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Q. MTT assay에서 IC50값 차이
안녕하세요. 셀 실험관련하여 궁금한점이 있어 질문드립니다. 저희는 실험실에서 보통 암세포주를 이용하여 MTT assay를 진행하고 프리즘을 이용해 IC50값을 구합니다. 제가 진행한 실험에서 A (free drug, 제형아님)와 B (약물이 포함된 제형)의 IC50값이 각각 2673 nM, 1544 nM이 나왔는데 값으로만 볼때는 1.7배 차이로 차이가 얼마 나지 않아 보였습니다. 그런데 통계분석을 돌려보니 유의미한 차이가 있다고 나왔습니다. (저는 당연히 유의미한 차이가 나타나지않겠지...라고 생각했습니다) 교수님께서는 cell 실험했을 때 IC50값이 10배정도 차이나는 거는 큰차이가 없는거다 그정도 차이는 괜찮다라고 하셨는데 통계분석해보니 차이가 있다고 나와서 어떻게 해석을 해야할지 의문입니다...   보통 셀실험진행하고 비교군 두개정도 IC50값 비교를 할때, 몇 배정도 차이가 나야 이정도는 진짜 차이가 나는거다 라고 판단할수있는건가요?? 열배정도 차이는 정말 별차이 없는건가요? 답변주시면 감사하겠습니다ㅠ
회원작성글 대학원의 노예ㅠ  |  12.05
Q. FAM probe 형광 발현 문제,,,,
안녕하세요, 제가 하다하다 안돼서 이곳에 글을 남깁니다. 제가 얼마전부터 NTC 샘플에서 계속 형광이 증가가 되는 문제가 발생하고 있는데요, 처음에는 오염인줄 알고 시약도 다 새로 주문을 해서 실험을 계속 하고 있는데 여전히!!! NTC 샘플에서 형광이 선형적 증가을 하고 있습니다. 혹시나 해서 gel도 내려봤는데 당연히!!!! amplicon은 보이지 않고요,,,, Probe에 손상이 갔나해서 새로 주문을 하고 별짓을 다해도 계속 이런 문제가 발생하네요,,,, 사용하고 있는 Probe는 FAM-TAMRA 입니다,,,, 도대체 왜 그런지 작은 힌트라도 좋으니,,,PCR 고수님들 tip좀 주세요~~~~  
회원작성글 할까말까해  |  12.05
Q. 주화세포에 바이러스 접종시
바이러스에 감염된 조직에서 추출한 액을 희석하고 주화세포에 접종하여 CPE를 관찰 하려고 할 때 난에서는 난황물질이 독성을 나타내어 CTE를 나타낼 수 있다고 하는데요 그렇다면 난황을 제거하는 방법이 따로 있을까요?
회원작성글 수산생명의학과  |  12.05
Q. Cell seeding시 media
Cell seeding 할 때 셀 카운트를 한 후에 예를 들어, 1 곱하기 10의 5승으로 cell을 seeding 하려고 합니다.  그럼, 6 well plate 내 media는 1 ml를 넣어야 하는지 2 ml를 넣어야 하는지 모르겠습니다.  sample은 seeding 후 24시간 뒤에 처리하는 데, 이때는 media를 모두 석션하고 새로운 배지 2 ml을 넣은 뒤 처리합니다. (정확한 농도로 처리하기 위하여) 
회원작성글 오이가싫어  |  12.05
Q. Ribogreen assay 정확한 원리를 알고싶습니다.
Thermo의 Ribogreen assay kit를 가지고 mRNA 정량 실험을 쭉 진행중인데 원리로는 단순히 RNA에 형광이 붙어 분석이 가능하다고만 알고있습니다. Picogreen으로 하는 dsDNA는 정확한 매커니즘이랑 모든게 다 나와있는데 Ribogreen assay는 단순한 원리만 나오고 정확한 매커니즘은 아무리 서치를 해도 나오지 않아 이렇게 작성합니다. 정확한 매커니즘이 나와있는 지식이나 Reference가 있으면 알고싶습니다ㅜ
회원작성글 외계인눈깔아왱  |  12.05
Q. stable cell line 만들때
u87 세포를 가지고 stable cell line을 만들려고 합니다. polyclonal을 만들고 limiting dilution을 통해 monoclonal population을 만들려고 하는데 polyclonal population까지 만들고 이것을 cell stock을 하여 나중에 (대략 3달 뒤) limiting dilution을 하려고 하는데 문제 없겠죠? (개인사정으로 바로 limiting dilution을 하지 못하게 됬어요..ㅠㅠ). 그리고 cell stock을 할때 보관을 -80도 deep freezer에 보관을 하나요 아니면 질소탱크에다가 보관을 하나요? Transduction을 진행 후 antibiotic selection을 진행을 하는데 protocol을 찾아보니깐 control 군 (lentivirus가 없는 곳)에 있는 세포들이 다 죽을 때 까지 incubator에 보관을 하고 2-3일 마다 media change를 해주라고 나와있는데 죽은세포와 살아있는 세포는 현미경으로 어떻게 관찰을 하나요? 모습에 차이점이 있나요? 그리고 media change는 antibiotic이 들어간 media를 가지고 진행을 해주면 되나요?   아직 실험 초보여서...ㅠㅠ 답변 부탁드리겠습니다!     
