site-directed mutagenesis는 하나의 아미노산 잔기 또는 nucleotide를 다른 것으로 바꿔주는 과정으로서 Ligase를 사용하건 아니면 최근의 방법들 처럼 nick overlapped plasmid PCR product를 바로 transform하여 endogenous recombination 기작으로 mutant construct를 만들건 여러 방법이 소개되어 있습니다.

site-saturation mutagenesis는 한부위 또는 여러부위에서 다른 아미노산 잔기를 가지는 contruct library를 만들므로서 기능상의 변화가 있는 clone을 찾고자 하는 목적에서 사용하는 방법이며 그 실험방법은 site-directed mutagenesis 방법과 동일합니다. 하지만 한부위의 아미노산을 정해진 다른 아미노산으로 바꾸는 것이 아니라 불특정한 다른 아미노산으로 바꾸는 것입니다.가령 primer에 NNK 서열을 넣으면 NNK는 20개 아마노산의 어떤 것도 될 수 있으며 이로부터 얻은 clone들의 mix는 다양한 아미노산으로 구성된 (그 부위에) library가 됩니다. 이중에서 기능적으로 뛰어나거나 아니면 다른 기능을 하는 clone을 찾아나가는 것이 그 다음 과정이 됩니다.

방법은 같지만 목적은 다릅니다.