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BioLab 박소정 교수
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Q. Kaplan meier 분석에서 두 그룹간 비교하여 그래프 그릴 때 정의역 문제
안녕하세요 선배님들, 제가 gene A의 발현량을 기준으로 gene A가 낮을 때, gene B의 high, low group의 survival을 비교하려 합니다.  RNA seq data를 전처리하여 kaplen meier를 그리려 하는데, gene A를 기준으로 나눈 gene B high 그룹과 gene B low 그룹의 정의역(overall survival(months))가 서로 달라 한 그래프에 나타낼 수 없는 어려움을 겪고 있습니다. 이러한 문제를 겪거나 해결하신 선생님들의 도움을 얻고자 이렇게 질문드립니다. 사용하고 있는 툴은 matplotlib입니다. 감사합니다. 좋은 하루 되세요 
회원작성글 mulgrew  |  12.06
Q. DNeasy Plant Mini kit 관련
안녕하십니까. 신참 대학원생입니다. 능숙하지 않다보니 실수가 많은것 같습니다. 때문에 간혹 DNA 농도가 낮거나 ratio가 엉망징창인 경우가 있어 Nano Drop 측량이 항상 무섭습니다... 우선 세가지 궁금한점이 있어요. - 점액질이 많아 lysis버퍼를 넣고 샘플이 뭉치는 경우에 어떻게 해야 할까요? 잘 풀리게 voltexing, tapping을 해도 될까요? 그 후에 RNase를 넣어도 될까요? - 프로토콜에는 없지만 마지막 단계에서 AE buffer를 넣기 전에 한번 건조하는 시간이 필요하지 않을까요? - 프로토콜 상에는 AE buffer 를 100ml 첨가하라고 되어있는데 50ml를 첨가해도 문제가 없을까요? 읽어 주셔서 감사합니다.
회원작성글 잘뽑고싶어요  |  12.06
Q. cell culture 이물질 형성 첨부파일
cell을 culture하는데 어느 순간부터 이물질이 보이기 시작했습니다.  바닥에 붙어있기도 하고 떠다니기도 하고 cell에 붙어 있기도 합니다.  cell viability에 직접적인 영향을 미치는 것 같지는 않지만 cell에 붙어 있는 것들이 성장을 저해시키는 듯합니다.  혹여 컨탐일까 싶어서 따로 분리해서 일주일 가량 배양했지만 크기가 커지거나 수가 늘지는 않았습니다.  coating도 필요한 경우 sterile water를 이용했습니다.  의심가는 것은 DMSO 상태가 좀 이상하긴 하지만 같은 DMSO를 사용하는 다른 분들은 이상이 없어서 이 문제는 아닌 듯합니다.  대체 이게 뭐고 어떻게 없애야 하나요??
회원작성글 Jgee  |  12.06
Q. LC로 Nd2O3분리
amberlite xad16n 사용하면 분리 가능한지 이동상으로는 뭘 써야될지 모르겠습니다..
회원작성글 쿨초코초코  |  12.06
Q. house keeping gene CT 값 이상해요 도와주세요ㅜㅜ
안녕하세요  real-time PCR 실험하다가 막히는 부분이 있어 조언을 얻고자 글을 올립니다. HUVEC cell에서 RNA를 추출하여 여러 유전자에 대한 발현을 확인하고 있습니다.  다른 유전자에 대한 발현은 잘 나오고 있습니다. 그런데 house keeping gene  ACTB만 이상합니다. 실험 초반에는 house keeping gene(ACTB)의 ct값이 24-25에서 발현되다가 갑자기 27-28에서 발현되고 있습니다. -RNA 추출 시 농도와 QC에 이상없음. -4ug으로 cDNA 합성 후 real-time PCR에 2ul(400ng)으로 실험 일단 DW, SYBR green, primer를 싹 교체 후 ACTB만 real-time PCR 하였습니다. 이때는 CT값이 24에서 나오는 것을 확인하고 실험에 들어갔습니다.  그런데 다른 유전자는 이상없는데 ACTB만 27-28 심지어 30에서 나타나는 경우도 있습니다.  cDNA 문제가 있다고 하기엔 다른 유전자 CT값이 일정하게 나타나고.... 실험방법은 크게 변한게 없는데ㅜㅜ 혹시 Huvec cell passage에 따라 ACTB 유전자가 영향을 받는 것일까요??  
회원작성글 PMH  |  12.06
Q. 처리 물질 적정 농도 구하기
세포실험시 특정 range에서 세포독성이 없다는 것을 MTT assay를 통해 안 후 다음 step으로 처리 물질의 적정 농도를 어떻게 구해야하나요?
회원작성글 SoliDeo  |  12.06
Q. 10X TBE Buffer 침전물
10X TBE Buffer(DNA agarose gel run용) 가루가 많이 침전되어 있어요. 녹일 수 있는 방법이있나요? 녹여 사용해도 될까요?
회원작성글 BBlue  |  12.06
Q. IHC 실험 중
IHC과정 중에서 primary Ab를 dilution 할 때 1% BSA가 들어간 PBS-T랑 해야하는데 5% BSA PBS-T와 dilution 했습니다... 이런 경험 있으신 분 있을까요..Secondary Ab도 똑같은 5%에 dilution 해서 넣어야할지 고민입니다...
