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Tn은 어떤걸 사용하셨나요?
보통 실험에서 사용하는 그런 벡터에는 대장균의 복제원점과 항생제 마커를 가지고 있을텐데요.
gDNA를 추출해서 특정 효소로 자른 후 self-ligation을 시키면 복제원점과 항생제 마커 그리고 gDNA 일부를 가지는 플라스미드가 만들어집니다.
그걸 대장균에 transformation시키면 콜로니가 얻어지고 그걸 sequencing합니다.
님이 사용하신 Tn 벡터 맵을 살펴보세요.
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gDNA
(비회원)
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16.03.09 17:10
강시님/
transposon의 경우 EZ-Tn5™
Tnp
Transposome™ Kit를 사용하였는데 안타깝게도 'kit manual'에서는 gDNA를 이용한 sequencing......을 하라고 되어있습니다. 언급하신 transposon map상에서는 kanamycin resistance gene만 포함되어있고 origin of replication이 포함되지 않습니다 ㅜㅠ
EZ-Tn5™ Tnp Transposome™ Kit 도 종류가 몇개 있습니다.
어떤걸 쓰셨는지????
그리고 모두 대장균 복제원점이 있습니다.
http://www.epibio.com/images/default-source/product-page-images/i_eztn5_rescuecloning.gif?sfvrsn=0.9803008343415804
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gDNA
(비회원)
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16.03.09 17:53
강시님/
이름을 드래그해서 복사한다는게 큰이름만 드래그했었나보네요 ^^;;
random transposon mutagenesis를 하신 선임자 분께서는 EZ-Tn5™ <Kan-2>
Tnp
Transposome™ Kit를 사용하셨고 저는 그 실험을 이어서 하고 있습니다. 강시님께서 보여주신 link는 EZ-Tn5™ <R6Kγori/KAN-2>
Tnp Transposome™ Kit인데 이 kit protocol에는 확실히 origin of replication이 있네요....
EZ-Tn5™ <Kan-2>Tnp Transposome™ Kit 에는 복재원점이 없어서 plasmid rescue가 안되는 군요.그대신 direct sequencing을 해야하는 군요.