DNA 추출할 때 항온수조에서 가열하는것과 heating block에서 가열할 때 다른점이있을까요? 항온수조 대신 heating block을 써야하는데 결과에 지장이 없을까요?? 고수님들 도와주세요

식물 DNA 추출실험에서 키트를 사용했는데 내용물이  1) PL Buffer -식물의 세포막이나 벽제거 2) PC Buffer 3) WA1 Buffer 4) EA Buffer 2,3,4가 실험에서 어떤 역할을 하는지 구글링해도 나오지 않네요 대충 실험 내용은  식물을 분쇄하고 단백질 분해효소, RNase A넣고 위의 buffer 를넣고 원심분리기 해서 DNA가 추출될 조건 만들어준다음에 바인딩 컬럼 튜브에 DNA를 모은다음에 EA버퍼로 DNA를 뽑아내서 전기영동합니다.   2,3,4 buffer 역할(?) 넣는이유를 알려주세요  

1번이 DNA 마커이구요, 2번이 정상결과이고, 3번이 제 결과입니다. 멸균초순수, 플라스미드 DNA, 10X EcoR1 buffer, EcoR1을 넣었습니다. 플라스미드가 아예 절단이 되지 않은것같은데 어떤 이유때문에 이런 결과가 나왔는지 궁금합니다  

안녕하세요 다름이아니라 학교에서 플라스미드 DNA에 제한효소를 처리한것을 전기영동하였는데, 밴드가 3개 관측될뿐더러 용액이 이동하지도 않아서 뭐가 잘못된건지 궁금해서 질문드립니다.

원하는 유전자를 삽입하기 위해서 클로닝을 할때 promoter가 있는 vector를 이용해야되는 거죠?? Dna copy number에 대한 실험을 처음해봐서 잘 모릅니다..

저희 랩이 쥐꼬리로 genotyping도 많이하고 그래서 etbr을 굉장히 많이사용 하고 있었습니다. 근데 몸에 안좋다고 교수님이 greenstar라고  etbr 대체시약을 사주셔서 회사 프로토콜맞춰서 했는데 밴드가 구분이 안되네요.....ㅠ DNA농도도 진하다고 그래서 20ng/ul이하로 다 맞춘건데도 다 끌려요 etbr사용했을때는 잘 나왔는데..  혹시 greenstar사용하시는 분들 조언 부탁드립니다 ㅠㅅㅠ

안녕하세요. DNA PAGE를 하던 도중 실험이 막혀서 질문을 올립니다. 현재 Linear DNA를 Ligation시켜 Circular DNA로 만든 후 DNA PAGE를 통해 band차이를 확인하려고 합니다. Gel condition은 8%로 만들었고, loading buffer는 0.5X TBE buffer로 진행했습니다. 총 2번 진행했는데, 첫 번째에서는 시료를 10ul를 loading 시켰고 이후 농도가 짙어 band가 끌린건가 싶어 시료 1ul + nfw 9ul , 시료 5ul + nfw 5ul 로 희석 시켜 loading 시켰습니다.(사진을 이상하게 찍어 죄송합니다) 그런데 희석시켜 넣은 PAGE에서도 band가 끌려 혹시 농도문제가 아닌 다른 원인이 있나싶어서 이렇게 질문을 올립니다.

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비교적 정확하게 핵산의 농도를 측정하는 방법에는 흡광도를 이용하는 방법과 형광 시료를 이용하는 방법이 있다고 알고 있습니다.   이러한 방법들로 핵산의 농도를 측정할 때, 같은 핵산 서열이 길게 있는 샘플과 짧게 잘려진 샘플간의 농도 차이가 있는지와 만약 그렇다면 유의적인 수준인지가 궁금합니다. 쉽게 예를 들어 3'-AAAAAAA....AAAAAAA-5' 5'-TTTTTTTT.....TTTTTTTTT-3' 의 1kb dsDNA 샘플의 농도를 재고 이 dsDNA 샘플을 covaris로 컷팅한 뒤에 다시 농도를 측정하면 변화가 있는지가 궁금합니다.   개인적인 생각으로 흡광 측정법은 차이가 눈에 띌 것 같고, 형광 측정법은 비교적 덜할 것 같은데, 객관적인 자료나 선배님들의 지식을 공유받고 싶어 질문을 올립니다.   감사합니다.    

