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 전체 > Chemical biology > Analysis
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질문 mutagenesis 실험이 안돼요... 도와주세염~~
꿈꾸는 아이  | 2007.03.30 11:15
답변있는 질문은 수정/삭제 불가(☞문의)
저의 어려움을 좀 해결해주세염....

stratagene사에 Qick change site directed mutagenesis kit를 제가 지금 쓰고 있습니다.

aa(amino acid)를 바꾸려고 하는데요..
ex) 117 codon W(Trp) -> Y(Try)
아니면 더블 mutation도...F328A/F330A

먼저 제가 사용하는 gene의 크기는 vector3500bp+ 목적유전자1842bp=5342bp

1.primer는 kit 메뉴얼대로 계산하고 끝에는 모두 GC로 끝나게
Tm값은 78 or 79 or 80 이범위로 다 짰습니다.

2. PCR 조건
10X Reaction B 5 (모두 마이크로단위입니다)
ds DNA template 50ng 1
100ng primer(125ng)-F 1.25
100ng primer(125ng)-R 1.25
dNTP MIX 1
pfu-turbo 1
DW
TOTAL 50

이렇게 해서 cycle조건은 kit그대로 해서 돌렸습니다.
95/30sec 16cycle 95/30sec, 55/1min, 68/6min

PCR끝난후, 밴드를 확인해보니, 밴드가 3개가 나옵니다
3개 밴드- 하나는 가장위에, 중간 밴드는 원하는 size랑 비슷함(5000보다 조금 더 큼) 나머지 밴드는 아래에
! 원래 밴드가 어떠케나와야 되며 몇개가 나오는개 맞나요?
!! template 양을 늘려도 보았습니다..

3. 남은 pcr product를 DpnI 1(마이크로) 1시간 처리를 했습니다.(1시간 정확)

4. Faccon사의 round bottom tube에 XLI-Blue 50를 넣고 DpnI 처리된 DNA 1마이크
로 를 넣어서 42도씨에서 45초 heat shock을 주어 transformation 했습니다.

그러나.... colony가 뜨지 않습니다... 하나도...!!!
대체 뭐가 문제인지 모르겠습니다..?????
제생각으로는 transformation에 문제가 있는것 같은데


kit에 있는 control PUC 18을 1마이크로 넣어 transformation해보았습니다.
IPTG 처리는 안하고 그냥 해봤는데 colony가 몇개 안떴습니다. 한 20~25개 정도
size도 무지 작구요...

com cell에 문제가 있는건지... (kit에 있는걸 쓰긴 했지만) ???
어디서부터 고쳐나가야 될지 막막합니다...
많은 조언 부탁드려용....

참.. 논문이랑 이것 저것 보다 보니.. 다른 회사 kit도 있구...
kit사용하지 않고 하는 mutagenesis시키는 방법동 있던데..
이렇게 새로운걸로 도전해봐야 하는지.....
혹시 이런 방법들이 낫다면 자세한 프로토콜과 추천 부탁드려용...

kit사용하지 않고 하는 mutagenesis시키는 방법은 복잡해 보여서
잘 모르겠더라구요.. 혹시 상세한 방법 가르켜주실수 있으신지....
부탁드립니다....

빨리 이 위기에서 벗어나고 싶습니다....
#mutagenesis
답변하기
답변 본 정보는 네티즌에 의해 작성된 정보로, 내용 중 중요하다고 생각되는 부분은 추가적인 사실 확인을 반드시 하시길 바랍니다.
엔지노믹스  |  2007.03.30    
안녕하세요. 저는 엔지노믹스(www.enzynomics.com)의 연구원 류기혁이라고 합니다.

저도 몇 년 전에 Stratagene 의 Kit를 이용해서 같은 실험을 했었는데요, 콜로니가 적게 나와서 여러번 반복실험을 했던 기억이 나네요.

최근에는 우리가 만든 Pfu-forte를 이용해서 PCR 했더니 원하는 size(6.9 kb)의 밴드가 진하게 나왔고, 우리가 만든 DpnI(곧 출시할 예정)으로 잘라서 TF했더니 콜로니가 많이 나왔고 8개 시퀀싱해서 8개 모두 원하는 mutation이 되었습니다.

우선 꿈꾸는 아이님이 실수한것이 있네요. 95/30sec 16cycle 95/30sec, 55/1min, 68/6min 에서 68/12min 으로 해야합니다. 2min/1kb ^^

그리고 추천해 드리고 싶은 실험방법은요, template DNA를 5배씩 serial dilution 을 해서 PCR을 해서 10ul 정도를 걸어보면 PCR product의 양도 template의 양에 따라 증가 합니다. 그중에서 PCR Product / template 의 값이 높은것을 선택해서 다음의 실험을 하면 됩니다. DpnI 으로 잘라야 할 template 는 적을수록 좋고, 우리가 원하는 최종 산물인 PCR Product는 많을수록 좋으니까요. 대부분의 경우 template DNA 가 10ng 정도일때가 최적이었습니다.

더 궁금한 것이 있으시면 info@enzynomics.com 이나 042-362-3632 로 연락주세요.
꿈꾸는 아이  |  2007.04.02    
키트가 출시가 됐나요?

mutagenesis가 잘된다면 바꿀 의향이 있어서요....

그리구...요즘은 stratagene사에 PCR Cycling이 68도씨 kb당 1min으로 나옵니다..
예전엔 kb당 2min이었지만...^^

애고... 실험이 안되서 무지 힘드네요....
엔지노믹스  |  2007.04.02    
아직은 테스트 중입니다.

우선 Pfu-forte 를 이용해서 PCR 을 해 보시는것도 괜찮을듯하네요...

Dpn I 도 필요하시다면 샘플로 드릴께요.

꼭 답변이 필요한 질문이라면 info@enzynomics.com 으로도 보내주세요.
이곳에만 글을 올이면 제가 못 볼 수 도 있으니까요...
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