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BioLab 장재봉 교수
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Q. universal primers를 사용한 PCR 결과, relative abundance 해석에 대해 질문드립니다. (copy gene관련)
안녕하세요, 선배님 혹은 선생님. 고민을 하고 검색을 해봐도 시원한 답변을 찾을 수 없어 여쭙니다. 아직 초보라 부족한 부분이 많습니다.   16s, 18s를 universal primers로 증폭하였습니다. QIIME2 pipeline으로 각각에 해당하는 relative abundance를 얻었습니다. 여쭙고 싶은 부분은 이 relative abundance의 해석에 관한 것입니다.   gene copy를 고려하여 16s의 경우를 예를 들어 다음과 같이 가정했을 때, A species: 4개 16s gene copy를 가짐/ 실제 샘플 내 20마리 존재 B species: 1개 16s gene copy를 가짐/ 실제 샘플 내 20마리 존재   결과적으로 A와 B는 relative abundance에서 "실제 같은 20마리가 존재함에도" gene copy의 차이에 의해 A가 B에 비해 4배 더 높게 나오게 되는것으로 이해하고 있습니다. Relative abundance Bar-plot은 그럼 A 80%, B 20% 의 수치가 나올텐데, 이것은 실제 존재하는 종의 수 (즉, 각각 20마리)를 반영하지 못하지 않나요? 즉 각각의 species가 가진 gene copy가 다른데, relative abundance의 이 부분을 어떻게 이해해야 하는지 조금 혼란스럽습니다.   선생님들께 간절히 도움 요청드립니다. 감사합니다.
회원작성글 Sct_LEE  |  01.26
Q. Expi293F cell culture 할 때 빨간색 실 같은게 보여요 첨부파일
Expi293F cell에서 단백질 생산하고 있는 대학원생입니다. 저희 랩에서 최근에 hek cell culture를 set-up 해서 진행하고 있습니다. culture를 하다보니 사진처럼 붉은 색 실 같은게 생기는게 조금씩 보이고 있습니다. cell viability나 morphology는 다 괜찮고 단백질 생산도 잘 되고 있고, 또 마이코플라스마 검사도 했는데 검출이 안되었습니다. 저거 말고는 생산 면에서는 문제가 없는거 같은데 주변에서는 저런 걸 본적이 없다고 해서 선배님들께 질문드리고 싶습니다.
회원작성글 까까먹는까막눈  |  01.26
Q. uv용어 질문드립니다! 흡수견이 무슨 뜻인가요??
000~000 nm 에서 흡수견을 나타낸다 라는 시험기준에서 이 흡수견이 무슨뜻인지를 모르겠습니다 ㅜㅜ 알려주시면 감사하겠습니다!
회원작성글 하멜  |  01.26
Q. qRT-PCR cycle 관련 궁금증 질문
안녕하세요? real time pcr 련해서 질문이 있어서 글을 남깁니다. 논문 작성에 있어서 Target A와 B 를 real time pcr을 진행하는데에 있어서 같은 cycle로 진행하여 결과를 실어야하나요??? 예를 들어 Target A는 30cycle 쯤에서 Ct 값이 확인되지만 Target B는 40cycle 쯤에서 Ct 값이 확인된다면 둘다 동일하게 40cycle로 진행해서 논문에 실어야 하는지요?? 제 생각에는 어차피 threshold (Ct)값은 변하지는 않을 것이기 때문에 각각 최적의 cycle로 진행하면 된다고 생각하는데 (Target A는 30cycle,Target B는 40cycle)어떻게들 생각하실까요?? 감사합니다.
회원작성글 RTO1  |  01.26
Q. 균 마스터스톡 만드는 법 질문드려요
ATCC에서 Staphylococcus aureus를 분양받아 계대 하려고 합니다.   1. 1차스톡(마스터스톡) 만들 시 균 수를 몇 승 정도 하는게 좋은가요? 2. 배양액과 글리세롤은 1:1 비율로 하는게 좋은가요? 아니면 8:2가 좋은가요?  
회원작성글 만지  |  01.26
Q. image J program 에 관해 질문드립니다.
image J program 사용하고 있는데 일부 영역을 제외하고 면적을 측정하고 싶습니다. 어떻게 진행하면 좋을까요?
회원작성글 SBlanc  |  01.26
Q. 6 his tagged fusion protein
fusion protein 관련 cloning에 관한 논문을 받게 되었는데요. 6 his tagged fusion protein이란게 무슨 뜻인지 알수있을까요….????
회원작성글 분자생물학도  |  01.26
Q. colony PCR 첨부파일
TA cloning한 plate에서 30개의 colony를 골라 5개씩 묶어 colony PCR하였습니다. 일단 30개를 mini prep을 위해 culture를 시작하긴 하였는데,  첨부파일 같은 결과를 얻었습니다. 혹시 6개 section 모두 되었다고 봐도 될까요? QPCR inner primer로 PCR했을때는 5,6번에서 vector size 정도의 band가 나오고 있어서 이게 된건가 싶기도 합니다. 고수님들의 의견을 부탁드립니다.  
회원작성글 새슬  |  01.25
Q. PGL3-basic vector에 cloning이 잘안돼요
vector, insert, t4ligase 등 모두 문제 없는 걸로 확인되었는데요, cloning 후 확인을 위해 restriction enzyme으로 잘라보면 insert사이즈의 밴드가 안나와요ㅜㅜ 원스텝으로 진행되는 실험이라는데 몇번을 해도 cloning이 안됩니다. 어떤 부분에서 문제가 생긴걸까요?
