1bp만 mutation 하시려는 거죠?

저도 stratagene quick change kit와 iNtRON의 Muta-Direct™ Site-Directed Mutagenesis Kit을 사용을 하는데 효율은 비슷한 것 같아서 Intron 제품을 사용하고 있습니다. 제도 그냥 e-tube와 LB를 사용했구요 com. cell은 DH5alpha를 사용했습니다. 일단 primer는 권장하는대로 짜셨죠?? 반드시Tm값이 제품 manual에 나온대로 적정 온도 이상이 되게 짜셔야 하고요,,젤 중요한게 template농도가 높은면 실험이 잘 안됩니다. 그래서 저는 일반적으로 DNA prep kit 사용해서 DNA 뽑은것 5배 내지는 10까지 dilution해서 사용하면 비교적 실험이 잘 되는 편이예요~ PCR돌리실때 전체 벡터 크기 고려하셔서 extension 시간 반드시 늘려주시고,, PCR이 잘됬는지 DpnI치기 전에 template넣어줬던것, PCR돌린것 각각 젤 걸어서 확인해보세요~

일단 PCR이 됬으면 template의 농도가 낮아도 gel상에서 band가 보입니다.
꼭 성공하세요~

제가 보기에 님이 사용하신 template에 문제가 있는듯 합니다.

template를 다시 준비하셔서, 메뉴얼에 나온 량 만큼 꼭 사용하세요.