정보가 부족해서 뭐가 문제인지 잘 모르겠네요.

혹시 INSERT 크기가 너무 짧아서, 안보이는 것은 아닐까요? 짧아서 GEL을 빠져나간다는 것도 문제지만, 짧으면 그만큼 EtBr이 덜 달라붙기 때문에, band intensity가 얀해서 안보일 수도 있습니다.

혹은, DNA가 똑같은 길이를 갖고 있더라도, linear form, circular form에 따라 밴드의 위치가 달라지고, circular form의 경우, super coiled form인지 아닌지에 따라 밴드의 위치가 달라집니다. 이런 것 때문에, data 해석을 실수하실 수도 있을 것도 같네요.

그리고 저희는 클로닝 후, 시퀀싱으로 확인을 꼭 합니다. mutation이 생길 수도 있기 때문에, 꼭 해봐야 하는데, 어차피 해봐야 하는 것이기 때문에 그냥 시퀀싱 해보시길 추천드립니다.