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BioLab 장재봉 교수
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 카테고리: 전체 > Chemical biology > Synthesis
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Q. Ultra sonication 이 화학 결합도 끊을 수 있을까요?
실험실에서 cell membrane 파괴할 때 사용하는 ultrasonicator 를 이용해 particle 의 응집을 풀어주는데 갑자기 든 생각인데요. particle 에 화학결합으로 붙어있는 친구가 sonication 으로도 떨어질까요? -SH 결합과 같은 단단한 결합도 끊어낼 수 있을 정도로 이 친구들이 힘이 쎌까 싶네요.
회원작성글 기웃기웃  |  2019.06.27
Q. 펩타이드 합성(peptide synthesis) 관련 문의
안녕하세요! peptide synthesis에 관한 문의 드립니다. 합성에 관해 경험이 없어 어디서부터 준비를 해야할지 막막하여 글 남기게 되었습니다. 저희가 펩타이드 합성을 SPPS 방법을 통해 세팅을 하려고 하는데, 처음 준비할때 어떤 장비 들이 좋을지 또 필요한지 경험있는 분들의 조언 해주실 수 있을까요?  지금 생각으로는 펩타이드 합성기기, HPLC 분석 장비, LC-MS 장비, 동결건조 장비  이정도 생각하고 있는데, 다른 장비가 더 필요한지 그리고 어떤 장비를 주로 사용하는지 조언 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 펭귄아자  |  2019.06.19
Q. 골세포에서 일어나는 기작의 수용체 중심
Q.RANKL의 정체 도대체 무엇인가요? 항원-항체 반응 같은 것인가요? 단백질 덩어리인가요? Q.RANK 의 정체가 막단백질인가요? 그렇다면 대사성 수용체와 이온성 수용체 둘중 무엇인가 대사성 수용체라면 짧은 기작은 어떻게 되는가요? Q. 파라토르몬과 칼시토닌은 G단백질로서 G단백질 결합 수용체가 조골세포에 존재하여 조골세포가 이들을 감지하는게 맞는가요? Q. G 단백질 결합 수용체의 감지 기작이 어떻게 되는가요? Q. M-CSF은 무엇인가? M-CSF 를 조골세포가 분비하고 파골세포(단핵구)의 receptor가 받아들여서 그 결과로 파골세포로의 분화가 일어나는게 맞는가요? Q M-CSF 가 RANKL 과 RANK 와 비슷한 것인가요?
회원작성글 패키  |  2019.06.14
Q. 유기화합물 합성 때, "아! 이건 합성하기 쉽겠다"는 화합물들의 특징이 있나요?
안녕하세요. 한 연구실에서 근무하고 있는 박사연구원입니다. 저는 현재 단백질 구조를 통해 그 단백질의 새로운 억제제를 디자인하고 있습니다. 유기합성이 아닌 전혀 다른 전공으로 졸업했기에 부족하지만 혼자서 공부하면서 이것저것 시도해보고 있습니다. 유기합성은 학부 저학년 때, 전공과목으로 배운 적이 있는데, 그 과목 외엔 쓸 일이 없어서 지금에 와서는 거의 까먹었습니다.. 배운지가 10년이 넘었네요..   최근에는 괜찮아보이는 단백질억제제를 디자인했습니다. 그래서 이 화합물을 유기합성회사에 의뢰해서 견적을 받아봤습니다. 분자량은 1 kDa정도지만 제 나름 생각하기에 쉬운 구조를 가지고 있어서 (구조의 각 부분부분을 저렴하게 구매 가능) 그렇게 큰 금액이 되지 않을 것이라 생각했습니다. 게다가 구조가 쉬우니까 시간도 그렇게 오래 걸리지 않겠지라고 생각했는데...   5 mg, 95% 순도로 합성하는데 견적을 받으니 한 화합물 당 천만원이더라구요... 합성도 2개월 넘게 소요되고 합성 성공율도 생각보다 낮았고.. 게다가 실제로 합성해서 실험한다고 해도 좋은 실험결과가 나올지도 미지수고..   