안녕하십니까, 궁금한게 있어서 질문드립니다. 제가 알기로는 unit의 계산의 경우 샘플의 흡광도 값을 스탠다드에 대입후 반응시간으로 나눠주는 것이고 specific activity의 경우 이 unit을 단백질 농도로 나눠주는 것을 알고 있습니다. unit=umol/min, specific=unit/mg 그런데 찾아보니까 unit계산시 반응시간 뿐만이 아니라 샘플의 양도 나눠줘야 한다는 말이 있어서요... 그러면 unit=umol/min/mL가 되는 것인가요? 답변 꼭 부탁드리겠습니다.  감사합니다

플라스미드 DNA 추출 및 정제 후 흡광도를 측정했는데요 230nm: -0.004A 260nm: 0.037A 280nm: 0.019A 260/230: 999.990 260/280: 1.943 dsDNA: 1.865ng/microL 가 나왔습니다 260/280 값이 1.9정도가 나온건 순도가 높게 측정된 것인데 왜 260/230은 999.990이 나온건가요? 아무리 찾아봐도 230nm가 마이너스로 나온 것은 본 적이 없어서 질문 드립니다. 혹시 제가 뭘 잘못한 것일까요? 핵산 오염도 없고 protein 오염도 없는데 왜 저런 값이 나온 것인지 궁금합니다. 이 플라스미드 DNA로 전기영동 실험도 해야하는데 이 실험에 큰 영향 있을까요? 아시는 분 답변 부탁드립니다. 

DNA purification 원리를 아무리 찾아도 잘 모르겠어요ㅠㅠ 혹시 자세하게 알고 계신 분 있을까요..? 너무 기초적인 것이라고 생각되셨으면 죄송합니다ㅠㅠ

Kit를 사용해서 DNA 추출을 한 후 나노드랍 측정결과 1.8~1.9가 측정되어서 DNA가 추출되었다 생각해서 DNA 겔 전기영동을 해보았는데 아래 결과를 보았을 때 DNA가 추출되었다고 할 수 있을까요? 다른 겔 전기영동 결과를 보면 명확한 band가 뜨는데 제 결과는 그렇지 않은 것 같아서요... 특정 시료에서 타겟팅하는 종의 DNA를 찾는 것이 아닌 DNA자체가 추출된 것인가를 확인하고 싶어서 입니다! 만약 추출이 되었다면 어떤 것을 보고 추출이 되었다고 판단하신것인지도 알려주시면 감사할 것 같습니다! 왼쪽과 오른쪽 각각은 100bp와 1kb DNA 마커입니다

석사과정하고 있는 학생입니다. L. plantarum을 DNA prep하면서 문제가 생겨 질문 올립니다. 우선 L. brevis는 깨끗하게 나오는 반면 L.plantarum은 제대로 뽑히지 않고 계속 끌려서 나옵니다. 저가 생각하기엔 isoprophanol 처리 후 white pellet이 아래에 쌓이는데 잔여 단백질 때문인 것 같습니다. 아래와 같은 프로토콜을 사용하고 있습니다. 보완 사항이나 저가 생각하지 못한 원인이 있는지 알려주세요... 1: Maker 2: L.bevis CCC 3: L.brevis 제한효소 4: L.plantarum CCC 5: L.plantarum 제한효소 6: L.plantarum CCC (형질전환체) 7: L.plantarum 제한효소(형질전환체) sol 1 10mM EDTA 25mM Tris-HCl pH 8.0 50mM glucose Lysozme 30mg/ml RNase 10ug/ml sol 2 1.5% SDS 0.3% NaOH sol 3 3M sodium acetate pH 5.2 Protocol 1. culture broth 18ml centrifuge 2. sol 1 200ul pipetting or vortexing 3. 37도씨, 1h incubation 4. sol 2 200ul inverting -> RT 7min 5. ice cold sol 3 300ul inverting 6. centrifuge 7. 700ul new e-tube, isoprophanol 490ul inverting 8. centrifuge 9. 70% ethanol 1ml inverting washing 10. centrifuge 11. Dry oven 50도, 5min 12. Water (RNase 0.1mg/ml) 5ul dilution

Ligation에 사용할 vector와 insert를 1ug씩 sequential digest로 자른 후 마지막에 gel extraction 했는데 나노드랍 정량값이 너무 안 좋네요. A260 concentration 4.0 ng/ul Background (A260) 0.00 A260 0.08 A260/A280 6.11 A260/A230 0.01 이렇게 나오는데 이대로 ligation에 쓰진 못하겠죠..? Vector 값이 이렇고 insert도 A260/A280이 2가 넘는데 ethanol precipitation 같은 방법으로 purify할 수 있을까요?

DNA 분리할 때 protinase-k를 넣고 70도  water bath에 넣고 10분 기다리는 heat shock을 하는 이유가 무엇인가요? elution buffer도 70도 water bath에 넣어놓았다가 사용하는데 이유가 무엇인가요?