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BioLab 이은열 교수
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Q. 식물 primer 설계 질문 드립니다.
목표식물에서 타겟물질 생성 Pathway에 있는 유전자들의 서열과 qPCR을 이용해서 발현량을 보고 싶은데    - 현재 pathway는 reference를 찾았습니다.  - 전장유전체 분석이 ncbi 등에 있지 않은데,   타겟물질이 생성되고 pathway가 유사한 다른식물의 공동된 유전자의 primer를 가져와서 적용해보는건 괜찮은 시도인가요??    - 해당 유전자의 유사도 E-value 등을 측정할 때 같은 primer를 사용해서 하는게 보통인지 궁금하네요   다 인터넷 찾고 논문 읽으면서 공부해서 다른 사람한테 직접 배운게 없어서 모르는게 많습니다 ㅠㅠ
회원작성글 흰털누누  |  10.01
Q. L-ascorbic acid와 ascorbic acid는 같은 물질인가요..??
L-ascorbic acid와 ascorbic acid는 같은 물질인가요..??   찾아봐도 이런 질문을 한 사람이 없고 각각 검색해도 섞여서 결과가 나오고 해서 궁금하네욤..
회원작성글 흰털누누  |  10.01
Q. (CAD-HPLC) Ghost peak 가 나타나는 원인이 뭘까요….. 첨부파일
CAD-HPLC 를 사용하여 시료를 분석하고 있습니다. 분석시간: 40min 이동상 조성: Methanol, Chloroform, ammonium acetate, acetic acid, water Column: waters C8 현재 이동상을 Blank로 사용하고있는데 Blank 를 injection 하기만 하면 9~19분대에서 약 1분 간격으로 작은 peak들이 용출됩니다. 문제는 이 작은 peak들이 나올때도 있고 안나올때도 있다는겁니다. 처음엔 Detector의 오염이라고 판단했으나 새로 들어온 장비를 사용해도 같은 현상이 발생했고, 아예 새 Column을 뜯어 사용해도 같은 현상이 발생했습니다. 의심되는건 이동상뿐인데 Methanol, Chloroform, acetic acid 모두 J.T.baker 제품을 사용하고 모두 LC grade입니다. ammonium acetate도 LC grade를 사용합니다. 시약의 문제인가 싶어서 새로운 시약으로 바꿔도 같은 현상이 나타납니다. 물이 원인일까 싶기도 했는데 같은 물을 사용해도 peak가 아예 안나타날때도 있어서 원인을 특정하기가 어렵습니다. 혹시 이런 문제를 겪어보신 분들이 계실까요?ㅠ 답변 부탁드립니다….ㅠ
회원작성글 꽃님oㅣ  |  10.01
Q. Real-time PCR 실험 process를 짜봤는데 많이 이상한가요
Cell에서 RNA 추출 후 cDNA합성하여 template로 사용하려고 합니다. Housekeeping gene으로 GAPDH를 사용하고 샘플들 간의 gene A(예시) 발현량 차이를 Real time PCR로 비교하려고 합니다. 먼저 GAPDH와 gene A의 STD curve를 그려서 R^2=0.99 이상에서  Eff%가 90~110% 안으로 들어오는지 확인합니다. 그리고 Melt Curve에서 sharp하게 하나의 peak만 뜨면 일단 primer에는 문제가 없다고 보고,  샘플들 간의 gene A 발현량 비교를 위한 본 실험에 들어가려고 합니다. 교수님께서는 굳이 STD curve 그리지 말고 그냥 바로 본 실험 하라고 하시는데, primer 디자인이나 STD의 dilution factor 등 다른 요인은 빼고 위 과정 자체만 봤을 때 이상하거나 부족한 부분이 있을까요?