회원작성글 Luminous  |  12.06
Q. 시약 구매
중학교때까지만 해도 화확에 미쳐서 열중하다 고딩 이후론 손놓은 사람입니더... 최근에 무슨 바람이 불어 욕구가 좀생겼는지 실험을 좀 해보고싶은것들이 생겨서 시약좀 알아보는데 정녕 우리나라는 개인이 구매를 못하는 겁니까?ㅜㅜ 
회원작성글 atrlun  |  12.06
Q. 조직 특이적 프로모터 관련 질문
분열하는 세포 특이적인 프로모터와 GUS gene(reporter gene)을 fusion해서 plant에 introducing하면 분열하는 세포만 염색이 될까요? ProCYCB1;4:GUS
회원작성글 Wowo  |  12.06
Q. EZ-Pure™ Plasmid Prep Kit. Ver. 2, EZ-Pure™ Gel Extraction Kit. Ver. 2 실험 질문
제가 실험 수업에서 아가로스 겔 전기영동 하고 EZ-Pure™ Plasmid Prep Kit. Ver. 2,  EZ-Pure™ Gel Extraction Kit. Ver. 2 가지고 실험 했는데 교수님이 그냥 다짜고쩌 실험 보여주고 다른 학생들에게 가려서 실험 과정은 보지도 못하고 생각없이 받아적기만 하고 실험했더니 결과도 잘 안나와서 근본적인 실험 목적과 제대로 실험 했을 때의 결과를 모르겠네요... 도와주시면 감사하겠습니다. 
회원작성글 gerjoi  |  12.06
Q. MTT assay에서 IC50값 차이
안녕하세요. 셀 실험관련하여 궁금한점이 있어 질문드립니다. 저희는 실험실에서 보통 암세포주를 이용하여 MTT assay를 진행하고 프리즘을 이용해 IC50값을 구합니다. 제가 진행한 실험에서 A (free drug, 제형아님)와 B (약물이 포함된 제형)의 IC50값이 각각 2673 nM, 1544 nM이 나왔는데 값으로만 볼때는 1.7배 차이로 차이가 얼마 나지 않아 보였습니다. 그런데 통계분석을 돌려보니 유의미한 차이가 있다고 나왔습니다. (저는 당연히 유의미한 차이가 나타나지않겠지...라고 생각했습니다) 교수님께서는 cell 실험했을 때 IC50값이 10배정도 차이나는 거는 큰차이가 없는거다 그정도 차이는 괜찮다라고 하셨는데 통계분석해보니 차이가 있다고 나와서 어떻게 해석을 해야할지 의문입니다...   보통 셀실험진행하고 비교군 두개정도 IC50값 비교를 할때, 몇 배정도 차이가 나야 이정도는 진짜 차이가 나는거다 라고 판단할수있는건가요?? 열배정도 차이는 정말 별차이 없는건가요? 답변주시면 감사하겠습니다ㅠ
회원작성글 대학원의 노예ㅠ  |  12.05
Q. FAM probe 형광 발현 문제,,,,
안녕하세요, 제가 하다하다 안돼서 이곳에 글을 남깁니다. 제가 얼마전부터 NTC 샘플에서 계속 형광이 증가가 되는 문제가 발생하고 있는데요, 처음에는 오염인줄 알고 시약도 다 새로 주문을 해서 실험을 계속 하고 있는데 여전히!!! NTC 샘플에서 형광이 선형적 증가을 하고 있습니다. 혹시나 해서 gel도 내려봤는데 당연히!!!! amplicon은 보이지 않고요,,,, Probe에 손상이 갔나해서 새로 주문을 하고 별짓을 다해도 계속 이런 문제가 발생하네요,,,, 사용하고 있는 Probe는 FAM-TAMRA 입니다,,,, 도대체 왜 그런지 작은 힌트라도 좋으니,,,PCR 고수님들 tip좀 주세요~~~~  
회원작성글 할까말까해  |  12.05
Q. 주화세포에 바이러스 접종시
바이러스에 감염된 조직에서 추출한 액을 희석하고 주화세포에 접종하여 CPE를 관찰 하려고 할 때 난에서는 난황물질이 독성을 나타내어 CTE를 나타낼 수 있다고 하는데요 그렇다면 난황을 제거하는 방법이 따로 있을까요?
회원작성글 수산생명의학과  |  12.05
Q. Cell seeding시 media
Cell seeding 할 때 셀 카운트를 한 후에 예를 들어, 1 곱하기 10의 5승으로 cell을 seeding 하려고 합니다.  그럼, 6 well plate 내 media는 1 ml를 넣어야 하는지 2 ml를 넣어야 하는지 모르겠습니다.  sample은 seeding 후 24시간 뒤에 처리하는 데, 이때는 media를 모두 석션하고 새로운 배지 2 ml을 넣은 뒤 처리합니다. (정확한 농도로 처리하기 위하여) 
회원작성글 오이가싫어  |  12.05
Q. Ribogreen assay 정확한 원리를 알고싶습니다.
Thermo의 Ribogreen assay kit를 가지고 mRNA 정량 실험을 쭉 진행중인데 원리로는 단순히 RNA에 형광이 붙어 분석이 가능하다고만 알고있습니다. Picogreen으로 하는 dsDNA는 정확한 매커니즘이랑 모든게 다 나와있는데 Ribogreen assay는 단순한 원리만 나오고 정확한 매커니즘은 아무리 서치를 해도 나오지 않아 이렇게 작성합니다. 정확한 매커니즘이 나와있는 지식이나 Reference가 있으면 알고싶습니다ㅜ
회원작성글 외계인눈깔아왱  |  12.05
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