너무 기본적인 내용을 제가 잘 모르는거 같은데 어떤 바이러스는 RNA를 뽑고 어떤 바이러스는 DNA를 뽑고 왜 그런건가요  균이면 DNA를 뽑을수 있고 RNA 키트로 뽑아도 RNA는 안나오지 않나요??? 실험을 할때 어떤건 DNA를 뽑아서 하고 어떤건 RNA를 뽑아서 하고 차이가 뭔지 모르겟어요  코로나는 RNA고 ASFV는 DNA고 그냥 NCBI에 검색하면 RNA인지 DNA인지 구분은 되는데 왜 다른건지 모르겟어요  그리고 RNA/DNA prep이 같이 되어 있는 kit가 있던데 그걸로 prep 하면 두개중에 맞는거(?) 하나만 나오는건가요

안녕하세요~  PCR 후 gel extraction을 위해 1% agarose gel에 loading을 하였는데... 겔 내부에서 밴드의 모양이 V자로 형성되었습니다. (사진 참고) 제 밴드의 위치가 dye 로 사용된 물질과 위치가 똑같아서인지... 10X loading dye를 6X 정도로만 사용하여서 인지... loading 한 DNA의 농도가 너무 많아서 인지 궁금하네요. ㅜㅜ 의견 주시면 감사하겠습니다! chemidoc에서 보이는 모양: 겔 cutting 하여 밴드의 단면을 보면 아래와 같음: 

현재 fixation (4% PFA in PBS) 및 permeabilization (0.5% Triton X-100 in PBS)한 세포에서 in situ PCR을 진행한 다음, 반응이 성공적으로 진행되었는지 확인해보려 합니다. 형광 표지된 primer나 dNTP 등을 사용하면 PCR과 동시에 표지가 되어 형광 현미경으로 확인할 수 있는 것은 알고 있지만, 이러한 표지 없이 amplicon을 isolation한 다음 전기영동으로 확인하고자 해서 fixed cell에서 small-sized DNA를 isolation해본 경험이 있거나 그러한 방법을 알고 계신 분들의 도움이 필요합니다. 특히나 1) crosslinking을 풀어주지 않고 cell을 harvest 및 lysis할 수 있는지, 그리고 2) mammalian cell에서 genomic DNA뿐만 아니라 크기가 작은 DNA (< 1kb) 또한 isolation하는 방법이 있는지 알려주시면 감사하겠습니다.

초파리의 DNA를 추출하는데 nanodrop으로 확인했더니 농도가 너무 낮게 나왔습니다. 초파리를 잘 으깨주는 과정을 조금더 세심하게 할 필요가 있을까요? 아니면 혹은 다른 곳에서 문제점이 발생한걸까요? 지금 2번째 실행했는데도 기대했던 값보다 한참 낮게 나와서 질문을 드립니다.

안녕하세요. DNA Plasmid isolation을 위한 resuspension buffer를 만들려고 하는데요. 100 mg/ml가 되도록 RNase A를 넣으라고 하는데 저희는 sigma의 RNase A solution을 사용합니다.  찾아보니 이렇다고 하는데... 이런 경우에는 어떻게 계산을 해야할까요??....

DNA를 volume이 20ul, 농도 30ng/ul 에서 2^-1 희석해서 1ul씩 넣는다라는건 알겠는데, 박사님이 dead volume 까지 생각해서 넣어야된다고 하시더라고요. dead volume 이라는걸 계산해본적이 없어서요 어느정도 넣어야되는걸까요? 공식같은게 있을까여?

안녕하세요 학부연구생 1주차인 학생입니다. dna 의 volume이 20ul , 농도 30ng/ul 인데 이걸 2^-1 , 2^-2, 2^-3으로 희석할려고 하면 dna를 몇 ul씩 분주해야되는지 알수있을까요…?