회원작성글 Crucial  |  09.30
Q. CMV culture urine검체 양성 첨부파일
안녕하세요 전에 검사들 토대로 culture 배양시켜서 눈에 익히려구 공부를 하고있는데 urine 검체로 배양시켜본 검체가 양성인지 여쭙고 싶습니다 다른 양성 검체들과는 세포가 배양된 모양이나 양상이 다르게 나와서 너무 헷갈리네요ㅠㅠ 다른 검체들은 셀 크기도 확실히 더 크고 모양도 돼지코 모양으로 딱 이쁘게 나오는데 혹시 왜 다른 검체와 양상이 다른지도 아시는분이 계시다면 가르쳐 주셨으면 합니다 저배율로 보다가 찌꺼기인지 구분이 어려워 고배율로 최대 확대했는데 양성인걸까요?
회원작성글 pink1048  |  09.30
Q. 돌연변이 유도 실험관련 조언 부탁드립니다
Zebrafish( Danio rerio)에 있어서 돌연변이 유도 화학물질이라고 생각되는 물질 "X"를 zebrafish에 처리해서 돌연변이를 유도시킬 계획입니다. 실험계획을 짜고있는데 돌연변이 실험 관련해서 조언을 구할 수 있는 곳이 없어 부득이하게 BRIC 고수분들께 질문올립니다.   실험계획 1. gDNA extraction by finclip (물질 "X" 처리 전) =a   2. 물질 "X" 처리, (Control group은 미처리)   3. gDNA extraction by finclip (물질 "X" 처리 후) =b   4. a, b + 선별된 target gene 1,2,3,4,5 primer + SYBR Green mix  realtimePCR->melting curve 확인   5. a, b 에서 같은 target gene의 melting curve가 달라졌다면 돌연변이 유도가 일어났다고 판단 (Control group이 달라졌을 경우 troubleshooting 후 재실험)   과정중에 어떤 부분이 미흡한지 지적 부탁드립니다. 추가적으로 더 나은 실험법이 있다면 공유부탁드립니다!
회원작성글 IGF  |  09.30
Q. 알파 용혈 베타 용혈
배양하고 담날 아침 녹색으로 알파 용혈이 생겼는데 일주일쯤 지나니까 투명하게 변해서 베타 용혈인가 싶기도 하고 어떤 세균인지는 모릅니다  이거는 알파용혈균으로 봐야하나요?
회원작성글 Thkffk  |  09.30
Q. 시약 운반
2~6℃ 또는 -20℃ 이하에서 보관하는 시약(CELLBANKER1)과 0~4℃에서 보관하는 시약(EZ-cytox) 1~2시간 운반 시 아이스팩 몇 개 채운 아이스박스에 넣어 운반해도 괜찮을까요?
회원작성글 젤리빔  |  09.30
Q. Real-time PCR multiplex 실험 계획 세울때 생각해야할 것들 조언 부탁드립니다
안녕하세요.   Real-time PCR multiplex 실험을 계획할 때 생각해야할 것들에 대해 고수님들의 조언을 부탁 드립니다.   일단 primer / probe 디자인해서 multialign으로 검증해보기 (특이성 확인, primer 2차구조 형성 여부, dimer 생성 여부 등) 그 다음에 실제로 primer, probe를 주문해서 잘 working하는지 테스트를 해보는 단계에서는 어떤 점을 생각해야 할까요?   단일 primer가 잘 되는지는 일반 PCR과 전기영동으로 size 확인해볼 수 있을 것 같은데.. Multiplex 해서는 probe 테스트 전에 SYBR 방식으로 테스트 해볼 필요가 있을까요??   이쪽은 처음이라 무지해서 고수분들의 조언을 듣고싶습니다..!! 부탁드려요 ㅜㅜ
회원작성글 dyleeh  |  09.30
Q. cas9으로 knock down 시키는데 잘 안되네요 ㅠ
  도와주세요 ㅠ    제가 타켓으로 하는 단백질의 siRNA를 회사별로 구매해서 사용했으나,  전혀 단백질 감소가 나타나지 않았습니다.  (siRNA 초보는 아닙니다;;)   그래서 결국 crisPR-cas9 을 이용해서 특정단백질 다운을 시도했습니다  (cas9은 처음입니다만..) 벡터형태라 puromycin으로 cell selection 했구요  처음엔 단백질이 다운되길래 신나했는데  그 이후 다시 회복이 됩니다 ㅠ 계속 puromycin은 처리 하면서 키웠는데도요 ㅠㅠ   이래보신적 있나요?  PCR 로는 확실히 다운이 되는데.....  단백질은 ㅠㅠㅠㅠㅠㅠ 왜 다시 올라온걸까요? ㅠㅠㅠㅠ   결국 교수님이  웨스턴의 문제 아니냐 , 제 손 탓을 하시기 시작해서 ㅠㅠㅠ (제 손이 문제였다면 다른 단백질확인도 잘 안되야 하는데  다른 단백질은 일절 문제가 없거든요 ㅠ)   제가 뭘 놓치고 있는걸까요  cas9 시스템으로는 넉다운된 stable cell line을 구축할 수 없는건가요?   
