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 카테고리: 전체 > Molecular Biology-DNA > Purification/Isolation
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질문/투표/프로토콜 등록
Q. DNA추출 시 나온 PCI 폐기 처리를 어떻게 해야할까요..?
안녕하세요! 새로운 실험실에서 DNA 추출을 위한 실험실 세팅중인데 본인은 키트를 이용한 실험밖에 해보지를 못하였습니다. 처음으로 PCI (Phenol-Chloroform-Isoamyl alcohol)를 이용한 실험을 수행하여야 하는데, 문제는 실험 진행에 있어 추출물을 PCI와 반응하고 남은 잔여물들이 소량이지만 모아서 버릴 때 어떻게 해야하나.. 싶어서요 ㅠㅠ  아무래도 페놀과 클로로롬이 함유된 물질이니.. 폐액처리를 해야하나 싶은데 어떻게 해야하나 고민에 놓여 질문을 드리게 되었습니다. MSDS 상에는 국가별로 차이가 있습니다..라고만 기입되어 있네요..ㅠㅠ 부디 아시는 분 답변 부탁드리겠습니다..
회원작성글 ㄱㅋㅍ  |  2021.06.09
Q. gDNA extraction 관련하여
사람의 구강상피세포가 묻혀져 있는 면봉을 이용해서 gDNA extraction 하는 방법을 알고 싶습니다. lysis buffer에 면봉을 넣고 오버나잇 시키고 평소 하던데로 column 사용해서 extraction 하고 있는데도 dna가 추출되지 않습니다ㅜ 이럴때는 어떻게 전처리를 하고 추출해야 할지 조언부탁드립니다ㅜㅜ
회원작성글 SY,Joen  |  2021.06.04
Q. plasmid prep시 3개 이상 band 첨부파일
안녕하세요 이제 막 실험실에서 공부하고 있는 학부생입니다 클로닝에 사용할 플라스미드 DNA를 prep 후 젤에 걸어 확인해보았는데요 밴드가 3개 이상 관찰될 수 있나요?? 밴드가 2개일 때 더 빨리 내려온 아래쪽 밴드가 supercoiled form이고 위쪽이 opencircular form인 것은 이해했는데 3개 이상 관찰된 경우는 처음봐서 질문드립니다 실험실 선배도 이유를 모른다고하고 브릭에 검색해봤을 때도 저와 같은 양상은 보이지 않는 것 같아서 부득이하게 이곳에 질문하게 되었습니다 사진 첨부하겠습니다 도움 주시면 감사하겠습니다
회원작성글 tami  |  2021.06.03
Q. RNase A 영향
안녕하세요, CTAB Method 기반으로 DNA 추출 중인 석사생입니다. DNA 추출이 끝난 후, RNase A를 넣고 37도에서 한시간 두는 단계에서 실수를 하여 질문드립니다... protocol에 10ul(10mg/ml)를 첨가하라 명시돼 있는데 실수로 20ul를 첨가하였습니다..RNase A의 양이 DNA에 많은 영향을 줄까요..? 읽어주셔서 감사합니다. 좋은 하루 보내세요..!  
회원작성글 석석석사  |  2021.06.02
Q. 고체 배지에 배양된 E.coli를 이용한 Miniprep
안녕하세요! Miniprep kit를 이용해서 E.coli (anti-Amicillin)의 플라스미드 DNA를 추출하는 실험을 진행하려고 합니다. 현재 E.coli가 일반 고체 배지 (PCA plate)에 배양되어 있는데, miniprep 실험을 하기 전 이 콜로니를 액체 배지로 옮겨 주어야 하나요? 옮기는 방법 + 옮기고 나서 몇 도에서 얼마나 배양해야 하는지도 궁금합니다. 또, E.coli 10ml를 1주 전(배송 기간까지 합하면 약 8~9일)에 외부에서 구입했는데, 구입한 그 용액 자체를 이용해서 miniprep을 진행해도 되는지 궁금합니다. 요약하자면 1) Miniprep을 할 떄 고체 배지에 생긴 E.coli colony를 바로 떼어서 실험하는 방법이 있나요? 2) 만약 colony를 따로 떼어서 액체 배지에 배양해야만 miniprep을 진행할 수 있다면, 몇 도에서 얼마나 배양해야 하는지 + 어떻게 colony를 액체 배지에 넣어야 하는지 알고 싶습니다 3) E.coli 10ml가 배송된 그 상태로 바로 miniprep을 진행해도 괜찮나요?