Whole Blood에서 DNA extraction 할 때, 환자의 나이에 따라, DNA 추출량이 달라질 수 있나요?   젊은 사람의 DNA 양과 나이 든 사람의 DNA 양이 많이 차이 날까요?

miniprep하고 결과를 확인했는데  enzyme digestion을 하지 않고 ucut인 상태로 전기영동을 해봤습니다.  2,3,4,5 well의 plasmid 사이즈가 약 4~5kb장도여야 되는데 밴드상 보이는게 10kb위에 있는 밴드만 보여서 제대로 miniprep이 된건지 모르겠습니다.. 저 band들은 다 gDNA일까요?   - centrifuge돌리고 supernatant를 column에 옮길때 침전물이 약간씩 섞여들어간 것 같은데 이것 떄문에 오염이 많이 된 것 같습니다. 근데 plasmid로 예상되는 band도 하나도 보이지 않아서  처음부터 오염된 것을 사용해서 plasmid가 없는 것을 사용한것인지 알수가 없네요....   그리고 실험 과정중에 제가 s2,s3를 넣고 inverting할 때 한 5분간 계속 inverting해줬는데 gently하게 inverting하는 것이 어느정도를 해야될지 가늠이 안되는데 5~10번 정도를 inverting해도 되는건지 아니면 5분정도 inverting해야되는지 궁금합니다!   -marker는 1kb plus ladder입니다. kit사용했습니다. 너무 정리안되게 말했네요... 도움 부탁드립니다!

  200bp 크기를 target으로 하여 gel extraction을 진행하면  농도가 모두 1ng/ul 미만으로 나오고 있습니다..   대략적인 방법은 이러합니다. 1. 40ml 용량의 2.5% gel에 total 40ul을 running. gel block의 크기는 60~100mg 사이입니다. 2. UB buffer를 gel 무게의 6volume을 분주함. 3. 분주 후 60도에서 10분 이상 gel 을 완전녹임 (1.5ml tube를 이용합니다.) 4. 이소프로판올 1volume 분주함. centrifuge. 6. WB buffer 750ul 분주후 centrifuge 7. 6번과정 한번더 반복 8. 공회전으로 한번 centrifuge 9. 65도에서 중탕한 EBbuffer 30ul 분주후, 5분간 incubation 10. centrifuge.   일주일 내내 이러는데, 도통 어디가 문제인지 잘 모르겠습니다..   WB buffer 를 분주후에 centrifuge를 돌리면, spin column의 바깥쪽 외벽, 즉 collection tube와 spin column 사이의 공간에 WB buffer가 흥건히 뭍어서 spin column을 항상 킴텍으로 닦는데, 혹시 이게 문제일 수 도 있을지요?    아니면 2년정도 된 시약문제인지..?        

ACK lysis 버퍼를 사용할 때, 피와 버퍼의 비율을 1:10 아니면 1:20 정도로 맞추던데, 이를 1:2 로 할 수 있는 방법이 있을까요? 왜 1:10이나 필요한가요? 그리고 ACK lysis buffer 의 효율에 영향을 미칠만한 factor 에는 어떤게 있을가요?

안녕하세요. 실험 중 궁금증이 생겨 질문 남겨봅니다. 제목 그대로 Cell 수가 낮아질수록 추출되는 gDNA의 양도 적어지는지가 궁금합니다. OD 1 값인 1×10^9 cells/ml를 희석해서 1x10^8 cells/ml, 1x10^7 cells/ml, 1x10^6 cells/ml로 만들면 1x10^9 cells/ml와 1x10^6 cells/ml의 DNA 양은 차이가 날까요? 제 생각에는 cell 수가 줄어들었으니 DNA의 양도 줄어들 것 같은데, 정확한 답을 알고 싶어 질문합니다.

enzyme digestion이 무슨 뜻인가요? 말그대로 효소 소화라는 뜻인가요? 효소를 어떻게 소화한다는 건인가요?   RNeasy mini kit을 사용하게 되어서 설명서를 읽는데 모르는단어를 구글링해봐도 안나와서 여쭙니다

안녕하세요 gDNA 추출을 하는데 농도가 너무 낮아서 질문 드립니다.  DNA 추출 키트로는 Promega의 Wizard Genomic DNA purification kit를 이용하였구요.  사용한 시료 샘플을 Bifidobacterium lactis랑 Bifidobacterium breve를 추출하고 싶은데 .. 농도가 너무 낮게 나와서요..  이전에 선배들이 해 놓으신 걸 보니  300ng/ul 이상은 나오는 거 같던데요..  제가 농도를 제니깐,,,, 턱도 없이 낮은 5ng/ul, 7ng/ul, 10ng/ul 정도 밖에 안 나오더라구요... 왜 이런지 아실까요??  protocol은 사용하는 kit 회사에서 다운 받아서 그대로 했습니다. ...  샘플 1ml (균 전배양액)을 이용해서 했는데...  어떤 부분이 혹시 잘 못 되었을 까요?? ㅠㅠㅠ  

