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BioLab 박소정 교수
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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
Mol. Biol.-DNA Mol. Biol.-RNA Mol. Biol.-Protein Immunology
Cell Biology Microbiology Plant Biology Laboratory Animals
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Buffer/Reagent Bioethics Etc.
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Q. 이미 DNA 키트를 통해 추출한 상태에서 RNase 사용 가능한가요?
Qiagen Kit로 실험중인 세균(Deinococcus Koreensis)의 DNA를 추출하는 과정에서 RNase가 없어 없이 진행했습니다. DNA 추출을 끝내고 전기영동 해 보았더니 미세하게 밴드가 보여 PCR도 진행하였습니다. 그러나 PCR 한 샘플을 전기영동 했을 때 매우 많이 끌렸습니다. 새로 DNA를 추출하지 않고 PCR 하지 않은 DNA 샘플에 RNase(Hanlab RNase A Solution)  사용하는 방법이 있을까요?
회원작성글 박시우  |  2021.09.13
Q. plasmid DNA 전기영동 band가 끌리는 이유가 뭔지 궁금합니다. 첨부파일
안녕하세요. plasmid DNA 전기영동에 관하여 질문이 있어 이렇게 올립니다. 전기영동을 내리면 사진과 같이 DNA ladder가 w 모양이 나오고, plasmid는 뭉쳐서 끌려내려옵니다.. Buffer는 1X TAE buffer를 사용했고 Agarose gel은 1.0%로 만들었고, 전압은 120V로 맞추었는데 저렇게 끌립니다. well에 ladder는 dye, ladder, nfw 를 각각 1,1,8ul씩 분주한뒤 5ul만 넣었고 plasmid DNA는 dye, plasmid를 각각 1,5ul씩 분주한 뒤 6ul를 넣었습니다. 그동안 1X TAE buffer는 새로 만들어 갈아보고, 전압을 70, 80으로 낮춰보기도 했고, gel이 제대로 굳은게 아닐까 싶어 30분, 40분, 50분 간 각각 굳힌 후 실험을 진행하였습니다. 그런데 모양이 불규칙하게 나오는 이유를 모르겠습니다. 동일한 기기로 다른 사람이 실험하니 3번째 사진처럼 나오는 걸로 보아선 기기의 문제(불규칙한 전압)는 아닐 것이라고 생각하는데, 아직까지는 아마 gel을 만들거나 1X TAE buffer를 만드는 과정에서 생기는 문제+ plasmid DNA분주에서 어떤 문제가 있지않나 싶습니다. 혹시 어떤 점이 문제인지 싶어 이렇게 도움을 구합니다.  
회원작성글 Cyl07  |  2021.09.09
Q. 염화물 적정법 시행 시 불순물 생성에 관하여
염화물 적정법으로 K2CrO4를 지시약으로 넣고 AgNo3를 적정액으로 하여서 NaCl을 측정했는데요 아래와 같이 뭉침 현상이 일어나 정확한 측정이 어려웠습니다. 이 불순물만 분리하여 현미경으로 x200배율 해서 확인하니 2번째 사진과 같은 모습이었는데요.. 이게 무엇일까요? 저희 실험실이 어류에서 DNA 추출하는 일을 하고있어서 혹시 어류에서 흔히 볼 수 있는 점액질(mucin)성분이 아닐까 의심하고는 있습니다. 여러 추측 부탁드립니다ㅠㅠ 저희끼리 머리를 부딪히니 많이 안떠올라서요..
회원작성글 자네척척석사로살텐가  |  2021.09.03
Q. 어류 정소 DNA Prep 시 형태에 관하여
안녕하세요, 저희 실험실에선 어류 정소에서 DNA를 추출하는 실험을 하고 있는데요. 같은 정소를 사용하여도 어떤 때는 실타래 형태의 DNA가 나오는 반면 어떤 때엔 파우더 형태의 DNA가 나옵니다. 그 차이가 어떤 점에서 기인한 것 일까요?  제 개인적인 견해로는 정원세포, 정모세포 등 세포의 발달 수준에 따른 결과가 아닐까 고민을 하고있는데 어떻게 생각하시는 지 좋은 의견 부탁드립니다.
