gel이 편평한 경우, DNA는 이동하면서 윗표면으로 조금씩 손실됩니다. 따라서 전기영동을 하면 할 수록 농도가 떨어져 흐리게 보이게 됩니다. 1kbp와 100bp를 동량으로 loading한후 나중에 보면 100bp가 같은 양임에도 불구하고 현저히 흐려보이는 이유가 이것입니다.

한가지 이유를 더 대면, EtBr은 DNA와 반대방향으로 움직입니다. DNA와 결합된 EtBr이 gel상에서 잘 떨어지는 것은 아니지만, 상대적으로 EtBr의 농도가 낮아져 좀더 흐리게 보일 수 있습니다.

Gel을 만들때 아랫부분을 좀더 두껍게 만들거나 buffer를 gel의 표면보다 약간 낮게 넣어 전기영동하면 이러한 현상을 그나마 개선할 수 있습니다.
Vertical gel을 사용하는 경우에는 이러한 현상이 전혀 없습니다.
 

EtBr의 손실이 더 큰 요인인 것 같습니다.

EtBr은 위(cathode)로 이동하고, DNA는 아래(anode)로 이동합니다.

EtBr이 DNA와 결합하여 saturation되어 있는 상태는 EtBr pool의 끝부분이 DNA와 만나는 지점까지입니다.

그 뒤로는 DNA와 붙어있던 EtBr이 일정부분 다시 gel로 빠져나가기 시작합니다.

따라서 gel running을 지속하면 할수록 band intensity는 약해지기 마련입니다.