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Loading buffer 조성은 거의 비슷합니다.
10 X DNA/RNA Loading Buffer
Glycerol 50%
Bromphenol Blue 0.4%
Xylene Cyanol 0.4%
위의 조성은 10x 버퍼지만 6x도 농도만 다를 뿐 큰 차이는 없을 겁니다.
DNA/RNA 분자를 잡아서 가라앉히는 sinking agent로
glycerol 대신에 sucrose나 ficoll을 사용하는 경우도 있습니다.
bromophenol blue, xylene cyanol은 전기영동의 진행상황을 색깔로 보기 위한 dye들입니다.
RNA 전기영동의 경우 여기에 formamide나 formalin 같은 denaturant를 첨가해서
전기영동할 샘플을 80도의 고열로 몇분 정도 처리한 뒤에 급랭시켜서 전기영동을 하기도 합니다.
가열/급랭을 하고 denaturant를 첨가하는 이유는 RNA가 복잡하게 접히고 서로 붙으면서 전기영동에 영향을 주는 것을 방지하기 위함입니다.
참고로 Fermentas의 2X RNA loading buffer 조성은 다음과 같습니다.
EtBr이 미리 섞여 있습니다.
95% formamide,
0.025% SDS,
0.025% bromophenol blue,
0.025% xylene cyanol FF,
0.025% ethidium bromide,
0.5 mM EDTA