DNA extraction 관련 실험을 하다가 궁금한 점이 생겨 글 남깁니다ㅠㅠ 제가 하고 있는 실험은 피나 세포주에서 DNA를 뽑아 이것을 특정 프라이머를 사용해 증폭시켜 플라스미드 벡터에 gene cloning 시켜 cell에 transfection  시키는 실험입니다. 실험 관련해서는 아니고 아주 기초적인 지식 같은데 검색해도 명확한 답을 얻지 못해 이렇게 질문 남깁니다.   1.  보통 DNA는 뉴클레오좀(히스톤단백질 등..)으로 이루어져 있거나 메틸레이션 된 부분도 있는 것으로 압니다.                                                        만약 피나 세포주에서 추출한 DNA에서도 이러한 뉴클레오좀 상태나 메틸레이션 된 부분이 그대로 추출되는지 궁금합니다.   2.  PCR로 증폭 시킨 특정 DNA 부분이 이제 플라스미드 벡터로 들어가 cell에 transfection되는데 이 때에도 뉴클레오좀 상태로 있는지 아니면 오직 서열만 존재하는지 궁금해서 질문남깁니다.

Agarose gel을 만들 때 30분 이상 굳혀야 되는걸로 알고있는데 사용하는 agarose의 양에 따라 굳히는 시간도 달라지나요? 예를 들면 1%의 gel보다 3%의 gel을 만들 때 굳히는 시간이 더 길어야 한다 이런 식으로요  

분변sample에서 추출 후 전기영동 사진 (gel 농도는 1%)입니다.   홈 바로아래에서 band가 선명하게 뜬 것을 확인하였습니다. 이전 실험에서도 동일한 pattern이 나온 것으로 확인하였습니다.   이게 어떤 것이라고 말할 수 있을까요? 대장균의 것인지 아니면.. 컨텀일까요?

제한효소로 자른 후에 gel purification하고, 시약 프로토콜대로 37도에서 30분간 CIP처리했습니다. PCR purification kit로 inactivation한 후 -20도 보관했다가, 다음 날 오전에 전기영동 내려보니 밴드가 전혀 보이지 않습니다. CIP inactivation이 제대로 되지 않아서 그런걸까요?

site-directed mutagenesis를 처음 공부하면서 실험을 하려고 하는 대학원생입니다.   제가 지금 하고자 하는 것이 플라스미드 벡터안에 있는 GGG  서열을 TGT 부분으로 바꾸려고 합니다. <기존 서열> ..........CCTACACGCACACACACGGGCGCGCGGGCGCGCACGCACA .........   <원하는 서열> ..........CCTACACGCACACACACTGTCGCGCGGGCGCGCACGCACA............   그래서 프라이머 디자인을 이렇게 짜 보았습니다.            S:  5’   C ACG CAC ACA CAC TGT CGC GCG GGC GCG C      3’           AS:  5’   G CGC GCC CGC GCG ACA GTG TGT GTG CGT G      3’ Tm 값을 0.41 X 73 - 675/L + 81.5로 이렇게 계산하니까 89.49가 나오더라구요 GC content는 76% 입니다.   1. Tm 값이 78이상이긴 한데 GC서열이 너무 많아서 이렇게 프라이머를 짜도 과연 괜찮을지 의문이 들었습니다.   2. 그리고 1번의 질문과 상관없이 하나의 돌연변이 말고 2개씩 이렇게 mutagenesis 시켜도 가능한지 묻고싶습니다.   3. 그리고 혹시 site directed mutagenesis로 이 서열을 mutation 시키기 어렵다면 혹시 다른 실험으로 mutation 시키는 방법이 있는지 알고싶습니다.  

안녕하세요! 이제 막 석사과정을 하고있는 대학원생입니다 제가 site directed mutagenesis 관련 실험을 진행하고 싶어 검색하던 도중 프라이머 디자인을 할 때, 프라이머 양 끝에 하나 이상의 G,C 서열이 포함되어야 한다고 나와있더라구요!   1. 꼭 이렇게 디자인을 해야하는지??  2. 그리고 꼭 이렇게 디자인 해야한다면 양 끝에 G,C 서열이 포함되어야 하는 이유는 무엇인지 궁금합니다!   혹시 알고 계신 분들 많은 도움 부탁드립니다 ㅠㅠ