회원작성글 avocaddo  |  12.05
Q. skeletal muscle cross section area 측정방법
마우스 골격근을 prep해서 cross section 한 뒤에 cross section area(CSA)를 측정하는 방법은 무엇이 있나요?
회원작성글 별헤는밥  |  12.05
Q. 혈장 농축 방법 문의
안녕하세요. 혈장 내 존재하는 ctDNA를 이용하여 진단을 하려고 합니다. 전혈을 이용하여 혈장을 분리하는데, ctDNA 추출 제품에서 혈장을 사용할 수 있는양이 6cc로 한계가 있습니다. 전혈에서 혈장을 농축할 수 있는 방법이 있나요? (10cc 이상의 혈장을 농축하여 ctDNA를 추출하고자 합니다.)   좋은 방법이 있으시면, 답변 부탁 드리겠습니다. 감사합니다.
회원작성글 TSReQM  |  12.05
Q. mtDNA 추출
안녕하세요.  cell에서 mtDNA를 추출해 qPCR을 하려고 합니다. 사용 kit 는 DNeasy blood & tissue (qiagen) 사용 예정입니다. 제가 궁금한 것은 미토콘드리아 DNA 추출 키트를 사용하지 않더라도 추출이 가능할지가 궁금합니다. 혹시 사용해보신분들 계신지 여쭤보고 싶습니다.
회원작성글 똑똑해지자  |  12.05
Q. ppm을 mg/g dry weight로 변경하고자합니다
안녕하세요 0.5g의 식물체를 1ml perchlroic acid와 9mL의 nitric acid와 혼합한 후 3차증류수로 100mL까지 mass up 해서 중금속 (P,K,Ca,Mg) 농도 분석을 의뢰하였습니다. 결과지에는 단위가 ppm(ug/mL)으로 나와서 어떻게하면 단위를 mg/g dry weight로 바꿀수 있냐고 의뢰를 맡긴 업체에 자문을 구하니 0.5g을 100mL에 녹여 2000배 희석했으니 결과지에 나온 결과값에 희석한만큼(2000) 곱하라고 하셨는데  확실한지 여쭤보고싶어서 글을 올립니다 감사합니다
회원작성글 람쥐박사  |  12.05
Q. Extrapolated time point가 무엇인가요? 첨부파일
아까 질문 이어서 드립니다 실제 농도를 extrapolated time point로 구하는거 같은데 이게 무엇인지 그리고 계산기로 구하는 법은 무엇인지 알려주시면 감사하겠습니다
회원작성글 하이쉬프트  |  12.05
Q. galaxy platform 의 단점이 무엇인가요?
안녕하세요. 생물정보학을 독학으로 공부하다보니 궁금증이 생겨 선배님들께 여쭙게 되었습니다. RNA seq raw data를 다루는 과정 중에 galaxy 라는 웹툴을 알게되었습니다. 사용하는 면에 있어서 간편하고 좋기는 하지만, 분명 단점이 있을 것이라 생각됩니다. 그러나 아직까지 부족함이 많다보니 이에 대한 통찰이 쉽지가 않습니다. galaxy 사용에 대해 비판하는 자료들을 찾아보면 대부분 과거(1년 이상 지난) 자료입니다. 웹툴의 특성상 꾸준한 업데이트를 통해 이러한 단점들이 보완될 수 있다고 생각합니다. (R studio처럼) 현재 존재하는 galaxy의 문제점이나(개선 가능성은 있으나 아직까지 해결되지 않은) 그 한계에 대해 말씀 주시면 감사하겠습니다.
회원작성글 dbdbip  |  12.05
Q. 선형회귀분석 계산 질문 드립니다 첨부파일
교수님이 제공한 자료 중에서 약물 경구투여 파라미터 데이터를 구하는 자료를 공부하는 중 막히는 부분이 있습니다 소실속도상수 k를 구하기 위해 선형회귀분석 계산중 y절편을 자연상수까지 따로 계산하는 것이 있는데 Cpt=15.114*e-0.0998x 이런식으로 나오는게 있습니다 참고로 r2는 0.0998로 나왔습니다 이걸 계산기로 구하는 방법 아시는분 있습니까? 참고를 위해 사진자료 첨부합니다
회원작성글 하이쉬프트  |  12.05
Q. cloning 질문
밑에분 질문에 저 또한 궁금한점이 생겨 질문드립니다.   insert DNA를 얻기 위해 PCR을 진행하는데 PCR 진행시 Primer에 Restriction enzyme site를 붙여 진행한다고 알고있습니다. 준비한 insert와 vector는 Restriction enzyme 가 동일해야되는걸로 알고있는데요 insert DNA에 vector에 cloning할 곳의 제한효소가 없다면, 그냥 insert DNA 에 제한효소 site를 넣은 primer로 PCR을 진행하여 insert를 얻으면 되는건가요?    
