실험 Q&A Mol. Biol.-DNA > PCR/RT-PCR/Q-PCR
PCR 반응이 제대로 안일어나는데 사진 좀 봐주세요
레벨2 Grooot (대학생)
안녕하세요
PCR 반응이 제대로 안일어나서 몇가지 경우의 수를 시험해보고 있습니다.
전기영동 사진 대로 설명드리자면
template gDNA는 모두 같은 샘플이고
세팅값 annealing 온도(56도/59.6도), 시간(30초/40초), extention 시간(5분/10분)
프라이머A와 B pairs 의 Tm값은 59.6~8도 정도 입니다.
래더 옆에서 부터 PCR 세팅값 다르게 8개/8개 하여
세팅 1
프라이머A 1,2,3,4 / 프라이머 B 1,2,3,4
세팅 2
프라이머A 1,2,3,4 / 프라이머 B 1,2,3,4
이렇게 보시면 됩니다.
세팅 1의 프라이머A 1, 3, 4가 밴드 안나온 것을 알 수 있는데요.
안나온 밴드들은 밑에 프라이머 밴드도 없는데
이런 경우는 세팅값이 달라서 인가요 아니면 primer나 template가 적게 들어가서 인가요?
그리고 저희가 쓰는 Taq 제조사에서 제공하는 annealing 온도 계산법이 따로 없는데, Tm 값 calculator 사용하시는 곳들 추천 부탁드립니다.
몇 군데 해보니 계산 값 차이가 크게 나네요...
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