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Q. 직선성 실험
안녕하십니까 직선성 실험에 대해서 여쭤보고 싶은것이 있습니다 직선성이 나왔다고 판단하는 기준은 무엇인지 궁금합니다. 기울기가 1이 나왔거나 이런걸로 판단하는건가요???
회원작성글 뉴진스  |  01.27
Q. 실험실 멸균하는 이유
안녕하세요, 새내기 대학원생입니다.   다름이 아니라 실험실에서 tube, tip 등을 멸균하는 이유에 대해서 질문하고 싶습니다. 미생물을 하는 실험실은 아니고 단백질 실험을 하는 곳인데, 실험실에서 쓰는 tube을 멸균해서 사용해야 하나요?  실험실에서 쓰는 tube(멸균 안된제품)에 세균이나 균같은게 있을 수 있는지 , 있다면 멸균하는게 맞지만 있을 수 있는건지 궁금합니다. 그리고 PCR clean tube 은 멸균을 하지 않아도 되는지 궁금합니다. 감사합니다.
회원작성글 하이후아리  |  01.27
Q. ATP bioassay 과정에서의 stability에 관해 질문있습니다!!
cell을이용한 atp bio assay를 계획중입니다! cell이 죽게 되면 atp가 세포질로 나와 급격하게 분해가 이루어진다고 알고 있습니다.   cell viability 측정을 위해 cell lysis buffer를 통해 세포 내 atp를 추출하여 atp를 측정하고 하는데 이 때 추출된 atp도 급격한 분해가 이루어져서 측정에 영향을 미치는지 궁금합니다.
회원작성글 aqwasd  |  01.27
Q. 동물용 안압계 대여
안녕하세요. 석사과정 밟고 있는 대학원생입니다..   저희 실험실에서 녹내장 관련 연구를 진행하고 있는데 예산이 제한되어 있어 안압계를 구입할 수 없는 상황입니다.. 안압 측정을 통해 모델링이 되었는지 확인 해야하는데 측정을 하지 못하고 있습니다.   혹시 tonolab 같은 마우스용 안압계 가지고 있으신 분이 계시다면 하루만 대여하고 싶습니다.. 지금 모델링 해놓은 마우스의 안압만 한 번 측정하고 싶습니다..!   긴 글 읽어주셔서 감사합니다.
회원작성글 오예12345  |  01.27
Q. cell split 시 자주 media change 해주는 것이 좋은가요?
cell split 시 overnight이나 6시간 정도 incubator에 놓은 뒤 떠있는 불순물을 제거하려고 media change를 해주고, 다음 계대나 실험 전까지 incubator에서 배양하는 것으로 알고 있습니다.  목요일에 cell split 하였고, overnight 후 금요일 아침에 media change를 해주었는데, 토요일이나 일요일에 다시 media change를 해주는 것이 좋나요? 다음주에 당장 cell을 쓰지는 않고, 당분간은 계속 계대할 것 같습니다. 미천한 학부생에게 가르침을 주십시오
회원작성글 앞구르기  |  01.27
Q. NCBI에서 reference file 생성하기 첨부파일
NCBI를 이용하여 reference file을 생성하고 싶습니다. 해당 그림처럼 원하는 gene의 "intron & exon부위가 모두" cover 되도록 만드는 방법이 있을까요??
회원작성글 계란2  |  01.27
Q. RAT의 심근경색 모델링 방법 레퍼런스.
심근경색 모델을 만들어야하는데 레퍼런스나 방법을 아시는 분 있으시면 공유좀 부탁드립니다. 감사합니다. 
회원작성글 a1202601  |  01.27
Q. cell counting 하는법
세포 형광 염색 없이 cell counting 하는 경우는 없나요? 찾아보니까 imagej로 쉽게 counting 하는법은 많이 나오는데 형광 염색된 cell만 있고 실험 전 cell density를 맞출때 세포 수를 확인하는 방법이 따로 있는건가요?
회원작성글 멍게  |  01.27
Q. 최종농도 계산
100mg/ml 짜리 시약을 1mL 당 10ul로 처리 하였으면 최종 농도 몇으로 처리된건가요 ??..