회원작성글 자네척척석사로살텐가  |  2021.08.31
Q. DNA purification / Gel electrophoresis 질문 첨부파일
안녕하세요 박사없는 연구실 석사생입니다. 환경 DNA를 추출하고 있는데 생각보다 Biomass가 적은지 detection이 잘 되지 않습니다. Nanodrop으로 확인하면, 5~12ng/µl 정도 나오는데 A230 peak가 너무 높게 나오고 A260/A230 농도가 굉장히 좋지 않습니다. 그리고 Gel electrophoresis를 하면 band가 확인되지않습니다.... 미치고 팔짝 뛸 노릇인데 좋은 해답을 가지신 분이나 tip이 있으신분이 계신가요? 실험은 Q사와 M사 kit를 사용하며, elution 양은 50µl로 내립니다. Q1. A230 peak down method Q2. Gel electrophoresis no band issue 훌륭하신 연구자 분들의 답변 기다리겠습니다. Ps.gel electrophoresis에 control이랑 ladder는 잘 확인됩니다.
회원작성글 교스라이팅  |  2021.08.02
Q. 2차 카테고리 모르겠어요ㅠ)가정에서 실험하는 DNA추출 실험을 자세하게 알고 싶습니다.
구강세포DNA추출[5인용] (sciencezone.co.kr) 실험 순서입니다. 질문드릴게요..(참고로 중학생입니다.. 여기 사이트 진짜 좋더라구요)   1. 중간에 55도 에 놔두는 이유가 DNA파괴 효소?의 작용을 억제한다는데 맞는건가요? 자세하게 알려주세요..(제한효손가요..??)   2. 알코올을 넣는 이유에 대해서 알려주세요(제가 알기로는 DNA분자의 수화껍질을 제거하고 나트륨 이온과 DNA를 결합시키기 위해서라고 알고 있습니다. DNA를 떠오르게 한다? 가라앉게 한다? 이런 말들이 있는데 자세하게 알려주세요.ㅠ)   3. 염화나트륨이 히스톤 단백질과 DNA의 결합을 떨어뜨린다는데 맞는건가요? 맞으면 원리를 알려주세요ㅠ
회원작성글 lovebiolog..  |  2021.08.01
Q. Trizol을 이용한 DNA prep 과정 중...
  안녕하세요, 분자생물학에 대해 공부하고있는 대학원생1입니다.   평소에 Trizol을 이용하여 RNA를 뽑는데  새로운 실험을 위해   Trizol을 이용하여 gDNA를 추출하게 되었습니다.   DNA 추출하는 프로토콜을 구하여 DNA를 추출하는데   세포 해리 후 RNA층, DNA층, PROTEIN층으로 나뉘어졌을 때   RNA가 섞인 colorless upper aqueous를 분리한 뒤 남은 용액에   0.3ml 100% ethanol을 넣어준 뒤 섞고 2000xg, 5min, 4도 에서 centrifuge   돌렸더니 펠렛이 하나도 안보입니다. 그 뒤 과정에서 펠렛을 sodium citrate   에 suspending하라고 하는데 펠렛이 보이지 않아 진행이 안됩니다.   cell 양도 굉장히 충분히 사용하였는데 DNA 펠렛이 왜 안보일까요...    
회원작성글 lys8621  |  2021.07.26
Q. pseudo colony가 prep될 수 있나요?
Lentivirus vector에 특정 gene A를 삽입 후 ligation 및 transformation 후 ampicillin plate에 하루 키웠고, Colony가 조금 작지만, 자라있어서 걔네들을 3ml culture 후 miniprep했는데 DNA의 양은 90~100ng/ul (total 40ul) 수준인데 제대로 들어갔는지 확인을 위해 Enzyme cutting을 했는데 Vector의 band는 커녕 아무것도 보이지가 않습니다. 그럼 pseudo colony일수도 있는건데 얘네가 prep이 되나요? 배우기로는 prep할때 column에는 bacterial DNA가 남지않는다고 알고 있는데 그렇다기엔 괜찮은 퀄리티로 뽑히기엔 이상한데...  좀 도와주십쇼 ㅠ.ㅠ..후배가 잘못한줄알고 제손으로 해봤는데 이래가지고...  
