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real-time RT-PCR 관련 질문
레벨1 이뽀글 (대학원생)
안녕하세요 ㅜㅜ
이번에 COVID-19 primer/probe 디자인하여 합성유전자로 1차 테스트 진행한 후, 병원에서 제공받은 임상샘플로 2차 테스트를 진행했어요.
먼저 바이오라드 CFX96으로 실험하였을때, 모든 샘플에서 양성반응을 보여주었고, 실제 현장에서도 실험이 가능하도록 재현해보기 위해 POCT (현장형) real-time PCR 플랫폼을 이용하여 같은 조건으로 실험을 진행했어요.
그 결과 몇개의 샘플에서는 양성반응, 몇개의 샘플에서는 시그널이 뜨지 않았어요.. 그래서 음성으로 나온 샘플로 시퀀싱을 맡겨보니 디자인한 probe 서열쪽에서 1~2bp 정도의 돌연변이가 일어나 있는걸로 확인되었어요.....
그렇다면....여기서 probe 디자인을 다시하는 것 밖에 답이 없을까요...? anneling 온도도 낮춰서 해봤고..근데 너무 낮춰서 할 수는 없는게 multiplex PCR로 다른 바이러스의 임상샘플로도 같이 실험을 해야해서 covid-19 위주로 갈 수는 없어요 ㅜㅜ 곧 졸업해야하는데 이제와서 뭘 어떻게 바꿔야할지 모르겠네요 ㅜㅜㅜㅜ
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