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세오 (필명)
진행중 실전 실험 프로토콜 101 < 12회 >
세오 (필명) (Cincinnati Children’s Hospital Medical Center)

논문에 나온 실험을 따라서 하고 싶어도 논문에 실험 절차가 너무 간략하게 소개되어 있거나,  자세한 설명이 없어서 실험을 따라 하기가 어려운 경우가 종종 있습니다. 이럴 경우 '같은 실험실 혹은 주위 실험실에서 실제로 유사한 실험을 한 사람의 실험 노트가 있다면 얼마나 좋을까?' 라고 자주 생각했습니다. 이번 연재를 통해 제가 실험실에서 배운 내용을 같거나 비슷한 분야에서 연구하는 분들과 나누고자 합니다. 물론 제가 소개하는 내용이 최고라고 생각하지 않고, 소개하는 내용보다 더 좋은 실험 방법이 있다고 생각합니다. 이러한 자신만이 알고 있는 실험 방법을 공유하여 주시면, 같은 길을 걷고 있는 분들에게 도움이 되리라 생각합니다.  

[실전 실험 프로토콜 101] #12. 상동 재조합 분석 (Homologous Recombination Assay)의 필요성
동물 세포에서 DNA 복구 경로 중 하나인 상동 재조합 (Homologous Recombination, HR)은 유전독성으로부터 세포를 보호하는 데 매우 중요합니다. 상동 재조합 경로는 DNA 복구의 효율성을 조절하는 여러 반응 단백질과 조절자를 포함합니다. 이러한 단백질을 코딩하는 유전자 중 일부는 암과 같은 인간의 질병에서 자주 변이 됩니다. 
댓글 댓글쓰기  |  08.08  |  조회 845
[실전 실험 프로토콜 101] #11. 5’ RACE (Rapid amplification of cDNA ends)-PCR
cDNA (complementary DNA)는 세포에서 단백질의 기능 연구 혹은 단백질 다량 생산하는 데 필요합니다. 또한 5’ 비번역 영역 (untranslated region)이 mRNA 안정성, 세포 내에서의 위치 혹은 번역 (translation) 효율과 관련된 구조적 정보를 가지고 있습니다. 따라서 전체 cDNA의 정보를 아는 것은 중요합니다.
댓글 댓글쓰기 3  |  05.12  |  조회 1,639
[실전 실험 프로토콜 101] #10. 면역 형광 (immunofluorescence, IF)
타깃 단백질이 세포 내, 혹은 조직에서 발현하는지, 혹은 발현한다면 어느 곳에서 발현하는지 알아보기 위해 면역 형광 (immunofluorescence) 방법을 이용합니다. 이번 연재에서는 배양 세포에서 커버슬립 (cover-slip)을 이용하여 두 개의 타깃 단백질을 두 가지 형광 (초록색과 빨간색)으로 실험하는 방법에 대해 알아보겠습니다.
댓글 댓글쓰기 2  |  03.10  |  조회 3,565
[실전 실험 프로토콜 101] #9. 면역 침강 (Immunoprecipitation)
‘스테이블 셀라인 만들기’ 편 [출처 1]에서 endogenous 유전자 단백질과 과발현 타깃 유전자 단백질과 구별하기 위해서, 타깃 유전자 단백질에 FLAG와 HA 태그를 넣었습니다. 이번 편에서는 과발현한 타깃 유전자 단백질과...
댓글 댓글쓰기 2  |  01.25  |  조회 3,537
[실전 실험 프로토콜 101] #8. 유전자 발현과 microRNA 발현 측정
PCR은 최종 산물을 이용하는 반면에, Real-time PCR (RT-PCR) 혹은 qPCR은 실시간 (real-time)으로 PCR product의 증폭을 모니터 할 수 있습니다 (노트 1). 다시 말해 qPCR은 정량 (Quantitation)이...
댓글 댓글쓰기  |  2021.12.27  |  조회 4,281
[실전 실험 프로토콜 101] #7. 웨스턴 블랏 (Western blot)
웨스턴 블랏 (Western blot)을 통해서 타깃 단백질의 발현 여부와 양을 알 수 있습니다. 웨스턴 블랏을 하기 위해서는 먼저 세포 혹은 조직에서 단백질을 뽑아야 합니다. Cultured Cell에서 단백질을 뽑을 때 plate에서 미디어를 버리고 1X PBS (Phosphate-buffered saline)로 두 번 씻어낸 다음, 스크레퍼 (Cell scraper)로 끌어서 1.5 ml 튜브 (Tube)로 옮깁니다
댓글 댓글쓰기 6  |  2021.11.16  |  조회 7,646
[실전 실험 프로토콜 101] #6. Stable cell line 만들기
타깃 유전자 기능을 연구하기 위해서 타깃 유전자 단백질을 과발현하는 기술이 필요합니다. Transfection [노트 1]을 통해 타깃 유전자 단백질의 과발현을 할 수 있습니다. 하지만 transiently-transfection을 한 유전자 단백질 발현은 일시적입니다. 따라서 짧은 기간의 연구에서는 transiently-transfection을 사용할 수 있지만, 오랜 기간 연구가 필요한 곳에서는 transiently-transfection이 적합하지 않습니다. 타깃 유전자 단백질의 오랜 기간 연구에 필요한 방법이 필요합니다.
댓글 댓글쓰기 2  |  2021.10.28  |  조회 4,679
[실전 실험 프로토콜 101] #5. 원형 RNA 과발현 (overexpression)과 낙다운 (knockdown) 방법
타깃 유전자 (SMN)에서 찾은 50여 개의 원형 RNA (circular RNA) [출처 1]의 잠재적인 기능을 조사하기 위해 원형 RNA를 과발현시키거나 낙다운 시키는 것이 필요합니다. 이번 이야기에서는 원형 RNA를 과발현하거나 감소시키는 방법에 대해 알아보겠습니다.
댓글 댓글쓰기  |  2021.09.23  |  조회 4,349
[실전 실험 프로토콜 101] #4. 꼬리에 꼬리를 물고…(원형 RNA)
단 한 번의 PCR를 통해 타깃 유전자에서 여러 아이소폼(isoform)을 찾아내는 방법 (MESDA)을 첫 번째 편에서 소개를 했고 [출처1], MESDA를 이용하던 중 타깃 유전자의 intronic Alu-like 시퀀스에서 만들어진 새로운 엑손 (exon)을 발...
댓글 댓글쓰기  |  2021.08.10  |  조회 2,495
[실전 실험 프로토콜 101] #3. 누구보다 빠르게…
두 번째 이야기에서 Multi-Exon-Skipping Detection Assay (MESDA)로 타깃 유전자의 새로운 아이소폼 (isoform)인 엑손 (Exon) 6B를 찾은 이야기와 몇 개월 후 다른 연구팀에서 이를 뒷받침하는 논문이 나왔다는 내용을 소개하였습니다 [출처 1]. 새롭게 찾은 엑손 6B를 포함하는 아이소폼의 추가적인 연구를 위해 엑손 6B를 포함하는 cDNA의  cording region을 PCR로 증폭하기 위한 프라이머를 디자인했습니다.
댓글 댓글쓰기  |  2021.07.16  |  조회 3,540
 
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