회원작성글 ilikeashle..  |  2021.05.20
Q. 안녕하세요. 전기영동 질문입니다.
안녕하세요. 석사과정의 학생입니다. vector을 enzyme cut 후 전기영동을 내리는데 문제점이 몇가지 있어 질문드립니다. 1. 이론적으로는 7032bp와 1700bp에 존재해야 하지만 둘 다 그보다 크게 측정이 되는 것 같습니다.  2. 시작시 500ng의 DNA를 loading하였는데 loading 된 양이 상당히 적은 것으로 보입니다.   실험과정에서 어떤 문제가 있을 때 이러한 문제가 발생할 수 있을까요?  답변 주시면 감사하겠습니다.   1차실험 2차실험(vector cut부터 다시 진행하였음)  
회원작성글 Wnr3L9  |  2021.05.18
Q. DNA 순도 측정
안녕하세요, DNA purity 측정 중 궁금증이 생겨 질문 드립니다. 1. DNA extraction 후 Nano drop형 spectrophotometer을 사용하여 순도를 측정할 때, Nano drop형 spectrophotometer에 Blank(?)를 먼저 측정하는 이유가 무엇인지 궁금합니다.  2. PCR을 위한 DNA는 50ng/ul로 정량되어야 한다는데 302.185ng/ul이 나왔어요. 괜찮은 건가요?
회원작성글 초보학부연구생  |  2021.05.17
Q. 강시님 죄송한데 혹시 답변해주실 수 있으신가요? (mini prep 관련 질문입니다.)
어제 mini prep 관련 질문에 답변해주셔서 감사드립니다 강시님.    15 ml LB(w Amp)에 E.coli를 접종하고 mini prep을 진행할 경우   Sol2와 Sol3의 양을 증가시키라고 말씀해주셨는데    그것과 관련해서 질문이 있어서 글을 쓰게 되었습니다.    mini prep kit는 qiagen kit를 사용하고 있습니다.    kit protocol에서는 P1 buffer 250ul, P2 buffer 250ul, N3 buffer 350ul인데   15ml LB에 접종한 cell을 mini prep 할 때는    P2 buffer를 500ul를 넣고 N3 buffer를 700ul 정도 넣어볼까요?  (아마 다 넣으면 e-tube에 가득차거나 조금 넘칠 수도 있을 것 같습니다.     아니면 P1, P2는 그대로 하고 N3만 700ul 넣어볼까요?    감사합니다 강시님 
회원작성글 레비나스  |  2021.05.16
Q. 안녕하세요. mini prep 후 Plasmid DNA purity 관련해서 질문 있습니다.
안녕하세요.    어제에 이어서 오늘 mini prep을 한번 더 해봤는데    농도가 잘 나온 것은 1000ng/ul가 나왔고 잘 안나온 건 160ng/ul 정도가   나왔습니다.    그런데 260/280을 봤을 때 대부분 1.92 정도 나왔는데 이정도면    transfection용으로 사용해도 괜찮을까요?    보통 1.8에 가까우면 purity가 좋은 것으로 알고 있습니다.    그리고 mini prep할 때 Sol3를 넣은 후에 vortexing을 해도 괜찮을까요?    감사합니다. 
회원작성글 레비나스  |  2021.05.16
Q. 안녕하세요. Plasmid mini-prep 관련해서 질문 있습니다. 첨부파일
안녕하세요.    plasmid mini prep 관련해서 여쭤볼 것이 있어서   글을 쓰게 되었습니다.    한달 전에 mini prep을 했을 때는 수율이 300ng/ul는 넘게 나왔었는데   지금 다시해보니 잘 나온 건 260ng/ul 정도고 제일 낮은 건 70ng/ul 밖에   안나왔습니다.    50ml conical tube에 10ml LB broth(w AMP)를 넣고 E.coli stock을   inoculation한 뒤에 overnight culture를 하고 다음 날에 mini prep을 진행   하였는데 수율이 낮더라고요. (한달 전에는 그래도 300ng/ul 정도 나왔었습니다.)   stock에 문제가 생긴 것일까요?    그리고 sol 3를 넣고 centrifuge 후에 pellet을 확인하면 밑에 있는 사진처럼 확인이 되는데, 상층액을 파이펫으로 딸 수가 없더라고요. 저런 경우에는 어떻게 해야하는지 여쭙고 싶습니다.  mini prep은 그냥 kit대로 진행하는데 왜 수율이 이렇게 차이가 나는지 모르겠네요...    감사합니다.   
