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전기 영동 1번 2번 사진을 볼때 전반적으로 band가 sharp하지 않고 smear하게 끌리는 부분이 많습니다. 이런 경우 template degradation 또는 template 상태가 좋지 않은 경우가 많습니다.
사진 1번의 경우 cDNA를 depc water에 dilution해서 사용했다면 reaction이 depc에 영향을 받을 수 있습니다. 보통 RT PCR후 cDNA가 합성되면 DNA가 stable해지기 때문에 DEPC water를 사용 안해도 됩니다.
그리고 2번 사진을 보면 PCR 증폭 효율이 아주 낮습니다.
그래서 전반적으로 볼때 실험적인 skill이나 조건의 문제라기 보다 template문제라고 판단되어집니다. 즉 rat brain에서 mRNA를 뽑을때 부터 다시 check해 보세요.

mRNA가 degradation되지 않았는지?
cDNA가 제대로 합성되었는지?
합성된 cDNA 양은 얼마인지? cDNA량이 적으면 dilution할 필요가 없겠죠..template 량이 작으면 primer competition이 일어나서 원하지 않은 부위에 band가 detection되는 경우도 있습니다. 그래서 template양도 중요하지요.

실험에 도움이 되었으면 하네요...^^