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Taq polymerase 특성상, 낮은 확률로 mismatched되는 서열이 발생할 수 있습니다.
이를 보완해줄 수 있는 게 Pfu 기능이 있는 Taq을 사용하는 거구요.
Pfu 기능이 있는 taq 사용하시는 거 맞나요?
Pfu 기능이 있어도 매우 낮은 확률이지만 mutation이 발생할 수 있습니다.
하지만 일반 taq에 비해서는 확률이 많이 감소하니, cloning하실 때에는 꼭 사용하세요
그리고 primer서열에 mutation이 발생했더라도 반대쪽 가닥을 Taq이 polymerase할 때,
mismatched 서열을 합성해버린다면 primer 부분에서도 mutation은 생길 수 있을 거 같은데요?
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레벨5
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(과기인)
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24.02.20 14:25
(수정)
기본적으로 1kb 이상의 target DNA를 pcr 하실 때는 pfu DNA polymerase를 사용하시는게 좋아요.
(3'-5'말단으로 가면서 교정기능이 있음 but, A-tailing 기능이 없기 때문에 vector에 따라 A-tailing을 따로 해줘야 할 수 도 있음.)
또한 sequencing 의뢰를 할 때 fw, rv primer 2개로 sequence를 확인 해 보세요.
sequencing 원리를 좀 공부해보시면 알텐데 sequencing을 해도 처음의 염기서열부터 100번째의 염기서열에서는 에러가 날 수 있기 때문에 fw, rv primer 2개로 double confirm을 하시고 이 2개 primer로도 전체 서열확인을 할 수 없다면 중간에 존재하는 서열로 primer를 만들어서 3개로 확인해보세요.
cloning 과정에서 mutation이 일어나는 것은 대부분 DNA polymerase에 의한 pcr 과정에서 일어납니다.