회원작성글 분자생물학도  |  12.05
Q. cloning 질문드립니다.
안녕하세요 이번에 cloning을 처음하게 되는 학부생입니다. insert DNA, vector를 얻어야되는것부터 시작하게 되었는데요 insert를 pcr을 통해서 얻은 다음 vector와 제한효소 처리 후 ligase를 통해 합쳐진다는 원리는 알겠습니다. 우선 insert를 얻기 위해 insert가 들어있는 vecotr에서 제한효소로 cut한 다음 PCR을 통해 얻은 다음 cloning하고 싶은 vector에 insert를 넣을때 같은 제한효소를 이용하여 cut한 다음 ligase로 연결 이라고 이해하고 있는데, 그럼 insert를 얻을때와 insert 와 vector 같은 제한효소가 없을때는 어떻게 해야될까요? 또한 유전자를 2개 이어 붙여서 cloning 할때, 그냥 둘 유전자를 이어붙은 primer를 design해주면 되는건지, 각각을 같은 제한효소로 cut한 다음 이어붙여야 하는건지 머릿속이 정리가 안되서 질문드립니다.
회원작성글 얼마안남았다  |  12.05
Q. 호기성세균인데 황화수소생산
하는 경우는 어떤경우일까요? 아무리 찾아봐도 잘 모르겠네요ㅠㅠ 도와주세요!
회원작성글 새보  |  12.04
Q. 겔 Rheometer data 분석 첨부파일
안녕하세요 겔의 유변학적 특성에 대해 공부중인 학생입니다. 제가 원하는 부분에 대한 궁금증을 해결하기 어려운 상황이라 이렇게 글올려 도움 요청드립니다 ..  제가 진행한 실험은 rheometer를 이용한 겔의 frequency sweep test 입니다.  시료로 고체 겔을 사용하였구요 주파수에 따른 겔의 저장탄성률, 손실탄성률을 측정하였습니다. 샘플명은 연구보안상 지웠구요.. 일정 이상 수준의 주파수에서 손실탄성률(G'')이 감소하는 경향(빨간색)이 있고 계속 증가하는 경향(파란색)이 나타나는데요 이런 증가 감소 양상은 각각 어떤 의미를 갖는지 궁금합니다..  추가로 Rheometer 실험을 통해 겔의 강도를 측정하려면 어떠한 지표를 확인하는게 적합한지 궁금합니다 ex) shear stress, G* (complex modulus) 등..  제 지식이 많이 부족한 탓이며 이런 디테일한 부분은 조사나 공부가 조금 어려운 부분이 있습니다. 혹시 유변학쪽으로 잘 아시는 분이 계시다면 답변 부탁드립니다!!
회원작성글 FoodP  |  12.04
Q. 논문 동향 파악 방법 조언 부탁드립니다.
안녕하세요. 본격적으로 실험실에 들어가기 이전에 논문 사이트에서 현재 제일 많이 다루고 있고, 이슈되고 있는 논문들의 동향을 파악하려는 중인데,  모르는 게 많아 이렇게 조언을 구해봅니다.     지금 실험하려는 분야(예] 생물학, 물리학)에서의  가장 이슈되는 논문의 동향을 파악하려면 대표 논문사이트에 들어가서 'Articles in press', 'Atop cited', 'Most downloaded','Most popular' 이 넷 카테고리 중 어떤 카테고리로 들어가서 논문을 읽어봐야 제 목적과 가장 부합할까요?   그리고 논문을 한 5편 정도 읽어보려는데, 덧붙여주실 수 있는 조언, 꿀팁 있으시면 부탁드립니다! 그리고 축산,수의학과 관련된 대표 논문사이트도 알려주시면 감사하겠습니다!
회원작성글 링린  |  12.04
Q. 초기 실험실 세팅 관련 문의드립니다.
안녕하세요. 이번에 처음으로 실험실을 세팅하려고 합니다. In vivo랩을 통하여 마우스로는 처음 실험을 해보는 거라서 조언을 얻고자 문의를 드립니다. 실험실에 마우스 관련된 실험장비가 하나도 없어서 이번에 모두 구매를 해야하는데 어떤 장비들이 필요하는지요... Rat cartilage관련하여 Cell culture, 미생물 배양, Protein, DNA work를 할 예정입니다. 초기 실험실 세팅을 하려고 하는데 해당 장비 취급하시는 업체들을 찾고 있습니다. 초기 세팅에 관하여 문의드리려고 합니다 메일이나 연락처 알려주시면 연락드리겠습니다. 감사합니다.
회원작성글 greatoskim  |  12.04
Q. Fgenesh, geneid, genescan
안녕하세요 생물정보학을 이제 막 배우기 시작한 정말 초보입니다. 같은 뉴클레오타이드 서열로 3가지 사이트를 이용해 분석을 했는데 결과가 어느정도 다를 수는 있다고 알고 있거든요... 근데 geneid, genescan은 결과값이 비슷한데 Fgenesh에서 도출한 값은 혼자 따로 놀더라고요... 이렇게까지 다를 수 있나요? 뭔가 잘못한건가요??
회원작성글 비나리  |  12.04
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