두 방법의 원리는 같습니다.
항원-항체 반응을 이용합니다.
가령, 컬럼에 어떤 특이 항체를 고정시키고 대살물이 포함된 시료를 통과시킨 후 항체에 붙지않은 단백질을 씻어냅니다.
그 다음 항체에 붙어있는 단백질을 elution하면 immunopurification이라고 부릅니다.

대상 단백질이 포함된 시료용액에 특이항체를 넣으면 항원-항체 반응에 의해서 항원-항체 복합체가 침전됩니다.
이를 건져내면 immunoprecipitation이라고 부릅니다.

원리는 간단하지만 내용이 아주 조금 다른 방법으로 특정 단백질을 전에 내지는 분리하는데 사용합니다.