin 처리 하고 media로 트립신을 희석시켜서 하는 방법과 trypsin 처리 하고 centrifuge 돌려서 trypsin 제거 하고 media로 resuspension 해주는 경우 중 어떤 것을더 선호하시나요? 선호하시는 것이 있으시다면 그 방법을 선호하는 이유와 만약 첫 번째 방법을 사용하신다면 트립신이 몇 퍼센트까지 괜찮은지 알려주신다면 감사하겠습니다.(예를들면 media 20ml에 트립신 2ml 정도 -> 10%등)   감사합니다.
회원작성글 쥐팤  |  12.01
Q. fastq 파일 분석 방법
안녕하세요? 너무 기초적인거라서 글 올리기는 좀 부끄러운데요;;;   ncbi sra 에서 마이크로바이옴 데이터 fastq를 받아서 보려고 합니다.   fastq 다운받으면 시퀀싱으로 나열되어 있죠? 그럼 그 시퀀싱 분석을 하여 어떤 균주인지 확인하려고 하거든요;;    다운받는 방법이나, 어느것을 다운받아야 할지 잘 모르겠어요... 시퀀싱 분석은 어떻게 하는지도요,,,, 하나하나 과정을 잘은 모르지만, 인포 주시면 도움이 많이 될 것 같습니다.  
회원작성글 방울  |  12.01
Q. GPC 이동상 제조법
GPC 초보입니다ㅠㅠ 수용성 GPC 돌리려는데 [물 + 0.2 M NaNO3 + 0.01 M NaH2 PO4 , pH 7로 조정] 용액 1L에 NaNO3이 0.2M, NaH2 PO4이 0.01M의 농도로 제조한 것이라는 거 맞나요?  
회원작성글 하이이이이  |  12.01
Q. blunt end ligation
blunt end ligation하다가 잘 안되는 부분이 있어 질문 올립니다. Vector는 2.7kb, 6kb로 Sma1 처리를 하여 blunt end, Insert는 1.2kb (Pfu polymerase, PCR product)로 둘다 blunt end 입니다. 농도랑 순도 모두 100ng/ul 이상, 2.0 (260/280)이며 ligation 시 10:1 (Insert/Vector), 4℃, O/N로 진행하고 있습니다. 근데 계속 Vector selt ligation만 나와 고민 중입니다. (제한효소, Insert primer로 확인) 저가 생각한 대안은 아래와 같습니다. 1) Insert/Vector 비율 늘리기 2) ligation 시 Sma1 소량 넣어 진행 (buffer, Sma1 volume 등 정확한 protocol은 모름) 혹 이것 외에 더 효율적인 방법이나 놓친 부분이 있을까요?    
회원작성글 구릅  |  12.01
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