1. 제 생각에는 위 band는 1차 또는 2차가 덜 붙어서 나타난 형태라면 아래 band로 기준   
   을 잡아야할 것 같다고 생각하는데 어떻게 생각하시나요?! 

: ab가 덜 붙을 가능성 보다 단백질이 비어 있어 발색이 안되었을 가능성이 높습니다.

2. 만약 저 밴드의 넓이 안에 비어있는 부분에 protein이 없는 거라면 위 band를 써야할
   
   것 같고..

위 아래 band가 각각 별도의 실험인가요?

짧게 exposure시킨 것과 길게 exposure 시킨 결과라면

길게 exposure 시키 후 반응 정지 시켜 결과를 획득하면 됩니다.

최대한 결과가 잘 나오도록 transfer 시간을 낮은 V에서 천천히 진행해서 해보세요.

expose 순서가 위에 밴드부터 하고 나중에 또 expose 해서 아래 밴드를 얻었나요?
아니면 반대로 아래 밴드부터 이미지를 얻고 위에 밴드의 사진을 얻었나요?

만약 아래 밴드부터 이미지를 얻고 위에 밴드를 나중에 찍은 거라면 ECL이 부족해서 나오는 현상입니다.

ghost band라고 ECL을 소비해서 가운데는 빈 영역으로 나오는 건데 ECL을 재 반응하시면 정상 밴드가 나올것으로 예상합니다.

제가 보기에는 transfer나 gel running 문제는 아닌것 같고 ECL 반응에 문제가 있어 조금만 세세한 컨트롤 하면 좋은 결과를 얻을것 같습니다. 컨트롤 조건은 ECL 양이나 expose time 등입니다.