일반적인 DNA 전기영동은 TAE (Tris-Acetate EDTA) buffer라는 전류가 통하는 buffer에 agarose를 녹인뒤, 굳힌 agaroese gel을 TAE buffer가 있는 tank에 넣고 전류를 (-) --> (+)로 흐르게 해서 수행을 합니다.
Acrylamide gel은 agarose gel보다 더 촘촘한 구조물을 형성해서 더작은 사이즈의 DNA를 분리할때 사용.
위 실험내용을 볼때 agarose gel이 적합합니다.
아마 브로콜리에서 genomic DNA를 추출한뒤 원하는 서열을 PCR을 한뒤에 전기영동으로 예상한 사이즈의 DNA가 있는지 없는지 보는 실험을 하시는거 같은데
Agarose gel에서 DNA를 전기영동하는 주된 목적은, 원하는 사이즈의 DNA를 확인, 분리 하기 위해서 입니다.
PCR을 통해서 원하는 유전자가 증폭이 되었는지를 판단하기 위한 몇 방법중 하나가 agarose gel에 DNA를 전기영동해서 예상하는 위치에 있는지 없는지를 통해서 본실험의 목적을 달성 할 수 있습니다.
1. 가지고 있는 셈플에 예상되는 DNA 사이즈를 알고있을 경우
2. DNA를 agarose gel에 전기영동을 통해 분리한다.
*Agarose gel은 작은 구슬같은게 촘촘히 형성된 물질
*DNA를 구성하는 물질중 phosphate가 (-) 전하를 가지고 있기때문에, (-) -> (+) 방향으로 전류를 흐르게 해서 DNA를 이동시킴
*DNA 사이즈가 상대적으로 작을 경우 gel의 작은 구슬을 더 빨리 통과함.
*정확한 사이즈를 알고있는 DNA marker를 같이 전기영동해서 상대적 위치를 비교하여 DNA 사이즈 확인
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레벨1
조조조3
(대학생)
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21.07.16 10:40
저희 학교에서 pcr은 불가능 할 거 같아서... 단순히 DNA를 추출해서 아가로스 겔에 집어 넣는 거로도 실험 결과를 확인할 수 있나요?? 단순한 실험으로 생각하고 있습니다.. 고맙습니다
DNA는 볼수 있는데, genomic DNA 보통 comb에 걸려서 잘안내려 갈 것입니다.
0.8% agarose 전기영동에서 잘 내려갑니다.
몇 종류의 식물 gDNA 전기영동 예를 아래에 첨부합니다.
[출처 : July 2012 Plant Methods 8(1):26}
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레벨1
조조조3
(대학생)
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21.07.16 12:24
공부가 잘 되지 않은 노베라서 여쭙습니다..
전기 영동의 표준 아가로스 겔의 농도랄까요.. 그것은 얼마이고, 왜 0.8%의 아가로스 겔에서는 전기영동이 가시적으로 잘 보일정도로 잘 되나요..?
보통 0.5~2% 농도의 agarose gel을 이용하고 하는데,
일반적으로는 1% 전후로 사용을 하곤 합니다.
이유는 1% 정도의 농도의 agarose gel에서 원하는 사이즈의 DNA 분리가 적당히 일어나기 때문입니다.
농도가 너무 낮은걸 쓰면 쉽게 부서지고, 농도가 반면에 너무 높으면 사이즈가 상대적으로 큰 DNA 분리는 어렵습니다.
위에 설명에서 빠진 내용이 있는데, 전기영동을 위한 agarose gel을 만들때, 전통적으로는 EtBr (물질자체가 위험해서 요즘은 잘 안씀) 또는 EtBr을 대체할 수 있는 물질들을 같이 넣고 gel을 굳힙니다.
위 언급한 물질들은 DNA가 gel을 지나면서 DNA double strand 사이에 침투하는데, DNA double strand사이에만 들어간 물질만 UV 파장대에서 가시광선파장대로 반사시켜서 우리 눈 (또는 위에 첨부한 사진) 처럼 확인 가능합니다.
육안으로는 구분이 안됩니다
영동이 끝나고나면 젤에 염료가 흩어져있는건 볼 수 있지만 그건 염료가 영동된거지 DNA가 퍼진게 아닙니다.
그래서 윗분이 말하신거처럼 DNA를 볼 수 있게 해주는 EtBr같은 물질을 이용하여 UV를 비추어 확인하거나 그런 식으로 진행합니다.
우선 학교에 있는 장비들과 사용가능한 예산, 보유중인 시약 등을 알려주셔야 할 거 같습니다.