회원작성글 석사감옥  |  01.26
Q. HPLC standard 제조 관련 질문드립니다.
HPLC-RI 사용 중인 학생입니다. 혼자 실험을 해야하는 상황인데 아직 미숙하여 모르는 부분이 많아 질문드립니다. 고체 분말로 된 스탠다드 물질(MW 488.44 g/mol, >=95%)을 이용하여 Calibration curve를 작성하려고 합니다. (50, 100, 250, 500, 1000, 2000 ppm) 액체 스탠다드는 ppm 계산해서 바로 희석해서 쓰면 됐는데 고체 스탠다드는 어떻게 해야하는지 감이 잘 오지 않습니다. 스탠다드 몇 g에 hplc water 몇 mL를 희석해야 하는지 한 가지 농도를 예를 들어 알려주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 nounou  |  01.26
Q. RNA
 Melan a cell 조직에서 Trizol을 사용하여 RNA를 추출하였습니다. 조직 lysis 후 , Trizol에 chloroform을 넣어 vortexing하여 섞은 후, 몇 분 방치 한후 13000rpm 에서 10분간 centrifuge하였습니다. 4도씨에 1-3 시간 보관하고 (70% 에탄올로 washing 13000rpm 에서 10분간 centrifuge 3 번 하였습니다). 5분 건조하고 0.1% DEPC 20 μl 넣었습니다  RNA를 측정하였을때 A260/A280은 1.9정도 나오는데,  A260/A230은 2.3정도 나옵니다 ㅠㅠ.  cDNA 합성해도 될까요? A260/A280 과 A260/A230 값이 얼마정도 좋아요?  어떻게 해야 해결될지 고수님들 의견 부탁드립니다 ㅠㅠ
회원작성글 karan  |  01.26
Q. 첫 cell culture 첨부파일
안녕하세요 cell culture 처음 해보는 학부생입니다.  HEK 293 cell을 처음 연습용으로 키우고 있습니다. passage 14때 media 색깔이 노란색으로 변해서 media 교체만 해줬고 다음날 확인해보니 육안으로 둥둥 떠다니는게 보였습니다. 현미경으로 보니 저건데, 단순히 contamination된건지, 아니면 다른 뭔가 있는 건지, 저게 뭔지 알고 싶습니다... 감사합니다. 
회원작성글 빵싷  |  01.26
Q. Sodium acetate buffer 제조
효소 실험에 사용 할 acetate buffer 제조법을 찾아봤는데, 사람들마다 만드는 방식이 달라 질문합니다. 1. 1M의 sodium acetate buffer를 1L 만든다고 가정하면  1M에 맞는 sodium acetate를 800ml 정도에 녹이고  acetic acid를 이용하여 원하는 pH를 맞춘 후 나머지 볼륨을 DW로 채워 만드는 방식   2. 똑같이 1M의 sodium acetate buffer를 만들 때  sodium acetate의 몰농도와 acetic acid의 몰농도의 합이 1M이 되도록 하는 방식 이렇게 나뉘어 지는데, 둘 중 어느 방식이 옳은 것인지 궁금합니다.   개인적인 생각으론 1번 방식을 사용한다면 염기성 물질을 넣었을 때 완충 작용해줄 약산인 acetic acid의 양이 산에 대한 완충작용을 해줄 sodium acetate의 양에 비해 상대적으로 부족하지 않을까 생각하는데  이에 대한 답변도 달아주신다면 정말 감사드립니다!  
회원작성글 어허허허허헝  |  01.26
Q. 골수 그람염색시험시 배양배지
안녕하세요   골수 (bone marrow) 그람염색을 진행하는데, 프로토콜에 고체 배지에서 배양한 콜로니를 사용한다고 되어있습니다. 어떤 배지를 사용해서 몇일 정도 배양이 필요한가요?   콜로니따서 바로 슬라이드 글라스에 바르고 염색시약과정 진행하면 되는건가요?   답변부탁드립니다...!  
회원작성글 척척척척  |  01.26
Q. RM-1 cancer cell line을 구하고 싶습니다.
안녕하세요! 전립선암을 target으로 치료제를 개발하려고 하는데 마우스 암세포 cell line RM-1을 가지고 계시면 혹시 분양해주실 연구실이 계실까요??
회원작성글 이뮨프로페셔널  |  01.26
Q. rna-seq 분석 HISAT2 에러
안녕하세요, 마우스 샘플 1개 테스트를 위해 HISAT2 돌리다가 문제가 생겼습니다. 노트북(Intel(R) Core(TM) i5-10210U CPU @ 1.60GHz   2.11 GHz, 16RAM)에서 버추얼박스를 설치해 우분투에서 돌렸습니다. 아래는 제가 입력한 명령어입니다. hisat2 -p 4 --rna-strandness RF -x ./2.Input/GRCm39 -1 ./2.Input/LA50-3-CO_1_paired.fastq -2 ./2.Input/LA50-3-CO_2_paired.fastq 2> ./3.Output/LA50-3-CO_log| samtools view -@ 8 -Sbo ./3.Output/LA50-3-CO.bam 실행 1~2초후, 끝나는 느낌이고 실행로그를 살펴보면 아래와 같이 적혀있습니다. Warning: the current version of HISAT2 (2.2.1) is older than   the version (2.127.0) used to build the index. Users are strongly recommended to update HISAT2 to the latest version. Out of memory allocating plen[] in Ebwt::read() at gfm.h:6069 Error: Encountered exception: 'std::bad_alloc' Command: /home/shkim/apps/hisat2-2.2.1/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 4 --rna-strandness RF -x ./2.Input/GRCm39 --read-lengths 101,97,99,98,95,93,92,90,96,94,81,91,89,88,84,83,79,75,87,82,78,76,72,70 -1 ./2.Input/LA50-3-CO_1_paired.fastq -2 ./2.Input/LA50-3-CO_2_paired.fastq (ERR): hisat2-align exited with value 1 메모리 부족문제라고 하는데, 정말 메모리 문제가 맞는지 궁금합니다. 아니면, 버추얼박스에서 돌렸기 때문인지요? 질문을 정리해보겠습니다. 1. 가상머신을 사용했기 때문인가요? 아니면, 가상머신 사용 여부와 관계없이 메모리 부족 문제인가요? 2. 메모리 부족 문제라 가정하고, 새 PC를 구입해야 한다면 어느 정도 사양이면 될까요?(완제품 우선 추천 부탁드립니다. 업체로부터 트리밍 되지 않은 raw data fastq파일을 제공받아, 분석을 시작해보려 합니다)   시간 할애해주셔서 감사합니다.