회원작성글 레비나스  |  2021.05.15
Q. DNA purification의 종류
DNA puricification의 종류가 어떠한 것들이 있는지 알 수 있을까요?? gel extraction은 알지만, 이 방법 이외에 여러가지들을 알고싶습니다.. 제 서치능력이 딸려서 그런지 찾기가 힘드네요... 
회원작성글 생명과학살려줘  |  2021.05.12
Q. Boiling Prep vs Mini-prep
안녕하세요 현재 cloning 전반적으로 배우는 학생입니다. 다름아니라 Transformation이후에 colony를 따서 3ml LB에 배양후에 일부분을 따서 Boiling prep으로 Supercoiled DNA 확인과 Enzyme Cut으로 우리가 cloning한게 맞는지 확인한뒤 colony를 선정하고  나머지로 Miniprep하여 다시 Supercoiled DNA 확인과 Enzyme Cut을 진행후 sequencing으로 확인하였습니다. 실험결과로는 둘다 supercoil이나 cut이 잘 진행되었는데요 Boiling Prep이랑 Mini Prep이 Prep의 원리 차이가 있는것은 이해가 되는데 왜 Boiling prep이 Miniprep보다 quality가 떨어진다고 이야기하는지 잘 몰라 질문올립니다. Lysis의 방법이 다른것 이외에는 마지막 precipitation도 진행하여 DNA의 사용은 어느 방법이든 잘될듯하다고 생각되는데 어떤가요?
회원작성글 영빙구  |  2021.05.11
Q. DNA purification 시 하얀 particle이 생깁니다.ㅠㅠ
cancer에서 chip을 연습하고 있는 학생입니다. DNA IP 마지막 단계에서 kit을 이용한 DNA purification을 진행합니다. Kit의 첫번째 buffer인 PB buffer는 sample의 5배를 넣어줍니다. 그런데 어쩔때는 PB를 넣으면 하얀 particle들이 생기고 어쩔때는 또 생기지 않습니다.  하얀 particle들이 생기는 이유 혹시 아신다면 알려주세요.ㅠㅠ  
회원작성글 제트스트림  |  2021.05.07
Q. 동결된 조직으로 DNA추출하는 법 궁금합니다.
안녕하세요. 연구원된지 얼마안된 직장인입니다.   조직은 -70℃ 냉동실에 얼려져있는 상태이고 조직은 새끼손톱만한 크기입니다.   FFPE 분리키트는 있는데 저희는 포르말린과 파라핀으로 고정하지 않고 검체 채취 후 바로 동결한 상태입니다.   혹시 따로 DNA 추출 키트를 사야할지 고민입니다  (퀴아젠 회사의 Zentra pure gene 생각하고 있습니다.) DNA 추출키트를 사더라도  조직을 분쇄해서 넣어야한다면   막자사발로 분쇄하는 방법은 오염의 소지가 커서 Homogenizer 를 사용할까 생각했지만 장비구입이 어려운 상황이라서요.   선배님들의 생각이 궁금합니다. 일회용으로 조직을 분쇄하는 또다른 방법이 있는지도 궁금합니다. 아시는 분은 답변 부탁드립니다.
