Kit를 사용해서 DNA 추출을 한 후 나노드랍 측정결과 1.8~1.9가 측정되어서 DNA가 추출되었다 생각해서 DNA 겔 전기영동을 해보았는데 아래 결과를 보았을 때 DNA가 추출되었다고 할 수 있을까요? 다른 겔 전기영동 결과를 보면 명확한 band가 뜨는데 제 결과는 그렇지 않은 것 같아서요... 특정 시료에서 타겟팅하는 종의 DNA를 찾는 것이 아닌 DNA자체가 추출된 것인가를 확인하고 싶어서 입니다! 만약 추출이 되었다면 어떤 것을 보고 추출이 되었다고 판단하신것인지도 알려주시면 감사할 것 같습니다! 왼쪽과 오른쪽 각각은 100bp와 1kb DNA 마커입니다

석사과정하고 있는 학생입니다. L. plantarum을 DNA prep하면서 문제가 생겨 질문 올립니다. 우선 L. brevis는 깨끗하게 나오는 반면 L.plantarum은 제대로 뽑히지 않고 계속 끌려서 나옵니다. 저가 생각하기엔 isoprophanol 처리 후 white pellet이 아래에 쌓이는데 잔여 단백질 때문인 것 같습니다. 아래와 같은 프로토콜을 사용하고 있습니다. 보완 사항이나 저가 생각하지 못한 원인이 있는지 알려주세요... 1: Maker 2: L.bevis CCC 3: L.brevis 제한효소 4: L.plantarum CCC 5: L.plantarum 제한효소 6: L.plantarum CCC (형질전환체) 7: L.plantarum 제한효소(형질전환체) sol 1 10mM EDTA 25mM Tris-HCl pH 8.0 50mM glucose Lysozme 30mg/ml RNase 10ug/ml sol 2 1.5% SDS 0.3% NaOH sol 3 3M sodium acetate pH 5.2 Protocol 1. culture broth 18ml centrifuge 2. sol 1 200ul pipetting or vortexing 3. 37도씨, 1h incubation 4. sol 2 200ul inverting -> RT 7min 5. ice cold sol 3 300ul inverting 6. centrifuge 7. 700ul new e-tube, isoprophanol 490ul inverting 8. centrifuge 9. 70% ethanol 1ml inverting washing 10. centrifuge 11. Dry oven 50도, 5min 12. Water (RNase 0.1mg/ml) 5ul dilution

Ligation에 사용할 vector와 insert를 1ug씩 sequential digest로 자른 후 마지막에 gel extraction 했는데 나노드랍 정량값이 너무 안 좋네요. A260 concentration 4.0 ng/ul Background (A260) 0.00 A260 0.08 A260/A280 6.11 A260/A230 0.01 이렇게 나오는데 이대로 ligation에 쓰진 못하겠죠..? Vector 값이 이렇고 insert도 A260/A280이 2가 넘는데 ethanol precipitation 같은 방법으로 purify할 수 있을까요?

DNA 분리할 때 protinase-k를 넣고 70도  water bath에 넣고 10분 기다리는 heat shock을 하는 이유가 무엇인가요? elution buffer도 70도 water bath에 넣어놓았다가 사용하는데 이유가 무엇인가요?

Qiagen Kit로 실험중인 세균(Deinococcus Koreensis)의 DNA를 추출하는 과정에서 RNase가 없어 없이 진행했습니다. DNA 추출을 끝내고 전기영동 해 보았더니 미세하게 밴드가 보여 PCR도 진행하였습니다. 그러나 PCR 한 샘플을 전기영동 했을 때 매우 많이 끌렸습니다. 새로 DNA를 추출하지 않고 PCR 하지 않은 DNA 샘플에 RNase(Hanlab RNase A Solution)  사용하는 방법이 있을까요?

안녕하세요. plasmid DNA 전기영동에 관하여 질문이 있어 이렇게 올립니다. 전기영동을 내리면 사진과 같이 DNA ladder가 w 모양이 나오고, plasmid는 뭉쳐서 끌려내려옵니다.. Buffer는 1X TAE buffer를 사용했고 Agarose gel은 1.0%로 만들었고, 전압은 120V로 맞추었는데 저렇게 끌립니다. well에 ladder는 dye, ladder, nfw 를 각각 1,1,8ul씩 분주한뒤 5ul만 넣었고 plasmid DNA는 dye, plasmid를 각각 1,5ul씩 분주한 뒤 6ul를 넣었습니다. 그동안 1X TAE buffer는 새로 만들어 갈아보고, 전압을 70, 80으로 낮춰보기도 했고, gel이 제대로 굳은게 아닐까 싶어 30분, 40분, 50분 간 각각 굳힌 후 실험을 진행하였습니다. 그런데 모양이 불규칙하게 나오는 이유를 모르겠습니다. 동일한 기기로 다른 사람이 실험하니 3번째 사진처럼 나오는 걸로 보아선 기기의 문제(불규칙한 전압)는 아닐 것이라고 생각하는데, 아직까지는 아마 gel을 만들거나 1X TAE buffer를 만드는 과정에서 생기는 문제+ plasmid DNA분주에서 어떤 문제가 있지않나 싶습니다. 혹시 어떤 점이 문제인지 싶어 이렇게 도움을 구합니다.  

