Secondary anti-Rabbit 안티바디가, primary mouse IgG를 인식할 수 있고,
IP의 경우 대부분 어느 정도는 detection 되긴 합니다.
target인 A 단백질이 50kD 근처인건 가요?
anti-A-HRP를 사용하시면,, heavy chain은 거의 안나오는 것이 정상이긴 한데요,

혹시 anti-FLAG이 A를 non-specific하게 잡았다고 생각하시면,
lysate 없이 IP buffer에 FLAG 안티바디만 넣고, 동시에 진행시켜 보세요.

그리고, A가 50근처라면, sample buffer를 넣고, 끓이시지 마시고, 10분 정도 상온에 두시면,
(S-S결합은 남아있기 때문에) running 속도에 크게 차이는 없고, heavy chain이 붙어있어서, 100 kD 근처쪽에서 detection이 될 거에요~

한번 해보시길^^