회원작성글 shh_0510  |  01.26
Q. 람다파지에서 cos서열에 관해 질문드립니다. 첨부파일
람다파지를 이용한 유전자클로닝부분 공부하고있는데요 cos서열이 람다파지 genome의 circular form 형성에 관여한다는건 알고있는데  스샷 설명글을 보면 'cos 자리가 손상된 람다 DNA를 숙주에서 증식하여~'라는 부분이 있습니다. cos자리가 왜 손상되어야 하는지 궁금합니다. 의미가 와닿지가 않아서요....
회원작성글 GMCSF  |  01.26
Q. invasion assay 할때 transwell에 matrigel coating 질문입니다
저희 lab에서 invasion assay를 할 때 matrigel을 직접 transwell에 coating하는데 계속 matrigel이 새서 질문드립니다.    저희는 24well 전용 transwell 바닥에 gelatin 0.1% 10ul 로 coating 한 뒤 RT에서 1시간 말린뒤 배지로 희석한 0.5mg/ml matrigel 60ul를 넣어 coating을 합니다. Matrigel loading 한 뒤  matrigel이 얼마 안돼서 바닥으로 새버립니다. 전에 계셨던 선배들한테 배울때도 matrigel이 잘 새니 loading할때, 건조시킬때 충격이 가지않도록 조심히 하라고 배웠었는데 최근에 하면 10개면 10개 전부다 새버려서 걱정입니다. 혹시 원인이 무엇일지 비슷한 경험 해보신분 계신가요?
회원작성글 ffff  |  01.26
Q. universal primers를 사용한 PCR 결과, relative abundance 해석에 대해 질문드립니다. (copy gene관련)
안녕하세요, 선배님 혹은 선생님. 고민을 하고 검색을 해봐도 시원한 답변을 찾을 수 없어 여쭙니다. 아직 초보라 부족한 부분이 많습니다.   16s, 18s를 universal primers로 증폭하였습니다. QIIME2 pipeline으로 각각에 해당하는 relative abundance를 얻었습니다. 여쭙고 싶은 부분은 이 relative abundance의 해석에 관한 것입니다.   gene copy를 고려하여 16s의 경우를 예를 들어 다음과 같이 가정했을 때, A species: 4개 16s gene copy를 가짐/ 실제 샘플 내 20마리 존재 B species: 1개 16s gene copy를 가짐/ 실제 샘플 내 20마리 존재   결과적으로 A와 B는 relative abundance에서 "실제 같은 20마리가 존재함에도" gene copy의 차이에 의해 A가 B에 비해 4배 더 높게 나오게 되는것으로 이해하고 있습니다. Relative abundance Bar-plot은 그럼 A 80%, B 20% 의 수치가 나올텐데, 이것은 실제 존재하는 종의 수 (즉, 각각 20마리)를 반영하지 못하지 않나요? 즉 각각의 species가 가진 gene copy가 다른데, relative abundance의 이 부분을 어떻게 이해해야 하는지 조금 혼란스럽습니다.   선생님들께 간절히 도움 요청드립니다. 감사합니다.
회원작성글 Sct_LEE  |  01.26
Q. Expi293F cell culture 할 때 빨간색 실 같은게 보여요 첨부파일
Expi293F cell에서 단백질 생산하고 있는 대학원생입니다. 저희 랩에서 최근에 hek cell culture를 set-up 해서 진행하고 있습니다. culture를 하다보니 사진처럼 붉은 색 실 같은게 생기는게 조금씩 보이고 있습니다. cell viability나 morphology는 다 괜찮고 단백질 생산도 잘 되고 있고, 또 마이코플라스마 검사도 했는데 검출이 안되었습니다. 저거 말고는 생산 면에서는 문제가 없는거 같은데 주변에서는 저런 걸 본적이 없다고 해서 선배님들께 질문드리고 싶습니다.
회원작성글 까까먹는까막눈  |  01.26
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