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 전체 > Molecular Biology-DNA > Gene Cloning
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질문 cloning(electorporation 시 vector 얼마나 쓰시나요?
cloning  | 2013.03.28 16:57
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)

현재 electorphoration을 통한 cloning을 세팅중인 대학원생입니다.
그런데 실험이 잘 되지 않아 cloning을 잘 아시는 분들께 질문합니다.

처음엔 DH5-alpha cell을 이용해 vector를 10ng 정도 넣고 electric shock을 줬는데
colony가 안뜨더라구요.
한가지 vector만 쓴게 아니라 3종류의 pcDNA 3.1(+) vector를 사용했는데 3개 모두 실패했습니다.

Data sheet를 보니까 DH5-alpha가 electrophoration 용이 아니라고 해서
DH10-beta라인의 electrophoration 전용 cell을 구매해서 다시 실험을 했습니다.

이때는 총 5가지 vector를 사용했는데(gene sequence가 들어있는 vector 3개, 공 pcDNA 3.1, cell을 샀을 때 들어있던 control vector) 회사측에서 제공한 control vector를 제외한 나머지 vector 들은 모두 colony가 생성되지 않았습니다.
이때 사용한 vector의 양은 약 1pg에서 2pg 정도 입니다.


다른 실험실에서는 원래 cloning 할때는 1pg 정도의 아주 적은 양을 사용한다고 하고
(오히려 vector의 양이 너무 많으면 안좋다고 하셨습니다.)
저희 실험실에 있는 친구는 배울 때 10~50ng의 vector를 사용했다고 하는데
두 방법 모두 colony가 생성되지 않아서 무슨 문제가 있는 건지 잘 모르겠습니다.

cloning에 대해 잘 아시는 분들, 실험하고 계신 분들
vector 얼마정도 넣어서 실험하시나요?

#cloning
 
#vector
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답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
대왕개구리엘피스  |  2013.03.29   
Vector의 양에 따라 효율이 달라지는 것은 맞습니다. 하지만 그렇다고 결과가 전혀 나오지 않는 것은 아닙니다. 10^9 효율이 나오는 농도는 10pg-1ng 수준의 DNA를 썼을 때입니다. DNA양이 많아지면, 가령 1ug의 DNA를 쓸때 효율은 감소하지만 (colony수/ug DNA), 많은 DNA가 있기 떄문에 최종 10^7-10^8의 효율을 보입니다.

Control vector에서만 colony가 나오고 가지고 있는 다른 DNA에서는 colony가 나오지 않는 것은 가지고 있는 DNA에 문제가 있다는 것을 의미하지는 않을까요? 더군다나 10^9/ug의 효율인 competent cell을 사용하고 1pg의 DNA만 넣어주거도 10^3개 즉 1000개의 colony는 나와야 정상입니다. Plate 하나에 1000개의 colony는 무척이나 많은 수입니다.

DH5a가 electrotransformation에 적합치 않다는 것은 잘못 알고 계신 겁니다. Electro transformation은 어떤 cell을 쓰거나 다 잘 됩니다. 다만 효율상의 차이가 있을 뿐입니다.

Electrotransformation은 salt의 오염여부나 DNA의 상태에 영향을 많이 받을 수 있는 방법입니다.

저같은 경우는 1ug 또는 그 이상의 DNA를 사용합니다. 이는 library를 만들기 위한 목적이며 단순히 cloning용으로는 electrotransformation방법을 사용하지 않습니다. 일반적인 chemical com cell을 사용해도 소기의 목적을 달성할 수 있는 충분한 수의 colony를 얻을 수 있기 때문입니다.
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