그래서 침울해졌습니다 ㅠㅠ 하지만 다행히도 연구책임자께서는 위 상황을 충분히 아시며, 저보고 유기합성 의뢰해서 실험해보라고 격려해주셨습니다. 그래서 유기합성은 진행할 예정입니다.   이번엔 유기합성을 의뢰해서 실험을 진행하겠다만... 다음 번에 디자인할 때는 뭔가 나아진 모습이 되고 싶습니다. 그치만 유기합성 때, 뭔가 조언을 받고 싶어도 주변에 있는 사람들도 역시 유기합성 전공하신 분이 없어 디자인 때 많은 어려움이 있네요. 그래서 브릭에 계시는 유기합성 관련분들에게 질문을 드립니다.   1. 유기합성 할 때, "아! 이건 합성하기 쉽겠다"는 화합물들의 특징이 있나요? 합성하기 쉬운 구조로 디자인하게 되면, 돈도 적게 들고 시간도 짧게 소요되니까  물론, 유기합성에는 다양한 바리에이션이 있다고 생각합니다. 경험이 없는 제가 생각해봐도 간단한 화합물의 특징을 한 가지로 설명할 수 있는 일도 아니고 경험에 따라서 의견이 분분할 수도 있고.. 하지만 여러분들의 경험담을 들어보고 싶습니다. "~~한 구조를 가진 물질이 합성하기 쉬웠고, ~~ 작용기에 ~~를 붙이는게 성공률이 좋았다"라는 식으로 혹시 의견을 여쭈어도 될까요?   2. 유기합성 회사에서 주는 견적에서 금액에 크게 영향을 미치는 것은 무엇인가요?  용량, 순도, 구조가 아무래도 클 것 같습니다. 하지만 유기합성 전공이 아니다보니 어느 부분이 가격에 크게 영향을 주는지 와닿지가 않네요..  순도를 약간 높이기만 해도 금액이 그렇게 크게 차이가 나나요?  그리고 합성 후에 크로마토그래피로 합성한 화합물을 확인할 때, 그 때 사용하는 크로마토그래피 컬럼 등도 견적에 전부 들어가는 거겠죠?   전공과 전혀 다른 분야라서 잘 감이 오지 않네요. 유기합성 전공자분들이 보시기에 바보같은 질문일수도 있습니다. 하지만 양해부탁드리고 답변 부탁드리겠습니다. 감사합니다!
회원작성글 김돌돌  |  2019.05.21
Q. liposome과 보관에 대해 질문드립니다.
  안녕하세요. 이번에 chemical 가지고  liposome을 실험하게 된 초보 실험생입니다. 담지 할 물질은 aldehyde 계열 chemical이며 저희 실험실에서는 처음 셋팅하는 것인지라 간단한 glass beads method로 시작하려고 계획했습니다. 실험을 준비하는 데 있어서 다른 부분들은 충분히 이해하고 준비하였는데 glass beads는 합성 중에 언제 제거하는지 논문을 찾아봐도 구체적인 방법이 나와 있지 않네요ㅠㅠ 제가 못 찾는 것인지. ㅠㅠ 그리고 liposome 합성 후에 liposome solution 보관은 꼭 glass tube에 보관을 해야 하는지 적합한 저장 온도도 알려주시면 감사하겠습니다. 감사합니다. 좋은 하루 되세요:)    
회원작성글 소순굉  |  2019.05.14
Q. VB12-SA-CS 합성
"50 mg of succinylated B12 was dissolved in DMSO and COOH group was activated with equal mole of EDC and NHS followed by addition of 10 ml of 1% chitosan solution (solubilized using 1% glacial acetic acid) and stirred for 24 h at room temperature (RT)." 제가 참고하는 논문인데 키토산이랑 vitamin B12를 succinic anhydride를 liker로 사용하여 합성하는 과정입니다. VB12-SA에서 CS와 합성하는 과정에서 위의 빨간표시 부분이 이해가 안가는데.. 키토산을 첨가하면 저 반응이 일어나는건가요? 
회원작성글 saranghyun  |  2019.04.25
Q. anhydrous condition
합성 과정에서 stirring for 24 hr at RT in anhydrous condition 이 있는데, in anhydrous condition 이 어떤 의미인가요..?