회원작성글 땅콩  |  09.30
Q. EZ-cytox, cell stock 운반
cell stock이랑 EZ-cytox 들고 1~2시간 거리에 있는 곳으로 이동할 예정입니다. cell stock은 보온병에 LN2 담아서 넣어 들고가면 되는데 EZ-cytox는 0~4℃ 보관으로 알고 있습니다. EZ-cytox도 LN2 들어있는 보온병에 같이 넣어가도 될까요?? 아니면 그냥 아이스박스에 얼음팩 몇 개 채워서 가도 문제 없을까요??
회원작성글 젤리빔  |  09.30
Q. fibrin 용액 제조방법(피브린용해효소 활성 분석)
안녕하세요 마이크로 플레이트 리더기를 이용한 피브린용해효소 활성 분석법을 이용하여 실험을 하려고합니다.   필요 시약중 0.7% 피브린 용액이 있는데 보통 피브린용액은 트롬빈+피브리노겐을 반응시켜 만드는것으로 알고 있습니다. 그러면 0.7%로 반응시키려면 어떻게해야하죠..?  
회원작성글 치킨맨  |  09.30
Q. 실험구성에 대하여
생명과학2 를 수강하는 고3입니다. 조직배양을 활용하여 하나의 세포를 완전한 식물체로 키우는 실험을 하고싶은데 실험과정에서 각 항목에 대하여 구체화하고 싶습니다. 어떻게 해야하는지, 필요한 것은 무엇인지 그에따른 비용은 얼마인지 등 자세히 알려주시면 감사하겠습니다. 1. 당근을 잘라 조직의 일부를 분리함 2. 영양 배지에서 키움 3. 캘러스가 형성됨 4. 기관을 분화시킴  
회원작성글 김배지  |  09.30
Q. 클린벤치 fan 끄고 spreading
클린벤치 fan을 끄고 spreading 작업을 마쳤습니다. 백퍼센트 컨탐 될까요......? 너무 걱정되는데 경험 있으신 분 계실까요
회원작성글 wowsparrow  |  09.30
Q. 고체 배지에 항진균제을 사용해보려 하는데 어떻게 사용해야 할까요?
고체 배지에 감자, 담배, 거베라 등을 배양하여 유지를 하고 있는데 자꾸 곰팡이가 발생하여 항진균제로 암포테리신을 사용하는 것을 고려하고 있습니다. 이것을 사용할 때 멸균되고 굳은 배지 표면에 뿌려야 할까요? 배지를 제조할 때 함께 첨가하여야 할까요? 