염화물 적정법으로 K2CrO4를 지시약으로 넣고 AgNo3를 적정액으로 하여서 NaCl을 측정했는데요 아래와 같이 뭉침 현상이 일어나 정확한 측정이 어려웠습니다. 이 불순물만 분리하여 현미경으로 x200배율 해서 확인하니 2번째 사진과 같은 모습이었는데요.. 이게 무엇일까요? 저희 실험실이 어류에서 DNA 추출하는 일을 하고있어서 혹시 어류에서 흔히 볼 수 있는 점액질(mucin)성분이 아닐까 의심하고는 있습니다. 여러 추측 부탁드립니다ㅠㅠ 저희끼리 머리를 부딪히니 많이 안떠올라서요..

안녕하세요, 저희 실험실에선 어류 정소에서 DNA를 추출하는 실험을 하고 있는데요. 같은 정소를 사용하여도 어떤 때는 실타래 형태의 DNA가 나오는 반면 어떤 때엔 파우더 형태의 DNA가 나옵니다. 그 차이가 어떤 점에서 기인한 것 일까요?  제 개인적인 견해로는 정원세포, 정모세포 등 세포의 발달 수준에 따른 결과가 아닐까 고민을 하고있는데 어떻게 생각하시는 지 좋은 의견 부탁드립니다.

안녕하세요 박사없는 연구실 석사생입니다. 환경 DNA를 추출하고 있는데 생각보다 Biomass가 적은지 detection이 잘 되지 않습니다. Nanodrop으로 확인하면, 5~12ng/µl 정도 나오는데 A230 peak가 너무 높게 나오고 A260/A230 농도가 굉장히 좋지 않습니다. 그리고 Gel electrophoresis를 하면 band가 확인되지않습니다.... 미치고 팔짝 뛸 노릇인데 좋은 해답을 가지신 분이나 tip이 있으신분이 계신가요? 실험은 Q사와 M사 kit를 사용하며, elution 양은 50µl로 내립니다. Q1. A230 peak down method Q2. Gel electrophoresis no band issue 훌륭하신 연구자 분들의 답변 기다리겠습니다. Ps.gel electrophoresis에 control이랑 ladder는 잘 확인됩니다.

구강세포DNA추출[5인용] (sciencezone.co.kr) 실험 순서입니다. 질문드릴게요..(참고로 중학생입니다.. 여기 사이트 진짜 좋더라구요)   1. 중간에 55도 에 놔두는 이유가 DNA파괴 효소?의 작용을 억제한다는데 맞는건가요? 자세하게 알려주세요..(제한효손가요..??)   2. 알코올을 넣는 이유에 대해서 알려주세요(제가 알기로는 DNA분자의 수화껍질을 제거하고 나트륨 이온과 DNA를 결합시키기 위해서라고 알고 있습니다. DNA를 떠오르게 한다? 가라앉게 한다? 이런 말들이 있는데 자세하게 알려주세요.ㅠ)   3. 염화나트륨이 히스톤 단백질과 DNA의 결합을 떨어뜨린다는데 맞는건가요? 맞으면 원리를 알려주세요ㅠ

  안녕하세요, 분자생물학에 대해 공부하고있는 대학원생1입니다.   평소에 Trizol을 이용하여 RNA를 뽑는데  새로운 실험을 위해   Trizol을 이용하여 gDNA를 추출하게 되었습니다.   DNA 추출하는 프로토콜을 구하여 DNA를 추출하는데   세포 해리 후 RNA층, DNA층, PROTEIN층으로 나뉘어졌을 때   RNA가 섞인 colorless upper aqueous를 분리한 뒤 남은 용액에   0.3ml 100% ethanol을 넣어준 뒤 섞고 2000xg, 5min, 4도 에서 centrifuge   돌렸더니 펠렛이 하나도 안보입니다. 그 뒤 과정에서 펠렛을 sodium citrate   에 suspending하라고 하는데 펠렛이 보이지 않아 진행이 안됩니다.   cell 양도 굉장히 충분히 사용하였는데 DNA 펠렛이 왜 안보일까요...    

Lentivirus vector에 특정 gene A를 삽입 후 ligation 및 transformation 후 ampicillin plate에 하루 키웠고, Colony가 조금 작지만, 자라있어서 걔네들을 3ml culture 후 miniprep했는데 DNA의 양은 90~100ng/ul (total 40ul) 수준인데 제대로 들어갔는지 확인을 위해 Enzyme cutting을 했는데 Vector의 band는 커녕 아무것도 보이지가 않습니다. 그럼 pseudo colony일수도 있는건데 얘네가 prep이 되나요? 배우기로는 prep할때 column에는 bacterial DNA가 남지않는다고 알고 있는데 그렇다기엔 괜찮은 퀄리티로 뽑히기엔 이상한데...  좀 도와주십쇼 ㅠ.ㅠ..후배가 잘못한줄알고 제손으로 해봤는데 이래가지고...  