회원작성글 토라  |  2021.07.22
Q. plasmid prep했는데 안나올수도 있나요?
Clover Ruby 형광 붙어있는 gene을 Lentivirus vector에 집어넣고 transformation까지 한 후에 colony가 자란걸 확인한 후에 miniprep을 해서 정량을 했는데 평소보다 prep되는 양이 100ng/ul 수준으로 밖에 나오지않았습니다. 근데 그래프가 이상한것도 아니었고 260/280 비율도 1.8~2.0수준으로 퀄리티가 나쁘지도않았습니다. 문제는 제대로 lentivirus에 들어갔는지 효소로 자르고 overnight 후 0.8% agarose gel로 로딩했습니다. 근데 젤을 확인해보니 아무런 밴드도 없네요. 막내시켜둔건데 본인은 gel red도 넣었고 자른때도 dna부터 먼저 넣고 엔자임섞어놨댜그하니까 그게 맞으면 prep된게 이상한건데 재정량해도 픽이라 정량이 되거든요? 왜이럴까요
회원작성글 토라  |  2021.07.21
Q. 고등학교 전기영동
고등학생입니다. 전기영동 실험을 하고 싶은데, 브로콜리에서 DNA추출을 해, 전기영동을 할 예정입니다. 1. 전기영동을 왜 한다고 해야할까요? 저는 DNA가 전하를 띄고 있음을 이해하기 위해서 전기영동을 한다고 보고서에 쓸 예정인데, 다른 이유가 더 있을까요.. (솔직히 전기영동 왜 하는지 모르겠습니다, 어떻게 쓰이는 지 잘 모르겠어요)   2. 아가로스 겔을 사용해야하나요 아크릴마이드 겔을 사용해야하나요? 또 그 이유가 있을까요?   3. 실험이 잘 안될 수도 있는데 PCR이 필수적인가요? PCR을 하지 않으면 잘 나타나지 않을까요?
회원작성글 조조조3  |  2021.07.16
Q. enzyme 활성 측정
안녕하십니까! 효소 활성 측정을 하고 있는데 보통 1 unit을 p nitophenol을 분당 1umol을 방출한 양으로 정의를 하는 것을 보았습니다! 꼭 umol로 나타내야할까요..? nmol을 사용하면 안될까요? 논문을 찾아보니 umol로 나타낸 경우도 있지만 nmol로 나타낸 경우도 있더라구요 제가 umol로 나타내려고하니 추세선 값이 엄청 가파라지면서? 효소 활성이 너무 낮게 나오는 걸로 계산이 되어 고민되어 질문합니다!
회원작성글 Bebebe  |  2021.07.13
Q. cosmid 또는 fosmid prep 관련
안녕하세요 지금 석사 재학중인 대학원생입니다 다름이 아니라 이번에 DNA library에 대해 공부 중이며 실험 준비중입니다 cosmid 또는 fosmid 96 well prep kit을 알아보고 있는데  그냥 plasmid prep kit로 해도되는지, purification kit가 같은 의미인지 헷갈립니다 또 교수님이 large size prep kit로 알아봐야한다고 하시는데 cosmid도 같이 prep할 수 있는 plasmid kit로 알아봐야할까요? 검색해봐도 잘 안나오고 처음 해보는거라 잘 이해가 안되서 여기에 문의 드립니다   답변 해주시면 정말 감사드립니다.
회원작성글 호호잇  |  2021.07.13
Q. DNA standard가 이상해졌는데 어떻게 된 걸까요?
예전에 소분해둔 DNA standard의 값이 엄청 낮게 나옵니다. 선배는 pipeting문제라고 하시는데 standard curve는 잘 나오거든요... 소분해둔 양이 5㎕밖에 안되는데 여기서 문제가 생기는 걸까요?
회원작성글 duff  |  2021.07.13
Q. plasmid prep 첨부파일
선생님들 안녕하세요. 궁금한게 생겨서 질문드립니다. 최근 mini prep을 진행했는데, 우선 5ml 배양액을 spin down하였습니다. 이후에 일이 생겨 1시간 정도 4'C 냉장고에 넣어 두었습니다. 실험을 다시 진행하였고, sol3 처리후 pellet모양이 독특하게 생겨서 의문이 들었습니다. 원래는 벽에도 많이 붙는데, 깔끔하게 밑으로 내려 앉아 있습니다. 평소와 조금 다른 모양이라서 plasmid에 문제가 생긴건가 걱정이 됩니다. 물론 원리 상 bfr를 넣거나 한게 아니라 문제가되지 않겠지만 혹시 이런 경험 있으신가요?  