회원작성글 S21df1  |  09.30
Q. HPLC 100g당 지표성분 계산방법
안녕하세요 HPLC 결과 정량분석시 계산법이 헷갈려서 문의드립니다.   10mg/ml의 농도로 추출 하였고  HPLC 결과값으로 31.02ug/ml의 값이 나왔습니다.   이 결과를 xmg/100g으로 환산하고 싶은데 어떻게 계산을 해야할까요ㅠㅠ
회원작성글 치킨맨  |  09.30
Q. 논문을 열어보려는데 제 소속으로는 열람이 불가해서 도움요청드립니다
Mouse 독성관련 논문 찾아보던 와중에 맘에 드는 논문을 발견했는데요 제 소속에서는 열람 권한이 없어서 전문을 볼 수 가 없네요... 도움주실 천사같은 분을 찾습니다.... A COMPARISON OF THE LETHAL EFFECTS OF NITRITE AND HYDROXYLAMINE IN THE MOUSE https://jpet.aspetjournals.org/content/165/1/30 만약 안올려지신다면 jjhbill@naver.com 로 부탁드립니다 ㅠㅠ  
회원작성글 IGF  |  09.30
Q. HEK293 T cell에 있는 Large T antigen 관련 질문이요!
  HEK293T cell은 Large T antigen을 발현한다고 알고있어요    Large T antigen이랑 sv40 origin of replication이 HEK293T Cell chromosome에 들어가있는건가요?    p53 Rb 단백질에 결합해서 비활성화시키고 Large T antigen이 chromosome의 sv40 origin에 붙어서 cell DNA 복제를 유도해서 sphae 유도   sv40 promoter 가진 plasmid copy수 증가시키고 단백질 과발현   으로 이해했는데 맞을까요?
회원작성글 ㅁㅇㄹ  |  09.30
Q. DLS size 분석
DLS 장비로 입자의 size를 분석했는데, 프로그램에서 그려주는 그래프가 맘에 안들어 prism으로 그리려고 합니다 data중에.. 총 50번을 측정해서 평균을 내는 건데 Accumulation Times Diameter(realtime) (nm) Mean Diameter (nm) 1 355.23 355.23 2 461.8952 410.8671 3 433.983 418.5612 4 395.8475 412.1303 5 399.6825 408.3363 6 442.3278 414.1017 7 419.1974 414.2894 8 361.1713 408.6859 9 399.517 407.3861 10 437.4266 410.397   여기서 mean diameter가 의미하는 바를 모르겠습니다 10번까지 평균을 구해보면 410.6278 인데.. 410.397은 어떻게 나온 수치일까요?
회원작성글 모자  |  09.30
Q. Tannic acid hplc 분석 method
Tannic acid hplc 분석 method 를 여러 논문과 여기 브릭을 참고하여서 DW:메탄올 50:50 isocratic 으로 270nm, 25도 에서 20분정도 했는데요, 샘플은 에탄올에 잘 녹아서 스탠다드와 샘플 둘다 에탄올에 녹여서 했습니다. 문제는 스탠다드와 샘플의 area 가 일정하지 않게 나옵니다. 스탠다드는 같은 2000ppm 을 했다면 어떤때는 area가 16000 까지 나왔는데, 추가로 한번 더 분석했을때는 7000 까지 나옵니다. 샘플도 0.15g/50ml 로 비슷한 농도로 했을때 area 가 7000 대까지 나오다가 갑자기 area 가 나오지 않은 것도 있습니다. 샘플이 물에는 전혀 녹지 않고, kaempferol 을 분석할 때 에탄올에 샘플이 잘 녹길래 이번 tannic acid 분석할 때도 에탄올에 녹인 것인데, 메탄올에 녹여서 해봐야할까요?? 다른 논문에 gradient 로 하는 방법을 해봤을 때는 피크가 검출되지 않아서 다시 DW:메탄올 50:50 isocratic 으로 270nm, 25도, 20분 으로 하게 되었습니다. 수정해야 할 다른 조건이 있는지 답변주시면 감사하겠습니다.    
회원작성글 키티꼰쥬  |  09.30
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