회원작성글 닝내임  |  01.25
Q. 조직 마쇄액 상등액에서 cell 추출
안녕하세요 현재 학부4학년으로 어류관련해서 실험하고 있습니다. 흰다리새우 품종을 대상으로 실험중인데 현재 흰다리새우는 cell line이 없지만 병원체에 감염된 cell이 필요합니다. 감염된 조직을 마쇄하여 상등액을 취하면 cell 수득이 가능한지와 가능하다면 cell counting이 가능한가요?
회원작성글 aqwasd  |  01.25
Q. WB(Western Blot) 시 a-tubulin이 일정하지 않게 나오고 피펫팅에 관한 질문
안녕하세요. 실험실 초보 석사 1학기 대학원생입니다.  현재 실험실에서 western blot실험을 할 때 a-tubulin을 housekeeping으로 사용하고 있는데 일정하게 나오지 않고 있습니다.  모든 protocol을 익숙히 하고 실험을 진행하고 있는데도 불과하고 일정하게 나오지 않는데 아무래도 피펫팅이 큰 문제로 되고 있는것 같습니다. 일정하게 나오지 않게 되는 문제초래점 몇가지 제시해 주시길 바랍니다.   Ps. BCA assay로 protein정량을 진행하고 있는데 R^2=0.98~0.99로 나오고 있습니다. 실험을 오래 해오신 선배님들의 조언을 바랍니다~~^^
회원작성글 Lanna  |  01.25
Q. HPLC 컬럼 관련하여 질문드립니다.
현재 올리고당 관련 연구를 맡고 있는 대학원생인데요, 연구 중간에 투입되어 아직 기기에 대해 모르는 부분이 많아 질문드립니다.   Aminex HPX-87H (300 x 7.8 mm) 컬럼을 사용하고 있고 이동상은 0.005M H2SO4, 유속은 0.6mL/min으로 하고 있습니다.    1. 가이드라인북에는 cleaning solvent 1) 5% CH3CN in 0.005M H2SO4 2) 30% CH3CN in 0.005M H2SO4 // Duration 1) 4hr 2) 12hr 3) run mobile phase until steady baseline 이라고 나와있는데, duration에 3번 항목처럼 적혀있는거면 꼭 ACN이 함유된 용매로 cleaning 해줄 필요 없이 이동상(황산)으로만 워싱해줘도 괜찮은건가요? 황산에 ACN이 첨가됨으로써 어떤 차이가 있는건지 궁금합니다.   2. 또한, 다른 자료를 찾아보면 backwashing을 하라는 분도 계셔서 헷갈리는데 정확한 워싱 방법이 무엇인지 궁금합니다.
회원작성글 nounou  |  01.25
Q. cell 오염 종류
   마지막으로 봤을 때에는 오염 없이 잘 자라고 있는 모습을 확인했습니다. 그런데 오늘 보니 갑자기 사진처럼 처음 보는 애들이 생겼습니다. 주변 L929 셀이랑 너무 다르게 생겼고 주변에 세포들이 못자라는거 보자마자 깜짝 놀라서 바로 폐기하고 에탄올로 다 닦아줬습니다. 오염원이 뭔지 대강 감이 잡히긴 하는데 저것들은 무슨 오염인가요ㅠ 현재 passage 10입니다  
회원작성글 젤리빔  |  01.25
Q. PCR 결과 해석 방법에 관한 공부
안녕하세요 회사 인턴생 입니다. 이번에 PCR에 대해 공부하고 있는데 PCR의 기본 원리 작동 방법들은 어느 정도 알았는데 결과 해석 및 그래프 해석하는 방법을 몰라 조언을 구해보려고 합니다. PCR 결과 해석하는 방법이나 그래프 분석하는 방법들을 정리해놓은곳이 있을까요? 일반 PCR , Reverse Transcription PCR , Real Time PCR 들의 결과 해석법 배우는 곳을 알고 싶습니다.
회원작성글 오리5리Oh리  |  01.25
Q. western blot : transfer 질문입니다
안녕하세요?? western blot에 어려움을 겪고 있는 석사생입니다~ 저는 melan A cell protein  30 μg 사용합니다.  SDS gel을 runnning 하고 membrane에 transfer를 하는데요~ transfer하고 난 뒤 폰슈 염색을 하면 (사진처럼) 자꾸만 깨끗하게 transfer 되지가 않아서요ㅠㅠ transfer는 2.5 A 25V에서 30 분정도 실시하구요.  처음 해봤는데 뭐가 문제인지 모르겠습니다. ㅠㅠ
회원작성글 karan  |  01.25
Q. 시약 reconstitution 계산
제가 구매한 파우더 형태 시약 100ug을 stock 농도 4uM으로 stock하기 위해서 DEPC-DW 2.6ml으로 희석하려고 합니다. 근데 시약 coa에 final 농도 0.1% bsa를 넣고 냉동보관을 하라고 적혀있어서 업체에 문의해보니  BSA 는 파우더 형태로 직접 녹이지 말고 10% BSA용액으로 제조 후 분주하라고 하시더라고요. * 10% bsa 제조 : DEPC 10ml + 1g BSA   그리하여 구매한 시약 100ug 을 녹인 DEPC 2.6ml + 10% bsa 26ul  계산이 되는데 이게 제가 맞게 계산을 한 것인가요?   만약에 맞는 계산이라면 26ul를 넣어서 원하는 농도보다 더 낮은 농도로 제조되기 때문에 => 구매한 시약 100ug 을 녹인 DEPC 2.57ml + 10% bsa 25.7ul 이렇게 하면 될까요? 너무 어렵네요ㅜㅜ
회원작성글 oneday  |  01.25
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