Clover Ruby 형광 붙어있는 gene을 Lentivirus vector에 집어넣고 transformation까지 한 후에 colony가 자란걸 확인한 후에 miniprep을 해서 정량을 했는데 평소보다 prep되는 양이 100ng/ul 수준으로 밖에 나오지않았습니다. 근데 그래프가 이상한것도 아니었고 260/280 비율도 1.8~2.0수준으로 퀄리티가 나쁘지도않았습니다. 문제는 제대로 lentivirus에 들어갔는지 효소로 자르고 overnight 후 0.8% agarose gel로 로딩했습니다. 근데 젤을 확인해보니 아무런 밴드도 없네요. 막내시켜둔건데 본인은 gel red도 넣었고 자른때도 dna부터 먼저 넣고 엔자임섞어놨댜그하니까 그게 맞으면 prep된게 이상한건데 재정량해도 픽이라 정량이 되거든요? 왜이럴까요

고등학생입니다. 전기영동 실험을 하고 싶은데, 브로콜리에서 DNA추출을 해, 전기영동을 할 예정입니다. 1. 전기영동을 왜 한다고 해야할까요? 저는 DNA가 전하를 띄고 있음을 이해하기 위해서 전기영동을 한다고 보고서에 쓸 예정인데, 다른 이유가 더 있을까요.. (솔직히 전기영동 왜 하는지 모르겠습니다, 어떻게 쓰이는 지 잘 모르겠어요)   2. 아가로스 겔을 사용해야하나요 아크릴마이드 겔을 사용해야하나요? 또 그 이유가 있을까요?   3. 실험이 잘 안될 수도 있는데 PCR이 필수적인가요? PCR을 하지 않으면 잘 나타나지 않을까요?

안녕하십니까! 효소 활성 측정을 하고 있는데 보통 1 unit을 p nitophenol을 분당 1umol을 방출한 양으로 정의를 하는 것을 보았습니다! 꼭 umol로 나타내야할까요..? nmol을 사용하면 안될까요? 논문을 찾아보니 umol로 나타낸 경우도 있지만 nmol로 나타낸 경우도 있더라구요 제가 umol로 나타내려고하니 추세선 값이 엄청 가파라지면서? 효소 활성이 너무 낮게 나오는 걸로 계산이 되어 고민되어 질문합니다!

안녕하세요 지금 석사 재학중인 대학원생입니다 다름이 아니라 이번에 DNA library에 대해 공부 중이며 실험 준비중입니다 cosmid 또는 fosmid 96 well prep kit을 알아보고 있는데  그냥 plasmid prep kit로 해도되는지, purification kit가 같은 의미인지 헷갈립니다 또 교수님이 large size prep kit로 알아봐야한다고 하시는데 cosmid도 같이 prep할 수 있는 plasmid kit로 알아봐야할까요? 검색해봐도 잘 안나오고 처음 해보는거라 잘 이해가 안되서 여기에 문의 드립니다   답변 해주시면 정말 감사드립니다.

예전에 소분해둔 DNA standard의 값이 엄청 낮게 나옵니다. 선배는 pipeting문제라고 하시는데 standard curve는 잘 나오거든요... 소분해둔 양이 5㎕밖에 안되는데 여기서 문제가 생기는 걸까요?

선생님들 안녕하세요. 궁금한게 생겨서 질문드립니다. 최근 mini prep을 진행했는데, 우선 5ml 배양액을 spin down하였습니다. 이후에 일이 생겨 1시간 정도 4'C 냉장고에 넣어 두었습니다. 실험을 다시 진행하였고, sol3 처리후 pellet모양이 독특하게 생겨서 의문이 들었습니다. 원래는 벽에도 많이 붙는데, 깔끔하게 밑으로 내려 앉아 있습니다. 평소와 조금 다른 모양이라서 plasmid에 문제가 생긴건가 걱정이 됩니다. 물론 원리 상 bfr를 넣거나 한게 아니라 문제가되지 않겠지만 혹시 이런 경험 있으신가요?  

세균 genomic dna 추출 과정에서 페놀-클로로폼 용액으로 dna/rna 만 분리해내는 과정에서 프로토콜을 보면 13000rpm으로 15분간 돌리라고 하는데 이를 최대 2800rpm(500g) 원심분리기를 이용해도 상층액, 하층액 분리가 일어날까요..??

13000rpm으로 10분정도 돌려야 하는 점을 3000rpm의 원심분리기로 구현할 수 있을까요? 가능하다면 어느정도의 시간이 대략 필요할까요..?