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BioWave  Vol.25, No.2 (2023년 2월) 오픈
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세오 (필명)
진행중 실전 실험 프로토콜 101 < 16회 >
세오 (필명) (Cincinnati Children’s Hospital Medical Center)

논문에 나온 실험을 따라서 하고 싶어도 논문에 실험 절차가 너무 간략하게 소개되어 있거나,  자세한 설명이 없어서 실험을 따라 하기가 어려운 경우가 종종 있습니다. 이럴 경우 '같은 실험실 혹은 주위 실험실에서 실제로 유사한 실험을 한 사람의 실험 노트가 있다면 얼마나 좋을까?' 라고 자주 생각했습니다. 이번 연재를 통해 제가 실험실에서 배운 내용을 같거나 비슷한 분야에서 연구하는 분들과 나누고자 합니다. 물론 제가 소개하는 내용이 최고라고 생각하지 않고, 소개하는 내용보다 더 좋은 실험 방법이 있다고 생각합니다. 이러한 자신만이 알고 있는 실험 방법을 공유하여 주시면, 같은 길을 걷고 있는 분들에게 도움이 되리라 생각합니다.  

[실전 실험 프로토콜 101] #16. 올리고 오버랩 클로닝 (Oligo overlap cloning)
간혹 실험에 사용할 플라스미드 (plasmid)의 Multiple Cloning Site (MCS)에 실험자가 원하는 제한효소가 없는 경우도 있습니다. 이번 연재에서는 플라스미드에 MCS를 바꾸고 싶거나 짧은 태그 (FLAG 혹은 HA)를 넣을 때 사용할 수 있는 올리고 오버랩 클로닝 (Oligo overlap cloning)에 대해 소개하겠습니다.
댓글 댓글쓰기  |  01.19  |  조회 1,368
[실전 실험 프로토콜 101] #15. G2 checkpoint assay
G2 체크포인트 (checkpoint)는 DNA가 손상됐을 때 세포가 mitosis (유사분열)로 들어가지 못하게 하고, 유전체 보존 (genome integrity)를 보하는 데 도움을 줍니다. 종양 세포는 유전체 불안정성을 유도하...
댓글 댓글쓰기  |  2022.12.08  |  조회 1,344
[실전 실험 프로토콜 101] #14. 쥐에서 일차 간세포(primary hepatocytes) 추출 방법
일차 간세포 (primary hepatocytes)는 기능적 특성에서 in vitro 간세포보다 in vivo 간세포와 더 유사합니다. 예를 들어, 일차 간세포는 간 생체 검사와 80% 가까이 유사성을 가지지만, HepG2 세포 (간암 세포로 간 기능...
댓글 댓글쓰기  |  2022.10.26  |  조회 2,143
[실전 실험 프로토콜 101] #13. 화합물의 처리 시간과 농도 결정
타깃 유전자에서 특정 화학물 (혹은 약물)의 처리 시간과 농도에 따른 타깃 유전자의 변화를 알아보려고 할 때, 약물 혹은 화합물의 처리 시간과 농도의 범위를 결정하는 것이 중요합니다 (노트 1). 재료 (연구비)와 실험 시간이 무한하다면 여러 농도와...
댓글 댓글쓰기  |  2022.08.29  |  조회 2,512
[실전 실험 프로토콜 101] #12. 상동 재조합 분석 (Homologous Recombination Assay)의 필요성
동물 세포에서 DNA 복구 경로 중 하나인 상동 재조합 (Homologous Recombination, HR)은 유전독성으로부터 세포를 보호하는 데 매우 중요합니다. 상동 재조합 경로는 DNA 복구의 효율성을 조절하는 여러 반응 단백질과 조절자를 포함합니다. 이러한 단백질을 코딩하는 유전자 중 일부는 암과 같은 인간의 질병에서 자주 변이 됩니다. 
댓글 댓글쓰기  |  2022.08.08  |  조회 2,290
[실전 실험 프로토콜 101] #11. 5’ RACE (Rapid amplification of cDNA ends)-PCR
cDNA (complementary DNA)는 세포에서 단백질의 기능 연구 혹은 단백질 다량 생산하는 데 필요합니다. 또한 5’ 비번역 영역 (untranslated region)이 mRNA 안정성, 세포 내에서의 위치 혹은 번역 (translation) 효율과 관련된 구조적 정보를 가지고 있습니다. 따라서 전체 cDNA의 정보를 아는 것은 중요합니다.
댓글 댓글쓰기 3  |  2022.05.12  |  조회 3,124
[실전 실험 프로토콜 101] #10. 면역 형광 (immunofluorescence, IF)
타깃 단백질이 세포 내, 혹은 조직에서 발현하는지, 혹은 발현한다면 어느 곳에서 발현하는지 알아보기 위해 면역 형광 (immunofluorescence) 방법을 이용합니다. 이번 연재에서는 배양 세포에서 커버슬립 (cover-slip)을 이용하여 두 개의 타깃 단백질을 두 가지 형광 (초록색과 빨간색)으로 실험하는 방법에 대해 알아보겠습니다.
댓글 댓글쓰기 2  |  2022.03.10  |  조회 6,004
[실전 실험 프로토콜 101] #9. 면역 침강 (Immunoprecipitation)
‘스테이블 셀라인 만들기’ 편 [출처 1]에서 endogenous 유전자 단백질과 과발현 타깃 유전자 단백질과 구별하기 위해서, 타깃 유전자 단백질에 FLAG와 HA 태그를 넣었습니다. 이번 편에서는 과발현한 타깃 유전자 단백질과...
댓글 댓글쓰기 2  |  2022.01.25  |  조회 5,064
[실전 실험 프로토콜 101] #8. 유전자 발현과 microRNA 발현 측정
PCR은 최종 산물을 이용하는 반면에, Real-time PCR (RT-PCR) 혹은 qPCR은 실시간 (real-time)으로 PCR product의 증폭을 모니터 할 수 있습니다 (노트 1). 다시 말해 qPCR은 정량 (Quantitation)이...
댓글 댓글쓰기  |  2021.12.27  |  조회 5,681
[실전 실험 프로토콜 101] #7. 웨스턴 블랏 (Western blot)
웨스턴 블랏 (Western blot)을 통해서 타깃 단백질의 발현 여부와 양을 알 수 있습니다. 웨스턴 블랏을 하기 위해서는 먼저 세포 혹은 조직에서 단백질을 뽑아야 합니다. Cultured Cell에서 단백질을 뽑을 때 plate에서 미디어를 버리고 1X PBS (Phosphate-buffered saline)로 두 번 씻어낸 다음, 스크레퍼 (Cell scraper)로 끌어서 1.5 ml 튜브 (Tube)로 옮깁니다
댓글 댓글쓰기 6  |  2021.11.16  |  조회 11,070
 
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[할일 많은 대학원생의 피땀눈물] 졸업합니다!
이 기사에 의견 올리기 졸업 축하드립니다 ! 전 이제 시작인데 부럽습니다 ㅎ..ㅎ.. 회사가서도 행복한 날들만 가득하시길 기도할게요!
밤 주요 해충인 복숭아명나방 신규 성페로몬 트랩 실용화
이 기사에 의견 올리기 멋지네요
[쪼렙에서 만렙으로] "과학자"로 성장하기를 선택했다면
이 기사에 의견 올리기 좋은 글 잘 읽었습니다 !
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