회원작성글 ghtlr21  |  2021.07.08
Q. DNA 추출 과정에서..
세균 genomic dna 추출 과정에서 페놀-클로로폼 용액으로 dna/rna 만 분리해내는 과정에서 프로토콜을 보면 13000rpm으로 15분간 돌리라고 하는데 이를 최대 2800rpm(500g) 원심분리기를 이용해도 상층액, 하층액 분리가 일어날까요..??
회원작성글 colie  |  2021.07.04
Q. 원심분리기 rpm
13000rpm으로 10분정도 돌려야 하는 점을 3000rpm의 원심분리기로 구현할 수 있을까요? 가능하다면 어느정도의 시간이 대략 필요할까요..?
회원작성글 리유  |  2021.07.04
Q. maxiprep 시 denatured plasmid DNA를 줄이는 방법 첨부파일
DNA prep 중에 문제가 있어 질문드립니다. 5822bp 크기의 plasmid DNA를 transfection을 위해 prep하는데 denatured plasmid form으로 보이는 밴드가 나타나고 있습니다. 현재 q사의 maxiprep kit를 사용하고 있고, neutralization도 완전히 되도록 gently inverting하여 prep하는 것인데 계속해서 그 밴드가 나타나서 문제가 되고 있습니다. sol2 volume을 줄여보기도 했는데, band가 약간 더 옅어지는 양상을 보였습니다. 개선 방법을 아시는 분 계신가요.. 그리고 이 문제가 셀 수가 너무 많아서 나타나는 현상일 수 있나요? 브릭에서 검색해서 찾아보니 세포 수가 많거나, 혹은 세포 상태가 좋지 않거나.. 등등 여러 이유들이 나오는 것 같긴한데 정확히 모르겠습니다. 첨부한 사진에서 6번레인이 maxiprep DNA uncut을 로딩한 것이고, 동그라미 친 부분이 제가 말한 denatured plasmid DNA 밴드입니다. 답변 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 덩지  |  2021.07.02
Q. dna isopropanol로 침전시 온도
dna isopropanol로 침전시 centri 온도는 크게 상관없나요?  저는 4도씨에서 centri 진행하는데 RT에서 진행하는 protocol도 있어서요 ..!
회원작성글 2밍  |  2021.07.02
Q. mouse tail dna 추출이 잘 안됩니다.
제 mouse tail dna 추출protocol에 문제가 있는지 봐주세요 ㅠㅠ isopropanol 침전후 pellet이 보여야 sup을 따던지 하는데 pellet도 안보이고 dna 농도 재보면 너무 낮습니다. -> pcr돌리고 밴드 확인해봐도 dna농도가 너무 낮아서인지 밴드가 아예 안뜨더라구요 (이전에 다른분이 뽑은 sample 같이 걸어보면 거기선 밴드가 또 나옵니다) 일단 digestion buffer를 만들어서 tail들어있는 ep tube에 500ul+proteinaseK넣구요, oven에서 overnight하면 꼬리가 다 분해되어서 털만 남아있습니다. -> 다음에 NaCL 조금 넣어준후 세게 vortexing 해주고, => cfg후 털이 딸려오지 않게 sup만 따줍니다. 이후 iropropanol을 넣어준후 inverting -> 4도씨에서 centri를 합니다. -> 이 때 pellet이 눈에 보이지 않아서 문제입니다.. 도와주세요 ㅠ.ㅠ 혹시 NaCl 넣어주고 vortexing을 해주는 과정에서 문제가 있는건가요? NaCl이 DNA 안정화에 역할을 하니까 조금 더 많이 넣어주어야 하는건지 그리고 vortexing과정이 잘 못된건지..? buffer문제는 아닌거 같은게 다음날 보면 꼬리는 잘 녹아있습니다. ㅠㅠ
회원작성글 2밍  |  2021.07.02
Q. agarose gel 전기영동 할 때 sample과 섞어서 loading하는 staining dye를 찾습니다
PCR 후 DNA 산물과 6x loading dye, DNA staining dye 섞어서 loading할 때 소량만 넣어도 agarose gel(staining 시약 안넣음)에서 잘 보이는 시약을 사용했었는데 DNA staining dye가 어떤 제품인지 못찾아서요 검색해봤는데 다들 6x dye만 팔더라고요....   혹시 아는분 계실까요?
회원작성글 줄기선구  |  2021.06.30
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