다른 2(A, B)종류의 cell에 대해 hypoxia, normoxia에서의 transcriptome 분석에서 DEG를 각각 찾았습니다. A는 2 set, B는 3 set입니다.

A에서는 p-value, q-value 0.05이하를 만족하는 DEG가 수백개 이상이 나왔습니다. 그러나 B에서는 p-value<0.05 를 만족하는 DEG가 수백개 나왔으나 q-value<0.05 가 10개 미만으로 나왔습니다.

이런 경우 A, B 모두 p-vlaue에 의한 DEG로 비교해야 하는지 아니면 A는 p-value, B는 q-value 기준에 의한 DEGs를 선별하여 비교 분석하는 것이 맞는지 알고 싶습니다.

cell은 구하기 힘들어서 추가 실험하기는 어렵습니다.