회원작성글 saranghyun  |  2019.04.23
Q. peptide 합성 관련 질문입니다.
안녕하세요. 석사과정 학생입니다.. peptide의 c-term에 modification하기 위해 2-ctc resin을 이용해 peptide를 합성했습니다. N-term은 acetyl capping했고 resin을 cleavage한 후에 TFA를 N2로 날린 뒤 남은 미량의 TFA를 basic 조건으로 바꾸기 위해 DIPEA를 넣고 rt에서 반응시켰더니 salt가 나와서 이를 제거했습니다. 그 다음 peptide c-terminal의 carboxylic acid와 반응해 amide bond를 만들기 위해 과량의 amine, HOBt, HCTU, 그리고 DIPEA를 dmf에 녹여 반응을 시켰습니다. 문제는 이 다음인데요.. 이제 peptide를 분리해서 mass 확인하고 lyophilization해서 powder 형태로 얻고 싶은데.. 반응하고 남은 물질을 제거하고 peptide를 dmf에서 isolation해야 할 것 같습니다. 보통의 경우에는 rink amide resin을 쓸 때는 cleavage 이후 TFA를 날리고 diethylether:n-haxane=1:1 solution을 이용해 peptide를 isoation하고, DMSO에 녹인 뒤 C18 column으로 HPLC를 진행하는데요.. 지금의 경우는 peptide, HOBt, HCTU가 dmf에 녹아져 있는 이 용액을 그대로 HPLC해도 되는지 잘 모르겠습니다. 해도 된다면 상관 없겠지만 그렇지 않다면 어떤 과정으로 peptide를 isoation한 뒤 HPLC를 해야 할까요? 답변 부탁드립니다..
회원작성글 구랭이  |  2019.04.10
Q. 고분자 중합시 비스무스 촉매 (Bismuth neodecanoate) 첨부파일
개환중합 (ring opening polymerization) 시 tin octanoate의 독성 문제로 bismuth neodecanoate를 사용하여 중합하려고 했습니다.   하지만 그림과 같이 반응을 진행시키면 시꺼멓게 변색이 되는데 이유를 잘 모르겠습니다. 물을 최대한 뺀 상태 (감압건조, 아르곤 퍼징 또는 아르곤 퍼징 후 밀폐해도 같은 결과) 임에도 같은 결과네요. initiator 대비 촉매 양을 무게대비 0.005 배입니다. 조언 부탁드립니다 ㅠ  
회원작성글 kangaroo  |  2019.03.29
Q. biostyrene 상용화 여부
상용화 되지않은 것을 주제로 공정설계하려고 하는데 biostyrene이 상용화 됐는지 안됐는지 알고싶습니다. 상용화되지 않았다면 그 이유는 무엇인가요??
회원작성글 송22222  |  2019.03.13
Q. 0.25% SDS 무세포화 실험 조직 상태가 이상해요.
10% SDS 원액을 0.25% SDS로 사용하고 있는데 전일 Hypotonic 에 0.25% SDS 넣어서 Porcine Pericardium 무세포화 실험을 24시간 진행하였는데 평소랑 상태가 너무 다릅니다. 원래 하얀색으로 보여야 되는데 지금은 투명해져서 반대편이 보여질 정도입니다. stain 촬영은 아직 하지 않았지만 이상태로 봐서는 무세포화가 된거는 안봐도 뻔한데 이렇게 투명해질 정도면 조직에 심하게 데미지가 가해진거 겠죠?