회원작성글 쩡라이  |  2021.05.03
Q. Plasmid miniprep 결과 전기영동 사진인데 크기 차이가 나지 않는 이유가 궁금합니다
  안녕하세요 너무너무 무식한 실험 초보입니다...ㅠㅠ 왼쪽은 오른쪽과 똑같은 벡터에 500bp를 insert한 것입니다. 당연히 똑같은 벡터중에 500pb를 삽입한 것이 더 무거우므로 밴드 위치가 차이 날 것으로 예상했는데, 전기영동 결과 밴드 두께의 차이만 있을뿐 같은 위치에 나타난 이유가 무엇인지 궁금합니다. 그리고 저렇게 하얗게 빛나는건 DNA농도가 더 높은 것을 의미하는지요...?   
회원작성글 곰돌푸  |  2021.05.02
Q. TG mouse tail digestion buffer (Genotyping/RT-PCR)
TG mouse의 genotyping을 기존에 tail에서 DNA를 추출하여 RT-PCR을 통해 진행하고 있었습니다. (agarose gel X)   근데 어느순간 DNA purity가 굉장히 낮더군요..   그리고 줄줄이 RT-PCR이 망했습니다.    Melt peak 값이 이상하구요,   curve도 이상합니다.   혹시 digestion buffer가 오래되어 그런가 싶어서 다시 만들어서 사용했는데, 똑같습니다.   마우스는 5개월령 정도입니다.   이게 영향이 클까요?   아.. 진짜 빨리 해야하는데,    고수님들 이럴때 뭘  바꿔야할까요?
회원작성글 성공하는실험비법좀  |  2021.04.27
Q. gDNA 추출 시 potassium acetate를 사용할 경우 일부 샘플에서 gDNA 추출이 안 됩니다.
안녕하세요. 식물의 잎에서 gDNA를 추출하는 실험을 많이 합니다. gDNA 추출시 potassium acetate를 사용하는데요, 일부 식물의 종 내에서 어떤 계통은 gDNA가 뽑히고 어떤 계통은 뽑히질 않습니다. 원인을 구체적으로 알고 싶은데 혹시 원인을 아시거나 또는 참고 할 만한 자료가 있을까요? 감사합니다.
회원작성글 필명숨김  |  2021.04.26
Q. DNA Extraction 에서 TE 추가 후 다시 protease 처리를 하고싶습니다
 [cell lysis -> penol -> EtOH] 처리 방식으로 DNA Extraction했지만 TE buffer에 녹여보니 점성이 너무 많은게 아무래도 protein 처리가 덜된거같아서요 EtOH 침전 후 DNA를 TE buffer에 녹여 다시 protease K 를 넣고 반응시킨 후 EtOH 침전을 다시 시행해도 DNA 에 문제가 없을까요?
회원작성글 시드컬쳐  |  2021.04.22
Q. 쥐 간을 이용한 DNA 분리 실험 관련 첨부파일
이 실험에서 표시한 부분인 마지막 원심 분리 후 3개의 층에 각각 어떤 물질이 있는지 궁금합니다. 한 층이 불순물인건 아는데...여튼 상층,중층,하층에는 각각 어떤 물질이 존재하나요?
회원작성글 Kimmmm  |  2021.04.18
Q. Miniprep시 supercoil form보다 밑에 나오는 밴드
실험실에 있던 plasmid dna를 사용하기 위해 alkaline lysis method로 miniprep하여 DNA를 확인하는 실험을 하고 있습니다 해당 dna를 prep한 뒤에 digestion 1cut, 2cut 해보면 예상 사이즈 대로 문제없이 잘 나오는데 지금 문제가 되는 것은 uncut상에서 나타나는 밴드 입니다 Miniprep후 uncut dna를 달렸을 때 보이는 밴드는 nicked, linear form, supercoil이라는 것을 알고 있는데 저는 supercoil form 밑에 밴드가 하나 더 나타납니다 검색해보니 circular, single strand form이고 lysis할 때 harsh하면 나타날 수 있다고 하는데.. 그래서 아주 gently 진행하고 있구요. 그리고 선배가 저 대신 동일 stock에서 프렙했을 땐 이런 밴드가 뜨지 않고 제가 모든 스텝을 그 선배와 동일하게 진행했을 때는 뜨고, 어떤게 문제일지 많은 것을 고려해보고 있는데 여러가지를 바꿔보아도 문제를 알 수가 없습니다.. 이 문제에 대해서 아시는 분 답변 주시면 감사하겠습니다
회원작성글 덩지  |  2021.04.17
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