회원작성글 아마루아  |  2019.02.21
Q. 한 Protein의 Ligand를 디자인하려고 합니다. Ligand scaffold는 처음에 어떻게 디자인 해야 하는 건가요? 첨부파일
안녕하세요.저는 지금 한 Protein에 대한 ligand를 디자인하려고 합니다.이 Protein은 DNA와 결합을 하는데요, 이 Protein-DNA 결합을 억제하려는 용도의 ligand를 개발하고 싶습니다. (해당 Protein은 DNA의 특정 서열과 결합하는 것이 아니라 non-specific 결합을 합니다.) 다시말해, 궁극적으로 Ligand가 존재하는 경우, Protein이 DNA와 결합하지 못하도록, Ligand를 디자인하고 싶습니다.하지만 저는 다른 분야를 전공해왔기때문에 구조분석에 대해서는 그 지식이 부족합니다.처음에는 구조분석 프로그램을 다루는 것에 큰 어려움을 느껴서, 실험실에서 내내 가이드북 붙잡고 예제로 Protein-ligand docking 연습하면서 어느정도 프로그램을 다루게는 되었습니다.(그래도 도출한 데이터를 분석한다던가, 에너지 분석이라던가 이해 되지 않는 부분이 많아 아직 배워야하는 부분은 많습니다.)그 다음 과정으로는어느정도 프로그램의 연습은 했으니 예제가 아니라 제가 혼자서 Ligand를 디자인해서,실제 제가 만든 Ligand가 Protein과 어떤 반응을 하는지 보려고 합니다.하지만 Ligand를 디자인하는 것에서 막힙니다.무턱대고 그럴싸하게 벤젠고리 여러개 붙여서 맘대로 디자인할 수 없는 노릇입니다..Ligand 제작의 고수이신 분들은Protein 구조만 보고도 "아! 이 부분에는 이 원자들을 붙이면 좋은 Ligand를 만들 수 있겠구나!"하고 생각하시겠죠?? 하지만 저는 처음에 어떤 중심구조 (Scaffold)를 만들고 이 구조를 어떻게 변형해야하는지 감이 잘 오지 않습니다 ㅠㅠ혹시 Ligand scaffold 제작에 대한 가이드나 순서같은 접근방법이 있나요?그리고 scaffold 제작하고 이를 변형하여 더 좋은 ligand를 만들어야하는데 그 변형하는데도 접근방법이 있는지요?알아보기로는 기존에 나와 있는 chemical로 라이브러리를 만들어야한다는 것 같기도 하고..아직 여러모로 알아보고 있는 중입니다.그럼 답변 부탁드리겠습니다.읽어주셔서 감사합니다.아, 참고로현재 실험실에는 구조 분석을 위한 프로그램으로 MOE를 사용하고 있습니다.또 제가 연구하려는 Protein의 구조는 PDB에 존재하기 때문에 새로 정제할 필요는 없습니다.기존에 구조가 밝혀진 Protein과 새롭게 만든 Ligand 사이의 docking을 확인해서 DNA와의 결합 억제 효과가 있는지 확인하려 합니다.(고양이 사진은 그냥 업로드 했습니다!)
회원작성글 김돌돌  |  2018.12.05
Q. Zinc Oxide 수열합성 방법에 대해 문의드립니다.
고등학교 동아리에서 산화아연 나노입자 합성을 통한 항균성 실험을 진행하고 있는 고등학생입니다.지금까지는 산화아연을 Zinc Nitrate(Zn(NO₃)₂ 6H₂O)와 HMT(Hexamethylenetetramine), 증류수를 섞고 1몰의 농도를 만들어 Hotplate에 올려서 만들었는데요.이 방법으로 만든 용액은 HMT 특유의 비릿한 냄새가 남고, 용액을 건조시킬 수 가 없어서산화아연을 고체상태로 합성하는 방법이나  혹은 HMT를 쓰지않거나 혹은 비릿내가 나지 않도록 정제하는 방법을 알려주실 수 있을까요?또, 이렇게 만들어진 산화아연 나노입자를 천이나 플라스틱에 코팅 할 수 있는 방법도 있을까요? 
회원작성글 물화생  |  2018.11.25
Q. 인공피지 합성
인공피지를 합성한 후 천연추출물과 반응하는 실험을 하고싶은데요 인공피지 배합률은 아는데 합성 방법을 모릅니다. 인공피지 어떻게 합성하나요?
회원작성글 셈셈셈  |  2018.10.29
Q. 단백질 표면을 방사성동위원소로 라벨링 할 수 있을까요?
안녕하세요동물모델에 외래단백질을 주입한 후 시간에 따른 잔류랑을 확인하기 위해 단백질의 표면을 방사성동위원소로 라벨링하고자 합니다.해당 실험을 진행할 수 있는 외부 기관 또는 업체가 있을까요?아니면 외래단백질의 혈액 내 잔류랑을 정량할 수 있는 다른 방안이 있을까요?고수님들의 답변 부탁드립니당 ㅠㅠ 
회원작성글 쫀지  |  2018.06.25
Q. 대사회전수에 대해 질문드립니다
kcat=Vmax/Et인데 이때 Et를 어떻게구하나요..??
회원작성글 브리륵  |  2018.06.17
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